##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.2d.R.2.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24165536
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	71-150
%GC	45
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.42237171979136	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.75082050735394	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.912129240584605	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.8553221414166	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.721192693594716	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.71353310764553	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.70702925852752	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.85810205078836	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.841231785630576	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.821912040353666	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
15-19	34.81936980830882	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.826371962119936	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.81253744175176	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.80243790164637	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.79615156063578	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.732507402277356	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.64097578468775	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.60234601045058	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.591724810076634	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.56468337387592	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.54518620236687	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.51698710962551	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.49775736942398	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.47078206451681	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.450117124427194	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.42419502751624	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.3942650158757	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.35398910218322	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.30626065190246	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.26927792280682	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.22277764585347	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.185093675609046	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
125-129	34.14212256103116	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.08432945095836	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.04257334914315	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.010920815309895	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.02556213356618	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
150	34.94580225331986	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	10.0
22	264.0
23	3418.0
24	23072.0
25	89439.0
26	221840.0
27	397015.0
28	577623.0
29	751599.0
30	939329.0
31	1176627.0
32	1496557.0
33	1969282.0
34	2713295.0
35	4208035.0
36	8519741.0
37	1078378.0
38	12.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.14035442872031	10.795643018222314	15.600067799034129	38.46393475402325
2	22.089556512815523	12.541341476843373	36.85179545832714	28.517306552013967
3	21.414189667198663	17.214571103101907	28.17153426153155	33.19970496816788
4	26.465908258581543	24.92554477389902	22.3295288785307	26.279018088988735
5	25.905332304263773	30.625706818049302	24.473978812538643	18.99498206514828
6	19.50372911610563	36.27082678819302	25.766873882084518	18.458570213616827
7	16.10085091166979	25.039774690299097	40.135998880718056	18.723375517313055
