##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.2d.S.2.R1.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24075142
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	34.78118700192921	36.0	34.0	38.0	30.0	39.0
2	34.66876008457188	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.86335972597794	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.806974721062915	36.0	34.0	38.0	30.0	39.0
5	34.68101359485232	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.68959884016468	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.71358420232786	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.859024715202096	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.83796560784564	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.80911902409547	35.0	34.0	37.4	31.0	39.0
15-19	34.814363811436706	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.81969989626644	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.81885010688619	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.802199854106775	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.79886239507954	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.73358446650076	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.63336977202461	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.59771006958132	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
55-59	34.59158374226827	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
60-64	34.56297105121955	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.54639803162947	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.523547732345676	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.50347844261937	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.477213326509144	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.459395271687285	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.43337563699521	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.39871884452437	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.3626033026098	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.30671700295683	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.278912074537295	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.226573824569755	35.0	34.0	37.0	29.6	39.0
120-124	34.190793599472855	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
125-129	34.13561819074629	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.090519291641144	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.03659461697048	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.007241411078695	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	33.93215756733647	35.0	34.0	37.0	28.2	39.0
150	33.901341142660755	35.0	34.0	37.0	28.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
20	1.0
21	17.0
22	415.0
23	4137.0
24	25542.0
25	96435.0
26	232488.0
27	411072.0
28	589501.0
29	758127.0
30	942643.0
31	1178563.0
32	1497171.0
33	1951956.0
34	2674075.0
35	4142690.0
36	8196693.0
37	1373614.0
38	2.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	36.89692658633289	10.357351638754372	14.566750296800995	38.17897147811174
2	23.120998014503048	12.314936759714328	36.284052377643086	28.280012848139535
3	21.950555330726797	17.067346682858766	27.946489804637675	33.03560818177676
4	27.279000814699515	24.798034353619798	21.628581589618566	26.294383242062118
5	27.09727241865561	30.452704759046252	23.67781137213787	18.772211450160267
6	20.039052764846033	36.46712456677267	24.92767637295266	18.56614629542864
7	16.794798376097926	24.229734152265305	39.98217743421761	18.993290037419165
8	19.48319492760823	23.67522111631298	30.948362773971727	25.89322118210707
9	20.32143557332217	22.34824167023882	32.24505215342644	25.08527060301257
10-14	21.24850976747679	28.51452508903181	26.4809852103638	23.755979933127595
15-19	21.517869772249846	27.428939306381217	27.16870833704499	23.884482584323955
20-24	21.44478444816822	27.4280312521124	27.093267059813737	24.033917239905644
25-29	21.388894565579484	27.729674609326	26.700776654346864	24.180654170747655
30-34	21.42627562130698	27.504790582513866	26.909289271499325	24.159644524679827
35-39	21.66079736430804	27.259333328033215	26.848653710728854	24.231215596929896
40-44	21.844391606731055	27.309679766117828	26.66198837630488	24.183940250846238
45-49	22.124586473270426	27.23566283176375	26.603272907392235	24.036477787573585
