##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.4d.R.1.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24095793
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	71-150
%GC	44
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.47758017343526	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.79953093886555	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.95275532122972	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.920137469640444	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.794423947782086	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.78027247329025	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.759308564777264	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.91957762087348	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.90225111080594	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.88374607135776	35.0	34.0	37.0	31.6	39.0
15-19	34.88062324406589	35.0	34.0	37.0	31.2	39.0
20-24	34.89048043365911	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.87832522465643	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.86821409031859	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.862858773728675	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.80132239681839	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.71176019813915	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.673586239722425	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.66351978538328	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.63756063973491	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.61963595055784	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.59402297127528	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.57318272513767	35.0	34.0	37.0	30.4	39.0
80-84	34.549356475836575	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.52791927745902	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.50239752308816	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.47207642953706	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.43287002849854	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.38357727291834	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.34723114368697	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.29944624938876	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.262635740990845	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.21441485451511	35.0	34.0	37.0	29.8	39.0
130-134	34.15567620512363	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.110192480906385	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.07612665816187	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.083312796576585	35.0	34.0	37.0	29.2	39.0
150	34.98683059506222	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	11.0
22	279.0
23	3132.0
24	21663.0
25	85903.0
26	214433.0
27	383843.0
28	558164.0
29	724059.0
30	899595.0
31	1128634.0
32	1440266.0
33	1897311.0
34	2630026.0
35	4133775.0
36	8867434.0
37	1107261.0
38	4.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	34.84797117903528	10.985158280534698	15.672001332348765	38.49486920808126
2	22.348266496279887	13.103264698038652	36.870000314578085	27.678468491103374
3	20.954994688281076	18.033221421611703	28.594129643790712	32.417654246316516
4	25.925438058069762	25.811467884539773	22.377086143472937	25.886007913917535
5	25.437235220785315	31.265670013711528	24.492804404820546	18.804290360682614
6	18.899816208435556	36.431085384515974	25.993487488718976	18.675610918329497
7	15.831776178003137	24.596129069207418	40.638763964856054	18.933330787933393
8	18.38113757052482	24.056423674659605	31.70147028283634	25.860968471979234
9	19.516543420292017	23.036007186820694	32.68702772058817	24.76042167229912
