##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.2d.S.3.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24116217
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	67-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.41395895550285	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.71473498517616	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
3	34.837182962817096	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.84935597486123	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.71200964064969	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.710608425857174	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.744339296664975	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.88070794851448	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.84532739940099	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.821808760470184	35.0	34.0	37.2	31.2	39.0
15-19	34.83881582256454	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.82658143273466	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.82667060094873	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.808445453944955	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.79356835278104	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.75424405909103	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.644408308318006	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.626039075697484	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.612731333442554	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.58632650386253	35.0	34.0	37.0	30.4	39.0
65-69	34.547510566244696	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.55297737043303	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.53642391513212	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.517723788921046	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.50364117599498	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.478122157714054	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.45802726293003	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.42135862483117	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.39342383310147	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.36357993166033	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.32829929616503	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.287636168694235	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.26930197407837	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.23025500305134	35.0	34.0	37.0	29.6	39.0
135-139	34.19600394987776	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.15806403393941	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.200189140040536	35.0	34.0	37.0	29.2	39.0
150	35.068653218321586	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	9.0
22	227.0
23	2484.0
24	17918.0
25	74738.0
26	197681.0
27	371487.0
28	558589.0
29	735139.0
30	925687.0
31	1161944.0
32	1486154.0
33	1951195.0
34	2700231.0
35	4226595.0
36	8365886.0
37	1340250.0
38	3.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.46174758669653	10.488664121740156	14.901483097452639	39.14810519411066
2	22.810656133473522	12.419896794478499	36.95242663678414	27.81702043526384
3	21.460307975061667	16.958086416807348	28.080119218510884	33.501486389620105
4	26.859144783862266	24.830852262106344	21.960196375912684	26.349806578118706
5	26.6668681909616	30.379061808206174	24.096222626127776	18.85784737470445
6	19.722453820777673	35.81969350647778	25.730646735723695	18.727205937020848
7	16.68503605541966	23.939982604230316	40.14818581760449	19.226795522745533
8	19.170570334227477	23.650635817153688	31.357456250380967	25.821337598237864
