##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.2d.R.1.R1.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	23706065
Total Bases	3.5 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	34.816782456303905	36.0	34.0	38.0	30.0	39.0
2	34.71750765046835	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.91854818587564	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.85463504803518	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.72641608803485	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.71353596642884	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.71318137362738	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.86273605509814	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.83929724313166	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.82208244177176	35.0	34.0	37.0	31.2	39.0
15-19	34.825077649960036	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.83045874547294	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.81625625341026	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.806804790250936	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.802561454210135	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.73528305941961	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.650445006372834	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.60726839313062	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.59923792497827	35.0	34.0	37.0	30.8	39.0
60-64	34.571443248805735	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.55438084726419	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.52476860246524	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.50632911872974	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.48418222931558	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.46209022880853	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.43476390535502	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.40828960858751	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.36829831522017	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.31889602934945	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.28470178412149	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.23697868035037	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.19991922742133	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
125-129	34.15566247709184	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.097723042605345	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.05173463415375	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.014266863775156	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	33.94722283938731	35.0	34.0	37.0	28.8	39.0
150	33.91499158548667	35.0	34.0	37.0	28.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	28.0
22	445.0
23	4529.0
24	26429.0
25	96366.0
26	229097.0
27	401868.0
28	580931.0
29	744919.0
30	922849.0
31	1146710.0
32	1454319.0
33	1900410.0
34	2608357.0
35	4014298.0
36	8467018.0
37	1107484.0
38	8.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	36.97678374040094	10.325554252742727	14.937409020815515	37.76025298604082
2	22.620885659535297	11.844731234268497	36.05032005165608	29.484063054540123
3	21.81084337634008	16.561891716409246	27.99410935133515	33.63315555591552
4	26.91400540258505	24.139524836245453	22.07124347408399	26.875226287085507
5	26.313094626437287	30.076326475171328	24.338299995866038	19.272278902525347
6	19.80240386929385	36.428780507373844	25.246765264079844	18.52205035925246
7	16.13403710920495	25.107909244364475	40.27021477065415	18.487838875776426
8	18.724758538289574	24.38021270194646	31.31973224034588	25.575296519418096
9	19.648216989817865	22.820810094172646	32.798004086217034	24.732968829792448
10-14	20.27585321918114	29.141006545470134	27.198377053113067	23.384763182235663
15-19	20.46467469499603	27.7529021108356	27.945727666493557	23.836695527674813
20-24	20.615211105336204	27.942144964173433	27.6522049746965	23.790438955793867
25-29	20.62545804370494	28.143438675444436	27.5057152034574	23.72538807739323
30-34	20.584543181766602	27.88468438734689	27.566044213030516	23.96472821785599
35-39	20.65258211355904	27.85321144014451	27.593439245711167	23.90076720058529
40-44	20.685667464095356	27.94156040529699	27.511139584245647	23.86163254636201
45-49	20.78986816207669	27.740355602304135	27.477415102554946	23.99236113306423
50-54	20.92716918795279	27.724858500729095	27.53582552798252	23.812146783335596
55-59	20.89860183267829	27.774636092584476	27.471883548614628	23.854878526122608
