##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.2d.R.1.R2.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24234824
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	65-150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.866239342196174	37.0	35.0	38.0	33.0	39.0
2	35.20526965659004	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
3	35.34728286039957	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
4	35.40360705734855	36.0	35.0	37.0	33.0	39.0
5	35.31875808134608	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
6	35.27890893699084	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
7	35.31447837211444	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
8	35.45713144027784	36.0	34.0	38.0	33.0	39.0
9	35.43032666546289	36.0	34.0	38.0	33.0	39.0
10-14	35.39303699502831	35.4	34.2	37.6	33.0	39.0
15-19	35.364633652796485	35.8	34.0	38.0	33.0	39.0
20-24	35.33237990917532	35.6	34.0	37.6	32.8	39.0
25-29	35.323967898425835	35.8	34.0	37.8	32.2	39.0
30-34	35.30727074395094	35.4	34.0	37.8	32.0	39.0
35-39	35.28371904000623	35.4	34.0	37.4	32.0	39.0
40-44	35.262843278746324	35.6	34.0	37.2	32.0	39.0
45-49	35.23707391479303	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
50-54	35.21309839922914	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
55-59	35.18548048873803	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
60-64	35.14632420685209	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
65-69	35.11240756267658	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
70-74	35.09250885142016	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
75-79	35.0435234378088	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
80-84	34.970640447567334	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
85-89	34.956574746521525	35.0	34.0	37.0	31.2	39.0
90-94	34.90863464397766	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
95-99	34.847627601821884	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
100-104	34.7838051799812	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
105-109	34.72889736547412	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
110-114	34.66711335344715	35.0	34.0	37.0	30.6	39.0
115-119	34.612242132040805	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.54248257710186	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.465416874930895	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.39454774212162	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.31047867554162	35.0	34.0	37.0	29.6	39.0
140-144	34.21837522480393	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.19038483324851	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
150	34.99993112128685	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
19	1.0
20	11.0
21	169.0
22	1725.0
23	9256.0
24	31783.0
25	79605.0
26	160304.0
27	277329.0
28	410785.0
29	538527.0
30	684439.0
31	887072.0
32	1172253.0
33	1621601.0
34	2416917.0
35	4084385.0
36	1.0262068E7
37	1596586.0
38	8.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	warn
#Base	G	A	T	C
1	33.29217080346859	18.762050840559024	16.093737672697767	31.852040683274613
2	23.995618866470828	25.79332946672111	33.478712286088815	16.73233938071925
3	19.549046446551458	29.735710067463252	30.017738111075204	20.69750537491009
4	23.20715017365094	34.42436388232075	22.38359147976482	19.98489446426349
5	24.853421671228144	35.31720304632706	22.614474113779412	17.21490116866539
6	18.70028435114693	38.76726317467789	23.17847655918607	19.353975914989107
7	20.004626400422794	20.409539594758353	38.30905064546786	21.27678335935099
8	21.452703762156474	23.16586247954596	28.467151236584183	26.914282521713385
9	23.344658909014566	23.363908068818656	28.619770459236676	24.671662562930106