9	19.935140674981326	22.60983729894681	32.50489411823831	24.950127907833547
10-14	20.983581947008467	28.42968511337664	26.738533700405213	23.848199239209677
15-19	21.2221672531305	27.441071219790423	27.296346799352804	24.040414727726265
20-24	21.14474161669224	27.456633552089766	27.244777331323007	24.153847499894987
25-29	21.07488137196392	27.712366412401128	26.867395089953593	24.345357125681357
30-34	21.122883053576142	27.448710481232702	27.104878174958323	24.323528290232826
35-39	21.421172015842828	27.215779056663635	26.969462468705064	24.393586458788473
40-44	21.61393217769472	27.291216483049542	26.773212349210457	24.32163899004528
45-49	21.856812962444195	27.230380373422484	26.6926509364862	24.220155727647118
50-54	21.815872875599762	27.47400929105117	26.609921893647996	24.100195939701067
55-59	21.74458172700863	27.41222961317515	26.679155819557927	24.164032840258294
60-64	21.959672922238983	27.230084520788857	26.44608617717104	24.364156379801116
65-69	21.795506669101474	27.366023065190465	26.64991678794022	24.188553477767844
70-74	22.200612931484454	27.093894867270425	26.561535048380115	24.14395715286501
75-79	22.0552212129635	26.97201699625616	26.54751198257688	24.425249808203468
80-84	22.314689615312492	26.920801144566163	26.619084165944578	24.145425074176767
85-89	22.19499650151687	26.905319858886358	26.607356243940266	24.292327395656507
90-94	22.184012298224477	26.65276382883895	26.61497169803137	24.5482521749052
95-99	22.404593842803642	26.690504677662307	26.808926781131248	24.095974698402802
100-104	22.327218120417815	26.520114825422596	26.871986664882623	24.280680389276966
105-109	22.450372807948536	26.486527652412555	26.708354815283368	24.35474472435554
110-114	22.412726201250248	26.544210655612428	26.685601999881953	24.357461143255367
115-119	22.535053565927726	26.73211167779222	26.599702097103435	24.13313265917662
120-124	22.54555057088526	26.55284271935488	26.55206977510399	24.349536934655866
125-129	22.935309225984003	26.54871209619784	26.41504601834364	24.10093265947451
130-134	22.648185013893716	26.85668683138201	26.277588284276227	24.21753987044805
135-139	22.734647166210532	26.671852005855644	26.33713528967076	24.256365538263065
140-144	22.736425896225416	26.471200159713227	26.62044554119104	24.17192840287032
145-149	22.150473938756125	26.35802616564297	27.053719820079618	24.43778007552129
150	22.002492341176694	24.949086477812166	27.725752825884197	25.322668355126943
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	0.5
9	0.5
10	1.5
11	3.5
12	8.0
13	10.0
14	15.5
15	46.5
16	94.0
17	211.5
18	482.5
19	873.5
20	1395.5
21	2254.0
22	3832.5
23	6371.0
24	10246.0
25	15765.5
26	22688.0
27	33059.5
28	50859.5
29	75098.5
30	102473.0
31	129016.5
32	155379.0
33	187922.5
34	224125.0
35	270190.5
36	337879.5
37	411915.0
38	484542.0
39	588240.5
40	731291.5
41	889764.0
42	1053515.0
43	1213533.5
44	1356090.0
45	1470008.5
46	1552927.0
47	1576552.0
48	1531223.5
49	1482699.0
50	1396691.5
51	1244969.5
52	1058671.0
53	889668.0
54	741555.5
55	609454.5
56	519900.5
57	433349.5
58	360221.0
59	296351.5
60	225091.0
61	151520.0
62	86675.0
63	49926.5
64	32614.5
65	20789.0
66	13727.5
67	6491.0
68	2449.0
69	1145.5
70	932.5
71	637.5
72	357.5
73	172.0
74	110.5
75	75.5
76	35.0
77	23.5
78	12.5
79	4.5
80	1.0
81	0.0
82	0.5
83	0.5
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0018784040631248259
3	0.16067196608821357
4	8.707833405214425E-5
5	7.463857204469507E-5
6	5.80522227014295E-5
7	3.7319286022347537E-5
8	2.902611135071475E-5
9	9.951809605959343E-5
10-14	1.3352011221328785E-4
15-19	1.583996362281862E-4
20-24	2.0732936679081963E-4
25-29	1.5591168382669636E-4
30-34	1.7498598557145177E-4
35-39	7.215061964320524E-5
40-44	1.6088758862967605E-4
45-49	1.5259441395804326E-4