60-64	20.85407596497772	27.720245809075138	27.432799694781174	23.992878531165964
65-69	20.958819390224082	27.635199496228523	27.537943895776202	23.86803721777119
70-74	21.08931403519525	27.592701808653114	27.50166571873438	23.816318437417255
75-79	21.093323875024687	27.50250968107222	27.488348709285848	23.91581773461725
80-84	21.15110765510815	27.500831414051145	27.45845226631292	23.88960866452778
85-89	21.106871251393056	27.52163684654496	27.529968080196497	23.841523821865486
90-94	21.11193175755268	27.449139737475782	27.464033030528068	23.97489547444347
95-99	21.192089403144955	27.365294426087296	27.57174516767148	23.870871003096273
100-104	21.236661085481877	27.43252284988843	27.446585981072047	23.884230083557643
105-109	21.205710536212237	27.294020228207998	27.527923831957345	23.972345403622416
110-114	21.270212355198836	27.270223036035617	27.607158722018138	23.85240588674741
115-119	21.31097743830343	27.282917093875497	27.579492521765513	23.826612946055562
120-124	21.2620814811837	27.211024477207534	27.585335416799104	23.941558624809662
125-129	21.293007494227883	27.12911640814849	27.648806941585395	23.92906915603823
130-134	21.373238888235797	27.233930068968643	27.54174724465342	23.851083798142138
135-139	21.374727864598164	27.088863044550273	27.639686611381155	23.896722479470416
140-144	21.410587996397304	26.998102280001703	27.80621663195496	23.78509309164604
145-149	21.4156596360149	27.755434690401316	27.35489498939227	23.474010684191512
150	21.307529739306506	27.2447734750696	27.431738800303723	24.01595798532017
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.5
7	0.5
8	1.5
9	1.5
10	1.0
11	6.0
12	11.0
13	16.5
14	27.5
15	62.5
16	149.0
17	281.0
18	547.0
19	1049.5
20	1993.0
21	3291.0
22	5135.5
23	8167.5
24	13011.0
25	20403.5
26	30424.5
27	43211.5
28	59056.0
29	83572.0
30	114174.5
31	145842.0
32	177492.5
33	211998.0
34	250722.5
35	297456.5
36	367983.5
37	463068.5
38	577330.0
39	719034.0
40	886951.5
41	1056322.5
42	1225777.0
43	1401027.5
44	1547059.5
45	1634741.5
46	1660783.5
47	1623253.5
48	1538860.0
49	1413586.0
50	1249313.0
51	1073084.5
52	894415.5
53	719660.0
54	559157.5
55	421583.5
56	314471.0
57	235394.5
58	179206.5
59	136218.5
60	96929.0
61	70417.0
62	52434.5
63	33676.5
64	21737.0
65	17705.0
66	18343.0
67	13877.0
68	6357.0
69	3067.5
70	2234.0
71	1527.0
72	753.0
73	309.5
74	127.5
75	83.0
76	44.0
77	31.5
78	15.5
79	2.5
80	2.0
81	1.5
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.5
89	0.5
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	3.9230466971216014E-4
2	2.0247982952885683E-4
3	7.171160629147013E-5
4	2.5309978691107104E-5
5	2.109164890925592E-5
6	1.4342321258294026E-4
7	1.3920488280108907E-4
8	1.2233156367368435E-4
9	1.307682232373867E-4
10-14	2.193531486562616E-4
15-19	3.315607208535031E-4
20-24	2.3622646778366635E-4
25-29	3.5771436550098047E-4
30-34	8.563209457157904E-4
35-39	9.179085605308178E-4
40-44	0.0012148789771731412
45-49	0.001036021794422651
50-54	6.234691417576051E-4
55-59	4.387062973125232E-4
60-64	2.3875746565277703E-4
65-69	3.290297229843924E-4
70-74	3.459030421117971E-4
75-79	2.733477698639567E-4
80-84	2.817844294276591E-4
85-89	3.88086339930309E-4
90-94	3.8893000588667917E-4
95-99	3.0034508046780433E-4
100-104	4.5051762070170655E-4
105-109	2.530997869110711E-4
110-114	2.4128846352188777E-4
115-119	2.3285180395818538E-4
120-124	2.193531486562616E-4
125-129	1.4257954662657004E-4
130-134	1.9151217209604376E-4
135-139	1.4764154236479146E-4
140-144	1.6367119553582595E-4
145-149	2.1260382100529973E-4
150	2.74191435820327E-4
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	pass
#Length	Count
150	2.3706065E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.409089810646314
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.81044247211748
2	10.834847719483612
3	6.348579635156243
4	4.520084222903148
5	3.3768805546329723
6	2.7175326609933173
7	2.195506316579495
8	1.899646967549926
9	1.6171205075594612
>10	17.958136255208174
>50	4.351214831312176
>100	4.5205044833367
>500	0.43204107732201896
>1k	0.4174622958454437
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	8.436659563702369E-6	0.0	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	4.218329781851184E-5
2	8.436659563702369E-6	1.0545824454627961E-4	0.0	1.6873319127404738E-5	0.00185184677423267	7.592993607332132E-5
3	2.5309978691107107E-5	1.2654989345553555E-4	0.0	1.6873319127404738E-5	0.0028853375707862104	1.349865530192379E-4
4	3.3746638254809476E-5	1.5607820192849382E-4	0.0	1.6873319127404738E-5	0.004374407983779679	1.4342321258294026E-4
