##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.4d.R.2.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24236066
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	69-150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.34391295187924	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.664418103169055	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
3	34.846836693710934	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.79437281611628	35.0	34.0	38.0	30.0	39.0
5	34.66753201612836	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.66105006480837	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.64851812171167	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.789145730169245	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.77750320534694	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.755087017835315	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
15-19	34.75567580151004	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.75980580346662	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.7441623322861	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.728096110977745	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.72846867969414	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.65736736316859	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.55969025666129	35.0	34.0	37.0	30.6	39.0
50-54	34.51659565541701	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
55-59	34.50331097464415	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
60-64	34.47462761489426	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.45465882953116	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.425226989872	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.40088243390111	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.376247478576495	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.35387139556654	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.32765286016332	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.292135715455615	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.25253115823228	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.19865244636247	35.0	34.0	37.0	29.8	39.0
110-114	34.16120363060291	35.0	34.0	37.0	29.4	39.0
115-119	34.108893530765656	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
120-124	34.07445226631671	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
125-129	34.02381211567674	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	33.96626567869346	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	33.92091498732829	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	33.89088213595133	35.0	34.0	37.0	28.4	39.0
145-149	33.90007866673049	35.0	34.0	37.0	28.4	39.0
150	34.85399490953672	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	20.0
22	348.0
23	3876.0
24	26059.0
25	101427.0
26	245177.0
27	426439.0
28	609678.0
29	785605.0
30	975675.0
31	1212788.0
32	1540535.0
33	2011461.0
34	2774628.0
35	4370645.0
36	8265461.0
37	886239.0
38	5.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	36.26822521443868	10.300103985523062	15.580408140496068	37.851262659542186
2	22.42160855463504	11.678269432812659	37.044539182178795	28.855582830373507
3	21.69680971488461	16.245433919153566	28.152462321928983	33.90529404403284
4	26.85306854988829	24.00691251056226	22.527166857216088	26.61285208233336
5	26.308575340571146	29.891258691803436	24.712956549193738	19.087209418431684
6	19.85217967090669	35.883203545925234	25.896429301745783	18.3681874814223
7	16.190879014716195	25.156578913816794	40.15183679895983	18.50070527250718
8	18.64734943345748	24.445263243239562	31.778138718590434	25.12924860471253
9	19.56116674015915	23.057393990824988	33.0589829468421	24.322456322173768
