##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.2d.S.2.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	22339575
Total Bases	3.3 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	70-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.4494285141951	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.609903366559124	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
3	34.843564660473625	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.86146083799714	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.71074149799179	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.66699760402783	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.71563348899878	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.799366057769674	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.784621641190576	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.784753684884336	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
15-19	34.7978273892856	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.783465934334025	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.78752072946777	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.76320809146996	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.74800534029855	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.70057031971289	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.59355506091767	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
50-54	34.56651005222794	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
55-59	34.55641325316171	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
60-64	34.52457051667277	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.49079481592644	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.490492539969296	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.47220490138644	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.447707061513825	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.438383401806696	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.4118810211472	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.38547887194077	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.34476805857672	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.312257930784156	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.28563849805412	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.24896340384756	35.0	34.0	37.0	29.6	39.0
120-124	34.20009807367202	35.0	34.0	37.0	29.2	39.0
125-129	34.17917226710813	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.136412774710735	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.092720727310315	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.0450199408496	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.082499937122726	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
150	35.00468028279857	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	6.0
22	227.0
23	2695.0
24	18401.0
25	76196.0
26	198960.0
27	371332.0
28	552456.0
29	719199.0
30	897246.0
31	1115076.0
32	1405726.0
33	1821767.0
34	2473020.0
35	3825884.0
36	7573313.0
37	1288070.0
38	1.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	33.78958194146487	10.445905976277526	10.505419194411711	45.259092887845895
2	21.67153522804349	11.081263791869807	41.62391679433435	25.62328418575236
3	19.059548590888806	14.702986224962917	28.783135814751322	37.45432936939695
4	25.49741180860589	22.774298197214286	23.111310538293136	28.61697945588669
5	27.112548921127704	28.29087720287759	25.506109573478046	19.09046430251666
6	19.682264023713277	34.03067939494227	27.797242505378577	18.489814075965885
7	16.687489228744536	23.98146336877869	40.35136786551206	18.97967953696471
8	18.077932239860857	23.124617410344488	33.51339228860404	25.284058061190617
