##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.2d.R.1.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24234824
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	70-150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.344797676269486	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.64238102162409	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
3	34.77076392219725	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.76741390818435	35.0	34.0	38.0	30.0	39.0
5	34.64255007587429	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.64201258486548	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.669335457109156	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.79320873136937	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.75927471146479	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.73672082784674	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
15-19	34.75097338441575	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.743218287865425	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.73589892792289	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.721967215441715	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.711754366361404	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.66805431720899	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.57027489038089	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.54510770946799	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
55-59	34.53112031678051	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
60-64	34.50623190826556	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.46874774085423	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.47167201955436	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.45481989714418	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.44266636132052	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.42205102928974	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.40070951646992	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.38578724823948	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.345856156434465	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.3206678505791	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.28774394775786	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.25319098885291	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.21397116759961	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.20334358081227	35.0	34.0	37.0	29.8	39.0
130-134	34.151911606172455	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.12101306640331	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.0777945607408	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.11885970487265	35.0	34.0	37.0	29.2	39.0
150	35.00447658309622	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	13.0
22	230.0
23	2828.0
24	20129.0
25	83248.0
26	216763.0
27	399056.0
28	590829.0
29	771281.0
30	957473.0
31	1195095.0
32	1519694.0
33	1988133.0
34	2744524.0
35	4291073.0
36	8486215.0
37	968230.0
38	10.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.47132836615607	10.55835602519746	15.356571188633348	38.61374442001312
2	22.10214536081687	12.588386294927641	37.26067321287501	28.048795131380473
3	21.133328972127224	17.427445736767435	28.412242580532542	33.0269827105728
4	26.20062737032506	25.398702337616935	22.528430077579735	25.872240214478275
5	25.564708321236413	30.96216302400035	24.699250813251616	18.773877841511624
6	19.069617897259135	36.350771701721534	26.206502817826106	18.37310758319322
7	15.832980706880043	24.74586034424457	40.71193888294129	18.709220065934097
8	18.42189852247206	24.334432413812795	31.879692528150837	25.36397653556431