50-54	22.095651902153556	27.474166517424692	26.498537711100134	23.93164386932162
55-59	22.00430027090213	27.374937764385322	26.63839240583819	23.98236955887436
60-64	22.255378504398134	27.2193213798257	26.36801522650255	24.15728488927362
65-69	22.102095126919117	27.341717197180465	26.54598159414534	24.01020608175507
70-74	22.46725253342327	27.103750699084646	26.466910569485265	23.962086198006823
75-79	22.294918162653886	27.020987517711266	26.45293854157529	24.231155778059563
80-84	22.566875360211714	26.968390523747342	26.4999617155962	23.964772400444744
85-89	22.42226576181502	26.961522377538127	26.50754944710847	24.108662413538383
90-94	22.43185499718252	26.69133984266086	26.489419615879378	24.38738554427724
95-99	22.64870021439778	26.759667684023654	26.68624149964834	23.905390601930225
100-104	22.620885860157763	26.55093830735613	26.720223230104562	24.107952602381545
105-109	22.708055037177044	26.54073474837375	26.601696559827527	24.149513654621675
110-114	22.63251899309729	26.58064402720412	26.59771063106285	24.189126348635742
115-119	22.766140445207807	26.79321148498845	26.482612381656494	23.958035688147252
120-124	22.672334745853316	26.630393254914548	26.53017510902518	24.167096890206956
125-129	23.063434905339086	26.589084248964966	26.42891385689633	23.91856698879962
130-134	22.729637486185624	26.838383082248374	26.340173824208428	24.091805607357568
135-139	22.886606555506265	26.629332060560905	26.348685342127524	24.135376041805305
140-144	22.852053450598365	26.453130074744095	26.63397414132215	24.060842333335394
145-149	22.685367862049112	26.91607754197246	26.59084685005363	23.807707745924798
150	22.41710329377071	26.501670897735675	26.667061819353304	24.414163989140306
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	1.5
9	2.0
10	1.0
11	2.0
12	5.0
13	9.5
14	17.5
15	35.5
16	81.5
17	187.0
18	448.5
19	843.5
20	1377.5
21	2217.0
22	3689.0
23	6136.0
24	10145.5
25	15701.5
26	22011.0
27	31484.0
28	49458.0
29	74156.0
30	100815.0
31	126170.5
32	152659.5
33	187167.5
34	224993.5
35	271887.0
36	340190.0
37	411775.5
38	479483.5
39	581681.0
40	724512.5
41	878112.5
42	1034226.5
43	1189281.0
44	1328108.5
45	1433256.5
46	1516069.5
47	1549433.0
48	1508192.5
49	1457394.0
50	1374437.5
51	1236054.0
52	1068049.5
53	915417.0
54	774579.5
55	646502.5
56	555388.0
57	461090.0
58	379466.5
59	309771.5
60	239852.5
61	168013.5
62	97607.5
63	54316.0
64	34526.5
65	21171.5
66	13454.5
67	6314.0
68	2356.5
69	1091.0
70	870.5
71	652.5
72	356.0
73	154.0
74	90.5
75	62.0
76	33.5
77	24.5
78	12.5
79	3.0
80	1.5
81	0.5
82	0.5
83	0.5
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.5
91	0.5
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	3.655222469715859E-4
2	2.533733757416675E-4
3	1.2045619502472718E-4
4	3.322929517923508E-5
5	1.2460985692213157E-5
6	9.138056174289647E-5
7	1.8691478538319733E-4
8	1.2460985692213156E-4
9	9.138056174289647E-5
10-14	1.661464758961754E-4
15-19	2.7995681188505554E-4
20-24	1.918991796600826E-4
25-29	3.406002755871596E-4
30-34	8.274094499629534E-4
35-39	9.11313420290522E-4
40-44	0.001040076939110058
45-49	9.013446317367516E-4
50-54	6.047731722620785E-4
55-59	4.178583868788811E-4
60-64	2.758031499876511E-4
65-69	3.530612612793727E-4
70-74	3.688451764895094E-4
75-79	2.9075633281830696E-4
80-84	2.666650938133615E-4
85-89	3.9127495073549304E-4
90-94	3.7299883838691375E-4
95-99	3.289700222744273E-4
100-104	4.5524134395552064E-4
105-109	2.9075633281830696E-4
110-114	2.2180554532139416E-4
115-119	2.342665310136073E-4
120-124	2.5254264336218663E-4
125-129	1.2793278644005504E-4
130-134	1.55346954962924E-4
135-139	1.4205523689122995E-4
140-144	1.5119329306551962E-4
145-149	1.9272991203956346E-4
150	2.492197138442631E-4
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	pass
#Length	Count
150	2.4075142E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	41.62103494160187
#Duplication Level	Percentage of total
1	32.413996750278336
2	8.537776280423241
3	5.018069495649042
4	3.460611700046598
5	2.631806152526428
6	2.0842217870356556
7	1.6450207665884409
8	1.4526434904765733
9	1.2303187741013517
>10	15.700844251098218
>50	5.246198055634391
>100	11.38317152439678
>500	4.094619145842005
>1k	4.574614210462092
>5k	0.420042963380062
>10k+	0.10604465206051623
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	4.153661897404385E-6	2.0768309487021926E-5	0.0	4.153661897404385E-6	2.741416852286894E-4	1.661464758961754E-5