10-14	20.32296252402044	29.019592222249507	27.37415824482377	23.283287008906278
15-19	20.48816562309875	27.720735868005793	28.01517447146562	23.775924037429842
20-24	20.65426758903891	27.855545607005926	27.744389606802166	23.745797197153003
25-29	20.662926212656547	28.053404250680362	27.61551990180025	23.66814963486284
30-34	20.611809451586044	27.792700690147665	27.655377052486358	23.940112805779933
35-39	20.68691896242108	27.758829432519192	27.68864096235725	23.86561064270247
40-44	20.70620787999246	27.870918281666672	27.59131632076667	23.8315575175742
45-49	20.830555078209148	27.653460030129267	27.534480841823843	23.98150404983774
50-54	20.95894945943532	27.6245971983205	27.6129632337424	23.80349010850178
55-59	20.953476435007154	27.68617627439719	27.538903501827424	23.82144378876824
60-64	20.88246677764976	27.61680725282612	27.516368251405936	23.98435771811818
65-69	20.98570851519205	27.556378750238665	27.592706550782452	23.86520618378683
70-74	21.106786503902626	27.49847829574405	27.57527319707754	23.81946200327579
75-79	21.11434613397933	27.407140641666068	27.57127089097177	23.90724233338283
80-84	21.15673704256164	27.414767001136337	27.54138546708409	23.887110489217935
85-89	21.12178133815844	27.423993117254636	27.606658423691812	23.847567120895118
90-94	21.115953567161725	27.33064489342551	27.543879287989103	24.009522251423665
95-99	21.215724218343208	27.23192696140509	27.670333379488156	23.88201544076355
100-104	21.26705555361306	27.321293347348252	27.516011896863773	23.895639202174916
105-109	21.233134535346256	27.15938742454754	27.616558866805097	23.990919173301112
110-114	21.297136878078014	27.14128584167424	27.67544371586525	23.886133564382497
115-119	21.341324476419167	27.179768262506197	27.62786033460804	23.851046926466594
120-124	21.2914486519619	27.111462204829362	27.61174214442087	23.985346998787872
125-129	21.34080837023674	27.0385566986487	27.670664558372298	23.949970372742264
130-134	21.399958624485233	27.190734842561643	27.555527506410694	23.853779026542433
135-139	21.381773452703843	27.059347079590022	27.646017155984282	23.91286231172185
140-144	21.44702407326334	26.984297410519403	27.762887166579663	23.805791349637598
145-149	21.06213857804262	27.042754810579524	27.930050247282097	23.96505636409576
150	20.98781318317469	25.754987499978828	28.605234028237735	24.65196528860874
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	1.0
9	1.5
10	2.5
11	4.0
12	8.5
13	17.0
14	32.5
15	64.0
16	141.5
17	310.0
18	598.0
19	1160.0
20	2200.5
21	3624.5
22	5465.5
23	8534.0
24	13502.0
25	20959.5
26	30915.5
27	43168.5
28	58237.0
29	81506.0
30	112011.5
31	143081.0
32	172398.0
33	205283.5
34	243472.0
35	291480.0
36	367335.5
37	472150.5
38	597756.0
39	750820.5
40	925427.5
41	1096814.0
42	1270810.5
43	1452304.0
44	1599961.5
45	1685971.5
46	1707754.0
47	1666617.5
48	1577052.5
49	1446671.5
50	1277451.0
51	1094646.5
52	911107.5
53	727907.5
54	561638.0
55	423634.0
56	317398.0
57	238095.0
58	178371.5
59	131162.0
60	91743.0
61	66058.5
62	48501.5
63	32048.5
64	21308.5
65	16728.0
66	16472.5
67	12359.5
68	5837.5
69	3006.5
70	2247.5
71	1432.0
72	695.5
73	304.0
74	123.5
75	84.0
76	50.5
77	34.0
78	17.0
79	4.5
80	1.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	1.4441287624815017E-4
3	7.839556139185295E-5
4	3.713473960666719E-5
5	5.776515049926007E-5
6	9.077380792740868E-5
7	1.8154761585481737E-4
8	8.66477257488901E-5
9	1.1140421882000155E-4
10-14	1.666937200121505E-4
15-19	1.8814934734044707E-4
20-24	1.5431547347659477E-4
25-29	3.2018397705304153E-4
30-34	7.435200085690475E-4
35-39	7.286661127263806E-4
40-44	0.0010562770377007555
45-49	9.522997668020874E-4
50-54	5.438176311287484E-4
55-59	3.5401785091689384E-4
60-64	2.574675279395592E-4