9	19.434187388651893	23.19072220419489	32.968901589812475	24.406188817340745
10-14	20.182939825602606	29.264173569065093	27.26900617569241	23.283880429639893
15-19	20.354821153180342	27.958997630997377	28.00663582506575	23.679545390756527
20-24	20.51052787223311	28.118394656634916	27.70718818983113	23.663889281300847
25-29	20.499584006660186	28.326761850322203	27.581349155343503	23.59230498767411
30-34	20.488482827876016	28.021494151553338	27.616152399414336	23.873870621156314
35-39	20.570508637661625	28.015710077466245	27.650780954627862	23.76300033024427
40-44	20.645459816394517	28.084962864878595	27.51729740198942	23.75227991673747
45-49	20.736272293576043	27.875178916387288	27.470300539918163	23.918248250118506
50-54	20.865159709141228	27.83360938403311	27.54421808830817	23.75701281851749
55-59	20.874984685238175	27.8707596347987	27.480609733092937	23.773645946870193
60-64	20.821564332327753	27.77916206002997	27.46833854255438	23.9309350650879
65-69	20.930815168274094	27.700850342478546	27.54409343788649	23.824241051360865
70-74	21.047470922034652	27.625228221619107	27.526089697677758	23.80121115866848
75-79	21.059073341443383	27.531092475657985	27.51431163853222	23.89552254436641
80-84	21.10827194225558	27.516900495783087	27.495531218093394	23.87929634386794
85-89	21.112661133077243	27.50723072318125	27.545535998632047	23.834572145109455
90-94	21.106256033126265	27.387683283063485	27.496668976106143	24.009391707704104
95-99	21.20278879065722	27.307332566130555	27.601073293839175	23.88880534937305
100-104	21.24679968536288	27.365663782438038	27.477234619174425	23.91030191302466
105-109	21.235000590231625	27.184260575775575	27.571923585999127	24.008815247993674
110-114	21.32173422215163	27.154964733557485	27.609897191579464	23.913403852711422
115-119	21.37645076316169	27.18524485570336	27.55911473293612	23.87918964819883
120-124	21.339073533837226	27.097026165983966	27.54547296878856	24.018427331390242
125-129	21.355631533403738	27.02889386432957	27.62045138909894	23.99502321316775
130-134	21.44348107682926	27.14135433482456	27.507731984053972	23.907432604292207
135-139	21.420487683386057	26.994078949062565	27.614603429996283	23.970829937555095
140-144	21.503789043868892	26.930974411776496	27.7073662105386	23.85787033381601
145-149	21.09882192242154	26.967943560915998	27.889785041255305	24.043449475407158
150	21.077229841876186	25.607010441137813	28.52251978262208	24.79323993436392
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	1.0
10	3.0
11	4.5
12	9.5
13	15.0
14	35.0
15	81.5
16	160.5
17	340.5
18	660.0
19	1188.0
20	2264.0
21	3947.0
22	6345.0
23	10058.5
24	15996.5
25	24944.5
26	36967.0
27	52051.0
28	69868.5
29	96319.5
30	129655.0
31	164110.0
32	197812.0
33	234670.5
34	274534.5
35	321749.0
36	395189.0
37	495340.5
38	615308.5
39	760830.5
40	926673.0
41	1093016.5
42	1263036.0
43	1437193.0
44	1577600.0
45	1660544.0
46	1680917.5
47	1634269.0
48	1540061.5
49	1413514.5
50	1252796.5
51	1075000.5
52	897243.5
53	719697.5
54	555105.5
55	419534.0
56	314458.5
57	235548.0
58	176983.0
59	130671.5
60	92681.5
61	67304.0
62	49229.5
63	32657.5
64	21609.0
65	16598.5
66	15400.5
67	11308.5
68	5553.0
69	2954.5
70	2341.0
71	1549.5
72	717.0
73	278.5
74	136.5
75	88.0
76	53.5
77	38.0
78	14.0
79	1.5
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.5
86	0.5
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0018114429054652923
3	0.15112550435687092
4	6.189440451475942E-5
5	4.951552361180754E-5
6	2.888405544022106E-5
7	7.83995790520286E-5
8	8.25258726863459E-5
9	6.602069814907671E-5
10-14	1.4607079465483224E-4
15-19	2.814132258604395E-4
20-24	3.647643572736488E-4
25-29	2.51703911693355E-4
30-34	2.6490805132317033E-4
35-39	1.4772131210855915E-4