10-14	20.228736843805496	29.15510661054238	27.12000911562879	23.49614743002333
15-19	20.367061901681573	27.879000651218856	27.962120739385814	23.791816707713757
20-24	20.508331286361077	28.059715823422277	27.69848117785149	23.733471712365155
25-29	20.4915789071691	28.270466416347805	27.559804125550823	23.678150550932266
30-34	20.461723795152636	28.006096351666255	27.598398538594086	23.933781314587023
35-39	20.560846762600278	27.97933408091675	27.643366437504163	23.81645271897881
40-44	20.60005222544126	28.072727662086454	27.53858557037287	23.788634542099416
45-49	20.687826878485588	27.848481124426215	27.51614956286496	23.947542434223234
50-54	20.80251851511972	27.82926902715387	27.585978725528413	23.782233732197998
55-59	20.795815979937547	27.86814695302562	27.514151249839173	23.821885817197664
60-64	20.748862286511756	27.790514883264805	27.50284579332346	23.957777036899973
65-69	20.84402876710174	27.717651421814804	27.58945603573813	23.848863775345322
70-74	20.948092593645033	27.66211767706465	27.566454174344347	23.823335554945967
75-79	20.957759571724136	27.566941178470454	27.569330814313524	23.905968435491882
80-84	21.005034874027217	27.560677513825993	27.549697960181867	23.884589651964916
85-89	20.987169278500566	27.56705857331081	27.615810138967735	23.82996200922089
90-94	20.97899719845059	27.460001714006232	27.56485407395003	23.99614701359315
95-99	21.055275703287478	27.38659425910297	27.672547704759822	23.88558233284973
100-104	21.12773344559162	27.435163581156086	27.539469030447634	23.897633942804667
105-109	21.077589742073112	27.27120777421288	27.644892730856363	24.00630975285764
110-114	21.15983126244531	27.251557163715066	27.682912519115593	23.905699054724032
115-119	21.20119948825301	27.294382273502027	27.639100387296462	23.865317850948507
120-124	21.15514458048012	27.19444995721812	27.646504961301243	24.003900501000523
125-129	21.18682598243836	27.12202337647446	27.71868596172473	23.972464679362446
130-134	21.259971650078384	27.217631449474972	27.61586366722733	23.906533233219314
135-139	21.255391464819848	27.05961392306489	27.706316162619004	23.97867844949625
140-144	21.314047101743718	26.998146574701202	27.82454677910827	23.86325954444681
145-149	20.925642812047233	27.28322945874353	27.8484051087244	23.94272262048484
150	20.83886267202007	25.911000339153663	28.531988260707514	24.718148728118756
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10	2.0
11	7.5
12	12.0
13	11.5
14	34.0
15	71.0
16	162.0
17	321.0
18	627.0
19	1182.0
20	2184.5
21	3825.5
22	5953.0
23	9302.5
24	15108.0
25	23798.0
26	35495.0
27	49673.0
28	67567.0
29	94256.0
30	126766.5
31	159927.5
32	193039.5
33	229931.0
34	270102.0
35	317425.0
36	389394.0
37	488445.0
38	607942.5
39	751836.0
40	918841.0
41	1086994.0
42	1259045.5
43	1437888.0
44	1583622.0
45	1667937.0
46	1688110.0
47	1645605.0
48	1555507.0
49	1425879.0
50	1257210.5
51	1074949.5
52	889715.5
53	706082.0
54	542213.0
55	407089.0
56	302084.0
57	224647.0
58	169061.5
59	125387.5
60	87465.5
61	60919.5
62	43154.5
63	28115.0
64	18401.0
65	13824.0
66	12285.5
67	8843.5
68	4367.5
69	2298.0
70	1749.0
71	1109.0
72	513.0
73	218.0
74	106.5
75	70.0
76	48.5
77	37.5
78	16.5
79	2.0
80	0.5
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	1.1205275543328247E-4
3	6.225153079626805E-5
4	6.225153079626805E-5
5	4.150102053084536E-5
6	7.885193900860619E-5
7	1.5770387801721238E-4
8	8.715214311477527E-5
9	8.300204106169073E-5
10-14	1.3861340857302353E-4
15-19	2.216154496347142E-4
20-24	1.7513430664016743E-4
25-29	3.004673886433204E-4
30-34	8.358305534912256E-4
35-39	8.250402881532059E-4
40-44	0.001066576227642726
45-49	9.055522679830458E-4
50-54	5.586037363451786E-4
55-59	3.187278376768924E-4
60-64	2.1414526593916208E-4
65-69	3.071075519282557E-4
70-74	3.427984381206737E-4
75-79	2.548163718107853E-4
80-84	2.664369012219718E-4
