##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.R.1.R1.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	23543034
Total Bases	3.5 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.032958411392514	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.91246693183215	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	35.074078175310795	35.0	34.0	38.0	32.0	39.0
4	35.0729547856916	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.985531261603754	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.93070978022629	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.892192314720354	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	35.03746093218062	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	35.01158342633324	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	35.03008869629972	35.2	34.0	37.4	32.0	39.0
15-19	35.02760729989176	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
20-24	35.02612348094133	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
25-29	35.01404676219725	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
30-34	35.0000926813426	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
35-39	34.98796771053382	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
40-44	34.93888244820103	35.0	34.0	37.0	31.6	39.0
45-49	34.855507892483196	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.83647056704756	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.818261919852816	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.812339361188535	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.78750889966009	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.7807539843845	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.76153247708005	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
80-84	34.749701937311904	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
85-89	34.735230259617346	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
90-94	34.719342061010494	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
95-99	34.702776889333805	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
100-104	34.66734450623484	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
105-109	34.64900995343252	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
110-114	34.61153202259318	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
115-119	34.59245486371892	35.0	34.0	37.0	30.8	39.0
120-124	34.5686885471091	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
125-129	34.54515589621966	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.511098051338664	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.48893936100165	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.45264525379354	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.42846004469942	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
150	34.40957546083483	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	18.0
22	200.0
23	2341.0
24	16381.0
25	67849.0
26	173927.0
27	316628.0
28	464587.0
29	602737.0
30	750184.0
31	951765.0
32	1244903.0
33	1713991.0
34	2543167.0
35	4364177.0
36	9185296.0
37	1144875.0
38	8.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	36.13249387556161	11.175269905353932	15.18269037791528	37.50954584116918
2	23.235086924932936	12.36857301411905	35.303664377735814	29.0926756832122
3	21.808307208113963	16.738134404484317	28.143924926551488	33.30963346085023
4	26.57658300529533	23.795383121032472	22.22626305462124	27.40177081905096
5	26.50489378863116	29.643660217235634	24.397898705122927	19.453547289010277
6	19.8218622002879	36.411427425804945	25.253886397703607	18.512823976203553
7	16.309561648119242	24.922379200832722	40.0693140770916	18.698745073956438