8	18.624167253246465	24.40646607499697	31.60700519045532	25.362361481301242
9	19.59693291752302	23.145350235993405	32.762065896737276	24.495650949746302
10-14	20.34710506484997	29.113252919194526	27.14851406188068	23.39112795407483
15-19	20.501342680445614	27.827714647517464	27.90478495615251	23.766157715884408
20-24	20.66022199105683	27.988773075376372	27.643607960082562	23.70739697348424
25-29	20.664703655353087	28.205201460782604	27.502478579176586	23.62761630468773
30-34	20.63737871744924	27.907512068624136	27.541442636125645	23.913666577800974
35-39	20.69613895692393	27.905343113782603	27.58571902166198	23.812798907631482
40-44	20.73951806317722	27.98331551453269	27.498042834162682	23.77912358812741
45-49	20.848362310731222	27.770942361492235	27.45441268123578	23.926282646540763
50-54	20.979491009121563	27.755127065641037	27.52782431609489	23.73755760914251
55-59	20.94533414997035	27.79728551948102	27.47275026814317	23.784630062405462
60-64	20.897077857490768	27.74947799079831	27.432339586099747	23.921104565611177
65-69	21.026999476426298	27.66126391992883	27.52640450329994	23.785332100344935
70-74	21.14151305171064	27.6153192741721	27.49781682139375	23.745350852723515
75-79	21.16022019062479	27.513253502482293	27.47903607153171	23.847490235361203
80-84	21.216706197920814	27.527229986438233	27.447795873016357	23.808267942624596
85-89	21.182796104730333	27.53589798939081	27.50248905538153	23.778816850497325
90-94	21.17324465626953	27.465493687845605	27.45905306022755	23.902208595657314
95-99	21.258151418113318	27.372083920449185	27.568995985831652	23.80076867560584
100-104	21.318073401840124	27.4564064631153	27.423800038337813	23.801720096706763
105-109	21.281276418006374	27.296932202976993	27.52116798658813	23.900623392428503
110-114	21.35441459792781	27.2812357593415	27.57519191834923	23.789157724381464
115-119	21.39383089843116	27.310133107625195	27.545966450573072	23.75006954337057
120-124	21.342062968227214	27.22875055752186	27.557523439506365	23.871663034744564
125-129	21.39654218805771	27.135853667368465	27.621005105709393	23.846599038864433
130-134	21.464834788724154	27.27482796792081	27.490177366959344	23.77015987639569
135-139	21.451569483571642	27.118270203999913	27.61392791896403	23.81623239346441
140-144	21.49609940584832	27.04158490354481	27.761850913503494	23.700464777103374
145-149	21.099143651361924	27.27355870629784	27.818407441251857	23.80889020108838
150	21.03709051787492	25.876685092830005	28.49902731726106	24.587197072034016
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	1.0
9	1.5
10	1.5
11	6.0
12	8.0
13	16.0
14	46.5
15	79.5
16	150.5
17	318.5
18	628.0
19	1158.5
20	2132.0
21	3601.0
22	5672.5
23	9004.5
24	14232.0
25	22236.0
26	33123.0
27	46538.5
28	63435.5
29	89408.5
30	121543.5
31	154191.0
32	185976.0
33	221908.5
34	262399.0
35	309240.0
36	381228.0
37	481128.5
38	602149.5
39	749780.0
40	920332.0
41	1087810.5
42	1255626.5
43	1431579.5
44	1574886.0
45	1658571.5
46	1679295.5
47	1637886.0
48	1551285.5
49	1422831.5
50	1257641.0
51	1081048.0
52	901692.0
53	726300.5
54	565762.0
55	427884.0
56	318815.5
57	238259.0
58	181096.0
59	137437.5
60	98326.5
61	71992.0
62	54365.5
63	35042.5
64	21964.0
65	17783.5
66	19240.0
67	14967.5
68	6850.5
69	3038.0
70	2042.0
71	1335.0
72	642.0
73	281.0
74	126.0
75	80.0
76	47.0
77	31.5
78	14.5
79	1.5
80	0.5
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	1.448343624573442E-4
3	3.310499713310725E-5
4	2.4828747849830436E-5
5	7.034811890785291E-5
6	9.931499139932175E-5
7	1.7793935959045144E-4
8	1.0759124068259855E-4
9	1.241437392491522E-4
10-14	1.4235148767236119E-4
15-19	2.8553060027305E-4
20-24	2.4001122921502754E-4
