##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.R.3.R1.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24023071
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	150
%GC	44
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	34.848266443536716	36.0	34.0	38.0	30.0	39.0
2	34.752932087658564	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
3	34.905494597256116	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.897923292155276	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.81406869254976	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.76920402891037	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.748817709442726	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.874032508166835	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.85148318464363	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.8677280186201	35.2	34.0	37.0	31.2	39.0
15-19	34.85877820533436	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.85927586027615	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.84099475042138	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.826310141613455	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.81278803197144	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.75689160640619	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.665801453944006	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.64456682494923	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.624441038366825	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.61301734486819	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.58833062600531	35.0	34.0	37.0	30.4	39.0
70-74	34.58079809196751	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.55847765674921	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.546072456764584	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.52792486855656	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.51132778985668	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.492707747481575	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.45278549108063	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.43080376359875	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.38964254819877	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.365437166630365	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.33893658308715	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.311662667941164	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.27253804478204	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.24790482449142	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.20610846132037	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.178199290174014	35.0	34.0	37.0	29.2	39.0
150	34.15888076924053	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	11.0
22	286.0
23	3279.0
24	21536.0
25	86844.0
26	216052.0
27	379926.0
28	543171.0
29	694081.0
30	862379.0
31	1082635.0
32	1401076.0
33	1891406.0
34	2734315.0
35	4485726.0
36	8577237.0
37	1043104.0
38	7.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.72442688387397	11.047153914219995	15.210778532299718	38.01764066960632
2	23.254334076522248	12.575537339071765	35.71491100652361	28.45521757788238
3	21.459654668357707	17.24861187496077	28.39927666143336	32.892456795248165
4	26.32616394876766	24.601256569269427	22.258687695044618	26.813891786918294
5	26.200522298506385	30.44019733719007	24.34287261847416	19.01640774582938
6	19.411220889552123	36.904944517205635	25.224358639477373	18.459475953764873
7	16.08530082763096	25.010254744760296	40.37127129613064	18.533173131478108
8	18.423500065395622	24.652206421725435	31.40530992489119	25.518983587987755
9	19.685691008068584	22.97209329973449	32.71658950188169	24.625626190315234
10-14	20.198012490514312	29.357890324409535	27.134608748355227	23.30948843672093
15-19	20.40401282443278	27.947306008108992	27.95258844146304	23.696092725995193
20-24	20.535723726059622	28.138160547563864	27.706923550814462	23.619192175562056
25-29	20.548935261225736	28.306038741105795	27.56423548159288	23.580790516075588
30-34	20.49223517402867	28.07721579033242	27.60235448632493	23.82819454931397
35-39	20.568866377068414	28.018697132552706	27.65419545946405	23.75824103091483
40-44	20.596763084427582	28.086352448704886	27.589356667923216	23.727527798944315
45-49	20.680682742267233	27.87526581696318	27.553710014272397	23.89034142649719
50-54	20.826134671696074	27.870009820595143	27.613749399325243	23.69010610838354
55-59	20.801849830945006	27.89393493355854	27.56243862119859	23.741776614297862