8	18.59891944038025	24.65911078569218	31.229275674716877	25.51269409921069
9	19.79031227486682	22.985685474613717	32.590821334690055	24.63318091582941
10-14	20.264480013257785	29.125053087974816	27.186647320729318	23.42381957803808
15-19	20.473080926718275	27.734490490184534	27.980765910329747	23.81166267276745
20-24	20.596798376485097	27.91423418424327	27.743205802252923	23.74576163701871
25-29	20.61633758614581	28.07096391875323	27.587415574660884	23.725282920440076
30-34	20.55294019613379	27.86720840270625	27.633669070935586	23.946182330224378
35-39	20.629276874009044	27.788221126236976	27.692457206624027	23.890044793129952
40-44	20.632345186763626	27.88773543490388	27.629842535375577	23.85007684295691
45-49	20.723291583168674	27.687210893132015	27.569365153885993	24.02013236981332
50-54	20.855211855247177	27.692781641099522	27.643399559351785	23.808606944301513
55-59	20.838397878420963	27.70560202534627	27.5840860742263	23.871914022006465
60-64	20.791895637057575	27.668226539799246	27.543833808973755	23.996044014169428
65-69	20.887476704345186	27.58812846490199	27.63012837096288	23.894266459789947
70-74	21.028951155003252	27.521959427028815	27.599618297848988	23.849471120118945
75-79	21.035878629192084	27.449230681456616	27.601052843885306	23.913837845465995
80-84	21.099953970160325	27.45437146875761	27.549666930988813	23.89600763009325
85-89	21.047202937906704	27.468318054120523	27.633799322182284	23.850679685790492
90-94	21.044247212198055	27.414676263055792	27.561810826792883	23.97926569795327
95-99	21.13276777978561	27.320497851225223	27.66863840863002	23.878095960359147
100-104	21.195378843754728	27.381924727176575	27.524415752645236	23.898280676423457
105-109	21.146619601671883	27.249745428910586	27.62588888352847	23.977746085889063
110-114	21.19174602536526	27.2416966437154	27.679809006819784	23.88674832409956
115-119	21.21228617180347	27.248576588309938	27.688758603278774	23.850378636607825
120-124	21.179326983110375	27.146455148462746	27.70342496476038	23.970792903666492
125-129	21.218933986431075	27.080334822773565	27.756338794512253	23.944392396283103
130-134	21.28120197737419	27.180606465488445	27.66266267775659	23.875528879380777
135-139	21.28110746212102	27.034752871521757	27.78689982824754	23.897239838109684
140-144	21.310075861252788	26.94835637916672	27.933969306196925	23.807598453383562
145-149	21.309945049071754	27.642407641263862	27.51351800582397	23.534129303840423
150	21.191348194472358	27.228848039436393	27.55660681740297	24.023196948688277
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	1.0
9	2.0
10	2.5
11	6.5
12	11.5
13	16.0
14	36.0
15	76.5
16	166.0
17	340.0
18	672.5
19	1196.0
20	2213.5
21	3864.5
22	6014.0
23	9114.5
24	14123.5
25	21594.5
26	31484.5
27	43921.0
28	59471.5
29	82565.5
30	111622.5
31	142127.0
32	173263.0
33	208921.5
34	247417.5
35	293853.0
36	365140.5
37	462353.0
38	578751.5
39	722621.5
40	891270.5
41	1061478.0
42	1231633.0
43	1406062.0
44	1550265.5
45	1631723.0
46	1648353.5
47	1604719.0
48	1520620.5
49	1396361.5
50	1231102.5
51	1054659.0
52	876977.5
53	704543.0
54	550465.5
55	417475.5
56	312034.0
57	234381.0
58	178655.5
59	136090.5
60	96237.0
61	67725.5
62	49956.5
63	32467.0
64	20224.0
65	15044.5
66	14203.5
67	11426.0
68	6049.0
69	2826.5
70	2208.0
71	1600.0
72	684.0
73	238.5
74	115.0
75	81.0
76	46.0
77	39.5
78	23.5
79	1.5
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.5
89	0.5
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.5
95	0.5
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	2.5060491353833154E-4
2	8.070327724115762E-5
3	4.2475409074293485E-5
4	1.2742622722288044E-4
5	1.146836045005924E-4
6	1.0194098177830436E-4
7	2.2511966809375545E-4