10-14	23.110481842162336	29.078247071239304	25.62711740757845	22.18415367901991
15-19	22.90366210210563	28.275501402444682	27.114651214302192	21.70618528114749
20-24	23.01237544195221	28.321568235277887	26.989732536975463	21.676323785794438
25-29	23.10779479974767	28.29083388433108	26.946763879944	21.65460743597725
30-34	23.110755828059652	28.05115811858176	27.10286817020004	21.73521788315855
35-39	23.187844896253424	28.03850112548785	27.08112012697101	21.692533851287717
40-44	23.35053310063238	27.798322777173873	27.177494666352846	21.673649455840902
45-49	23.350524022786384	27.63712003850327	27.24920139713001	21.76315454158033
50-54	23.440873103288222	27.604307609685325	27.21076647086275	21.744052816163702
55-59	23.607988240393247	27.511225169202795	27.092823946235384	21.787962644168573
60-64	23.529591137117396	27.478336133161108	27.150431956922816	21.84164077279868
65-69	23.623479425546577	27.410008702684387	27.103949089585193	21.862562782183844
70-74	23.682439085250106	27.357904398284454	27.021844732424405	21.93781178404103
75-79	23.60863879487265	27.41701033531254	27.096630996430555	21.87771987338425
80-84	23.70033811774354	27.454300817614925	26.981956464540126	21.86340460010141
85-89	23.736727885478725	27.374219033853723	27.03787832810413	21.85117475256342
90-94	23.653532616421423	27.307991855066575	27.1117151449726	21.926760383539403
95-99	23.74093670632556	27.434720079842993	27.09533188805574	21.72901132577571
100-104	23.89093168375637	27.409419595824552	26.908081262530033	21.791567457889045
105-109	23.68002125086191	27.551875173073643	27.01584321048588	21.75226036557857
110-114	23.702027524495048	27.55391148231877	26.958991723972602	21.785069269213576
115-119	23.78707311514138	27.540549540199677	26.980094089055	21.69228325560395
120-124	23.751356346869724	27.45396777551355	27.173003975123404	21.621671902493325
125-129	23.730084935011316	27.526818856511824	27.12826209385632	21.61483411462054
130-134	23.769596447316747	27.443181687798262	27.215051291884297	21.572170573000697
135-139	23.69795033752289	27.45085390646641	27.31451678720075	21.536678968809955
140-144	23.723743628530507	27.55795579606527	27.295407361564987	21.422893213839238
145-149	23.424815893013275	27.50523155774468	27.389508262024194	21.680444287217853
150	23.574046104201052	26.346815499982373	27.82303327608166	22.256105119734915
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	4.0
2	12.5
3	25.5
4	39.5
5	42.0
6	34.0
7	22.5
8	13.0
9	9.5
10	8.5
11	8.5
12	10.5
13	13.5
14	21.5
15	39.5
16	75.5
17	125.5
18	203.5
19	345.5
20	559.0
21	894.0
22	1430.5
23	2443.5
24	4033.5
25	6702.0
26	10560.0
27	16988.5
28	28940.0
29	44309.0
30	58671.0
31	76400.0
32	100872.5
33	133411.5
34	181207.0
35	250931.5
36	349032.0
37	471311.5
38	614967.0
39	795638.0
40	1005438.0
41	1209214.5
42	1395441.5
43	1565753.0
44	1690652.0
45	1750555.5
46	1753431.0
47	1697638.0
48	1592264.0
49	1450254.5
50	1268646.5
51	1068992.0
52	877678.5
53	702104.0
54	549285.5
55	417308.0
56	311695.5
57	230752.5
58	166967.5
59	119820.5
60	83251.0
61	55259.0
62	37066.0
63	25778.0
64	17481.5
65	11703.0
66	8280.5
67	6258.5
68	5761.5
69	4242.0
70	2046.0
71	1259.5
72	725.5
73	539.5
74	467.5
75	299.0
76	181.5
77	74.0
78	21.0
79	3.5
80	1.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10-14	0.0
15-19	0.0
20-24	0.03229484975834774
25-29	0.0
30-34	0.0
35-39	0.0
40-44	0.0
45-49	0.0
50-54	2.475776180590377E-6
55-59	0.0
60-64	0.0
65-69	0.0
70-74	2.4757782033163692E-6
75-79	7.188023027190757E-4
80-84	0.06144665616205062
85-89	8.252686226671895E-7
90-94	0.0
95-99	0.0
100-104	0.0
105-109	0.0
110-114	0.0
115-119	0.0
120-124	0.0
125-129	0.0
130-134	0.0
135-139	8.255400767800153E-7