40-44	2.3684925460981272E-4
45-49	1.650517453726918E-4
50-54	1.0150682340420546E-4
55-59	1.501970882891495E-4
60-64	1.7578010882191676E-4
65-69	0.062016542806335215
70-74	1.9146003095248492E-4
75-79	1.435950362497004E-4
80-84	9.160375572427536E-5
85-89	7.097232313771347E-5
90-94	1.3369219509503969E-4
95-99	7.922516272373897E-5
100-104	5.776849608600283E-5
105-109	9.408045605451557E-5
110-114	5.776895805340662E-5
115-119	5.859456834458485E-5
120-124	9.408225737205048E-5
125-129	1.0481222642048834E-4
130-134	3.136179215145567E-5
135-139	4.539440611996489E-5
140-144	4.541102367957004E-5
145-149	4.376289974589577E-5
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	1.0
72-73	0.0
74-75	1.0
76-77	2.0
78-79	2.0
80-81	4.0
82-83	6.0
84-85	6.0
86-87	4.0
88-89	8.0
90-91	19.0
92-93	11.0
94-95	26.0
96-97	20.0
98-99	21.0
100-101	32.0
102-103	27.0
104-105	42.0
106-107	32.0
108-109	46.0
110-111	47.0
112-113	43.0
114-115	54.0
116-117	78.0
118-119	83.0
120-121	95.0
122-123	107.0
124-125	125.0
126-127	135.0
128-129	186.0
130-131	246.0
132-133	286.0
134-135	450.0
136-137	825.0
138-139	2328.0
140-141	5359.0
142-143	9282.0
144-145	75946.0
146-147	771442.0
148-149	1422758.0
150-151	2.1944639E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.79641845709856
#Duplication Level	Percentage of total
1	39.826473220119816
2	9.853721831002757
3	6.066261911467478
4	4.380234069188324
5	3.242503835061615
6	2.65958189781071
7	2.228263768367013
8	1.8801258811072086
9	1.6166948349611379
>10	18.20069061343395
>50	4.685391295526494
>100	4.657278702849006
>500	0.40425119835244955
>1k	0.2985269407521927
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	2.0631468171586472E-5	0.0	0.0	2.434513244247204E-4	2.8884055440221065E-5
2	0.0	6.602069814907671E-5	0.0	0.0	0.0022570826179715603	4.951552361180754E-5
3	0.0	7.42732854177113E-5	0.0	4.1262936343172945E-6	0.0034124448355804028	1.0315734085793238E-4
4	1.6505174537269178E-5	8.665216632066318E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.004988689003889609	1.2791510266383613E-4
5	2.475776180590377E-5	8.665216632066318E-5	0.0	1.2378880902951885E-5	0.006251334855990702	1.3204139629815342E-4
6	3.3010349074538356E-5	8.665216632066318E-5	0.0	1.2378880902951885E-5	0.007299413439107294	1.40293983566788E-4
7	4.5389229977490246E-5	1.0728363449224967E-4	0.0	1.2378880902951885E-5	0.008500164886693628	1.40293983566788E-4
8	6.189440451475942E-5	1.1966251539520155E-4	0.0	1.2378880902951885E-5	0.010765500091933822	1.485465708354226E-4
9	8.252587268634589E-5	1.1966251539520155E-4	0.0	1.2378880902951885E-5	0.014363628141058503	1.526728644697399E-4
10-11	1.1966251539520154E-4	1.2585195584667748E-4	0.0	1.6505174537269178E-5	0.019245033510455863	2.0012524126438878E-4
12-13	1.9187265399575422E-4	1.2791510266383613E-4	0.0	1.6505174537269178E-5	0.023332127355247145	2.537670585105136E-4
14-15	2.083778285330234E-4	1.3204139629815342E-4	0.0	1.8568321354427825E-5	0.027947386785231038	2.929668480365279E-4
16-17	2.3726188397324443E-4	1.6092545173837449E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.03263691950063265	3.094720225737971E-4
18-19	2.7233537986494144E-4	1.9187265399575422E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.03666418208772632	3.094720225737971E-4
20-21	3.6517698663708056E-4	2.393250307904031E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.040693507821637165	3.2185090347674897E-4
22-23	4.559554465920611E-4	2.661459394134655E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.04490026418182364	3.4660866528265274E-4
24-25	5.32291878826931E-4	2.80587967133576E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.04957535486950514	3.486718120998114E-4