85-89	3.8264043196436067E-4
90-94	3.4363009286254647E-4
95-99	2.99639733437173E-4
100-104	4.6232705191619043E-4
105-109	3.029631053356401E-4
110-114	2.4486223826364085E-4
115-119	2.3241402546595336E-4
120-124	2.108356526707735E-4
125-129	1.2368164702649152E-4
130-134	1.7017129326165177E-4
135-139	1.693530389319475E-4
140-144	1.685948519370942E-4
145-149	1.52392758062468E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	1.0
72-73	0.0
74-75	5.0
76-77	6.0
78-79	9.0
80-81	10.0
82-83	14.0
84-85	10.0
86-87	15.0
88-89	22.0
90-91	21.0
92-93	29.0
94-95	29.0
96-97	35.0
98-99	38.0
100-101	51.0
102-103	55.0
104-105	66.0
106-107	68.0
108-109	59.0
110-111	61.0
112-113	90.0
114-115	117.0
116-117	101.0
118-119	123.0
120-121	162.0
122-123	164.0
124-125	168.0
126-127	276.0
128-129	262.0
130-131	326.0
132-133	433.0
134-135	662.0
136-137	1000.0
138-139	2833.0
140-141	6200.0
142-143	10093.0
144-145	76622.0
146-147	768733.0
148-149	1416651.0
150-151	2.1810173E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	51.09736914101446
#Duplication Level	Percentage of total
1	39.54896157966491
2	10.685669251976988
3	6.342715049167724
4	4.558012067020129
5	3.3968168093365882
6	2.7724664787291933
7	2.240279293753468
8	1.9431020104452152
9	1.590536679652719
>10	17.777741268188997
>50	4.369930137907898
>100	4.204761471229734
>500	0.3180935841730841
>1k	0.2509143187532643
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	8.300204106169073E-6	4.150102053084536E-5	0.0	0.0	2.1165520470731134E-4	4.9801224637014434E-5
2	8.300204106169073E-6	7.885193900860619E-5	4.1501020530845364E-6	0.0	0.002166353271710128	5.810142874318351E-5
3	2.075051026542268E-5	8.300204106169073E-5	4.1501020530845364E-6	0.0	0.003274430519883699	9.545234722094433E-5
4	6.640163284935258E-5	9.545234722094433E-5	4.1501020530845364E-6	4.1501020530845364E-6	0.004814118381578063	1.0790265338019794E-4
5	7.055173490243712E-5	9.960244927402887E-5	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.006038398487238	1.2035295953945156E-4
6	9.960244927402887E-5	1.0790265338019794E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.007229477776473262	1.2035295953945156E-4
7	1.037525513271134E-4	1.2035295953945156E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.008412256861602355	1.245030615925361E-4
8	1.1620285748636702E-4	1.245030615925361E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.0105205087045693	1.369533677517897E-4
9	1.4110346980487424E-4	1.245030615925361E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.01378663902034683	1.494036739110433E-4
10-11	1.826044903357196E-4	1.3487831672524743E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.01829572490102318	2.344807659992763E-4
12-13	2.220304598400227E-4	1.3902841877833197E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.022005916136480754	2.9050714371591755E-4
14-15	2.3033066394619178E-4	1.4732862288450104E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.02659385395616571	3.216329091140516E-4
16-17	2.7598178653012164E-4	1.70154184176466E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.03108841447965626	3.2785806219367837E-4
18-19	3.112576539813402E-4	1.9297974546843093E-4	4.1501020530845364E-6	8.300204106169073E-6	0.03483388158256506	3.320081642467629E-4
20-21	3.6728403169798143E-4	2.3863086805236085E-4	4.1501020530845364E-6	1.037525513271134E-5	0.03846107077696094	3.40308368352932E-4
22-23	4.4406091968004536E-4	2.4070591907890312E-4	4.1501020530845364E-6	1.6600408212338146E-5	0.042463844207160976	3.569087765652701E-4
24-25	5.249879097151938E-4	2.531562252381567E-4	4.1501020530845364E-6	1.6600408212338146E-5	0.04694595442449227	3.71434133751066E-4
26-27	6.34965614121934E-4	2.5730632729124126E-4	4.1501020530845364E-6	1.6600408212338146E-5	0.051376188366160015	4.004848481226577E-4