9	19.33779946988111	21.746665337482455	34.30575065700839	24.609784535628055
10-14	21.078327608470214	27.90336112575979	27.045208214724376	23.97310305104562
15-19	21.44797235341256	27.075434342349524	27.139803705805644	24.336789598432272
20-24	21.33932148855684	26.99177386358718	27.249433411132223	24.41947123672375
25-29	21.18596405036669	27.295248398060224	26.927342390881964	24.591445160691126
30-34	21.30611035290815	27.05154670703686	27.037422857221692	24.6049200828333
35-39	21.646334077407182	26.79560958527935	26.959298730016755	24.598757607296708
40-44	21.88137676297299	26.912459720913105	26.662584929577054	24.543578586536846
45-49	22.029540382714565	26.912339794573036	26.58884136325036	24.469278459462046
50-54	22.0083737597723	27.169347704320057	26.50502537047864	24.317253165429005
55-59	21.99242965577759	27.185561886482972	26.50886126164018	24.31314719609926
60-64	22.227721789248946	26.886493490527403	26.327100503303193	24.558684216920454
65-69	22.052018242098477	27.057729467248983	26.628628914717815	24.261623375934725
70-74	22.495555859550837	26.867351897497567	26.403547111648912	24.233545131302684
75-79	22.27999107483373	26.7037479637327	26.45676781046375	24.559493150969825
80-84	22.602104382133135	26.77805328434801	26.478799080507304	24.141043253011553
85-89	22.46913871597839	26.773832287965053	26.426237647265538	24.330791348791024
90-94	22.32810202346571	26.441672352633006	26.552203903472556	24.678021720428724
95-99	22.730629890350258	26.554789868730417	26.70146562865617	24.013114612263152
100-104	22.6138282207731	26.45406837453967	26.69644529634757	24.23565810833966
105-109	22.74991333675689	26.351670845840413	26.522632893785957	24.375782923616736
110-114	22.71615974824277	26.42159274618683	26.559591202481354	24.302656303089048
115-119	22.80025760754096	26.718209064989267	26.403083533687592	24.07844979378218
120-124	22.73773218562624	26.551187835014357	26.393580208466545	24.317499770892862
125-129	23.180375018831732	26.54150263573552	26.28291641012667	23.99520593530607
130-134	22.831759597752857	26.922674369923804	26.14410716371828	24.101458868605057
135-139	22.907312053297247	26.644088674967936	26.207386717844233	24.24121255389058
140-144	22.929036231038076	26.553031259121013	26.5231471613036	23.99478534853731
145-149	22.305244309383117	26.49282796940157	26.995066922122774	24.20686079909253
150	22.0429794368816	24.985242172745117	27.839037328248313	25.132741062124968
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10	1.0
11	3.0
12	6.5
13	11.5
14	21.5
15	43.0
16	82.5
17	197.5
18	456.0
19	820.0
20	1223.0
21	1878.5
22	3100.0
23	5108.5
24	8142.5
25	12292.5
26	17059.0
27	24169.5
28	37030.0
29	54005.5
30	74088.0
31	94782.5
32	114440.0
33	140912.5
34	172333.5
35	212518.5
36	271821.5
37	343878.0
38	419681.0
39	520039.0
40	657270.0
41	811299.0
42	975290.5
43	1130332.0
44	1263463.5
45	1373298.5
46	1453414.5
47	1479248.5
48	1430538.5
49	1383536.5
50	1310606.0
51	1162317.5
52	987997.0
53	840805.0
54	704265.5
55	586603.0
56	518136.0
57	438381.5
58	363172.0
59	305538.0
60	238918.5
61	164832.0
62	95966.5
63	53756.5
64	34047.0
65	20685.5
66	13387.5
67	6467.0
68	2476.0
69	1183.5
70	928.5
71	657.0
72	323.0
73	134.5
74	83.5
75	45.0
76	16.5
77	11.0
78	6.5
79	1.5
80	0.5
81	0.5
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0014637700135298008
3	0.12006495199662483
4	1.656253532128521E-4
5	2.014362403940093E-4
6	9.400357885053767E-5
7	1.1190902244111626E-4
8	1.7905443590578602E-4
9	2.596289320633897E-4
10-14	2.6768638167915014E-4
15-19	2.936492748854891E-4
20-24	4.3062591835341536E-4
25-29	2.9006818616737333E-4
30-34	2.5425729898621613E-4
35-39	1.6204426449473636E-4
40-44	2.9812563578313376E-4
45-49	2.4172348847281114E-4
50-54	1.2533810513405024E-4
55-59	1.6114899231520744E-4
60-64	1.7278753064908352E-4