65-69	3.375135222028195E-4
70-74	3.3256224279910526E-4
75-79	2.4343896303980105E-4
80-84	2.9542791061787306E-4
85-89	3.845518491340709E-4
90-94	4.02707338721508E-4
95-99	3.441175311394182E-4
100-104	4.447964305375278E-4
105-109	2.6159805498462675E-4
110-114	2.7892982120747E-4
115-119	2.649032636824805E-4
120-124	2.442755086742439E-4
125-129	1.477234345625912E-4
130-134	1.1636695243914294E-4
135-139	1.2462921776017525E-4
140-144	1.7422703124793184E-4
145-149	1.2462483923606253E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
68-69	1.0
70-71	0.0
72-73	1.0
74-75	3.0
76-77	13.0
78-79	7.0
80-81	10.0
82-83	10.0
84-85	9.0
86-87	17.0
88-89	16.0
90-91	17.0
92-93	19.0
94-95	26.0
96-97	21.0
98-99	41.0
100-101	49.0
102-103	50.0
104-105	74.0
106-107	62.0
108-109	62.0
110-111	64.0
112-113	87.0
114-115	85.0
116-117	115.0
118-119	135.0
120-121	134.0
122-123	150.0
124-125	189.0
126-127	245.0
128-129	287.0
130-131	346.0
132-133	478.0
134-135	713.0
136-137	1040.0
138-139	2980.0
140-141	6165.0
142-143	10753.0
144-145	78683.0
146-147	782978.0
148-149	1504768.0
150-151	2.1845163E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.29242534987719
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.99114828192821
2	10.324288750737546
3	6.208914503742953
4	4.439255507234303
5	3.4928449597873565
6	2.6860977341840795
7	2.1855165546639075
8	1.8594007785875697
9	1.5797801046942943
>10	18.173686711465486
>50	4.452791922467759
>100	4.6630035909403444
>500	0.5358853579557253
>1k	0.4073852416104075
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	4.126082178518576E-6	2.0630410892592883E-5	0.0	0.0	1.4853895842666874E-4	2.475649307111146E-5
2	4.126082178518576E-6	9.077380792740868E-5	0.0	1.237824653555573E-5	0.001617424213979282	4.538690396370434E-5
3	2.0630410892592883E-5	9.902597228444583E-5	0.0	1.237824653555573E-5	0.002591179608109666	1.0727813664148298E-4
4	2.8882575249630034E-5	1.1553030099852014E-4	0.0	1.237824653555573E-5	0.003965164973556352	1.1965638317703872E-4
5	3.300865742814861E-5	1.237824653555573E-4	0.0	1.237824653555573E-5	0.005157602723148221	1.237824653555573E-4
6	4.951298614222292E-5	1.237824653555573E-4	0.0	1.237824653555573E-5	0.006296401404419348	1.2790854753407587E-4
7	5.776515049926007E-5	1.774215336762988E-4	0.0	1.237824653555573E-5	0.007414569674797882	1.402867940696316E-4
8	7.839556139185295E-5	1.8154761585481737E-4	0.0	1.237824653555573E-5	0.009329071805630501	1.402867940696316E-4
9	9.489989010592725E-5	1.8154761585481737E-4	4.126082178518576E-6	1.237824653555573E-5	0.012324607467234988	1.402867940696316E-4
10-11	1.3203462971259444E-4	1.8773673912259522E-4	4.126082178518576E-6	1.8567369803333592E-5	0.016500202631895788	1.7742153367629877E-4
12-13	1.6298024605148378E-4	1.9598890347963238E-4	4.126082178518576E-6	2.475649307111146E-5	0.02008989412720695	1.9186282130111382E-4
14-15	1.7123241040852092E-4	2.1249323219370669E-4	4.126082178518576E-6	2.6819534160370746E-5	0.024092193840369966	2.1455627328296597E-4
16-17	1.8361065694407665E-4	2.2280843764000313E-4	4.126082178518576E-6	2.8882575249630034E-5	0.028102745717890024	2.2487147872926242E-4
18-19	2.104301911044474E-4	2.3312364308629955E-4	4.126082178518576E-6	2.8882575249630034E-5	0.03151501567952489	2.269345198185217E-4
20-21	2.950148757640782E-4	2.785105470500039E-4	4.126082178518576E-6	3.300865742814861E-5	0.03470241416243049	2.2899756090778099E-4
22-23	3.9197780695926477E-4	2.970779168533375E-4	4.126082178518576E-6	4.1260821785185766E-5	0.03827766437011683	2.4137580744333672E-4
24-25	4.5799512181556197E-4	3.0533008121037467E-4	4.126082178518576E-6	4.538690396370434E-5	0.042327414028332816	2.475649307111146E-4
26-27	5.343276421181557E-4	3.0533008121037467E-4	4.126082178518576E-6	4.538690396370434E-5	0.04626163338555028	2.620062183359296E-4