8	2.038819635566087E-4
9	1.061885226857337E-4
10-14	1.597075381193435E-4
15-19	1.8264425901946197E-4
20-24	1.7414917720460327E-4
25-29	3.0837146987937065E-4
30-34	4.4429277891710984E-4
35-39	5.8616064522525E-4
40-44	3.508468789536642E-4
45-49	2.2511966809375545E-4
50-54	3.4659933804623484E-4
55-59	4.95263269806262E-4
60-64	7.611593306113393E-4
65-69	5.275445807027251E-4
70-74	2.973278635200544E-4
75-79	4.0096786166133046E-4
80-84	1.9198884901580653E-4
85-89	2.854347489792522E-4
90-94	4.052154025687598E-4
95-99	5.487822852398718E-4
100-104	3.2960917441651744E-4
105-109	4.3070064801333587E-4
110-114	3.3215769896097506E-4
115-119	3.873757307575566E-4
120-124	2.99876388064512E-4
125-129	4.052154025687598E-4
130-134	4.035163862057881E-4
135-139	3.4659933804623484E-4
140-144	3.3895376441286197E-4
145-149	4.3070064801333587E-4
150	4.672294998172283E-4
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	pass
#Length	Count
150	2.3543034E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.76801564331361
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.5165790661301
2	11.739090910014998
3	6.7691832806316
4	4.624976830801445
5	3.5035100737759888
6	2.8078738861930295
7	2.196265919638235
8	1.8704350784322046
9	1.607071379482091
>10	17.761650377934256
>50	4.065937764197345
>100	3.860536510931504
>500	0.3418001648780431
>1k	0.33508875695921847
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	1.2742622722288044E-5	0.0	4.247540907429348E-6	1.6140655448231524E-4	3.8227868166864135E-5
2	0.0	1.146836045005924E-4	0.0	4.247540907429348E-6	0.0015291147266745654	5.097049088915218E-5
3	4.247540907429348E-6	1.2742622722288044E-4	0.0	4.247540907429348E-6	0.002319157335456424	7.220819542629892E-5
4	1.6990163629717393E-5	1.7839671811203264E-4	0.0	1.2742622722288044E-5	0.0034957261668143538	8.919835905601632E-5
5	1.6990163629717393E-5	1.7839671811203264E-4	0.0	1.2742622722288044E-5	0.004621324507283131	1.0194098177830436E-4
6	4.2475409074293485E-5	1.7839671811203264E-4	0.0	1.6990163629717393E-5	0.005589763834177023	1.0194098177830436E-4
7	6.371311361144022E-5	2.038819635566087E-4	0.0	1.6990163629717393E-5	0.0067323523382755174	1.1043606359316305E-4
8	7.220819542629892E-5	2.038819635566087E-4	0.0	2.1237704537146742E-5	0.00853330968302556	1.146836045005924E-4
9	1.061885226857337E-4	2.038819635566087E-4	0.0	2.1237704537146742E-5	0.011489598154596388	1.231786863154511E-4
10-11	1.486639317600272E-4	2.1662458627889677E-4	0.0	2.1237704537146742E-5	0.015577856277997137	1.5928278402860057E-4
12-13	1.9538688174175E-4	2.2299589764004078E-4	0.0	2.1237704537146742E-5	0.018899433267606888	2.0812950446403807E-4
14-15	2.0175819310289404E-4	2.293672090011848E-4	0.0	2.5485245444576092E-5	0.022794428279719597	2.3361474990861415E-4
16-17	2.208721271863261E-4	2.3361474990861415E-4	0.0	2.973278635200544E-5	0.027065330662139807	2.463573726309022E-4
18-19	2.3998606126975818E-4	2.463573726309022E-4	4.247540907429348E-6	2.973278635200544E-5	0.030722463383436475	2.484811430846169E-4
20-21	2.782139294366223E-4	2.569762248994756E-4	4.247540907429348E-6	2.973278635200544E-5	0.034035545291231366	2.633475362606196E-4
22-23	3.3130819077948915E-4	2.6122376580690497E-4	4.247540907429348E-6	2.973278635200544E-5	0.03751852883532343	2.782139294366223E-4
24-25	3.759073703074973E-4	2.633475362606196E-4	4.247540907429348E-6	2.973278635200544E-5	0.04130096401338927	2.80337699890337E-4
26-27	4.1201146802064676E-4	2.633475362606196E-4	4.247540907429348E-6	2.973278635200544E-5	0.04507278033918653	2.973278635200544E-4
28-29	4.4599179528008156E-4	2.633475362606196E-4	4.247540907429348E-6	3.3980327259434785E-5	0.049192895019393	3.121942566960571E-4