25-29	3.2442897190445105E-4
30-34	9.50113417720178E-4
35-39	8.739719243140313E-4
40-44	9.757697904983362E-4
45-49	9.070769214471387E-4
50-54	5.967175733242582E-4
55-59	3.60844468750869E-4
60-64	2.5490847792492585E-4
65-69	3.095317231945528E-4
70-74	3.401538568034694E-4
75-79	2.623572260459018E-4
80-84	2.813928459229086E-4
85-89	3.509138234605191E-4
90-94	3.658117442056247E-4
95-99	3.029127092969571E-4
100-104	4.378181889207831E-4
105-109	2.921560245593141E-4
110-114	2.491203795276977E-4
115-119	2.5077760714876745E-4
120-124	2.2429525107858702E-4
125-129	1.3242754547572257E-4
130-134	1.746437792490049E-4
135-139	1.5892833826863768E-4
140-144	1.6230797837868923E-4
145-149	1.6379951378562882E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	1.0
72-73	1.0
74-75	5.0
76-77	8.0
78-79	7.0
80-81	8.0
82-83	15.0
84-85	10.0
86-87	7.0
88-89	17.0
90-91	23.0
92-93	22.0
94-95	20.0
96-97	30.0
98-99	34.0
100-101	48.0
102-103	42.0
104-105	39.0
106-107	57.0
108-109	59.0
110-111	61.0
112-113	54.0
114-115	86.0
116-117	88.0
118-119	83.0
120-121	126.0
122-123	146.0
124-125	175.0
126-127	211.0
128-129	223.0
130-131	325.0
132-133	442.0
134-135	618.0
136-137	995.0
138-139	2782.0
140-141	6152.0
142-143	10174.0
144-145	76186.0
146-147	781203.0
148-149	1445355.0
150-151	2.1839598E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	49.53316383091294
#Duplication Level	Percentage of total
1	37.98683387258583
2	10.713349503424366
3	6.314309908301391
4	4.45000055163844
5	3.3739305009206446
6	2.7256840384196512
7	2.2417553851635184
8	1.8618668509718364
9	1.5701179453649299
>10	18.494921753279637
>50	4.500030527453712
>100	4.739978703735478
>500	0.539733090977795
>1k	0.4874873677626358
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	2.8966872491468844E-5	0.0	4.138124641638406E-6	1.6552498566553623E-4	2.4828747849830436E-5
2	0.0	1.8207748423208986E-4	0.0	8.276249283276813E-6	0.0018331892162458138	3.724312177474565E-5
3	0.0	1.8621560887372828E-4	0.0	8.276249283276813E-6	0.0028884109998636074	6.62099942662145E-5
4	1.6552498566553625E-5	2.1518248136519712E-4	0.0	8.276249283276813E-6	0.0043946883694199875	8.690061747440652E-5
5	3.310499713310725E-5	2.2759685529011233E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.005615435138703317	1.0345311604096015E-4
6	4.965749569966087E-5	2.2759685529011233E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.006596170678771619	1.0759124068259856E-4
7	5.379562034129928E-5	2.4001122921502756E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.007783812450921842	1.1172936532423697E-4
8	7.034811890785291E-5	2.4414935385666596E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.00986528914566596	1.241437392491522E-4
9	9.517686675768334E-5	2.4414935385666596E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.012898534507986911	1.2828186389079058E-4
10-11	1.262128015699714E-4	2.4414935385666596E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.017446333489147522	1.8000842191127065E-4
12-13	1.6759404798635544E-4	2.4414935385666596E-4	0.0	1.2414373924915218E-5	0.021197543476792736	2.1518248136519712E-4
14-15	1.8621560887372828E-4	2.5035654081912356E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.02539980905037654	2.4001122921502756E-4
16-17	2.2138966832765472E-4	2.64839977064858E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.029736563674813588	2.5656372778158116E-4
18-19	2.565637277815812E-4	2.7518528866895403E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.03346087585228815	2.5656372778158116E-4
20-21	3.1863559740615726E-4	3.227737220477957E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.03691207180341458	2.607018524232196E-4