28-29	5.776515049926007E-4	3.0533008121037467E-4	4.126082178518576E-6	4.951298614222292E-5	0.050199978824946256	2.785105470500039E-4
30-31	6.23038408956305E-4	3.0533008121037467E-4	4.126082178518576E-6	6.189123267777864E-5	0.05411356777127113	3.0120399903185604E-4
32-33	6.787405183663058E-4	3.156452866566711E-4	4.126082178518576E-6	7.426947921333437E-5	0.05789924817006192	3.672213138881533E-4
34-35	7.241274223300101E-4	3.1770832774593037E-4	4.126082178518576E-6	9.489989010592727E-5	0.06109696185841382	3.9610388913778334E-4
36-37	7.385687099548252E-4	3.1770832774593037E-4	4.126082178518576E-6	9.902597228444583E-5	0.06412756921853571	4.022930124055612E-4
38-39	7.59199120847418E-4	3.259604921029675E-4	4.126082178518576E-6	1.0315205446296442E-4	0.06793800611039763	4.043560534948205E-4
40-41	7.922077782755667E-4	3.3008657428148613E-4	4.126082178518576E-6	1.0315205446296442E-4	0.07100987429230471	4.105451767625984E-4
42-43	8.045860248111224E-4	3.342126564600047E-4	4.126082178518576E-6	1.0934117773074228E-4	0.07405698598114066	4.1673430003037623E-4
44-45	8.252164357037152E-4	3.3833873863852327E-4	4.126082178518576E-6	1.1553030099852014E-4	0.07789217936607368	4.311755876551912E-4
46-47	8.767924629351975E-4	3.445278619063011E-4	4.126082178518576E-6	1.1965638317703872E-4	0.08138490793018965	4.373647109229691E-4
48-49	9.118641614526054E-4	3.5896914953111617E-4	4.126082178518576E-6	1.237824653555573E-4	0.08483637567252045	4.538690396370434E-4
50-51	9.201163258096425E-4	3.79599560423709E-4	4.126082178518576E-6	1.237824653555573E-4	0.08843431933218865	4.6212120399408054E-4
52-53	0.0010047010104692734	3.79599560423709E-4	4.126082178518576E-6	1.237824653555573E-4	0.09190641748541203	4.662472861725991E-4
54-55	0.0010748444075040892	3.79599560423709E-4	4.126082178518576E-6	1.237824653555573E-4	0.0948008641336428	4.662472861725991E-4
56-57	0.0011140421882000157	3.899147658700055E-4	4.126082178518576E-6	1.237824653555573E-4	0.098231701465081	4.8275161488667344E-4
58-59	0.0011553030099852014	4.105451767625984E-4	6.189123267777865E-6	1.2584550644481658E-4	0.10199468841188995	4.910037792437106E-4
60-61	0.001231635530287795	4.311755876551912E-4	8.252164357037152E-6	1.2790854753407587E-4	0.10531205848341889	5.033820257792663E-4
62-63	0.001272896352072981	4.4767991636926555E-4	8.252164357037152E-6	1.3203462971259444E-4	0.10829521589848781	5.033820257792663E-4
64-65	0.001295589804054833	4.5799512181556197E-4	8.252164357037152E-6	1.4234983515889088E-4	0.11241923503591714	5.033820257792663E-4
66-67	0.0013079680505903887	4.951298614222292E-4	8.252164357037152E-6	1.4441287624815017E-4	0.11591815272330089	5.033820257792663E-4
68-69	0.0013492288723755746	5.178233134040813E-4	8.252164357037152E-6	1.4441287624815017E-4	0.1185423409888387	5.15760272314822E-4
70-71	0.001425561392678168	5.322646010288963E-4	8.252164357037152E-6	1.5266504060518733E-4	0.12115002492566244	5.198863544933406E-4
72-73	0.0014730113377311319	5.363906832074149E-4	8.252164357037152E-6	1.5266504060518733E-4	0.12384641962932433	5.260754777611184E-4
74-75	0.0014977678308022433	5.446428475644521E-4	8.252164357037152E-6	1.5472808169444662E-4	0.12669960545576991	5.446428475644521E-4
76-77	0.0015266504060518732	5.487689297429707E-4	8.252164357037152E-6	1.5885416387296519E-4	0.12880803344899291	5.446428475644521E-4
78-79	0.00159473076199743	5.487689297429707E-4	8.252164357037152E-6	1.6710632823000235E-4	0.1309474070585548	5.5083197083223E-4
80-81	0.0016380546248718748	5.487689297429707E-4	8.252164357037152E-6	1.753584925870395E-4	0.13327451740723928	5.570210941000078E-4
82-83	0.0016566219946752086	5.528950119214893E-4	8.252164357037152E-6	1.774215336762988E-4	0.1355087909069071	5.570210941000078E-4