30-31	4.88467204354375E-4	2.633475362606196E-4	4.247540907429348E-6	4.035163862057881E-5	0.05360609002221209	3.313081907794892E-4
32-33	5.351901543360979E-4	2.6759507716804894E-4	4.247540907429348E-6	4.459917952800816E-5	0.05751170388659338	3.759073703074973E-4
34-35	5.946557270401088E-4	2.718426180754783E-4	4.247540907429348E-6	4.6722949981722834E-5	0.06095008825115743	3.84402452122356E-4
36-37	6.116458906698262E-4	2.739663885291929E-4	4.247540907429348E-6	4.6722949981722834E-5	0.06443731933615693	3.907737634835E-4
38-39	6.286360542995435E-4	2.824614703440517E-4	4.247540907429348E-6	5.946557270401088E-5	0.06852557745955767	3.9714507484464405E-4
40-41	6.604926111052637E-4	2.8458524079776634E-4	4.247540907429348E-6	5.946557270401088E-5	0.07178344133555599	4.0139261575207344E-4
42-43	6.668639224664077E-4	2.973278635200544E-4	4.247540907429348E-6	5.946557270401088E-5	0.07490326013206283	4.056401566595027E-4
44-45	6.923491679109838E-4	3.058229453349131E-4	4.247540907429348E-6	5.946557270401088E-5	0.07870268547375839	4.077639271132174E-4
46-47	7.43319658800136E-4	3.079467157886277E-4	4.247540907429348E-6	5.946557270401088E-5	0.08248512065182423	4.077639271132174E-4
48-49	7.709286746984267E-4	3.206893385109158E-4	4.247540907429348E-6	5.946557270401088E-5	0.08588740091867514	4.1625900892807615E-4
50-51	7.772999860595708E-4	3.270606498720598E-4	4.247540907429348E-6	6.371311361144022E-5	0.08981000494668614	4.247540907429348E-4
52-53	8.261467064950083E-4	3.270606498720598E-4	4.247540907429348E-6	6.796065451886957E-5	0.09381331225193831	4.2900163165036416E-4
54-55	8.771171973841604E-4	3.270606498720598E-4	6.371311361144022E-6	7.43319658800136E-5	0.09703931957113089	4.2900163165036416E-4
56-57	9.153450655510246E-4	3.355557316869185E-4	8.495081814858696E-6	7.645573633372827E-5	0.10111695884226307	4.438680248263669E-4
58-59	9.365827700881713E-4	3.4829835440920655E-4	8.495081814858696E-6	7.857950678744294E-5	0.10466365549996656	4.544868770949403E-4
60-61	9.748106382550354E-4	3.4829835440920655E-4	8.495081814858696E-6	8.070327724115762E-5	0.10774099888739913	4.6085818845608426E-4
62-63	0.0010109147359681847	3.567934362240653E-4	8.495081814858696E-6	8.070327724115762E-5	0.11072064883396082	4.6510572936351365E-4
64-65	0.0010363999814127609	3.610409771314946E-4	8.495081814858696E-6	8.070327724115762E-5	0.1145689208960918	4.672294998172283E-4
66-67	0.001042771292773905	3.8227868166864135E-4	8.495081814858696E-6	8.070327724115762E-5	0.11826640525600907	4.82095892993231E-4
68-69	0.0010746278495796253	4.077639271132175E-4	8.495081814858696E-6	8.070327724115762E-5	0.12111862897534786	4.969622861692338E-4
70-71	0.0011425885040984947	4.226303202892202E-4	8.495081814858696E-6	8.919835905601632E-5	0.12361405925846261	5.075811384378071E-4
72-73	0.0012169204699785082	4.2900163165036416E-4	8.495081814858696E-6	8.919835905601632E-5	0.12638133215965283	5.160762202526658E-4
74-75	0.0012678909608676604	4.417442543726522E-4	8.495081814858696E-6	9.1322129509731E-5	0.12952238866069682	5.181999907063805E-4
76-77	0.0013124901403956685	4.5023933618751095E-4	8.495081814858696E-6	9.7693440870875E-5	0.13199870500972816	5.266950725212392E-4
78-79	0.0013762032540071089	4.523631066412256E-4	8.495081814858696E-6	1.316737681303098E-4	0.13429662464064743	5.309426134286685E-4
80-81	0.0014123073517202582	4.6298195890979895E-4	8.495081814858696E-6	1.3592130903773914E-4	0.13686426311918848	5.309426134286685E-4
82-83	0.0014356688267111199	4.736008111783723E-4	8.495081814858696E-6	1.3592130903773914E-4	0.13927899012506204	5.309426134286685E-4
84-85	0.001480268006239128	4.82095892993231E-4	8.495081814858696E-6	1.3592130903773914E-4	0.14138364664469327	5.351901543360979E-4
