##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.2d.R.1.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	23706065
Total Bases	3.5 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	73-150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.42268845546488	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.75876747153102	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.91544362170609	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.869140618656026	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.74046190289278	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.72105378939946	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.70489383202147	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.86430185692986	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.840288634996995	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.821701475972496	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
15-19	34.82523824177484	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.83000278620682	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.81684309901284	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.80676921285755	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.80202276506033	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.73451108819621	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.649387935112806	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.60718922351727	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.59934983726738	35.0	34.0	37.0	30.8	39.0
60-64	34.57157529096456	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.5536929979733	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.524789867226445	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.50663332809967	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.48386181527449	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.46195524495692	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.43529022816274	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.40695152112991	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.36752147735142	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.31905644207292	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.284316617224235	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.23752505377877	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.200476005618206	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
125-129	34.1562482553123	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.09920769913357	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.05395879881686	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.020912815334064	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.03199601232958	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
150	34.95986201401881	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	14.0
22	295.0
23	3440.0
24	23029.0
25	89057.0
26	220134.0
27	394095.0
28	576504.0
29	744227.0
30	923294.0
31	1148388.0
32	1457588.0
33	1904917.0
34	2614998.0
35	4020905.0
36	8474436.0
37	1110736.0
38	8.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.97876324054624	10.495668513521752	15.881505429095888	37.64406281683612
2	22.568513905767507	12.018656690132007	35.884752008423845	29.528077395676632
3	21.932417688223534	16.80645725322075	27.8226005971892	33.43852446136651
4	26.850268688715296	24.343293361692332	22.155818658497278	26.6506192910951
5	26.135157002049265	30.206377609775732	24.43255015806085	19.225915230114158
6	19.74304605434278	36.07967725353347	25.596002166199177	18.581274525924577
7	16.185474128654334	25.10446496448963	40.026450649653164	18.683610257202872