84-85	0.0017350175560670615	5.528950119214893E-4	8.252164357037152E-6	1.774215336762988E-4	0.1375697689550771	5.570210941000078E-4
86-87	0.0018711782679581746	5.528950119214893E-4	8.252164357037152E-6	1.774215336762988E-4	0.13943888418194605	5.570210941000078E-4
88-89	0.001918628213011138	5.549580530107485E-4	8.252164357037152E-6	1.7948457476555808E-4	0.1414152775454564	5.611471762785264E-4
90-91	0.0019310064595466938	5.65273258457045E-4	8.252164357037152E-6	1.8154761585481737E-4	0.14387442252385352	5.65273258457045E-4
92-93	0.0019495738293500275	5.714623817248228E-4	8.252164357037152E-6	1.8361065694407665E-4	0.14615820900966353	5.776515049926007E-4
94-95	0.002025906349652621	5.776515049926007E-4	8.252164357037152E-6	1.8567369803333594E-4	0.1486792452207384	5.797145460818599E-4
96-97	0.0021434996917404003	5.859036693496378E-4	8.252164357037152E-6	1.8567369803333594E-4	0.15084131228228212	5.817775871711192E-4
98-99	0.0022074539655074386	5.94155833706675E-4	8.252164357037152E-6	1.8567369803333594E-4	0.15254951030418878	5.817775871711192E-4
100-101	0.0022734712803637357	6.065340802422308E-4	8.252164357037152E-6	1.8567369803333594E-4	0.15447226459937846	5.817775871711192E-4
102-103	0.0022961647323455877	6.106601624207493E-4	8.252164357037152E-6	1.897997802118545E-4	0.15614745396385699	5.817775871711192E-4
104-105	0.0023436146773985513	6.147862445992679E-4	8.252164357037152E-6	1.939258623903731E-4	0.15778138250655038	5.817775871711192E-4
106-107	0.002440577608593738	6.147862445992679E-4	8.252164357037152E-6	1.939258623903731E-4	0.15935754589874446	5.859036693496378E-4
108-109	0.002529288375431887	6.209753678670458E-4	8.252164357037152E-6	2.0836715001518812E-4	0.16092133104440298	5.859036693496378E-4
110-111	0.0026014948135559624	6.395427376703793E-4	8.252164357037152E-6	2.104301911044474E-4	0.16246448577916894	5.859036693496378E-4
112-113	0.0026757642927692964	6.395427376703793E-4	8.252164357037152E-6	2.1455627328296597E-4	0.1640839730342375	5.982819158851936E-4
114-115	0.0027644750596074463	6.436688198488979E-4	8.252164357037152E-6	2.269345198185217E-4	0.16582105363139382	5.982819158851936E-4
116-117	0.0028614379908026327	6.539840252951944E-4	8.252164357037152E-6	2.455018896218553E-4	0.16750243211914012	5.982819158851936E-4
118-119	0.0029398335521944857	6.849296416340837E-4	8.252164357037152E-6	2.5169101288963317E-4	0.16900019994994236	6.024079980637122E-4
120-121	0.0030326704012111536	7.034970114374172E-4	8.252164357037152E-6	2.5581709506815174E-4	0.17042576134262055	6.024079980637122E-4
122-123	0.0032307223457800453	7.096861347051951E-4	8.252164357037152E-6	2.57880136157411E-4	0.17179974670806722	6.024079980637122E-4
124-125	0.0033338744002430094	7.138122168837138E-4	8.252164357037152E-6	2.640692594251889E-4	0.1732356233061917	6.024079980637122E-4
126-127	0.0033565678522248623	7.261904634192695E-4	8.252164357037152E-6	2.640692594251889E-4	0.17459516738401354	6.065340802422308E-4
128-129	0.0033978286740100477	7.261904634192695E-4	8.252164357037152E-6	2.640692594251889E-4	0.17595677450292468	6.189123267777865E-4
130-131	0.0034720981532233818	7.261904634192695E-4	8.252164357037152E-6	2.6819534160370744E-4	0.1772791838411399	6.251014500455643E-4
132-133	0.003544304591347457	7.323795866870473E-4	8.252164357037152E-6	2.826366292285225E-4	0.17848606287835658	6.271644911348236E-4
134-135	0.003678402262149311	7.344426277763066E-4	8.252164357037152E-6	2.8882575249630034E-4	0.1796145463541814	6.292275322240829E-4
136-137	0.003868202042361165	7.530099975796402E-4	8.252164357037152E-6	2.8882575249630034E-4	0.180685264679507	6.374796965811201E-4
138-139	0.003895021576521536	7.715773673829738E-4	8.252164357037152E-6	2.8882575249630034E-4	0.18169615481324403	6.395427376703793E-4
>>END_MODULE