60-64	20.774023350335327	27.831548166170172	27.513963258423736	23.88046522507076
65-69	20.856848015089312	27.753907070504972	27.616977922281173	23.772266992124543
70-74	21.000698072500185	27.68030838704941	27.58790363214409	23.731089908306313
75-79	21.01929334733316	27.59092605914259	27.595752274471568	23.79402831905268
80-84	21.086129892382125	27.590920077721133	27.52804204494521	23.794907984951532
85-89	21.031088318729118	27.596044280469346	27.633919654006206	23.73894774679533
90-94	21.02572405298134	27.530440062480842	27.55199192692983	23.89184395760799
95-99	21.11542537642521	27.435035925995265	27.670505031291093	23.77903366628843
100-104	21.18666258413132	27.497419096258348	27.514373695280543	23.801544624329793
105-109	21.142480826741604	27.345671189069996	27.628398996656706	23.88344898753169
110-114	21.201692265222743	27.33509887501291	27.68633234066779	23.77687651909656
115-119	21.23098428897507	27.341645608494424	27.671199260494667	23.756170842035836
120-124	21.195682520737734	27.245172844572817	27.695091691091523	23.864052943597926
125-129	21.247940670154023	27.175378080617374	27.737712028709172	23.83896922051943
130-134	21.311931025276635	27.276774304828876	27.640817224445936	23.770477445448552
135-139	21.29309149708501	27.136087986882167	27.759516388777968	23.81130412725485
140-144	21.33803956712722	27.042552957139502	27.910800792237357	23.708606683495926
145-149	21.345906472435196	27.65348285394637	27.527347793881923	23.47326287973651
150	21.21193843238173	27.264362545270764	27.596432461904246	23.927266560443254
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	1.0
8	2.0
9	2.5
10	2.0
11	9.5
12	16.0
13	24.0
14	40.5
15	82.0
16	189.5
17	373.5
18	723.0
19	1405.0
20	2690.0
21	4641.0
22	7054.5
23	10652.0
24	16452.0
25	25142.5
26	36850.5
27	51427.0
28	69666.5
29	96271.0
30	129016.5
31	162598.0
32	196355.5
33	234299.5
34	274332.5
35	321874.0
36	394704.5
37	492536.0
38	610719.5
39	755898.5
40	925168.5
41	1094483.5
42	1261229.0
43	1431470.0
44	1570976.0
45	1650288.5
46	1662316.5
47	1613717.0
48	1525250.5
49	1395956.0
50	1228339.0
51	1050725.0
52	873699.0
53	703422.5
54	549471.5
55	415471.0
56	310316.5
57	232938.5
58	176752.0
59	133718.5
60	94855.5
61	67293.0
62	49774.5
63	32555.5
64	20214.0
65	15333.5
66	14893.5
67	12164.0
68	6487.0
69	2876.0
70	2096.0
71	1513.0
72	689.5
73	250.5
74	124.0
75	83.5
76	47.5
77	37.5
78	20.0
79	1.0
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.5
93	0.5
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	2.497599078818857E-4
2	7.49279723645657E-5
3	7.909063749593048E-5
4	1.7483193551732E-4
5	1.1239195854684856E-4
6	1.5818127499186096E-4
7	1.8731993091141428E-4
8	2.372719124877914E-4
9	9.574129802138953E-5
10-14	1.7066927038595522E-4
15-19	2.1396098775214875E-4
20-24	1.640090061757716E-4
25-29	2.938841582743522E-4
30-34	4.104387819525655E-4
35-39	5.661224578656076E-4
40-44	3.7630492787537446E-4
45-49	2.3144418130388074E-4
50-54	3.6215186642873427E-4
55-59	4.953571506324066E-4
60-64	8.491836867984114E-4
65-69	5.669549908918805E-4
70-74	2.6974070051243655E-4
75-79	4.4290756997721065E-4
80-84	2.2811404919878894E-4
85-89	3.0637215366844647E-4
90-94	3.8046759300673926E-4
95-99	5.486392643138757E-4
100-104	3.771374609016474E-4
105-109	4.4457263602975654E-4
110-114	3.13864950904903E-4
115-119	3.887929232694688E-4
120-124	2.997118894582628E-4
125-129	3.579892012973695E-4
130-134	3.305156114303621E-4
135-139	2.988793564319899E-4
140-144	2.847262949853497E-4
145-149	3.796350599804663E-4
150	4.911944855010418E-4
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	pass
#Length	Count
150	2.4023071E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.09105239326112
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.0575406042151
2	11.169219935537003
3	6.787439686172496
4	4.642436427761684
5	3.5220988524499606
6	2.7969308445074113
7	2.380553380892583
8	1.900580486006189
9	1.6365672579704376
>10	18.15035950567441
>50	4.2523795762343735
>100	3.972717288333753
>500	0.37811894894061737
>1k	0.35305720530415236
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	1.2487995394094285E-5	0.0	0.0	1.5401860986049618E-4	2.497599078818857E-5
2	0.0	1.1655462367821333E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.0017899460064868477	4.995198157637714E-5
3	0.0	1.2487995394094286E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.0029055402616926036	8.325330262729524E-5
4	2.081332565682381E-5	1.5401860986049618E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.004133526475445209	1.082292934154838E-4