28-29	6.847668387589485E-4	2.614564293443258E-4	4.1501020530845364E-6	2.075051026542268E-5	0.05592262516531413	4.129351542819114E-4
30-31	7.42868267502132E-4	2.614564293443258E-4	4.1501020530845364E-6	3.1125765398134024E-5	0.06043586114804356	4.399108176269609E-4
32-33	7.802191859798928E-4	2.635314803708681E-4	4.1501020530845364E-6	3.320081642467629E-5	0.0646108638134466	4.917870932905175E-4
34-35	8.549210229354144E-4	2.6560653139741033E-4	4.1501020530845364E-6	4.357607155738763E-5	0.06808864933393144	5.18762756635567E-4
36-37	8.73596482174295E-4	2.7598178653012164E-4	4.1501020530845364E-6	4.56511225839299E-5	0.07163906164034527	5.291380117682784E-4
38-39	8.901968903866331E-4	2.822069396097485E-4	4.1501020530845364E-6	5.810142874318351E-5	0.07605062012277414	5.415883179275319E-4
40-41	9.233977068113094E-4	2.822069396097485E-4	4.1501020530845364E-6	5.810142874318351E-5	0.07979816227670947	5.519635730602433E-4
42-43	9.337729619440208E-4	2.884320926893753E-4	8.300204106169073E-6	5.810142874318351E-5	0.08322822162358384	5.602637771664124E-4
44-45	9.586735742625279E-4	3.0088239884862886E-4	8.300204106169073E-6	5.810142874318351E-5	0.0873305975030579	5.623388281929547E-4
46-47	0.0010063997478730001	3.071075519282557E-4	8.300204106169073E-6	6.017647976972578E-5	0.09132092062709868	5.685639812725814E-4
48-49	0.0010458257173773032	3.2370796014059383E-4	8.300204106169073E-6	6.225153079626805E-5	0.09510373864848523	5.810142874318351E-4
50-51	0.0010769514827754373	3.3408321527330514E-4	8.300204106169073E-6	6.225153079626805E-5	0.09930571697723334	5.893144915380042E-4
52-53	0.0011558034217840434	3.3615826629984744E-4	8.300204106169073E-6	6.225153079626805E-5	0.10338319224438888	5.934645935910888E-4
54-55	0.0012076796974476002	3.3615826629984744E-4	8.300204106169073E-6	6.225153079626805E-5	0.10657254567218435	5.955396446176309E-4
56-57	0.0012637060751642414	3.444584704060165E-4	8.300204106169073E-6	6.225153079626805E-5	0.11102560517514407	6.225153079626804E-4
58-59	0.00129898194261546	3.548337255387279E-4	8.300204106169073E-6	7.470183695552165E-5	0.11552639085171423	6.370406651484764E-4
60-61	0.0013404829631463054	3.652089806714392E-4	8.300204106169073E-6	7.470183695552165E-5	0.11906642790299535	6.453408692546454E-4
62-63	0.0013985843918894888	3.8180938888377733E-4	8.300204106169073E-6	7.470183695552165E-5	0.12272059276073628	6.474159202811877E-4
64-65	0.0014297101572876229	3.8180938888377733E-4	8.300204106169073E-6	7.677688798206392E-5	0.12746830950946497	6.474159202811877E-4
66-67	0.0014400854124203342	3.9633474606957323E-4	8.300204106169073E-6	7.885193900860619E-5	0.13143373202118727	6.474159202811877E-4
68-69	0.0014836614839777219	4.2123535838808044E-4	8.300204106169073E-6	8.092699003514846E-5	0.1343969048870896	6.619412774669835E-4
70-71	0.0015583633209332434	4.585862768658413E-4	8.300204106169073E-6	8.715214311477526E-5	0.13733932724272657	6.681664305466103E-4
72-73	0.0015957142394110043	4.6066132789238356E-4	8.300204106169073E-6	9.13022451678598E-5	0.14035645143531902	6.868418897854908E-4
74-75	0.0016268400048091382	4.6066132789238356E-4	8.300204106169073E-6	9.545234722094433E-5	0.14345035251589355	6.930670428651176E-4
76-77	0.0016724911273930682	4.772617361047217E-4	8.300204106169073E-6	1.0790265338019795E-4	0.14599644012546092	6.930670428651176E-4
78-79	0.0017326676071627938	4.8141183815780624E-4	8.300204106169073E-6	1.4732862288450104E-4	0.14841387457138266	6.972171449182021E-4
80-81	0.0017679434746140125	4.917870932905175E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.15135007177393994	7.055173490243712E-4
82-83	0.0018135945971979425	4.980122463701444E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.15432361989497503	7.055173490243712E-4