2	1.661464758961754E-5	1.0799520933251401E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.002350972633930882	2.9075633281830694E-5
3	2.492197138442631E-5	1.1214887122991839E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.004523337806273375	4.5690280871448235E-5
4	9.553422364030086E-5	1.2045619502472716E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.0066541663596418246	5.815126656366139E-5
5	9.553422364030086E-5	1.2460985692213156E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.0077839623957358176	5.815126656366139E-5
6	1.2460985692213156E-4	1.2460985692213156E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.009333278283467653	6.230492846106578E-5
7	1.370708426143447E-4	1.3291718071694033E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.01077044529996957	6.230492846106578E-5
8	2.6583436143388066E-4	1.3291718071694033E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.01405599186081644	6.645859035847016E-5
9	3.4475393748456393E-4	1.370708426143447E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.016647876884796776	7.476591415327893E-5
10-11	4.2575034448394947E-4	1.4330133546045128E-4	0.0	2.6998802333128502E-5	0.029025789339061844	9.761105458900305E-5
12-13	4.631333015605889E-4	1.4537816640915348E-4	0.0	2.9075633281830694E-5	0.03708181658907765	1.100720402812162E-4
14-15	5.212845681242502E-4	1.5783915210136664E-4	0.0	2.9075633281830694E-5	0.04330607894233812	1.2668668787083374E-4
16-17	5.545138633034854E-4	1.6406964494747323E-4	0.0	3.7382957076639467E-5	0.04725205774487228	1.3291718071694033E-4
18-19	6.2512611555936E-4	1.703001377935798E-4	0.0	3.7382957076639467E-5	0.05024892480384954	1.349940116656425E-4
20-21	0.0010944899099660553	2.0768309487021925E-4	0.0	3.7382957076639467E-5	0.0527598134208305	1.370708426143447E-4
22-23	0.0016344659566286256	2.1391358771632584E-4	0.0	4.153661897404385E-5	0.05545346316129725	1.4330133546045128E-4
24-25	0.0017756904611403745	2.201440805624324E-4	0.0	4.153661897404385E-5	0.05809311529709773	1.4537816640915348E-4
26-27	0.0018213807420118227	2.201440805624324E-4	0.0	4.5690280871448235E-5	0.06032986222884999	1.4953182830655787E-4
28-29	0.0018961466561651017	2.201440805624324E-4	0.0	4.5690280871448235E-5	0.06316265964287979	1.5991598305006881E-4
30-31	0.002139135877163258	2.201440805624324E-4	0.0	6.853542130717236E-5	0.06608268395675507	1.6822330684487758E-4
32-33	0.0021785956651885997	2.2429774245983679E-4	0.0	7.268908320457674E-5	0.06881163982334974	1.8068429253709076E-4
34-35	0.0023032055221107314	2.2429774245983679E-4	0.0	9.345739269159866E-5	0.07155721033753404	1.972989401267083E-4
36-37	0.0023572031267769886	2.2429774245983679E-4	0.0	9.968788553770524E-5	0.07406602212356629	2.0352943297281486E-4
38-39	0.002369664112469202	2.4091239004945432E-4	0.0	1.1630253312732278E-4	0.07659975588098297	2.0560626392151707E-4
40-41	0.0024049702385971388	2.4091239004945432E-4	0.0	1.1630253312732278E-4	0.07889880774119629	2.0975992581892143E-4
42-43	0.0024257385480841607	2.471428828955609E-4	0.0	1.1630253312732278E-4	0.08138477438679281	2.2429774245983679E-4
44-45	0.0024319690409302674	2.533733757416675E-4	0.0	1.1837936407602497E-4	0.08382089708962048	2.2429774245983679E-4
46-47	0.002438199533776374	2.575270376390719E-4	0.0	1.2460985692213156E-4	0.08756334645918185	2.3260506625464555E-4
48-49	0.002458967843263396	2.5960386858777404E-4	0.0	1.3291718071694033E-4	0.08994754838829196	2.4091239004945432E-4
50-51	0.002496350800340035	2.6168069953647625E-4	0.0	1.412245045117491E-4	0.09247712848381123	2.450660519468587E-4
52-53	0.002525426433621866	2.6375753048517845E-4	0.0	1.412245045117491E-4	0.09477618034402455	2.450660519468587E-4
54-55	0.0025503484050062924	2.6791119238258286E-4	0.0	1.412245045117491E-4	0.09658925376224156	2.450660519468587E-4
56-57	0.00261473016441606	2.741416852286894E-4	0.0	1.474549973578557E-4	0.0986079334443801	2.492197138442631E-4
58-59	0.002647959459595295	2.824490090234982E-4	0.0	1.6199281399877102E-4	0.10069722537877451	2.533733757416675E-4
60-61	0.00278503030220964	2.824490090234982E-4	0.0	1.661464758961754E-4	0.10271590506091303	2.575270376390719E-4
62-63	0.0028743340330038346	2.9075633281830696E-4	0.0	1.661464758961754E-4	0.10499626544258805	2.69988023331285E-4
64-65	0.00288887184964475	2.9075633281830696E-4	0.0	1.7445379969098417E-4	0.1077979103923873	2.69988023331285E-4