140-144	3.824163824072639E-4
145-149	0.03342415777881222
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
64-65	1.0
66-67	4.0
68-69	4.0
70-71	11.0
72-73	13.0
74-75	19.0
76-77	28.0
78-79	26.0
80-81	33.0
82-83	59.0
84-85	56.0
86-87	65.0
88-89	136.0
90-91	113.0
92-93	115.0
94-95	113.0
96-97	134.0
98-99	147.0
100-101	171.0
102-103	169.0
104-105	143.0
106-107	161.0
108-109	193.0
110-111	194.0
112-113	215.0
114-115	245.0
116-117	219.0
118-119	280.0
120-121	292.0
122-123	336.0
124-125	377.0
126-127	433.0
128-129	491.0
130-131	562.0
132-133	766.0
134-135	1030.0
136-137	1579.0
138-139	3335.0
140-141	7143.0
142-143	11371.0
144-145	73091.0
146-147	845786.0
148-149	1101243.0
150-151	2.2183922E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	41.07072824513241
#Duplication Level	Percentage of total
1	28.859269792289417
2	10.548721628965147
3	6.798965217633691
4	5.041360536107229
5	3.8139296919977106
6	3.128826302443297
7	2.5609606356415764
8	2.1369676796324657
9	1.9105699515848409
>10	21.281065011008202
>50	5.414565580786119
>100	6.478386141337198
>500	1.0544313453676113
>1k	0.871606380180826
>5k	0.05633622169908582
>10k+	0.044037883325486166
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	8.252587268634589E-6	1.6505174537269178E-5	0.0	0.0	0.0013121613757128997	0.0
2	2.0631468171586472E-5	2.475776180590377E-5	0.0	0.0	0.0054755916527390504	4.1262936343172945E-6
3	5.776811088044213E-5	3.3010349074538356E-5	0.0	0.0	0.007159119455540507	4.1262936343172945E-6
4	1.40293983566788E-4	3.3010349074538356E-5	0.0	0.0	0.00861982740208883	4.1262936343172945E-6
5	1.40293983566788E-4	3.713664270885565E-5	0.0	4.1262936343172945E-6	0.010200197864032352	4.1262936343172945E-6
6	1.567991581040572E-4	3.713664270885565E-5	0.0	4.1262936343172945E-6	0.011735179095998386	4.1262936343172945E-6
7	1.6917803900700907E-4	4.951552361180754E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.013550748295097996	4.1262936343172945E-6
8	2.2281985625313393E-4	5.3641817246124835E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.018947940368785016	4.1262936343172945E-6
9	2.351987371560858E-4	6.189440451475942E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.024980581662156904	4.1262936343172945E-6
10-11	2.4757761805903767E-4	6.808384496623536E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.03136808420808008	4.1262936343172945E-6
12-13	2.620196457791482E-4	7.0146991783394E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.03740485179508628	4.1262936343172945E-6
14-15	2.929668480365279E-4	7.83995790520286E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.04522211508530039	4.1262936343172945E-6
16-17	3.177246098424317E-4	9.077845995498049E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.05107113631194515	4.1262936343172945E-6
18-19	3.548612525512873E-4	9.077845995498049E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.05881412631674156	4.1262936343172945E-6
20-21	4.0231362934593627E-4	9.284160677213914E-5	0.0	8.252587268634589E-6	0.06497674585959444	4.1262936343172945E-6
22-23	4.4976600614058515E-4	1.2378880902951883E-4	0.0	8.252587268634589E-6	0.07253405265084656	4.1262936343172945E-6
24-25	5.343550256440896E-4	1.2378880902951883E-4	0.0	1.2378880902951885E-5	0.07764240417013138	4.1262936343172945E-6
26-27	5.859336960730558E-4	1.2997824948099478E-4	0.0	1.2378880902951885E-5	0.08158301459090439	4.1262936343172945E-6
28-29	6.952804773824642E-4	1.3204139629815342E-4	0.0	1.2378880902951885E-5	0.08587229682377723	4.1262936343172945E-6
30-31	8.892162781953771E-4	1.3616768993247072E-4	2.0631468171586472E-6	1.2378880902951885E-5	0.09154388742414635	4.1262936343172945E-6