50-54	9.205423885512392E-5
55-59	1.509357790237167E-4
60-64	1.8079120784159474E-4
65-69	0.06528221346295256
70-74	1.8908439192188685E-4
75-79	1.302028639405366E-4
80-84	1.1361655330485216E-4
85-89	8.37611711589787E-5
90-94	1.2771517909499565E-4
95-99	9.868913543499006E-5
100-104	8.293224122408121E-5
105-109	9.951896430481156E-5
110-114	4.4783705525042876E-5
115-119	3.40026241234901E-5
120-124	1.0449664575304524E-4
125-129	1.0615647951077521E-4
130-134	3.649190510850677E-5
135-139	4.1469868296425854E-5
140-144	4.895002527646559E-5
145-149	4.14114261443568E-5
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
66-67	1.0
68-69	0.0
70-71	0.0
72-73	1.0
74-75	1.0
76-77	1.0
78-79	4.0
80-81	5.0
82-83	6.0
84-85	10.0
86-87	5.0
88-89	7.0
90-91	13.0
92-93	16.0
94-95	7.0
96-97	20.0
98-99	19.0
100-101	34.0
102-103	18.0
104-105	29.0
106-107	26.0
108-109	32.0
110-111	46.0
112-113	54.0
114-115	42.0
116-117	63.0
118-119	76.0
120-121	66.0
122-123	86.0
124-125	123.0
126-127	122.0
128-129	143.0
130-131	195.0
132-133	238.0
134-135	395.0
136-137	701.0
138-139	1866.0
140-141	5001.0
142-143	7706.0
144-145	68331.0
146-147	756108.0
148-149	1365882.0
150-151	2.1908718E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	43.235963582499316
#Duplication Level	Percentage of total
1	34.25317619601692
2	8.123388549364641
3	4.971763987797254
4	3.3645034541710936
5	2.6300831173600163
6	2.154904771915164
7	1.6951309802445584
8	1.455523358942734
9	1.264496827984658
>10	15.728369297715982
>50	5.25126372555415
>100	10.432955250657585
>500	3.7309470735405084
>1k	4.25255948411397
>5k	0.5390261433830235
>10k+	0.1519077812377356
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	4.146587335816393E-6	0.0	0.0	3.441667488727606E-4	4.146587335816393E-6
2	8.293174671632786E-6	3.3172698686531144E-5	0.0	4.146587335816393E-6	0.0024879524014898356	2.4879524014898358E-5
3	2.0732936679081965E-5	3.7319286022347537E-5	0.0	4.146587335816393E-6	0.004814187896882832	4.9759048029796715E-5
4	4.561246069398032E-5	3.7319286022347537E-5	0.0	8.293174671632786E-6	0.006957973549499907	7.049198470887867E-5
5	4.9759048029796715E-5	4.561246069398032E-5	0.0	8.293174671632786E-6	0.007969740859439106	7.463857204469507E-5
6	7.049198470887867E-5	4.9759048029796715E-5	0.0	8.293174671632786E-6	0.009694721191138726	8.293174671632786E-5
7	8.293174671632786E-5	7.463857204469507E-5	0.0	8.293174671632786E-6	0.011262131204077323	8.293174671632786E-5
8	1.700100807684721E-4	7.878515938051146E-5	0.0	8.293174671632786E-6	0.01473697139149146	9.122492138796064E-5
9	2.363554781415344E-4	7.878515938051146E-5	0.0	8.293174671632786E-6	0.0178842311793761	9.537150872377703E-5
10-11	2.964809945108721E-4	8.293174671632786E-5	0.0	1.0366468339540982E-5	0.03094183469986192	1.4720385042148195E-4
12-13	3.358735742011278E-4	8.707833405214425E-5	0.0	1.2439762007449179E-5	0.0395356369533414	1.7622996177219668E-4
14-15	3.6075309821602614E-4	8.915162772005244E-5	0.0	1.6586349343265572E-5	0.045730638433051085	2.0318277945500325E-4
16-17	3.856326222309245E-4	9.951809605959343E-5	0.0	2.0732936679081965E-5	0.04989381211821074	2.0732936679081963E-4
18-19	4.892973056263343E-4	1.181777390707672E-4	0.0	2.0732936679081965E-5	0.05312400365281172	2.1147595412663602E-4
20-21	9.329821505586884E-4	1.4098396941775735E-4	0.0	2.0732936679081965E-5	0.0555746367682792	2.1147595412663602E-4
22-23	0.001331054534797062	1.4927714408939015E-4	0.0	2.0732936679081965E-5	0.05828235829856731	2.1976912879826882E-4
24-25	0.0014243527498529309	1.5342373142520653E-4	0.0	2.0732936679081965E-5	0.06100873947186659	2.1976912879826882E-4
26-27	0.0014513055675357375	1.5342373142520653E-4	0.0	2.280623034699016E-5	0.06323131028386417	2.2806230346990162E-4