65-69	0.048863060286509476
70-74	2.023315288762992E-4
75-79	1.8084503531272373E-4
80-84	1.2265235338173488E-4
85-89	1.1817603984552278E-4
90-94	1.405579826029684E-4
95-99	8.68417007400972E-5
100-104	8.505137255099272E-5
105-109	1.029572592634339E-4
110-114	6.356525064297594E-5
115-119	6.535622306422723E-5
120-124	1.0564522796118337E-4
125-129	1.0027466035249069E-4
130-134	5.1928985429210164E-5
135-139	6.62578135757801E-5
140-144	5.7324696197471975E-5
145-149	5.754966462978611E-5
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	2.0
72-73	1.0
74-75	3.0
76-77	2.0
78-79	1.0
80-81	2.0
82-83	4.0
84-85	6.0
86-87	2.0
88-89	4.0
90-91	12.0
92-93	14.0
94-95	15.0
96-97	16.0
98-99	27.0
100-101	26.0
102-103	21.0
104-105	31.0
106-107	38.0
108-109	49.0
110-111	55.0
112-113	40.0
114-115	57.0
116-117	69.0
118-119	69.0
120-121	87.0
122-123	105.0
124-125	100.0
126-127	131.0
128-129	170.0
130-131	197.0
132-133	285.0
134-135	455.0
136-137	842.0
138-139	1908.0
140-141	5158.0
142-143	8176.0
144-145	67574.0
146-147	742571.0
148-149	1355844.0
150-151	2.0155406E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	40.87549451675596
#Duplication Level	Percentage of total
1	31.811468876726995
2	8.289750039054432
3	4.892353251854065
4	3.3575818292544772
5	2.526293979258986
6	2.0901460199440267
7	1.7479337477068928
8	1.5751651571637721
9	1.294275771699433
>10	16.17063751071421
>50	5.607242892481629
>100	10.987195073508543
>500	3.768609177461556
>1k	5.1172830452837275
>5k	0.5528077729223355
>10k+	0.21125585496498023
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	4.4763608976446505E-6	0.0	0.0	8.952721795289301E-6	1.5667263141756277E-4	4.4763608976446505E-6
2	1.7905443590578602E-5	4.0287248078801854E-5	0.0	2.6858165385867906E-5	0.001486151818018024	1.3429082692933953E-5
3	2.2381804488223252E-5	4.923996987409116E-5	0.0	2.6858165385867906E-5	0.0033796524777217115	1.7905443590578602E-5
4	1.0295630064582697E-4	5.819269166938046E-5	0.0	3.133452628351255E-5	0.005152291393188993	1.7905443590578602E-5
5	1.2981446603169488E-4	5.819269166938046E-5	0.0	3.133452628351255E-5	0.005958036354765031	2.2381804488223252E-5
6	1.656253532128521E-4	6.26690525670251E-5	0.0	3.133452628351255E-5	0.007417330007397187	2.2381804488223252E-5
7	1.9695987949636465E-4	9.847993974818232E-5	0.0	3.133452628351255E-5	0.00877814372028116	2.2381804488223252E-5
8	3.2229798463041483E-4	1.1190902244111627E-4	0.0	3.133452628351255E-5	0.01141472028899386	2.2381804488223252E-5
9	3.8049067629979534E-4	1.1190902244111627E-4	0.0	3.133452628351255E-5	0.014011009609627758	2.2381804488223252E-5
10-11	4.1630156348095254E-4	1.2086174423640557E-4	0.0	3.133452628351255E-5	0.024279781508824587	5.3716330771735806E-5
12-13	4.655415333550437E-4	1.2086174423640557E-4	0.0	3.8049067629979526E-5	0.030783933893102265	6.26690525670251E-5
14-15	5.304487663708911E-4	1.320526464805172E-4	0.0	4.0287248078801854E-5	0.036124232443992335	6.714541346466976E-5
16-17	6.065469016308502E-4	1.4100536827580648E-4	4.4763608976446505E-6	4.0287248078801854E-5	0.039407643162414685	6.714541346466976E-5
18-19	7.385995481113674E-4	1.4548172917345115E-4	4.4763608976446505E-6	4.0287248078801854E-5	0.04203079064843445	6.714541346466976E-5
20-21	0.0012265228859546344	1.7681625545696368E-4	4.4763608976446505E-6	4.923996987409116E-5	0.04423092202962679	6.714541346466976E-5
22-23	0.0016965407802073226	1.835307968034307E-4	4.4763608976446505E-6	5.371633077173581E-5	0.04639300434318916	6.714541346466976E-5
24-25	0.0018666424943178193	1.9248351859871998E-4	4.4763608976446505E-6	5.595451122055814E-5	0.04860656480707444	6.714541346466976E-5
26-27	0.0019494551709242454	1.947216990475423E-4	4.4763608976446505E-6	6.26690525670251E-5	0.0503971091661323	7.385995481113674E-5
