##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.control.4d.S.3.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24113794
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	70-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.53959671381451	36.0	34.0	38.0	32.0	39.0
2	34.85939562227329	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.972361379548985	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	35.00012441011978	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.86486357144794	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.84414870592326	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.85929530624671	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	35.00105313166397	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.96663731140774	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.95040872456653	35.2	34.0	37.4	31.6	39.0
15-19	34.964660077962016	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
20-24	34.95474216127084	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
25-29	34.95522160469646	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
30-34	34.93585028552537	35.0	34.0	37.0	31.8	39.0
35-39	34.92619666569268	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.88717044692345	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.78368350496815	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.76234739336332	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.752727596495184	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.72541813204508	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.688042636509216	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.694603461140936	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.68006372936402	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
80-84	34.66037457777702	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
85-89	34.64914467243668	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
90-94	34.624304462939925	35.0	34.0	37.0	30.8	39.0
95-99	34.605549426950645	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
100-104	34.5676119477544	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.540943331978625	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.509609578142204	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.47428547012102	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.43491287928918	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.41421749510024	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.36825661373802	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.33010782844964	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.28782321084697	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.31981907575331	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
150	35.162564737466944	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	1.0
22	171.0
23	2283.0
24	16219.0
25	67585.0
26	178965.0
27	342262.0
28	521241.0
29	689625.0
30	865978.0
31	1090390.0
32	1396458.0
33	1843371.0
34	2568393.0
35	4048921.0
36	8892236.0
37	1589690.0
38	5.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	36.08537918172479	10.805499955751467	15.218181759369761	37.89093910315399
2	22.913290329376522	12.665163622459568	35.99274010156642	28.428805946597485
3	21.865781753807195	17.08213151485048	27.639246565542475	33.41284016579985
4	26.987631928179827	24.73745824120587	21.711699072683867	26.563210757930435
5	26.76805900425101	30.311305714390457	23.769985868665678	19.150649412692854
6	19.919876532028322	36.02356643818324	25.3259048849405	18.73065214484794
7	16.951850696526876	23.89077766552295	39.59023688772887	19.567134750221303