8	18.739660334637108	24.392397413688446	31.34007040737891	25.527871844295536
9	19.61349587197926	23.17447954390009	32.61857297597734	24.59345160814331
10-14	20.288563576024977	29.08327217937032	27.211520938396163	23.41664330620854
15-19	20.466314441717312	27.758701021465175	27.93993456539004	23.835049971427473
20-24	20.618569747442518	27.942170274211907	27.648478493364276	23.790781484981295
25-29	20.622032452184868	28.141825792418455	27.50954816098585	23.726593594410822
30-34	20.583855588124152	27.88499148438475	27.566504014914116	23.964648912576983
35-39	20.654768099737623	27.85418790193461	27.590371124652187	23.900672873675585
40-44	20.683072287271063	27.938989389000433	27.51386518510382	23.864073138624683
45-49	20.79119628145987	27.74196219297918	27.477631315099206	23.989210210461742
50-54	20.928931538752565	27.724442762801623	27.533604349752444	23.81302134869337
55-59	20.896056481321303	27.773293814159235	27.473509300044828	23.857140404474638
60-64	20.855358692193136	27.72158517790089	27.432927551530394	23.990128578375575
65-69	20.96068270077626	27.633998489343664	27.535628404155823	23.86969040572425
70-74	21.086735651054354	27.59144229847604	27.504808469821597	23.817013580648013
75-79	21.094878630619505	27.503378090562038	27.48726064894739	23.91448262987107
80-84	21.151957600289535	27.50016270160974	27.457685643549112	23.89019405455162
85-89	21.105779934036388	27.520248361953303	27.53153583896706	23.84243586504325
90-94	21.11308096550975	27.450249936836318	27.463484633894087	23.973184463759846
95-99	21.19424489711413	27.3653856800371	27.568110570242553	23.872258852606212
100-104	21.236496646268606	27.43069267983608	27.448706924098587	23.884103749796726
105-109	21.20558251908688	27.29505441060524	27.52878147032875	23.97058159997913
110-114	21.27140404782935	27.269713465842404	27.604849957262985	23.85403252906526
115-119	21.310325936361384	27.281513062020352	27.580965217344133	23.82719578427414
120-124	21.262140458688737	27.212282031880687	27.58508662820746	23.940490881223113
125-129	21.294290768904183	27.128697316727536	27.64606601079087	23.930945903577417
130-134	21.372658222136245	27.232516686576737	27.544161845693182	23.85066324559384
135-139	21.373449481693253	27.089663269229735	27.641200370805606	23.8956868782714
140-144	21.40814285404592	26.994292087803185	27.808020839516956	23.789544218633935
145-149	21.01255878192815	27.380836976716093	27.775730740351793	23.830873501003964
150	20.968199329119017	25.96164343408512	28.43888660825246	24.631270628543398
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.5
6	1.0
7	0.5
8	1.0
9	1.0
10	1.0
11	6.0
12	11.0
13	16.5
14	28.5
15	64.5
16	151.5
17	292.5
18	559.0
19	1056.0
20	2002.5
21	3332.0
22	5209.0
23	8244.5
24	13138.0
25	20558.0
26	30656.5
27	43530.5
28	59440.5
29	84067.5
30	114729.0
31	146364.0
32	178070.5
33	212634.0
34	251452.0
35	298455.5
36	369254.0
37	464794.0
38	579577.5
39	721579.0
40	889477.0
41	1058586.5
42	1227849.0
43	1403109.0
44	1548298.5
45	1634528.0
46	1659851.5
47	1621748.0
48	1536598.5
49	1410961.0
50	1246872.0
51	1070479.0
52	891894.5
53	717484.0
54	557200.0
55	420218.0
56	313500.5
57	234710.5
58	178800.5
59	135871.5
60	96600.0
61	70241.0
62	52308.5
63	33570.0
64	21684.5
65	17691.5
66	18331.0
67	13838.0
68	6327.5
69	3062.5
70	2230.5
71	1522.0
72	750.5
73	310.0
74	127.0
75	82.5
76	44.5
77	32.0
78	15.0
79	2.5
80	2.0
81	1.5
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.5
89	0.5
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	1.60296531710345E-4
3	4.218329781851184E-5
4	3.3746638254809476E-5
5	2.109164890925592E-5
6	1.1389490410998198E-4
7	1.307682232373867E-4
8	1.1389490410998198E-4
9	1.307682232373867E-4
10-14	2.1766581674352112E-4
15-19	3.2987338894076263E-4