28-29	0.002068078734711829	1.9919805994518698E-4	4.4763608976446505E-6	7.162177436231441E-5	0.05241370975052122	8.057449615760372E-5
30-31	0.002316516764531107	2.014362403940093E-4	4.4763608976446505E-6	9.176539840171534E-5	0.054633984755752964	8.505085705524837E-5
32-33	0.0025022857417833595	2.014362403940093E-4	4.4763608976446505E-6	9.624175929935999E-5	0.05684530703918942	1.0071812019700465E-4
34-35	0.002636576568712699	2.014362403940093E-4	4.4763608976446505E-6	1.0071812019700465E-4	0.058899956691208316	1.0743266154347163E-4
36-37	0.002661196553649745	2.036744208428316E-4	4.4763608976446505E-6	1.0967084199229395E-4	0.06076659918552614	1.1190902244111627E-4
38-39	0.0026813401776891455	2.0591260129165394E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.06285034518337972	1.1190902244111627E-4
40-41	0.0027261037866655926	2.0591260129165394E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.0647438458430834	1.1414720288993859E-4
42-43	0.002757438312949105	2.0591260129165394E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.06681192457779524	1.1638538333876093E-4
44-45	0.0027842964783349727	2.193416839845879E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.06896057780866467	1.1638538333876093E-4
46-47	0.00282010736551613	2.193416839845879E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.07199555049726775	1.1862356378758325E-4
48-49	0.0028447273504531756	2.2605622533105487E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.0740367710665937	1.230999246852279E-4
50-51	0.002873823696287866	2.3277076667752185E-4	4.4763608976446505E-6	1.3876718782698417E-4	0.076111564342652	1.2981446603169488E-4
52-53	0.00291634912481549	2.3277076667752185E-4	4.4763608976446505E-6	1.4100536827580648E-4	0.07794015776933984	1.2981446603169488E-4
54-55	0.0029633509142407586	2.3277076667752185E-4	4.4763608976446505E-6	1.4548172917345115E-4	0.07936587871523966	1.2981446603169488E-4
56-57	0.0030081145232172053	2.372471275751665E-4	4.4763608976446505E-6	1.4995809007109582E-4	0.08089231778133649	1.2981446603169488E-4
58-59	0.0030461635908471847	2.5291439071692276E-4	4.4763608976446505E-6	1.5219627051991813E-4	0.08249261680224446	1.2981446603169488E-4
60-61	0.0031244999065559663	2.6858165385867906E-4	4.4763608976446505E-6	1.5219627051991813E-4	0.0841220121689871	1.2981446603169488E-4
62-63	0.0031603107937371233	2.7305801475632367E-4	4.4763608976446505E-6	1.6114899231520744E-4	0.0860468473549743	1.3429082692933953E-4
64-65	0.0031670253350835906	2.7305801475632367E-4	4.4763608976446505E-6	1.678635336616744E-4	0.08825816963841077	1.3429082692933953E-4
66-67	0.003191645320020636	2.797725561027906E-4	4.4763608976446505E-6	1.7010171411049673E-4	0.09023000661382323	1.3429082692933953E-4
68-69	0.0032632670943829505	2.9320163879572464E-4	4.4763608976446505E-6	1.7681625545696368E-4	0.09178554202575474	1.3876718782698417E-4
70-71	0.003328174327398798	3.0886890193748093E-4	4.4763608976446505E-6	1.7905443590578602E-4	0.09360294455019846	1.4324354872462882E-4
72-73	0.003361747034131133	3.1334526283512555E-4	4.4763608976446505E-6	1.8129261635460835E-4	0.09482051471435782	1.4324354872462882E-4
74-75	0.0033796524777217115	3.1334526283512555E-4	4.4763608976446505E-6	1.835307968034307E-4	0.09614327935961181	1.4324354872462882E-4
76-77	0.0033886051995170004	3.1334526283512555E-4	4.4763608976446505E-6	1.835307968034307E-4	0.09723998777953474	1.4324354872462882E-4
78-79	0.003415463364902869	3.1334526283512555E-4	4.4763608976446505E-6	2.036744208428316E-4	0.09826507442509538	1.4324354872462882E-4
80-81	0.0034691796956746045	3.1334526283512555E-4	4.4763608976446505E-6	2.1038896218929858E-4	0.09942445189758534	1.4324354872462882E-4
82-83	0.0035206578459975177	3.178216237327702E-4	4.4763608976446505E-6	2.1038896218929858E-4	0.10054578030244532	1.4324354872462882E-4