8	19.404325610030913	23.863543904235993	30.820512654632548	25.911617831100543
9	20.217654837633063	22.94278589964508	31.890584037937487	24.948975224784373
10-14	21.17180270466628	28.447973759582208	26.49062678000012	23.8895967557514
15-19	21.382641395007777	27.43732353953291	27.17319631390512	24.006838751554195
20-24	21.312214815198796	27.49462111865637	27.09946980457208	24.093694261572754
25-29	21.223505160043114	27.705453717861907	26.770272000806845	24.300769121288134
30-34	21.24440351398887	27.48067934061547	27.002922822356513	24.27199432303915
35-39	21.514902518792578	27.250243180495666	26.890760700439447	24.34409360027231
40-44	21.695321933862882	27.328298327750865	26.71971974312396	24.256659995262293
45-49	21.948196463272275	27.304802208564826	26.611665978746824	24.135335349416074
50-54	21.91247420156894	27.540652017262534	26.53140885968212	24.015464921486405
55-59	21.836460979359078	27.462879676715012	26.61527558984978	24.08538375407613
60-64	22.044819901938116	27.330126808967766	26.375572743719022	24.249480545375103
65-69	21.873328492446735	27.444593297257562	26.577152180036162	24.104926030259538
70-74	22.228597655703503	27.190231647833535	26.52436235776865	24.056808338694317
75-79	22.088400333157505	27.093070737148174	26.49867815304356	24.319850776650764
80-84	22.327358433767643	27.085387123069182	26.538016554650795	24.04923788851238
85-89	22.191452862519885	27.080196100950467	26.51930848696018	24.20904254956947
90-94	22.17377240903158	26.845148525047406	26.51953616515767	24.46154290076334
95-99	22.38464814739738	26.87732635721713	26.72850866771579	24.009516827669703
100-104	22.340125727564576	26.68054304163911	26.77090533281835	24.208425897977964
105-109	22.41695244285643	26.67828416576189	26.64803970793334	24.256723683448342
110-114	22.365908594259825	26.740222518641843	26.6423690973589	24.25149978973943
115-119	22.465851380084302	26.91895213061738	26.55045654952121	24.064739939777105
120-124	22.41016369800754	26.768536173208506	26.565733525382768	24.25556660340119
125-129	22.815048974677286	26.70233822039857	26.46541351413395	24.017199290790195
130-134	22.52658225928818	26.9831496424828	26.365537409071706	24.12473068915731
135-139	22.644363949360777	26.7997291658377	26.38785565906476	24.168051225736768
140-144	22.61170094406472	26.630866098216448	26.67646703272818	24.08096592499065
145-149	22.02011342838094	26.82801399531492	26.9656162280415	24.18625634826264
150	21.853530186311634	25.387278491516007	27.581038088445098	25.17815323372726
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	0.5
9	1.0
10	1.5
11	2.5
12	6.5
13	11.0
14	17.0
15	42.5
16	89.5
17	197.5
18	469.5
19	827.5
20	1318.5
21	2146.0
22	3609.5
23	5896.5
24	9668.5
25	15098.0
26	21502.0
27	31339.5
28	48835.0
29	72835.5
30	99664.0
31	125671.5
32	152248.0
33	185044.0
34	219821.5
35	265734.5
36	333625.5
37	405530.5
38	477285.5
39	582838.0
40	727508.0
41	886666.0
42	1052878.5
43	1218370.5
44	1363202.5
45	1474815.5
46	1558206.5
47	1582394.0
48	1537163.0
49	1486035.0
50	1398399.0
51	1246581.0
52	1058860.0
53	892650.5
54	750823.0
55	622017.5
56	526630.0
57	430090.5
58	352679.0
59	289010.0
60	221151.5
61	154712.5
62	91809.0
63	52368.5
64	33130.0
65	20079.0
66	12748.5
67	6045.5
68	2286.5
69	1007.0
70	801.0
71	611.0
72	336.5
73	148.5
74	81.5
75	60.5
76	37.5
77	19.0
78	5.5
79	1.5
80	3.0
81	2.5
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.002110825032344558
3	0.1796730949928493
4	4.561704392100223E-5
5	2.4882023956910305E-5
6	4.147003992818385E-5
7	3.317603194254707E-5
8	6.635206388509415E-5
9	7.464607187073093E-5
10-14	1.3104532617306096E-4
15-19	1.4929214374146186E-4