28-29	0.0015197242585767079	1.5342373142520653E-4	0.0	3.109940501862295E-5	0.06578768137639499	2.4672194648107536E-4
30-31	0.0017125405696921702	1.5342373142520653E-4	0.0	4.9759048029796715E-5	0.06885615600489911	2.6538158949224915E-4
32-33	0.0018079120784159474	1.5342373142520653E-4	0.0	5.390563536561311E-5	0.0716633956312468	2.944077008429639E-4
34-35	0.0019032835871397244	1.596436124289311E-4	0.0	7.878515938051147E-5	0.07422391331111343	2.985542881787803E-4
36-37	0.0019302364048225309	1.617169060968393E-4	0.0	8.915162772005244E-5	0.0765936879735325	3.0684746285041306E-4
38-39	0.001953042635169521	1.617169060968393E-4	0.0	9.537150872377703E-5	0.07933458220250714	3.0892075651832126E-4
40-41	0.0019882886275239603	1.617169060968393E-4	0.0	9.951809605959343E-5	0.0816794773409113	3.1514063752204584E-4
42-43	0.0019986550958635014	1.700100807684721E-4	4.146587335816393E-6	1.0366468339540982E-4	0.0840554718843341	3.192872248578622E-4
44-45	0.002019388032542583	1.8452313644382948E-4	4.146587335816393E-6	1.0366468339540982E-4	0.08680258599431245	3.192872248578622E-4
46-47	0.002038047675553757	1.8659643011173768E-4	4.146587335816393E-6	1.0366468339540982E-4	0.09122699468162855	3.234338121936786E-4
48-49	0.0020546340248970224	1.9074301744755406E-4	4.146587335816393E-6	1.0366468339540982E-4	0.09384763787786451	3.2758039952949505E-4
50-51	0.0020629271995686554	2.0732936679081963E-4	4.146587335816393E-6	1.0781127073122622E-4	0.09668183032189501	3.2965369319740324E-4
52-53	0.002089880017251462	2.1147595412663602E-4	8.293174671632786E-6	1.0988456439913441E-4	0.09917185601705275	3.3172698686531144E-4
54-55	0.002120979422270085	2.1147595412663602E-4	8.293174671632786E-6	1.119578580670426E-4	0.10096732833346125	3.3172698686531144E-4
56-57	0.0021790316449715142	2.197691287982688E-4	8.293174671632786E-6	1.1403115173495081E-4	0.1030551350570448	3.3172698686531144E-4
58-59	0.0022287906930013113	2.342821844736262E-4	8.293174671632786E-6	1.181777390707672E-4	0.10520721388433352	3.3172698686531144E-4
60-61	0.002320015614389272	2.4257535914525897E-4	8.293174671632786E-6	1.2025103273867539E-4	0.10728258084590962	3.3172698686531144E-4
62-63	0.0023801411307586093	2.570884148206164E-4	8.293174671632786E-6	1.3061750107821638E-4	0.10963991574632125	3.3380028053321963E-4
64-65	0.0023905075990981505	2.570884148206164E-4	8.293174671632786E-6	1.3476408841403277E-4	0.11226885211722884	3.358735742011278E-4
66-67	0.0024133138294451404	2.757480578317901E-4	8.293174671632786E-6	1.3891067574984915E-4	0.11455569503293157	3.358735742011278E-4
68-69	0.0024423399407958553	2.861145261713311E-4	8.293174671632786E-6	1.4098396941775735E-4	0.11623298961026932	3.400201615369442E-4
70-71	0.0024630728774749375	2.9026111350714747E-4	8.293174671632786E-6	1.4513055675357376E-4	0.11811346696706204	3.400201615369442E-4
72-73	0.0024838058141540193	3.006275818466885E-4	8.293174671632786E-6	1.4513055675357376E-4	0.11963319122563876	3.462400425406688E-4
74-75	0.002510758631836826	3.0892075651832126E-4	8.293174671632786E-6	1.4513055675357376E-4	0.12129597274730113	3.48313336208577E-4
76-77	0.0025252716875121834	3.192872248578622E-4	8.293174671632786E-6	1.4927714408939015E-4	0.12268922609213542	3.48313336208577E-4
78-79	0.002556371092530806	3.213605185257704E-4	8.293174671632786E-6	1.6586349343265572E-4	0.12403686697627575	3.5245992354439337E-4
80-81	0.002583323910213613	3.255071058615868E-4	8.293174671632786E-6	1.741566681042885E-4	0.12545499984512498	3.5660651088020975E-4
82-83	0.002616496608900144	3.2758039952949505E-4	8.293174671632786E-6	1.7830325544010488E-4	0.12703692291373891	3.5660651088020975E-4
84-85	0.0026579624822583078	3.400201615369442E-4	8.293174671632786E-6	1.7830325544010488E-4	0.12864165221269985	3.5660651088020975E-4