26-27	5.859336960730558E-4	2.80587967133576E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.05460324366292076	3.816821611743498E-4
28-29	6.333860728677047E-4	2.826511139507347E-4	0.0	2.475776180590377E-5	0.05941862833416904	4.043767761630949E-4
30-31	6.890910369309882E-4	2.847142607678933E-4	0.0	3.5073495891697E-5	0.06406896126004463	4.2294509751752274E-4
32-33	7.489222946285891E-4	2.888405544022106E-4	0.0	3.91997895260143E-5	0.06867803124957705	4.951552361180753E-4
34-35	8.025641118747139E-4	2.888405544022106E-4	0.0	4.7452376794648894E-5	0.07239375866727978	5.157867042896618E-4
36-37	8.190692864119831E-4	2.970931416708452E-4	0.0	5.157867042896619E-5	0.0760702862954565	5.26102438375455E-4
38-39	8.417639014007282E-4	3.135983162081144E-4	0.0	5.3641817246124835E-5	0.08053906230142212	5.32291878826931E-4
40-41	8.850899845610598E-4	3.177246098424317E-4	0.0	5.3641817246124835E-5	0.08426304230639348	5.384813192784069E-4
42-43	8.933425718296944E-4	3.2185090347674897E-4	0.0	5.3641817246124835E-5	0.08794575937502166	5.487970533642002E-4
44-45	9.181003336355981E-4	3.3010349074538356E-4	0.0	5.3641817246124835E-5	0.09250737698775943	5.591127874499934E-4
46-47	9.552369763444538E-4	3.3835607801401815E-4	0.0	5.3641817246124835E-5	0.096780154046095	5.632390810843107E-4
48-49	9.861841786018334E-4	3.486718120998114E-4	4.1262936343172945E-6	5.3641817246124835E-5	0.10072282761368517	5.818074024387385E-4
50-51	0.0010088787935905786	3.589875461856047E-4	4.1262936343172945E-6	5.776811088044213E-5	0.1052266771155425	5.962494301588491E-4
52-53	0.0010563311703852274	3.589875461856047E-4	4.1262936343172945E-6	5.776811088044213E-5	0.10928901319852787	6.02438870610325E-4
54-55	0.001099657253545559	3.589875461856047E-4	4.1262936343172945E-6	5.983125769760077E-5	0.11249101705875808	6.086283110618009E-4
56-57	0.001134730749437256	3.6724013345423926E-4	4.1262936343172945E-6	6.189440451475942E-5	0.117015498028787	6.210071919647528E-4
58-59	0.0011471096303402079	3.8374530799150844E-4	4.1262936343172945E-6	6.602069814907671E-5	0.12188246137046425	6.333860728677047E-4
60-61	0.0012028145944034912	3.8787160162582574E-4	4.1262936343172945E-6	7.42732854177113E-5	0.12570134612902492	6.437018069534979E-4
62-63	0.001223446062575078	4.1056621661457086E-4	4.1262936343172945E-6	7.42732854177113E-5	0.12949547312577966	6.457649537706566E-4
64-65	0.0012420143839295056	4.208819507003641E-4	4.1262936343172945E-6	7.633643223486995E-5	0.13468428737093366	6.478281005878152E-4
66-67	0.001268835292552568	4.3738712523763327E-4	4.1262936343172945E-6	8.252587268634589E-5	0.13899007477834374	6.478281005878152E-4
68-69	0.0013245402566158515	4.4976600614058515E-4	4.1262936343172945E-6	8.252587268634589E-5	0.14185372256055995	6.498912474049739E-4
70-71	0.0014111924229365147	4.559554465920611E-4	4.1262936343172945E-6	8.665216632066318E-5	0.14462865502963834	6.560806878564498E-4
72-73	0.001462771093365481	4.642080338606957E-4	4.1262936343172945E-6	8.665216632066318E-5	0.14772131210855916	6.72585862393719E-4
74-75	0.0015060971765258127	4.68334327495013E-4	4.1262936343172945E-6	9.077845995498049E-5	0.15109868344824784	6.767121560280363E-4
76-77	0.001551486406503303	4.7658691476364757E-4	4.1262936343172945E-6	9.490475358929779E-5	0.15370237473150206	6.767121560280363E-4
78-79	0.0015948124896636344	4.8071320839796486E-4	4.1262936343172945E-6	1.0934678130940832E-4	0.1562256032888871	6.767121560280363E-4
80-81	0.0016298859855553315	4.869026488494408E-4	4.1262936343172945E-6	1.1140992812656697E-4	0.15939665994685992	6.808384496623536E-4
82-83	0.00166289633462987	4.869026488494408E-4	4.1262936343172945E-6	1.1140992812656697E-4	0.162297444371785	6.808384496623536E-4