5	2.081332565682381E-5	1.5401860986049618E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.005378163349723272	1.082292934154838E-4
6	4.162665131364762E-5	1.5401860986049618E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.006385528311513545	1.082292934154838E-4
7	5.8277311839106666E-5	1.623439401232257E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.007480309241062477	1.1239195854684857E-4
8	6.660264210183619E-5	1.623439401232257E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.009619919118583965	1.2071728880957809E-4
9	8.741596775866E-5	1.6650660525459047E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.012966701884201234	1.290426190723076E-4
10-11	1.3320528420367238E-4	1.6650660525459047E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.017460298893509495	1.7691326808300236E-4
12-13	1.9356392860846142E-4	1.6650660525459047E-4	0.0	1.0406662828411905E-5	0.021298276144627804	2.1021458913392048E-4
14-15	1.9980792630550857E-4	1.7066927038595525E-4	0.0	1.8731993091141427E-5	0.025589983895064873	2.5184124044756804E-4
16-17	2.2062125196233237E-4	1.9564526117414382E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.030304202156335468	2.6224790327598E-4
18-19	2.3727191248779143E-4	2.1021458913392048E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.034252490033434946	2.768172312357566E-4
20-21	2.768172312357567E-4	2.5392257301325047E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.03804051530297688	2.9138655919553334E-4
22-23	3.1428121741803954E-4	2.6641056840734476E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.04205956848730956	3.121998848523571E-4
24-25	3.6839586412578144E-4	2.7473589867007425E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.04624096561176545	3.1428121741803954E-4
26-27	4.2875450853057046E-4	2.7889856380143905E-4	0.0	2.705732335387095E-5	0.050468152052666373	3.2052521511508666E-4
28-29	4.787064901069476E-4	2.7889856380143905E-4	0.0	3.1219988485235715E-5	0.055115767671835125	3.2885054537781615E-4
30-31	5.307398042490071E-4	2.7889856380143905E-4	0.0	3.5382653616600474E-5	0.06006725784559351	3.4341987333759286E-4
32-33	5.515531299058309E-4	2.851425614984862E-4	0.0	3.746398618228285E-5	0.06432358294241398	3.788025269541933E-4
34-35	5.931797812194785E-4	2.872238940641686E-4	0.0	4.370798387933E-5	0.06816364152609797	3.9961585261101714E-4
36-37	6.1191177431062E-4	2.872238940641686E-4	0.0	4.7870649010694756E-5	0.07226178534792659	4.079411828737466E-4
38-39	6.22318437139032E-4	2.8930522662985096E-4	0.0	4.995198157637714E-5	0.07695727161610603	4.183478457021586E-4
40-41	6.493757604929028E-4	2.934678917612157E-4	0.0	4.995198157637714E-5	0.0807182395622941	4.2251051083352334E-4
42-43	6.618637558869971E-4	2.9763055689258045E-4	0.0	6.243997697047143E-5	0.08413578763514457	4.391611713589824E-4
44-45	7.034904072006447E-4	2.997118894582628E-4	0.0	6.660264210183619E-5	0.08828180210598387	4.495678341873943E-4
46-47	7.4303572594861E-4	3.038745545896276E-4	0.0	7.076530723320095E-5	0.09238410859294384	4.495678341873943E-4
48-49	7.846623772622577E-4	3.2052521511508666E-4	0.0	7.076530723320095E-5	0.09643646309832743	4.495678341873943E-4
50-51	7.971503726563519E-4	3.288505453778162E-4	0.0	7.076530723320095E-5	0.10086553879809955	4.578931644501238E-4
52-53	8.471023542327291E-4	3.288505453778162E-4	0.0	7.49279723645657E-5	0.10555478106858195	4.620558295814885E-4
54-55	9.074609986375181E-4	3.309318779434986E-4	0.0	8.741596775866E-5	0.10921376371905157	4.662184947128533E-4
56-57	9.428436522541186E-4	3.350945430748633E-4	0.0	9.157863289002475E-5	0.11377604470302735	4.8495048780399473E-4
58-59	9.719823081736718E-4	3.475825384689576E-4	0.0	9.365996545570714E-5	0.11766397393572203	4.953571506324066E-4
60-61	0.0010073649617902724	3.5590786873168715E-4	0.0	9.574129802138953E-5	0.12112106732732048	5.016011483294538E-4
62-63	0.0010573169433666495	3.66314531560099E-4	0.0	9.782263058707191E-5	0.12470512200542554	5.057638134608186E-4
64-65	0.001103106259811662	3.6839586412578144E-4	0.0	9.990396315275428E-5	0.12949634957162637	5.099264785921833E-4
66-67	0.0011176755877714386	3.9753452004533476E-4	0.0	9.990396315275428E-5	0.13391709994113576	5.161704762892305E-4
68-69	0.0011634649042164508	4.121038480051114E-4	0.0	1.0406662828411904E-4	0.13704326145479068	5.224144739862777E-4
70-71	0.0012404742091466992	4.245918433992057E-4	0.0	1.082292934154838E-4	0.13994880171648327	5.307398042490071E-4
72-73	0.0013029141861171704	4.4124250392466475E-4	0.0	1.082292934154838E-4	0.14318735518868508	5.536344624715133E-4