32-33	0.0010604574640195447	1.526728644697399E-4	4.1262936343172945E-6	1.2378880902951885E-5	0.0975682761302496	4.1262936343172945E-6
34-35	0.0012131303284892846	1.5886230492121584E-4	4.1262936343172945E-6	1.2378880902951885E-5	0.1008404269822632	4.1262936343172945E-6
36-37	0.001268835292552568	1.6092545173837449E-4	8.252587268634589E-6	1.2378880902951885E-5	0.1040444939893106	4.1262936343172945E-6
38-39	0.00132660340343301	1.6917803900700907E-4	1.2378880902951885E-5	1.2378880902951885E-5	0.10766325350660685	4.1262936343172945E-6
40-41	0.0013699294865933418	1.6917803900700907E-4	1.2378880902951885E-5	1.2378880902951885E-5	0.11039898618615923	4.1262936343172945E-6
42-43	0.0013905609547649282	1.7330433264132637E-4	1.2378880902951885E-5	2.0631468171586472E-5	0.11311821369117432	4.1262936343172945E-6
44-45	0.001421508157022308	1.9393580081291287E-4	1.2378880902951885E-5	2.0631468171586472E-5	0.11540211721776894	4.1262936343172945E-6
46-47	0.0014710236806341156	2.3313559033892717E-4	1.2378880902951885E-5	2.0631468171586472E-5	0.11800993479465746	4.1262936343172945E-6
48-49	0.0015473601128689857	2.4757761805903767E-4	1.444202772011053E-5	2.0631468171586472E-5	0.12025257538490892	4.1262936343172945E-6
50-51	0.0016133808110180624	2.5583020532767226E-4	1.6505174537269178E-5	2.0631468171586472E-5	0.12227239611890724	8.252587268634589E-6
52-53	0.0016732120687156632	2.6820908623062414E-4	1.6505174537269178E-5	2.0631468171586472E-5	0.12447790006644983	8.252587268634589E-6
54-55	0.0017516116477676916	2.702722330477828E-4	1.6505174537269178E-5	2.0631468171586472E-5	0.12642757380866476	1.2378880902951885E-5
56-57	0.0018238217863682444	2.80587967133576E-4	1.6505174537269178E-5	2.0631468171586472E-5	0.12830710055909628	1.2378880902951885E-5
58-59	0.0018877793377001626	3.0328258212232115E-4	2.0631468171586472E-5	2.475776180590377E-5	0.1301185434645616	1.2378880902951885E-5
60-61	0.0019744315040208255	3.135983162081144E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.13154830420885252	1.2378880902951885E-5
62-63	0.0020136312935468397	3.2185090347674897E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.1336341456409999	1.2378880902951885E-5
64-65	0.0020445784958042197	3.4248237164833544E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.13541464134420783	1.2378880902951885E-5
66-67	0.0021085360471361373	3.7549272072287385E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.13685059152895024	1.2378880902951885E-5
68-69	0.0021559884239307865	3.98187335711619E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.13821020528145778	1.6505174537269178E-5
70-71	0.002188998773005325	4.085030697974122E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.1394728511335589	1.6505174537269178E-5
72-73	0.0022323248561656565	4.126293634317295E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.14033730964994834	1.6505174537269178E-5
74-75	0.0022550194711544016	4.2707139115184003E-4	2.475776180590377E-5	2.475776180590377E-5	0.14139157767351643	1.6505174537269178E-5
76-77	0.0022839035265946224	4.6214488704353704E-4	2.8884055440221065E-5	2.475776180590377E-5	0.14269754960877784	1.6505174537269178E-5
78-79	0.002323103316120637	4.745237679464889E-4	2.8884055440221065E-5	2.475776180590377E-5	0.14427173063026988	2.475776180590377E-5
80-81	0.002341671637475065	4.786500615808062E-4	3.094720225737971E-5	2.475776180590377E-5	0.14564784955731472	2.475776180590377E-5
82-83	0.002356113665195175	4.8483950203228216E-4	3.3010349074538356E-5	2.475776180590377E-5	0.14732106162603037	2.475776180590377E-5
84-85	0.0023767451333667616	4.869026488494408E-4	3.3010349074538356E-5	2.475776180590377E-5	0.14891174782205968	2.475776180590377E-5