84-85	0.0017516116477676916	5.116604106553445E-4	4.1262936343172945E-6	1.1347307494372561E-4	0.16466800006470028	6.808384496623536E-4
86-87	0.0018465164013569896	5.219761447411378E-4	4.1262936343172945E-6	1.1553622176088426E-4	0.16650626387878864	6.808384496623536E-4
88-89	0.001889842484517321	5.281655851926137E-4	4.1262936343172945E-6	1.1553622176088426E-4	0.16851989517233548	6.829015964795122E-4
90-91	0.0019104739526889076	5.32291878826931E-4	4.1262936343172945E-6	1.1553622176088426E-4	0.17118135456647016	6.932173305653055E-4
92-93	0.0019476105953977632	5.405444660955656E-4	4.1262936343172945E-6	1.175993685780429E-4	0.17383868766697047	7.097225051025748E-4
94-95	0.0019909366785580947	5.405444660955656E-4	4.1262936343172945E-6	1.1966251539520155E-4	0.17706544928900658	7.097225051025748E-4
96-97	0.002048704789438537	5.487970533642002E-4	4.1262936343172945E-6	1.1966251539520155E-4	0.1794999625332538	7.097225051025748E-4
98-99	0.002129167515307724	5.508602001813588E-4	4.1262936343172945E-6	1.2172566221236019E-4	0.18144344683501723	7.117856519197334E-4
100-101	0.0022013776539082765	5.570496406328348E-4	4.1262936343172945E-6	1.2378880902951883E-4	0.1836303824612054	7.138487987368921E-4
102-103	0.002228198562531339	5.61175934267152E-4	6.189440451475942E-6	1.2585195584667748E-4	0.18546039368802514	7.138487987368921E-4
104-105	0.0022673983520573532	5.653022279014693E-4	8.252587268634589E-6	1.3204139629815342E-4	0.18714598463764376	7.159119455540507E-4
106-107	0.002341671637475065	5.818074024387385E-4	8.252587268634589E-6	1.3616768993247072E-4	0.18877380747638192	7.221013860055266E-4
108-109	0.00245514471241879	5.879968428902145E-4	8.252587268634589E-6	1.3616768993247072E-4	0.19058731352866437	7.262276796398439E-4
110-111	0.002539733731922295	5.900599897073731E-4	8.252587268634589E-6	1.3616768993247072E-4	0.19218418916514518	7.262276796398439E-4
112-113	0.002636701632328751	5.983125769760077E-4	8.252587268634589E-6	1.3823083674962937E-4	0.19383676976568925	7.262276796398439E-4
114-115	0.002706848624112145	6.086283110618009E-4	8.252587268634589E-6	1.40293983566788E-4	0.1957348648374752	7.262276796398439E-4
116-117	0.002768743028626905	6.189440451475942E-4	8.252587268634589E-6	1.485465708354226E-4	0.1974906027788772	7.344802669084785E-4
118-119	0.002873963516301996	6.354492196848634E-4	8.252587268634589E-6	1.5060971765258125E-4	0.19896987904677996	7.344802669084785E-4
120-121	0.003001878618965832	6.437018069534979E-4	8.252587268634589E-6	1.526728644697399E-4	0.20050692342556314	7.344802669084785E-4
122-123	0.0031854986856929514	6.478281005878152E-4	8.252587268634589E-6	1.5886230492121584E-4	0.20188923179305945	7.365434137256372E-4
124-125	0.003288656026550884	6.478281005878152E-4	8.252587268634589E-6	1.6092545173837449E-4	0.20318076170060073	7.386065605427958E-4
126-127	0.0033319821097112156	6.478281005878152E-4	8.252587268634589E-6	1.6092545173837449E-4	0.20451149139766808	7.447960009942718E-4
128-129	0.0033773713396887057	6.498912474049739E-4	8.252587268634589E-6	1.6092545173837449E-4	0.2057679478093177	7.55111735080065E-4
130-131	0.0034598972123750515	6.519543942221325E-4	8.252587268634589E-6	1.6711489218985043E-4	0.20709867750638505	7.55111735080065E-4
132-133	0.003560991406415826	6.643332751250844E-4	8.252587268634589E-6	1.7330433264132637E-4	0.2082519765771767	7.592380287143823E-4
134-135	0.0036806539218110267	6.684595687594017E-4	8.252587268634589E-6	1.774306262756437E-4	0.20948780152065474	7.654274691658582E-4
136-137	0.0038292004926464497	6.787753028451949E-4	8.252587268634589E-6	1.774306262756437E-4	0.21059364821465176	7.674906159830169E-4
138-139	0.0038539582544523535	6.890910369309882E-4	8.252587268634589E-6	1.774306262756437E-4	0.2117345684045405	7.674906159830169E-4
>>END_MODULE