5	3.3746638254809476E-5	1.645148614921962E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.005534448673788754	1.4342321258294026E-4
6	5.905661694591658E-5	1.645148614921962E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.006614341097942658	1.4764154236479146E-4
7	7.171160629147013E-5	2.0247982952885686E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.007774381787951733	1.5607820192849382E-4
8	7.592993607332132E-5	2.0669815931070805E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.009803398413022153	1.7295152105589856E-4
9	8.858492541887488E-5	2.0669815931070805E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.012730919281626875	1.7716985083774975E-4
10-11	1.2233156367368435E-4	2.0669815931070805E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.01720867634506191	2.151348188744104E-4
12-13	1.7506068594682416E-4	2.0669815931070805E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.020760510021380605	2.3622646778366632E-4
14-15	1.982614997470057E-4	2.0669815931070805E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.02478268746837571	2.509906220201455E-4
16-17	2.5520895180199663E-4	2.17243983765336E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.029235134553119636	2.5731811669292223E-4
18-19	2.9317391983865737E-4	2.3622646778366632E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.03309701546840439	2.657547762566246E-4
20-21	3.501213718936483E-4	2.889555900568061E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.03654128173528588	2.657547762566246E-4
22-23	4.2183297818511843E-4	2.931739198386573E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.04034410603362473	2.699731060384758E-4
24-25	4.956537493675142E-4	3.1004723896606203E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.044547671661239435	2.763006007112526E-4
26-27	5.673653556589843E-4	3.1215640385698763E-4	0.0	2.952830847295829E-5	0.0485993774167075	2.910647549477317E-4
28-29	6.243128077139753E-4	3.163747336388388E-4	0.0	2.952830847295829E-5	0.05294003876223237	3.037197442932853E-4
30-31	6.939152491145198E-4	3.184838985297644E-4	0.0	4.007413292758625E-5	0.05718367852277466	3.184838985297644E-4
32-33	7.360985469330317E-4	3.269205580934668E-4	0.0	4.429246270943743E-5	0.06097173866687702	3.77540515475681E-4
34-35	7.6562685540599E-4	3.290297229843924E-4	0.0	5.905661694591659E-5	0.06446662489114073	3.817588452575322E-4
36-37	7.888276692061716E-4	3.290297229843924E-4	0.0	6.749327650961895E-5	0.06817031843960607	3.88086339930309E-4
38-39	8.267926372428321E-4	3.4168471232994593E-4	0.0	7.171160629147013E-5	0.07244348650862131	3.88086339930309E-4
40-41	8.816309244068976E-4	3.501213718936483E-4	0.0	7.171160629147013E-5	0.07563465298859173	3.9441383460308573E-4
42-43	8.921767488615255E-4	3.606671963482763E-4	0.0	7.171160629147013E-5	0.0788616752717079	4.007413292758625E-4
44-45	9.195958924435582E-4	3.712130208029042E-4	0.0	7.382077118239573E-5	0.08290705353250317	4.070688239486393E-4
46-47	9.681066849348468E-4	3.754313505847554E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.08670355033616925	4.2183297818511843E-4
48-49	0.0010081808178624332	3.901955048212346E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.09026171150716072	4.450337919853E-4
50-51	0.0010313816316626146	4.049596590577137E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.09402657083746291	4.5136128665807673E-4
52-53	0.0010988749081722337	4.049596590577137E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.09799601916218487	4.534704515490023E-4
54-55	0.0011558223602272245	4.049596590577137E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.10119140397193713	4.555796164399279E-4
56-57	0.001195896493154811	4.1128715373049045E-4	0.0	8.01482658551725E-5	0.10534013131238779	4.619071111127047E-4
58-59	0.0012190973069549924	4.1972381329419284E-4	0.0	8.43665956370237E-5	0.10935387209981919	4.682346057854815E-4
60-61	0.0012865905834646113	4.260513079669696E-4	0.0	8.858492541887488E-5	0.11257245772337163	4.7456210045825824E-4
62-63	0.0013583021897560815	4.302696377488208E-4	0.0	9.280325520072606E-5	0.11585009996387	4.7667126534918383E-4
64-65	0.001396267157792742	4.34487967530672E-4	0.0	9.491242009165165E-5	0.12032363869752319	4.7667126534918383E-4
66-67	0.001423686301374775	4.6612544089455585E-4	0.0	9.702158498257725E-5	0.12451244017090142	4.7667126534918383E-4
68-69	0.0014806337534297657	4.829987600219606E-4	0.0	9.913074987350285E-5	0.12709827632717619	4.851079249128862E-4