66-67	0.002909640159131772	2.9906365661311573E-4	0.0	1.8276112348579294E-4	0.11037318076877803	2.69988023331285E-4
68-69	0.002922101144823985	3.0944781135662665E-4	0.0	1.8483795443449512E-4	0.11226725059399442	2.741416852286894E-4
70-71	0.0029387157924136023	3.281392898949464E-4	0.0	1.8691478538319733E-4	0.11426931562854334	2.80372178074796E-4
72-73	0.0029511767781058157	3.322929517923508E-4	0.0	1.8691478538319733E-4	0.11579994003773685	2.990636566131157E-4
74-75	0.0029844060732850505	3.322929517923508E-4	0.0	1.931452782293039E-4	0.11737002423495571	3.032173185105201E-4
76-77	0.0030176353684642854	3.34369782741053E-4	0.0	1.9937577107541048E-4	0.11866596674694588	3.032173185105201E-4
78-79	0.0030467110017461164	3.3644661368975517E-4	0.0	2.180672496137302E-4	0.12000552270885878	3.032173185105201E-4
80-81	0.0030695561421818403	3.406002755871596E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.12138661528974574	3.032173185105201E-4
82-83	0.0030986317754636713	3.4475393748456393E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.12281132132055544	3.032173185105201E-4
84-85	0.003136014732540311	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.12442501896769706	3.052941494592223E-4
86-87	0.00317339768961695	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.12592033725076263	3.0944781135662665E-4
88-89	0.0031920891681552696	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.1274198091957256	3.1567830420273327E-4
90-91	0.0032190879704883987	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.12936787662560828	3.1567830420273327E-4
92-93	0.003235702618078016	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.13112902927010772	3.1983196610013763E-4
94-95	0.0032959307155903794	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.13257450361040446	3.1983196610013763E-4
96-97	0.0033769271225897648	3.572149231767771E-4	0.0	2.201440805624324E-4	0.13390990591041996	3.1983196610013763E-4
98-99	0.003472461346230066	3.5929175412547927E-4	0.0	2.2637457340853896E-4	0.13494416772287365	3.1983196610013763E-4
100-101	0.003621993174536624	3.655222469715859E-4	0.0	2.3052823530594338E-4	0.1361175772088904	3.260624589462442E-4
102-103	0.003667683455408072	3.655222469715859E-4	0.0	2.3260506625464555E-4	0.13711860972616485	3.3644661368975517E-4
104-105	0.0036905285958437964	3.655222469715859E-4	0.0	2.4091239004945432E-4	0.1382151764670796	3.4267710653586173E-4
106-107	0.0037279115529204356	3.7382957076639465E-4	0.0	2.450660519468587E-4	0.13929720539135346	3.4683076843326614E-4
108-109	0.003761140848099671	3.759064017150968E-4	0.0	2.512965447929653E-4	0.14041869410365265	3.4890759938196835E-4
110-111	0.0038213689456120343	3.800600636125012E-4	0.0	2.533733757416675E-4	0.14140934246618359	3.4890759938196835E-4
112-113	0.0039023653526114198	3.8836738740731E-4	0.0	2.575270376390719E-4	0.14251213969994445	3.4890759938196835E-4
114-115	0.003954286126328975	3.9667471120211875E-4	0.0	2.5960386858777404E-4	0.14368139552406378	3.4890759938196835E-4
116-117	0.003999976407200423	4.0913569689433193E-4	0.0	2.69988023331285E-4	0.14450797424164724	3.530612612793727E-4
118-119	0.004064358166610191	4.2990400638135383E-4	0.0	2.69988023331285E-4	0.14534078345207685	3.572149231767771E-4
120-121	0.004191044854481025	4.3405766827875824E-4	0.0	2.720648542799872E-4	0.1462275902671727	3.572149231767771E-4
122-123	0.004409112104094755	4.3821133017616265E-4	0.0	2.80372178074796E-4	0.14712893489890944	3.572149231767771E-4
124-125	0.004525414637222077	4.42364992073567E-4	0.0	2.824490090234982E-4	0.14798874291167213	3.572149231767771E-4
126-127	0.004581489072837036	4.444418230222692E-4	0.0	2.824490090234982E-4	0.14898146810515178	3.572149231767771E-4
128-129	0.004643794001298102	4.444418230222692E-4	0.0	2.824490090234982E-4	0.14984542977981188	3.572149231767771E-4
130-131	0.004760096534425426	4.444418230222692E-4	0.0	2.845258399722004E-4	0.150514169345294	3.572149231767771E-4
132-133	0.0048514770961683214	4.506723158683758E-4	0.0	2.8867950186960476E-4	0.15112268081326374	3.6136858507418147E-4
134-135	0.004940780826962516	4.52749146817078E-4	0.0	2.9075633281830696E-4	0.15188280094048873	3.634454160228837E-4
136-137	0.005061237021987243	4.548259777657802E-4	0.0	2.9075633281830696E-4	0.15273014796755924	3.675990779202881E-4
138-139	0.005163001738473651	4.6521013250929116E-4	0.0	2.9075633281830696E-4	0.15340096436399003	3.6967590886899024E-4
>>END_MODULE