20-24	1.8246817568400893E-4
25-29	1.7417416769837215E-4
30-34	1.9325038606533672E-4
35-39	7.464607187073093E-5
40-44	1.2689832218024257E-4
45-49	1.4514513974864344E-4
50-54	8.874588544631342E-5
55-59	1.4846274294289815E-4
60-64	1.7417416769837215E-4
65-69	0.07322364950119421
70-74	2.1149721591285479E-4
75-79	1.1694554169589615E-4
80-84	1.07822160152783E-4
85-89	1.0035760649862114E-4
90-94	1.3353384975268868E-4
95-99	1.0367554438141461E-4
100-104	7.630543419766046E-5
105-109	1.0367621853915083E-4
110-114	6.220600302526868E-5
115-119	5.142390256477626E-5
120-124	9.870144890243408E-5
125-129	1.1031469431375195E-4
130-134	3.649576399888134E-5
135-139	4.728074029495617E-5
140-144	5.2274639672153376E-5
145-149	4.226136971787079E-5
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	1.0
72-73	2.0
74-75	2.0
76-77	3.0
78-79	2.0
80-81	2.0
82-83	5.0
84-85	6.0
86-87	7.0
88-89	14.0
90-91	10.0
92-93	23.0
94-95	19.0
96-97	15.0
98-99	33.0
100-101	33.0
102-103	30.0
104-105	41.0
106-107	27.0
108-109	42.0
110-111	54.0
112-113	34.0
114-115	57.0
116-117	68.0
118-119	65.0
120-121	71.0
122-123	99.0
124-125	126.0
126-127	128.0
128-129	176.0
130-131	197.0
132-133	263.0
134-135	393.0
136-137	743.0
138-139	1880.0
140-141	5135.0
142-143	7646.0
144-145	67112.0
146-147	760985.0
148-149	1328284.0
150-151	2.1939961E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	44.47180743905134
#Duplication Level	Percentage of total
1	35.48711662741029
2	8.406620350769321
3	4.834865997769431
4	3.349838523879546
5	2.5600523964180577
6	2.0604900172686116
7	1.6348827241957142
8	1.3549364252272287
9	1.215447194670834
>10	15.178596597431735
>50	5.109571310255523
>100	10.447615410171698
>500	3.7746712618095457
>1k	4.024806524264316
>5k	0.44636799641926395
>10k+	0.11412064203890637
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	4.147003992818384E-6	8.294007985636768E-6	0.0	0.0	3.0687829546856044E-4	4.147003992818384E-6
2	1.6588015971273536E-5	4.5617043921002225E-5	0.0	0.0	0.0022269411441434724	2.073501996409192E-5
3	1.6588015971273536E-5	4.5617043921002225E-5	0.0	0.0	0.004387530224401851	4.5617043921002225E-5
4	9.123408784200445E-5	4.5617043921002225E-5	0.0	0.0	0.00626197602915576	5.3911051906638993E-5
5	9.952809582764122E-5	4.5617043921002225E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.00731531504333163	5.8058055899457384E-5
6	1.4514513974864346E-4	4.5617043921002225E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.008887029556609798	5.8058055899457384E-5
7	1.7832117169119054E-4	6.220505989227577E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.010309451926146504	6.220505989227577E-5
8	2.5296724356192144E-4	6.635206388509415E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.01342385192475311	6.220505989227577E-5
9	3.566423433823811E-4	6.635206388509415E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.016210638607927066	6.635206388509415E-5
10-11	4.4372942723156715E-4	6.842556588150334E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.027807735273843677	1.0367509982045961E-4
12-13	5.017874831310245E-4	7.049906787791254E-5	0.0	8.294007985636768E-6	0.035278562966906	1.1611611179891477E-4
14-15	5.453310250556175E-4	7.049906787791254E-5	0.0	1.036750998204596E-5	0.04076919625339753	1.2026311579173315E-4
16-17	5.743600530053463E-4	7.464607187073091E-5	0.0	1.2441011978455152E-5	0.044520161364901764	1.2441011978455154E-4
18-19	6.655941408473507E-4	8.08665778599585E-5	0.0	1.2441011978455152E-5	0.04755991529163764	1.2441011978455154E-4
20-21	9.310023963877273E-4	1.0782210381327799E-4	0.0	1.2441011978455152E-5	0.05002323566337176	1.2441011978455154E-4