22-23	3.993290279181062E-4	3.289809090102533E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.04068604147658881	2.772543509897732E-4
24-25	4.655390221843207E-4	3.3104997133107247E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.045190390149012216	2.772543509897732E-4
26-27	5.276108918088968E-4	3.3104997133107247E-4	0.0	1.6552498566553625E-5	0.049473349153107964	2.8139247563141164E-4
28-29	5.60715888942004E-4	3.3104997133107247E-4	0.0	1.8621560887372826E-5	0.05390114251966106	2.95875911877146E-4
30-31	6.41409319453953E-4	3.3104997133107247E-4	0.0	2.4828747849830436E-5	0.05806202684682847	3.1863559740615726E-4
32-33	6.910668151536138E-4	3.3104997133107247E-4	0.0	2.4828747849830436E-5	0.06195807119693103	3.641549684641797E-4
34-35	7.634839963822858E-4	3.331190336518917E-4	0.0	3.724312177474565E-5	0.06533684996682879	3.7036215542663733E-4
36-37	7.924508688737547E-4	3.351880959727109E-4	0.0	5.1726558020480076E-5	0.06879218404259686	3.9519090327646775E-4
38-39	8.131414920819468E-4	3.351880959727109E-4	0.0	6.20718696245761E-5	0.07274409307536153	4.0139809023892535E-4
40-41	8.421083645734157E-4	3.3725715829353007E-4	0.0	6.62099942662145E-5	0.07589734405229001	4.0553621488056377E-4
42-43	8.524536761775116E-4	3.413952829351685E-4	0.0	7.034811890785291E-5	0.0790423187799352	4.158815264846598E-4
44-45	8.793514863481613E-4	3.5380965686008375E-4	0.0	7.034811890785291E-5	0.08323216997959408	4.262268380887558E-4
46-47	9.310780443686414E-4	3.6001684382254136E-4	0.0	7.034811890785291E-5	0.08707648777167615	4.28295900409575E-4
48-49	9.828046023891215E-4	3.7656934238909493E-4	0.0	7.034811890785291E-5	0.09067251808525993	4.448483989761287E-4
50-51	9.89011789351579E-4	3.8070746703073335E-4	0.0	7.24171812286721E-5	0.09473615648334885	4.4691746129694787E-4
52-53	0.0010345311604096014	3.8070746703073335E-4	0.0	7.44862435494913E-5	0.09862185552184731	4.4898652361776705E-4
54-55	0.001080050531467624	3.8277652935155254E-4	0.0	7.44862435494913E-5	0.1018537308669669	4.5105558593858624E-4
56-57	0.0011255699025256465	3.931218409556486E-4	0.0	7.44862435494913E-5	0.10603116769270088	4.5105558593858624E-4
58-59	0.001150398650375477	4.055362148805638E-4	0.0	7.655530587031051E-5	0.1098465186122915	4.572627729010439E-4
60-61	0.0012000561460751378	4.1174340184302143E-4	0.0	7.862436819112971E-5	0.11319012332273531	4.696771468259591E-4
62-63	0.0012372992678498834	4.138124641638406E-4	0.0	8.276249283276812E-5	0.1164944158490836	4.717462091467783E-4
64-65	0.001266266140341352	4.1795058880547903E-4	0.0	8.483155515358733E-5	0.12106704357809403	4.758843337884167E-4
66-67	0.0012910948881911827	4.3036496273039424E-4	0.0	8.690061747440652E-5	0.12524241134150718	4.758843337884167E-4
68-69	0.001326268947645109	4.510555859385863E-4	0.0	8.690061747440652E-5	0.12800874766444245	4.8416058307169355E-4
70-71	0.0013986861288737813	4.696771468259591E-4	0.0	9.103874211604493E-5	0.13062818056259956	4.945058946757895E-4
72-73	0.0014442054999318037	4.7795339610923594E-4	0.0	9.310780443686414E-5	0.13325382064771912	4.98644019317428E-4
74-75	0.0014855867463481878	4.820915207508743E-4	0.0	1.0138405372014096E-4	0.1363015494462858	5.007130816382471E-4
76-77	0.0015186917434812952	4.862296453925127E-4	0.0	1.1379842764505616E-4	0.1388837392226682	5.048512062798855E-4
78-79	0.0015745564261434135	4.882987077133319E-4	0.0	1.2207467692833298E-4	0.14140178806710516	5.193346425256199E-4
80-81	0.001630421108805532	4.924368323549703E-4	0.0	1.241437392491522E-4	0.14402329002758307	5.234727671672584E-4
82-83	0.0016738714175427351	4.965749569966088E-4	0.0	1.2621280156997137E-4	0.1463716757617129	5.338180787713544E-4