70-71	0.0015628911841758639	4.91435419585663E-4	0.0	1.0545824454627961E-4	0.12972207745148762	4.851079249128862E-4
72-73	0.0016198386362308549	4.977629142584398E-4	0.0	1.0545824454627961E-4	0.1324808651288183	4.935445844765886E-4
74-75	0.0016725677585039947	4.977629142584398E-4	0.0	1.075674094372052E-4	0.13559188334293354	4.977629142584398E-4
76-77	0.0017126418914315809	5.040904089312166E-4	0.0	1.2444072856460995E-4	0.13793938386653373	5.061995738221422E-4
78-79	0.0017716985083774976	5.061995738221422E-4	0.0	1.328773881283123E-4	0.1402193911136243	5.061995738221422E-4
80-81	0.001809663476414158	5.061995738221422E-4	0.0	1.349865530192379E-4	0.14268922320089816	5.061995738221422E-4
82-83	0.001837082619996191	5.061995738221422E-4	0.0	1.349865530192379E-4	0.1449650121182069	5.061995738221422E-4
84-85	0.0019172308858513634	5.12527068494919E-4	0.0	1.349865530192379E-4	0.14723869187062466	5.061995738221422E-4
86-87	0.002026907460179494	5.27291222731398E-4	0.0	1.370957179101635E-4	0.14923607102233122	5.061995738221422E-4
88-89	0.0021070557260346665	5.315095525132492E-4	0.0	1.392048828010891E-4	0.15129461595587457	5.104179036039933E-4
90-91	0.0021302565398348483	5.399462120769516E-4	0.0	1.392048828010891E-4	0.15392685373974974	5.167453982767701E-4
92-93	0.0021597848483078065	5.462737067497284E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.15673837053935352	5.230728929495468E-4
94-95	0.0022188414652537227	5.504920365315796E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.15980087796097747	5.315095525132492E-4
96-97	0.0023432821938183333	5.526012014225052E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.1621019768569773	5.37837047186026E-4
98-99	0.0024234304596735057	5.547103663134308E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.16412255682248406	5.399462120769516E-4
100-101	0.002478268746837571	5.631470258771332E-4	8.436659563702369E-6	1.392048828010891E-4	0.16626757751655535	5.399462120769516E-4
102-103	0.002505687890419604	5.736928503317611E-4	8.436659563702369E-6	1.392048828010891E-4	0.1681004418067697	5.420553769678772E-4
104-105	0.0025415436935653387	5.736928503317611E-4	8.436659563702369E-6	1.413140476920147E-4	0.16993330609698404	5.441645418588028E-4
106-107	0.0026006003105112554	5.779111801136122E-4	8.436659563702369E-6	1.4553237747386586E-4	0.17147510563225066	5.48382871640654E-4
108-109	0.0026997310603847583	5.84238674786389E-4	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	0.1730865076089178	5.48382871640654E-4
110-111	0.002763006007112526	5.863478396773146E-4	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	0.17456503219745664	5.48382871640654E-4
112-113	0.002853700097422326	5.94784499241017E-4	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	0.17619752582303305	5.48382871640654E-4
114-115	0.0029043200548045404	5.990028290228682E-4	8.436659563702369E-6	1.4975070725571705E-4	0.1780303901132474	5.48382871640654E-4
116-117	0.002963376671750457	6.074394885865706E-4	8.436659563702369E-6	1.5185987214664265E-4	0.1797029578717514	5.48382871640654E-4
118-119	0.0030329791131510015	6.285311374958265E-4	8.436659563702369E-6	1.5607820192849382E-4	0.18128272237505466	5.48382871640654E-4
120-121	0.003123673203460802	6.369677970595288E-4	8.436659563702369E-6	1.60296531710345E-4	0.18288357852726717	5.48382871640654E-4
122-123	0.003271314745825594	6.4118612684138E-4	1.2654989345553554E-5	1.60296531710345E-4	0.18441061390829733	5.526012014225052E-4
124-125	0.003376772990371873	6.4118612684138E-4	1.4764154236479145E-5	1.624056966012706E-4	0.18609794582103778	5.526012014225052E-4
126-127	0.003414737958408534	6.4118612684138E-4	1.6873319127404738E-5	1.645148614921962E-4	0.18764818201586808	5.526012014225052E-4
128-129	0.003465357915790748	6.432952917323056E-4	1.6873319127404738E-5	1.645148614921962E-4	0.18890524429085975	5.526012014225052E-4
130-131	0.0035497245114277714	6.475136215141568E-4	1.6873319127404738E-5	1.6873319127404737E-4	0.19010114078401455	5.547103663134308E-4
132-133	0.0036340911070647953	6.496227864050824E-4	1.6873319127404738E-5	1.7295152105589856E-4	0.19144467881953414	5.568195312043564E-4
134-135	0.0038133701227934707	6.496227864050824E-4	1.6873319127404738E-5	1.7506068594682416E-4	0.19244231381294197	5.58928696095282E-4
136-137	0.004049596590577137	6.538411161869336E-4	1.6873319127404738E-5	1.7716985083774975E-4	0.1935664986998053	5.673653556589843E-4
138-139	0.004140290680886938	6.749327650961896E-4	1.6873319127404738E-5	1.7716985083774975E-4	0.19472443022492347	5.715836854408355E-4
>>END_MODULE