20-24	2.3622646778366635E-4
25-29	3.6446369315194235E-4
30-34	8.563209457157904E-4
35-39	9.22126890312669E-4
40-44	0.00121066064739129
45-49	0.0010368654603790212
50-54	6.150324821939027E-4
55-59	4.387062973125232E-4
60-64	2.404447975655175E-4
65-69	3.273423910716519E-4
70-74	3.484340429205272E-4
75-79	2.725041590841822E-4
80-84	2.8347205550193866E-4
85-89	3.8639991753652066E-4
90-94	3.8724436957232513E-4
95-99	3.003472672473617E-4
100-104	4.505228127414837E-4
105-109	2.5141676298825327E-4
110-114	2.4382523353078876E-4
115-119	2.2948476830707357E-4
120-124	2.1936334042715005E-4
125-129	1.4511998773702355E-4
130-134	1.9237422659549214E-4
135-139	1.476658816917157E-4
140-144	1.6292664611016388E-4
145-149	1.7647255500546238E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
72-73	1.0
74-75	0.0
76-77	6.0
78-79	6.0
80-81	12.0
82-83	11.0
84-85	16.0
86-87	10.0
88-89	18.0
90-91	22.0
92-93	27.0
94-95	25.0
96-97	31.0
98-99	35.0
100-101	51.0
102-103	53.0
104-105	55.0
106-107	56.0
108-109	58.0
110-111	68.0
112-113	74.0
114-115	96.0
116-117	115.0
118-119	121.0
120-121	127.0
122-123	150.0
124-125	175.0
126-127	229.0
128-129	264.0
130-131	322.0
132-133	451.0
134-135	586.0
136-137	1048.0
138-139	2896.0
140-141	6351.0
142-143	10187.0
144-145	75445.0
146-147	768540.0
148-149	1440791.0
150-151	2.1397536E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.481440870530335
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.81115518388536
2	10.92705762767905
3	6.413722314433399
4	4.520176436310797
5	3.4324826707147684
6	2.655078730708658
7	2.27784274061527
8	1.846116689392791
9	1.5975582528032561
>10	17.925075070156108
>50	4.325419193990364
>100	4.444363910585002
>500	0.4166378458729286
>1k	0.4073133328522592
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	8.436659563702369E-6	0.0	1.2654989345553554E-5	2.2357147843811277E-4	3.3746638254809476E-5
2	8.436659563702369E-6	1.0545824454627961E-4	0.0	1.6873319127404738E-5	0.0018940300720511818	7.592993607332132E-5
3	2.5309978691107107E-5	1.2654989345553555E-4	0.0	1.6873319127404738E-5	0.002965485836641383	1.307682232373867E-4
4	3.3746638254809476E-5	1.5607820192849382E-4	0.0	1.6873319127404738E-5	0.004408154622034488	1.349865530192379E-4
5	3.3746638254809476E-5	1.645148614921962E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.005610378609862075	1.349865530192379E-4
6	5.905661694591658E-5	1.645148614921962E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.0066607427255430205	1.4342321258294026E-4
7	7.171160629147013E-5	2.0247982952885686E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.00783343840489765	1.4764154236479146E-4
8	7.592993607332132E-5	2.0669815931070805E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.009879328349095474	1.645148614921962E-4
9	8.858492541887488E-5	2.0669815931070805E-4	0.0	2.109164890925592E-5	0.012849032515518707	1.6873319127404737E-4
10-11	1.2233156367368435E-4	2.0669815931070805E-4	0.0	2.3200813800181514E-5	0.017261405467335046	2.0669815931070802E-4
12-13	1.7716985083774973E-4	2.0669815931070805E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.020842767452126702	2.2778980821996396E-4
14-15	2.0247982952885686E-4	2.0669815931070805E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.024860726569339957	2.425539624564431E-4
16-17	2.5520895180199663E-4	2.17243983765336E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.02930473699452018	2.488814571292199E-4
18-19	2.9317391983865737E-4	2.3622646778366632E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.033139198766222906	2.5731811669292223E-4
20-21	3.501213718936483E-4	2.889555900568061E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.036606665846904585	2.5731811669292223E-4