74-75	0.0013320528420367238	4.558118318844414E-4	2.081332565682381E-6	1.1239195854684857E-4	0.14671937655264808	5.598784601685605E-4
76-77	0.0013903301538758304	4.620558295814885E-4	4.162665131364762E-6	1.2696128650662523E-4	0.14962699814690636	5.619597927342428E-4
78-79	0.0014715021239374432	4.662184947128533E-4	4.162665131364762E-6	1.3736794933503712E-4	0.1523264864845964	5.640411252999252E-4
80-81	0.0014902341170285847	4.682998272785357E-4	4.162665131364762E-6	1.4569327959776667E-4	0.15528822272556242	5.786104532597019E-4
82-83	0.0015214541055138205	4.8495048780399473E-4	4.162665131364762E-6	1.4777461216344904E-4	0.15800436172377796	5.786104532597019E-4
84-85	0.00157348741965588	4.891131529353595E-4	4.162665131364762E-6	1.5193727729481378E-4	0.16052901812595066	5.786104532597019E-4
86-87	0.0016629847199802223	4.911944855010418E-4	4.162665131364762E-6	1.5401860986049618E-4	0.1628080772853729	5.786104532597019E-4
88-89	0.001710855368990917	4.995198157637714E-4	4.162665131364762E-6	1.6026260755754333E-4	0.16499347647933937	5.806917858253843E-4
90-91	0.0017399940249104703	5.057638134608186E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.16776581145682834	5.931797812194785E-4
92-93	0.0017732953459613885	5.14089143723548E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.17065261972542978	5.952611137851609E-4
94-95	0.0018211659949720833	5.182518088549129E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.17367887727593195	5.994237789165256E-4
96-97	0.00187944330681119	5.2449580655196E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.1763096816389545	6.056677766135729E-4
98-99	0.001973103272266897	5.349024693803719E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.17848259283752688	6.077491091792552E-4
100-101	0.0020084859258834974	5.494717973401486E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.18095521592555758	6.077491091792552E-4
102-103	0.002027217918974639	5.494717973401486E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.18289293654420785	6.098304417449376E-4
104-105	0.002075088567985334	5.494717973401486E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.18486395848390907	6.160744394419847E-4
106-107	0.0021125525541676165	5.51553129905831E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.1866101965065166	6.181557720076671E-4
108-109	0.0021562605380469465	5.536344624715133E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.18836267852682115	6.202371045733495E-4
110-111	0.0021999685219262766	5.536344624715133E-4	4.162665131364762E-6	1.8107593321436713E-4	0.18989037663003203	6.202371045733495E-4
112-113	0.0022540831686340187	5.577971276028781E-4	4.162665131364762E-6	1.831572657800495E-4	0.19163869598520522	6.202371045733495E-4
114-115	0.0022915471548163014	5.640411252999252E-4	4.162665131364762E-6	1.8940126347709665E-4	0.19357017260615847	6.223184371390319E-4
116-117	0.002322767143301537	5.702851229969724E-4	4.162665131364762E-6	1.956452611741438E-4	0.19516655468403687	6.243997697047142E-4
118-119	0.0023664751271808672	5.84854450956749E-4	4.162665131364762E-6	2.0188925887119094E-4	0.19662973147771157	6.264811022703967E-4
120-121	0.0024518097623738447	5.952611137851609E-4	4.162665131364762E-6	2.0813325656823808E-4	0.1980533629526383	6.285624348360791E-4
122-123	0.002582933714011835	5.994237789165256E-4	4.162665131364762E-6	2.0813325656823808E-4	0.19967680235387059	6.285624348360791E-4
124-125	0.002676593679467542	6.035864440478905E-4	4.162665131364762E-6	2.1229592169960286E-4	0.20149380568371128	6.368877650988086E-4
126-127	0.002720301663346872	6.056677766135729E-4	4.162665131364762E-6	2.1229592169960286E-4	0.20331080901355203	6.368877650988086E-4
128-129	0.002764009647226202	6.077491091792552E-4	4.162665131364762E-6	2.1437725426528523E-4	0.20480936846084333	6.410504302301733E-4
130-131	0.002824368291630991	6.077491091792552E-4	4.162665131364762E-6	2.2062125196233237E-4	0.20624340659859847	6.535384256242677E-4
132-133	0.0028826456034700973	6.077491091792552E-4	4.162665131364762E-6	2.289465822250619E-4	0.20746306748208837	6.535384256242677E-4
134-135	0.0029867122317542164	6.1191177431062E-4	4.162665131364762E-6	2.289465822250619E-4	0.20863693904913322	6.535384256242677E-4
136-137	0.0031324055113519833	6.202371045733496E-4	4.162665131364762E-6	2.289465822250619E-4	0.20987325059314854	6.535384256242677E-4
138-139	0.003203170818585184	6.431317627958557E-4	1.0406662828411905E-5	2.289465822250619E-4	0.21107626081611297	6.535384256242677E-4
>>END_MODULE