22-23	0.0012171456718921957	1.1611611179891476E-4	0.0	1.2441011978455152E-5	0.05258401062893711	1.389246337594159E-4
24-25	0.0013457027956695657	1.2441011978455154E-4	0.0	1.6588015971273536E-5	0.05519454964241628	1.4514513974864344E-4
26-27	0.0014431573895007978	1.2441011978455154E-4	0.0	2.4882023956910305E-5	0.05747747534046281	1.5343914773428022E-4
28-29	0.0016111110512099422	1.2441011978455154E-4	0.0	2.69555259533195E-5	0.05996360423415743	1.5965965372350782E-4
30-31	0.001961532888603096	1.2441011978455154E-4	0.0	5.3911051906639E-5	0.06283747800118057	1.6795366170914457E-4
32-33	0.0021191190403301945	1.2855712377736993E-4	0.0	5.8058055899457384E-5	0.06552058958453406	1.9076218366964568E-4
34-35	0.0022414556581183366	1.2855712377736993E-4	0.0	7.671957386714011E-5	0.06824517120781573	2.0320319564810083E-4
36-37	0.0022746316900608835	1.2855712377736993E-4	0.0	8.294007985636768E-5	0.07054468492183354	2.0735019964091922E-4
38-39	0.002289146204035748	1.327041277701883E-4	0.0	1.0782210381327799E-4	0.07321742899520499	2.114972036337376E-4
40-41	0.002311954725996249	1.327041277701883E-4	0.0	1.0782210381327799E-4	0.0757222194068673	2.1771770962296518E-4
42-43	0.002322322235978295	1.327041277701883E-4	0.0	1.0782210381327799E-4	0.0779802630809569	2.2393821561219276E-4
44-45	0.0023472042599352056	1.327041277701883E-4	0.0	1.0989560580968718E-4	0.08043321594270897	2.2393821561219276E-4
46-47	0.0023783067898813437	1.3685113176300668E-4	0.0	1.1196910780609638E-4	0.08419869556818807	2.2393821561219276E-4
48-49	0.002403188813838254	1.389246337594159E-4	0.0	1.1196910780609638E-4	0.08659981088002991	2.3015872160142033E-4
50-51	0.002425997335798755	1.4929214374146183E-4	0.0	1.2026311579173315E-4	0.08917924736356295	2.3223222359782954E-4
52-53	0.002457099865744893	1.4929214374146183E-4	0.0	1.2441011978455154E-4	0.09144973204963101	2.3430572559423872E-4
54-55	0.0024778348857089844	1.4929214374146183E-4	0.0	1.2441011978455154E-4	0.09299656453895228	2.363792275906479E-4
56-57	0.002523451929629987	1.575861517270986E-4	0.0	1.2441011978455154E-4	0.09491455388563078	2.4674673757269384E-4
58-59	0.00256699547155458	1.6795366170914455E-4	0.0	1.2648362178096075E-4	0.09682424922432364	2.5296724356192144E-4
60-61	0.00269555259533195	1.7002716370555376E-4	0.0	1.327041277701883E-4	0.09856599090130735	2.5296724356192144E-4
62-63	0.002790933687166773	1.7002716370555376E-4	0.0	1.327041277701883E-4	0.10083440208537901	2.5711424755473986E-4
64-65	0.0028095952051344552	1.7002716370555376E-4	0.0	1.4099813575582507E-4	0.10338066253696951	2.5711424755473986E-4
66-67	0.0028261832211057287	1.7624766969478133E-4	0.0	1.4721864174505265E-4	0.10549148756931406	2.5711424755473986E-4
68-69	0.0028427712370770026	1.845416776804181E-4	0.0	1.4929214374146183E-4	0.10734519835410387	2.654082555403766E-4
70-71	0.0028655797590375035	1.866151796768273E-4	0.0	1.61733155719917E-4	0.10916780660894757	2.69555259533195E-4
72-73	0.002882167775008777	1.866151796768273E-4	0.0	1.61733155719917E-4	0.11064621353238732	2.716287615296042E-4
74-75	0.002898755790980051	1.8868868167323647E-4	0.0	1.783211716911905E-4	0.11211839994983784	2.7370226352601336E-4
76-77	0.002913270304954915	1.9076218366964568E-4	0.0	1.824681756840089E-4	0.11331895760575877	2.7370226352601336E-4
78-79	0.0029360788269154163	1.9076218366964568E-4	0.0	2.094237016373284E-4	0.11460452884353245	2.7370226352601336E-4
80-81	0.002969254858857963	1.9490918766246407E-4	0.0	2.114972036337376E-4	0.11592534961524512	2.7370226352601336E-4
82-83	0.002998283886807692	2.0112969365169162E-4	0.0	2.114972036337376E-4	0.11737887451472795	2.7370226352601336E-4