86-87	0.001543981119850568	4.969622861692338E-4	8.495081814858696E-6	1.3592130903773914E-4	0.14321646054624904	5.351901543360979E-4
88-89	0.0015779614471100028	5.012098270766631E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.14501529412054537	5.373139247898126E-4
90-91	0.0016055704630082938	5.054573679840924E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.14735356539008523	5.415614656972419E-4
92-93	0.0016522934129900165	5.118286793452365E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.1496769702664491	5.521803179658152E-4
94-95	0.0017053876743328834	5.160762202526658E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.15221275218818442	5.649229406881033E-4
96-97	0.0017521106243146062	5.203237611600952E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.15444695870549224	5.691704815955327E-4
98-99	0.0018094524265649023	5.266950725212392E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.1563774660479189	5.691704815955327E-4
100-101	0.0018795368515374866	5.309426134286685E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.15844177092892955	5.691704815955327E-4
102-103	0.0019305073424266388	5.309426134286685E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.16015140614416984	5.691704815955327E-4
104-105	0.0019602401287786442	5.351901543360979E-4	8.495081814858696E-6	1.401688499451685E-4	0.16183130857305816	5.691704815955327E-4
106-107	0.002000591767399223	5.394376952435273E-4	8.495081814858696E-6	1.4229262039888317E-4	0.1633689183815476	5.691704815955327E-4
108-109	0.0020897901264552393	5.436852361509566E-4	8.495081814858696E-6	1.4441639085259784E-4	0.16477697819236042	5.691704815955327E-4
110-111	0.002125894224168389	5.564278588732446E-4	8.495081814858696E-6	1.4441639085259784E-4	0.1661489339054601	5.712942520492473E-4
112-113	0.0021598745514278235	5.585516293269593E-4	8.495081814858696E-6	1.4441639085259784E-4	0.16753787978218948	5.734180225029621E-4
114-115	0.002189607337779829	5.776655634103914E-4	8.495081814858696E-6	1.465401613063125E-4	0.16918380188381837	5.734180225029621E-4
116-117	0.0022427015991226956	5.8616064522525E-4	8.495081814858696E-6	1.6140655448231524E-4	0.1706088518582609	5.734180225029621E-4
118-119	0.002302167171826707	5.989032679475381E-4	1.2742622722288044E-5	1.6777786584345924E-4	0.17198717888272175	5.776655634103914E-4
120-121	0.002344642580901	6.031508088549675E-4	1.2742622722288044E-5	1.6990163629717394E-4	0.17335913459582142	5.776655634103914E-4
122-123	0.0024189745467810136	6.052745793086821E-4	1.2742622722288044E-5	1.720254067508886E-4	0.1747417091611897	5.776655634103914E-4
124-125	0.0024890589717535983	6.095221202161115E-4	1.4866393176002718E-5	1.7414917720460327E-4	0.17625383372423453	5.797893338641061E-4
126-127	0.002520915528559318	6.116458906698262E-4	1.6990163629717393E-5	1.7414917720460327E-4	0.17773410173047366	5.8616064522525E-4
128-129	0.002548524544457609	6.158934315772555E-4	1.6990163629717393E-5	1.7414917720460327E-4	0.17915490416400875	5.8616064522525E-4
130-131	0.0026228565103376227	6.158934315772555E-4	1.6990163629717393E-5	1.7414917720460327E-4	0.18046527053395073	5.904081861326794E-4
132-133	0.002680198312587919	6.201409724846849E-4	1.6990163629717393E-5	1.7414917720460327E-4	0.18158449756305836	5.904081861326794E-4
134-135	0.002788510605727367	6.243885133921142E-4	1.6990163629717393E-5	1.7839671811203264E-4	0.18256355574222083	5.925319565863942E-4
136-137	0.002907441751135389	6.350073656606876E-4	1.6990163629717393E-5	1.7839671811203264E-4	0.18366366883724503	5.946557270401088E-4
138-139	0.002943545848848538	6.413786770218316E-4	2.1237704537146742E-5	1.7839671811203264E-4	0.18476590570272294	5.946557270401088E-4
>>END_MODULE