84-85	0.0018820712810738373	5.021623484232289E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.15678878051450723	7.055173490243712E-4
86-87	0.0019858238324009505	5.125376035559402E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.15902153541906672	7.055173490243712E-4
88-89	0.002021099699852169	5.146126545824825E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.16119618889488302	7.075924000509135E-4
90-91	0.002041850210117592	5.249879097151938E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.16405145910740518	7.096674510774557E-4
92-93	0.002089576383728064	5.291380117682784E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.16672204977856508	7.138175531305402E-4
94-95	0.002160128118630501	5.312130627948207E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.1697038981037063	7.138175531305402E-4
96-97	0.002268030772010699	5.395132669009897E-4	1.2450306159253608E-5	1.494036739110433E-4	0.17207775647807066	7.138175531305402E-4
98-99	0.002313681894594629	5.478134710071587E-4	1.2450306159253608E-5	1.5147872493758558E-4	0.17411130648408207	7.158926041570825E-4
100-101	0.00235103281307239	5.561136751133279E-4	1.2450306159253608E-5	1.5355377596412784E-4	0.17637311210301315	7.221177572367093E-4
102-103	0.002367633221284728	5.561136751133279E-4	1.2450306159253608E-5	1.5355377596412784E-4	0.17822820772074194	7.221177572367093E-4
104-105	0.002398758986682862	5.581887261398701E-4	1.2450306159253608E-5	1.5355377596412784E-4	0.1799421998686659	7.262678592897939E-4
106-107	0.0024734608236383834	5.664889302460392E-4	1.2450306159253608E-5	1.5355377596412784E-4	0.18173296890457186	7.262678592897939E-4
108-109	0.002564763068806243	5.768641853787505E-4	1.2450306159253608E-5	1.6185398007029692E-4	0.18340130992991183	7.304179613428784E-4
110-111	0.0026394649057617653	5.87239440511462E-4	1.2450306159253608E-5	1.6600408212338145E-4	0.18500324932240247	7.324930123694207E-4
112-113	0.0027183168447703714	5.934645935910888E-4	1.2450306159253608E-5	1.6807913314992372E-4	0.1866549899395301	7.387181654490474E-4
114-115	0.002776418273513555	5.996897466707155E-4	1.2450306159253608E-5	1.7430428622955052E-4	0.18849763525109964	7.407932164755897E-4
116-117	0.002851120110469076	6.079899507768846E-4	1.2450306159253608E-5	1.9090469444188866E-4	0.19023030285826242	7.42868267502132E-4
118-119	0.0029258219474245983	6.183652059095959E-4	1.2450306159253608E-5	1.9712984752151547E-4	0.19189449378154932	7.42868267502132E-4
120-121	0.0030254243966986267	6.225153079626804E-4	1.2450306159253608E-5	2.075051026542268E-4	0.1934341816432437	7.42868267502132E-4
122-123	0.003172753019583128	6.225153079626804E-4	1.2450306159253608E-5	2.1165520470731134E-4	0.1949302934333807	7.42868267502132E-4
124-125	0.0032682053668040725	6.26665410015765E-4	1.2450306159253608E-5	2.1165520470731134E-4	0.19631850257013744	7.42868267502132E-4
126-127	0.0033138564893880024	6.287404610423072E-4	1.2450306159253608E-5	2.137302557338536E-4	0.1977399125233189	7.42868267502132E-4
128-129	0.003355357509918848	6.308155120688495E-4	1.2450306159253608E-5	2.1788035778693815E-4	0.19915302227239418	7.42868267502132E-4
130-131	0.0034196840917416578	6.308155120688495E-4	1.2450306159253608E-5	2.282556129196495E-4	0.20037730237805412	7.42868267502132E-4
132-133	0.003504761183829891	6.370406651484764E-4	1.2450306159253608E-5	2.282556129196495E-4	0.20159120722858137	7.449433185286742E-4
134-135	0.003666615163900188	6.391157161750186E-4	1.2450306159253608E-5	2.282556129196495E-4	0.202653633354171	7.470183695552165E-4
136-137	0.0038014934806254353	6.619412774669835E-4	1.2450306159253608E-5	2.282556129196495E-4	0.2037534103982384	7.490934205817588E-4
138-139	0.003813943786784689	6.702414815731527E-4	1.2450306159253608E-5	2.3240571497273405E-4	0.2048282868299873	7.511684716083011E-4
>>END_MODULE