86-87	0.0024076923356241417	4.889657956665994E-4	3.3010349074538356E-5	2.475776180590377E-5	0.15058702303759253	2.475776180590377E-5
88-89	0.0024365763910643625	4.930920893009167E-4	3.713664270885565E-5	2.475776180590377E-5	0.15226848769357682	2.475776180590377E-5
90-91	0.0024613341528702663	5.199129979239791E-4	3.713664270885565E-5	2.475776180590377E-5	0.15320515634856685	2.475776180590377E-5
92-93	0.0024716498869560596	5.26102438375455E-4	3.713664270885565E-5	2.475776180590377E-5	0.1541500775908255	2.475776180590377E-5
94-95	0.0024902182083104876	5.343550256440896E-4	3.713664270885565E-5	2.475776180590377E-5	0.15502691498811794	2.475776180590377E-5
96-97	0.002492281355127646	5.446707597298829E-4	3.713664270885565E-5	2.475776180590377E-5	0.1559470784685707	2.475776180590377E-5
98-99	0.0024984707955791217	5.570496406328348E-4	4.1262936343172945E-5	2.8884055440221065E-5	0.15684661048085186	2.8884055440221065E-5
100-101	0.0025005339423962805	5.653022279014693E-4	4.1262936343172945E-5	2.8884055440221065E-5	0.1575687118668574	2.8884055440221065E-5
102-103	0.0025067233828477567	5.67365374718628E-4	4.1262936343172945E-5	3.094720225737971E-5	0.1584455492641498	2.8884055440221065E-5
104-105	0.002510849676482074	5.756179619872626E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.15929762889963633	3.094720225737971E-5
106-107	0.0025417968787394534	5.859336960730558E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.16004655119426492	3.3010349074538356E-5
108-109	0.0025500494660080884	6.003757237931663E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.16084911530613963	3.3010349074538356E-5
110-111	0.0025644914937281984	6.106914578789596E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.16174245787796931	3.3010349074538356E-5
112-113	0.0025706809341796747	6.230703387819115E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.1625821586325529	3.3010349074538356E-5
114-115	0.0025768703746311505	6.271966324162288E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.1633950384785134	3.3010349074538356E-5
116-117	0.002591312402351261	6.271966324162288E-4	4.1262936343172945E-5	3.3010349074538356E-5	0.16424918126081708	3.91997895260143E-5
118-119	0.0025995649896198955	6.313229260505461E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.16505380851950896	4.1262936343172945E-5
120-121	0.0025995649896198955	6.313229260505461E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.16591826703589843	4.1262936343172945E-5
122-123	0.0026016281364370543	6.354492196848634E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.16662592639418383	4.332608316033159E-5
124-125	0.002603691283254213	6.37512366502022E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.16748832176375616	4.5389229977490246E-5
126-127	0.002614007017340006	6.416386601363393E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.1684848216764438	4.5389229977490246E-5
128-129	0.002636701632328751	6.437018069534979E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.16947925844231426	4.951552361180754E-5
130-131	0.0026470173664145443	6.540175410392912E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.17046337947409892	5.157867042896619E-5
132-133	0.002667648834586131	6.622701283079258E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.17125562785188783	5.3641817246124835E-5
134-135	0.0026779645686719243	6.684595687594017E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.1720313710551395	5.3641817246124835E-5
136-137	0.0026800277154890827	6.746490092108777E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.17287726125017455	5.3641817246124835E-5
138-139	0.0026820908623062414	6.890910369309882E-4	4.1262936343172945E-5	3.713664270885565E-5	0.1736922042429522	5.776811088044213E-5
>>END_MODULE