86-87	0.002691135180944839	3.441667488727606E-4	8.293174671632786E-6	1.9074301744755406E-4	0.13011783730425047	3.5660651088020975E-4
88-89	0.0027056482366201963	3.441667488727606E-4	8.293174671632786E-6	1.9074301744755406E-4	0.13144681854537965	3.5660651088020975E-4
90-91	0.0027180879986276455	3.441667488727606E-4	8.293174671632786E-6	1.9074301744755406E-4	0.13309716030503457	3.5660651088020975E-4
92-93	0.00274711410997836	3.441667488727606E-4	8.293174671632786E-6	2.0732936679081963E-4	0.13477238158870442	3.607530982160262E-4
94-95	0.002819679388355147	3.441667488727606E-4	8.293174671632786E-6	2.0732936679081963E-4	0.13619466104488942	3.607530982160262E-4
96-97	0.002898464547735659	3.5660651088020975E-4	8.293174671632786E-6	2.0732936679081963E-4	0.1374593701823134	3.607530982160262E-4
98-99	0.0029689565324445373	3.6697297921975077E-4	8.293174671632786E-6	2.0940266045872783E-4	0.13863907427935318	3.607530982160262E-4
100-101	0.003095427446186937	3.7941274122719993E-4	8.293174671632786E-6	2.135492477945442E-4	0.13977109262203108	3.607530982160262E-4
102-103	0.003122380263869744	3.814860348951081E-4	8.293174671632786E-6	2.1562254146245243E-4	0.14081603263065678	3.607530982160262E-4
104-105	0.0031472597878846424	3.814860348951081E-4	8.293174671632786E-6	2.1769583513036063E-4	0.14187341240128998	3.607530982160262E-4
106-107	0.003194945542246531	3.814860348951081E-4	8.293174671632786E-6	2.1976912879826882E-4	0.14291005923524408	3.607530982160262E-4
108-109	0.003244704590276327	3.814860348951081E-4	8.293174671632786E-6	2.21842422466177E-4	0.14395914583120561	3.607530982160262E-4
110-111	0.003290317050970308	3.814860348951081E-4	8.293174671632786E-6	2.239157161340852E-4	0.14495225349813362	3.607530982160262E-4
112-113	0.00337946867869036	3.835593285630163E-4	8.293174671632786E-6	2.239157161340852E-4	0.1461050047774906	3.607530982160262E-4
114-115	0.0034230078457164323	3.980723842383737E-4	8.293174671632786E-6	2.2806230346990162E-4	0.14737178720858252	3.607530982160262E-4
116-117	0.0035515520531267403	4.022189715741901E-4	8.293174671632786E-6	2.4464865281316716E-4	0.14836489487551052	3.607530982160262E-4
118-119	0.003611677569496078	4.3124508292490487E-4	8.293174671632786E-6	2.4464865281316716E-4	0.1491403067073082	3.607530982160262E-4
120-121	0.0037692478882571014	4.3539167026072125E-4	8.293174671632786E-6	2.4879524014898355E-4	0.15007536215153477	3.607530982160262E-4
122-123	0.004024263009409809	4.3539167026072125E-4	8.293174671632786E-6	2.5294182748479994E-4	0.15087772680101524	3.648996855518426E-4
124-125	0.00413829416114476	4.3953825759653764E-4	8.293174671632786E-6	2.5294182748479994E-4	0.15171533744285018	3.6697297921975077E-4
126-127	0.004175613447167107	4.3953825759653764E-4	8.293174671632786E-6	2.5294182748479994E-4	0.15244306352028597	3.6904627288765897E-4
128-129	0.004258545193883436	4.3953825759653764E-4	8.293174671632786E-6	2.5294182748479994E-4	0.1531604231293822	3.6904627288765897E-4
130-131	0.004372576345618386	4.519780196039868E-4	8.293174671632786E-6	2.6330829582434096E-4	0.15387570944481052	3.7111956655556716E-4
132-133	0.004474167735345888	4.581979006077114E-4	8.293174671632786E-6	2.6538158949224915E-4	0.1545557497678844	3.7319286022347535E-4
134-135	0.004594418768084563	4.6234448794352776E-4	8.293174671632786E-6	2.6538158949224915E-4	0.15537055417937234	3.7319286022347535E-4
136-137	0.004751989086845586	4.7685754361888517E-4	8.293174671632786E-6	2.6538158949224915E-4	0.15618743188452816	3.7319286022347535E-4
138-139	0.004760282261517219	4.934438929621507E-4	8.293174671632786E-6	2.6538158949224915E-4	0.1568612523265983	3.7319286022347535E-4
>>END_MODULE