22-23	4.2183297818511843E-4	2.931739198386573E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.040426363464370826	2.615364464747734E-4
24-25	4.956537493675142E-4	3.1004723896606203E-4	0.0	2.5309978691107107E-5	0.044646802411112935	2.678639411475502E-4
26-27	5.6947452054991E-4	3.1215640385698763E-4	0.0	2.952830847295829E-5	0.0486900715070173	2.826280953840294E-4
28-29	6.26421972604901E-4	3.163747336388388E-4	0.0	2.952830847295829E-5	0.05302440535786939	2.952830847295829E-4
30-31	6.939152491145198E-4	3.184838985297644E-4	0.0	4.007413292758625E-5	0.05724906263439335	3.1004723896606203E-4
32-33	7.360985469330317E-4	3.269205580934668E-4	0.0	4.429246270943743E-5	0.061056105262514045	3.6910385591197863E-4
34-35	7.6562685540599E-4	3.290297229843924E-4	0.0	5.905661694591659E-5	0.0645467731569959	3.733221856938298E-4
36-37	7.888276692061716E-4	3.290297229843924E-4	0.0	6.749327650961895E-5	0.06824413921078845	3.796496803666066E-4
38-39	8.310109670246833E-4	3.4168471232994593E-4	0.0	7.171160629147013E-5	0.07249410646600353	3.796496803666066E-4
40-41	8.816309244068976E-4	3.501213718936483E-4	0.0	7.171160629147013E-5	0.0756894912757558	3.859771750393834E-4
42-43	8.921767488615255E-4	3.606671963482763E-4	0.0	7.171160629147013E-5	0.07893338687799936	3.9230466971216014E-4
44-45	9.195958924435582E-4	3.712130208029042E-4	0.0	7.382077118239573E-5	0.08299774762281298	4.007413292758625E-4
46-47	9.681066849348468E-4	3.754313505847554E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.086766825282897	4.1761464840326724E-4
48-49	0.0010081808178624332	3.901955048212346E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.09033131394856127	4.365971324215976E-4
50-51	0.0010313816316626146	4.049596590577137E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.09411515576288178	4.429246270943744E-4
52-53	0.0010988749081722337	4.049596590577137E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.09808038575782188	4.450337919853E-4
54-55	0.0011558223602272245	4.049596590577137E-4	0.0	7.592993607332132E-5	0.10128631639202879	4.4714295687622554E-4
56-57	0.001195896493154811	4.1128715373049045E-4	0.0	8.01482658551725E-5	0.10543293456758851	4.534704515490023E-4
58-59	0.0012190973069549924	4.1972381329419284E-4	0.0	8.647576052794928E-5	0.10942347454121973	4.597979462217791E-4
60-61	0.0012886997483555367	4.260513079669696E-4	0.0	8.858492541887488E-5	0.11261675018608108	4.661254408945559E-4
62-63	0.001360411354647007	4.302696377488208E-4	0.0	9.280325520072606E-5	0.11593446655950702	4.682346057854815E-4
64-65	0.001396267157792742	4.34487967530672E-4	0.0	9.491242009165165E-5	0.1204333152718513	4.682346057854815E-4
66-67	0.001423686301374775	4.7034377067640704E-4	0.0	9.702158498257725E-5	0.12455251430382899	4.682346057854815E-4
68-69	0.0014806337534297657	4.829987600219606E-4	0.0	1.0123991476442843E-4	0.1271425687898856	4.7667126534918383E-4
70-71	0.0015628911841758639	4.91435419585663E-4	0.0	1.0545824454627961E-4	0.12978746156310633	4.7667126534918383E-4
72-73	0.0016219478011217803	4.977629142584398E-4	0.0	1.0545824454627961E-4	0.13254414007554607	4.851079249128862E-4
74-75	0.0016725677585039947	4.977629142584398E-4	0.0	1.075674094372052E-4	0.1356446124652067	4.893262546947374E-4
76-77	0.001723187715886209	5.040904089312166E-4	0.0	1.2444072856460995E-4	0.13799000382391596	4.977629142584398E-4
78-79	0.0017716985083774976	5.061995738221422E-4	0.0	1.328773881283123E-4	0.14028266606035206	4.977629142584398E-4
80-81	0.001809663476414158	5.061995738221422E-4	0.0	1.349865530192379E-4	0.14272718816893482	4.977629142584398E-4
82-83	0.001837082619996191	5.061995738221422E-4	0.0	1.349865530192379E-4	0.14500930458091632	4.977629142584398E-4