84-85	0.0017566339103755033	5.007130816382471E-4	2.069062320819203E-6	1.32419988532429E-4	0.14854832932321468	5.338180787713544E-4
86-87	0.0018414654655290906	5.048512062798855E-4	4.138124641638406E-6	1.32419988532429E-4	0.15064428945420455	5.338180787713544E-4
88-89	0.0018683632756997404	5.069202686007047E-4	4.138124641638406E-6	1.365581131740674E-4	0.15261610584594523	5.338180787713544E-4
90-91	0.0018993992105120283	5.151965178839816E-4	4.138124641638406E-6	1.365581131740674E-4	0.15521691718321495	5.379562034129927E-4
92-93	0.0019304351453243165	5.193346425256199E-4	4.138124641638406E-6	1.365581131740674E-4	0.1578735932031468	5.420943280546312E-4
94-95	0.0019925070149488925	5.234727671672584E-4	4.138124641638406E-6	1.4069623781570582E-4	0.16077855670157698	5.462324526962696E-4
96-97	0.0020938910686690336	5.420943280546311E-4	4.138124641638406E-6	1.4069623781570582E-4	0.16305659431679892	5.50370577337908E-4
98-99	0.0021642391875768864	5.545087019795464E-4	4.138124641638406E-6	1.4069623781570582E-4	0.16520221194348844	5.50370577337908E-4
100-101	0.002242863555768016	5.586468266211848E-4	4.138124641638406E-6	1.42765300136525E-4	0.16739334894123598	5.50370577337908E-4
102-103	0.002271830428259485	5.586468266211848E-4	4.138124641638406E-6	1.4690342477816342E-4	0.16913343035304493	5.50370577337908E-4
104-105	0.002323556986279965	5.627849512628233E-4	4.138124641638406E-6	1.489724870989826E-4	0.17087971895181636	5.50370577337908E-4
106-107	0.0023897669805461796	5.710612005461E-4	4.138124641638406E-6	1.5311061174062103E-4	0.17261566223898367	5.50370577337908E-4
108-109	0.002445631663208298	5.710612005461E-4	4.138124641638406E-6	1.5724873638225942E-4	0.17414676835638987	5.50370577337908E-4
110-111	0.002495289158907959	5.710612005461E-4	4.138124641638406E-6	1.5724873638225942E-4	0.1756282169780964	5.50370577337908E-4
112-113	0.0025718444647782695	5.731302628669192E-4	4.138124641638406E-6	1.5724873638225942E-4	0.17727105246082686	5.50370577337908E-4
114-115	0.0026339163344028457	5.751993251877385E-4	4.138124641638406E-6	1.5931779870307863E-4	0.17901320293495665	5.50370577337908E-4
116-117	0.0026939191417066025	5.81406512150196E-4	4.138124641638406E-6	1.8621560887372828E-4	0.18057534498717515	5.524396396587272E-4
118-119	0.0027477147620479014	5.834755744710152E-4	4.138124641638406E-6	1.9035373351536668E-4	0.18198023830301135	5.545087019795464E-4
120-121	0.0028490988157680425	5.834755744710152E-4	4.138124641638406E-6	1.986299827986435E-4	0.18342030567830153	5.545087019795464E-4
122-123	0.0029815188043004716	5.834755744710152E-4	4.138124641638406E-6	1.986299827986435E-4	0.1847507127505883	5.545087019795464E-4
124-125	0.003078764733378974	5.876136991126537E-4	4.138124641638406E-6	1.986299827986435E-4	0.18631285480280677	5.545087019795464E-4
126-127	0.003130491291399454	5.876136991126537E-4	4.138124641638406E-6	1.986299827986435E-4	0.1878253393593256	5.545087019795464E-4
128-129	0.0032070465972697648	5.876136991126537E-4	4.138124641638406E-6	2.0276810744028188E-4	0.18916609174321644	5.545087019795464E-4
130-131	0.0032794637784984365	5.91751823754292E-4	4.138124641638406E-6	2.0276810744028188E-4	0.19042821975891616	5.586468266211848E-4
132-133	0.003395331268464312	5.91751823754292E-4	4.138124641638406E-6	2.0690623208192028E-4	0.19155792778608344	5.627849512628233E-4
134-135	0.0035339584439591986	5.938208860751112E-4	4.138124641638406E-6	2.110443567235587E-4	0.19262763300594699	5.648540135836425E-4
136-137	0.003680861868737362	6.000280730375689E-4	4.138124641638406E-6	2.131134190443779E-4	0.19379665321720985	5.669230759044616E-4
138-139	0.0036953453049830966	6.289949455290377E-4	8.276249283276813E-6	2.1932060600683551E-4	0.19489532530956483	5.669230759044616E-4
>>END_MODULE