84-85	0.0030293864167538296	2.0735019964091922E-4	0.0	2.114972036337376E-4	0.11899413256993072	2.7370226352601336E-4
86-87	0.003045974432725103	2.0735019964091922E-4	0.0	2.15644207626556E-4	0.12047046599137406	2.7370226352601336E-4
88-89	0.003062562448696377	2.0735019964091922E-4	0.0	2.2393821561219276E-4	0.12174981672315854	2.7370226352601336E-4
90-91	0.0030750034606748322	2.114972036337376E-4	0.0	2.2393821561219276E-4	0.12362426252791245	2.7370226352601336E-4
92-93	0.003099885484631742	2.114972036337376E-4	0.0	2.2393821561219276E-4	0.1252374470811188	2.7370226352601336E-4
94-95	0.0031455025285527446	2.114972036337376E-4	0.0	2.2393821561219276E-4	0.12666194295265193	2.7577576552242255E-4
96-97	0.003205634086448611	2.114972036337376E-4	0.0	2.2393821561219276E-4	0.1279412936844364	2.8199627151165015E-4
98-99	0.0033072356842726615	2.114972036337376E-4	4.147003992818384E-6	2.2393821561219276E-4	0.12898633869062662	2.8199627151165015E-4
100-101	0.0034129842860895305	2.1979121161937436E-4	4.147003992818384E-6	2.2393821561219276E-4	0.1300852947487235	2.8199627151165015E-4
102-103	0.003452380824021305	2.1979121161937436E-4	4.147003992818384E-6	2.2808521960501115E-4	0.13119876532079522	2.8199627151165015E-4
104-105	0.0034710423419889876	2.1979121161937436E-4	4.147003992818384E-6	2.3223222359782954E-4	0.13217538476110396	2.861432755044685E-4
106-107	0.0035228798918992173	2.2601171760860196E-4	4.147003992818384E-6	2.384527295870571E-4	0.13325775280322955	2.861432755044685E-4
108-109	0.0035643499318274013	2.3223222359782954E-4	4.147003992818384E-6	2.4467323557628466E-4	0.13421156372157778	2.861432755044685E-4
110-111	0.0036037464697591757	2.384527295870571E-4	4.147003992818384E-6	2.5089374156551226E-4	0.13521721218983623	2.861432755044685E-4
112-113	0.003661804525658633	2.48820239569103E-4	4.147003992818384E-6	2.612612515475582E-4	0.13625811019203365	2.861432755044685E-4
114-115	0.0037032745655868173	2.550407455583307E-4	4.147003992818384E-6	2.612612515475582E-4	0.13740890380004075	2.9029027949728693E-4
116-117	0.0037592591194898655	2.654082555403766E-4	4.147003992818384E-6	2.612612515475582E-4	0.13828184814052902	2.9029027949728693E-4
118-119	0.0037965821554252306	2.757757655224226E-4	4.147003992818384E-6	2.6748175753678576E-4	0.13909466092312145	2.944372834901053E-4
120-121	0.0038878162432672355	2.861432755044685E-4	4.147003992818384E-6	2.7370226352601336E-4	0.13994894374564204	2.944372834901053E-4
122-123	0.004107607454886609	2.861432755044685E-4	4.147003992818384E-6	2.8199627151165015E-4	0.14081152057614826	2.9858428748292366E-4
124-125	0.004246532088646025	2.861432755044685E-4	4.147003992818384E-6	2.8199627151165015E-4	0.1416409213747119	2.9858428748292366E-4
126-127	0.004279708120588572	2.861432755044685E-4	4.147003992818384E-6	2.8199627151165015E-4	0.14232932403751977	2.9858428748292366E-4
128-129	0.00433776617648803	2.882167775008777E-4	4.147003992818384E-6	2.8199627151165015E-4	0.1430343147162989	2.9858428748292366E-4
130-131	0.0044144857503551705	2.9029027949728693E-4	4.147003992818384E-6	2.8406977350805933E-4	0.14371649687311752	2.9858428748292366E-4
132-133	0.004472543806254628	2.9029027949728693E-4	4.147003992818384E-6	2.944372834901053E-4	0.1443426944760331	3.006577894793329E-4
134-135	0.004555483886110995	2.9029027949728693E-4	4.147003992818384E-6	2.944372834901053E-4	0.14532760792432747	3.027312914757421E-4
136-137	0.004673673499906319	2.9029027949728693E-4	4.147003992818384E-6	2.944372834901053E-4	0.1461093181769737	3.0480479347215126E-4
138-139	0.004681967507891956	2.9858428748292366E-4	4.147003992818384E-6	2.944372834901053E-4	0.14675210379586057	3.13098801457788E-4
>>END_MODULE