84-85	0.001919340050742289	5.12527068494919E-4	0.0	1.349865530192379E-4	0.14727876600355225	4.977629142584398E-4
86-87	0.002026907460179494	5.27291222731398E-4	0.0	1.370957179101635E-4	0.14927403599036787	4.977629142584398E-4
88-89	0.0021070557260346665	5.315095525132492E-4	0.0	1.392048828010891E-4	0.15132625342923847	5.01981244040291E-4
90-91	0.0021302565398348483	5.399462120769516E-4	0.0	1.392048828010891E-4	0.15398380119180471	5.083087387130678E-4
92-93	0.0021597848483078065	5.462737067497284E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.156810082145645	5.146362333858445E-4
94-95	0.0022188414652537227	5.504920365315796E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.15985360708325064	5.230728929495468E-4
96-97	0.0023453913587092585	5.526012014225052E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.16213994182501398	5.294003876223236E-4
98-99	0.0024255396245644314	5.568195312043564E-4	4.2183297818511845E-6	1.392048828010891E-4	0.1641689584500844	5.315095525132492E-4
100-101	0.002478268746837571	5.631470258771332E-4	8.436659563702369E-6	1.392048828010891E-4	0.16629710582502832	5.315095525132492E-4
102-103	0.002505687890419604	5.736928503317611E-4	8.436659563702369E-6	1.392048828010891E-4	0.16812997011524267	5.336187174041748E-4
104-105	0.0025415436935653387	5.736928503317611E-4	8.436659563702369E-6	1.413140476920147E-4	0.16996072524056607	5.357278822951004E-4
106-107	0.002606927805184032	5.779111801136122E-4	8.436659563702369E-6	1.4553237747386586E-4	0.17150252477583267	5.399462120769516E-4
108-109	0.0026997310603847583	5.84238674786389E-4	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	0.17310759925782707	5.399462120769516E-4
110-111	0.002763006007112526	5.863478396773146E-4	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	0.17459245134103868	5.399462120769516E-4
112-113	0.002853700097422326	5.94784499241017E-4	8.436659563702369E-6	1.4764154236479146E-4	0.17622705413150602	5.399462120769516E-4
114-115	0.0029043200548045404	5.990028290228682E-4	8.436659563702369E-6	1.4975070725571705E-4	0.17804937259726572	5.399462120769516E-4
116-117	0.002963376671750457	6.074394885865706E-4	8.436659563702369E-6	1.5185987214664265E-4	0.17971139453131507	5.399462120769516E-4
118-119	0.003035088278041927	6.285311374958265E-4	8.436659563702369E-6	1.5607820192849382E-4	0.18131014151863667	5.399462120769516E-4
120-121	0.0031257823683517277	6.369677970595288E-4	1.0545824454627962E-5	1.60296531710345E-4	0.18290256101128552	5.399462120769516E-4
122-123	0.0032776422404983702	6.4118612684138E-4	1.2654989345553554E-5	1.60296531710345E-4	0.18443592388698843	5.441645418588028E-4
124-125	0.003376772990371873	6.4118612684138E-4	1.4764154236479145E-5	1.624056966012706E-4	0.1861148191401652	5.441645418588028E-4
126-127	0.00341684712329946	6.4118612684138E-4	1.6873319127404738E-5	1.645148614921962E-4	0.18767349199455918	5.441645418588028E-4
128-129	0.003465357915790748	6.432952917323056E-4	1.6873319127404738E-5	1.645148614921962E-4	0.18892422677487808	5.441645418588028E-4
130-131	0.003551833676318697	6.475136215141568E-4	1.6873319127404738E-5	1.6873319127404737E-4	0.1901053591137964	5.462737067497284E-4
132-133	0.0036340911070647953	6.496227864050824E-4	1.6873319127404738E-5	1.7295152105589856E-4	0.19144678798442508	5.48382871640654E-4
134-135	0.0038133701227934707	6.496227864050824E-4	1.6873319127404738E-5	1.7506068594682416E-4	0.1924612962969603	5.504920365315796E-4
136-137	0.00403905076612251	6.538411161869336E-4	1.6873319127404738E-5	1.7716985083774975E-4	0.1935664986998053	5.547103663134308E-4
138-139	0.004066469909704542	6.707144353143384E-4	1.6873319127404738E-5	1.7716985083774975E-4	0.1946864652568868	5.58928696095282E-4
>>END_MODULE