84-85	0.0035810887181157206	3.178216237327702E-4	4.4763608976446505E-6	2.1038896218929858E-4	0.10174992138391173	1.4324354872462882E-4
86-87	0.0036661395751709687	3.178216237327702E-4	4.4763608976446505E-6	2.1262714263812091E-4	0.10284215344293703	1.4324354872462882E-4
88-89	0.0037041886428009485	3.178216237327702E-4	4.4763608976446505E-6	2.193416839845879E-4	0.10399481637408053	1.4548172917345115E-4
90-91	0.0037198559059427047	3.178216237327702E-4	4.4763608976446505E-6	2.193416839845879E-4	0.105525731801075	1.4771990962227349E-4
92-93	0.0037601431540215066	3.2005980418159255E-4	4.4763608976446505E-6	2.193416839845879E-4	0.1070902199348018	1.4771990962227349E-4
94-95	0.003838479469730288	3.267743455280595E-4	4.4763608976446505E-6	2.193416839845879E-4	0.10829659919671704	1.5219627051991813E-4
96-97	0.003948150311722583	3.312507064257042E-4	4.4763608976446505E-6	2.193416839845879E-4	0.10940897487978174	1.5667263141756277E-4
98-99	0.004039915710124298	3.357270673233488E-4	4.4763608976446505E-6	2.193416839845879E-4	0.11016995623238132	1.6114899231520742E-4
100-101	0.004279401018148286	3.357270673233488E-4	8.952721795289301E-6	2.2381804488223254E-4	0.11101822662248498	1.6114899231520742E-4
102-103	0.00432192644667591	3.357270673233488E-4	8.952721795289301E-6	2.3277076667752185E-4	0.1117926370577775	1.6114899231520742E-4
104-105	0.004348784612061778	3.4020342822099346E-4	8.952721795289301E-6	2.4172348847281114E-4	0.11255361841037709	1.6114899231520742E-4
106-107	0.004393548221038225	3.4467978911863813E-4	8.952721795289301E-6	2.641052929610344E-4	0.11335041065015786	1.6114899231520742E-4
108-109	0.004424882747321737	3.4467978911863813E-4	8.952721795289301E-6	2.7753437565396834E-4	0.11418077559667093	1.6114899231520742E-4
110-111	0.004451740912707605	3.4691796956746047E-4	8.952721795289301E-6	2.7753437565396834E-4	0.11496861511465639	1.6114899231520742E-4
112-113	0.00454350631110932	3.4915615001628275E-4	8.952721795289301E-6	2.7753437565396834E-4	0.11585717275283886	1.6338717276402975E-4
114-115	0.004594984461432234	3.536325109139274E-4	8.952721795289301E-6	2.797725561027907E-4	0.11684197215032067	1.656253532128521E-4
116-117	0.0046777971380386595	3.536325109139274E-4	8.952721795289301E-6	2.999161801421916E-4	0.117656669833692	1.656253532128521E-4
118-119	0.004747180731952152	3.558706913627497E-4	8.952721795289301E-6	3.111070823863032E-4	0.1184489857125751	1.656253532128521E-4
120-121	0.0049441406114485165	3.625852327092167E-4	8.952721795289301E-6	3.1334526283512555E-4	0.11926144521549761	1.656253532128521E-4
122-123	0.005326869468197134	3.625852327092167E-4	8.952721795289301E-6	3.178216237327702E-4	0.12004033201168778	1.7010171411049673E-4
124-125	0.005461160295126474	3.625852327092167E-4	8.952721795289301E-6	3.2453616507923717E-4	0.1207744551989015	1.7457807500814138E-4
126-127	0.0055260675281423215	3.6482341315803904E-4	8.952721795289301E-6	3.267743455280595E-4	0.12156453289733578	1.7457807500814138E-4
128-129	0.005604403843851103	3.670615936068614E-4	8.952721795289301E-6	3.267743455280595E-4	0.12224046339288012	1.7457807500814138E-4
130-131	0.005731980129433975	3.7377613495332833E-4	8.952721795289301E-6	3.2901252597688184E-4	0.12283358121181803	1.7457807500814138E-4
132-133	0.005830460069182157	3.78252495850973E-4	8.952721795289301E-6	3.4020342822099346E-4	0.12345579537659065	1.7457807500814138E-4
134-135	0.0059669890765603195	3.8049067629979534E-4	8.952721795289301E-6	3.424416086698158E-4	0.12439135480419838	1.7905443590578602E-4
136-137	0.006154996234261394	3.939197589927293E-4	1.3429082692933953E-5	3.4467978911863813E-4	0.12517919432218383	1.835307968034307E-4
138-139	0.006163948956056684	4.1182520258330787E-4	1.3429082692933953E-5	3.4467978911863813E-4	0.12592003205074404	1.835307968034307E-4
>>END_MODULE
