##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.2d.S.1.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24190034
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	69-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.53544873066321	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.88158243183949	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	35.01889203628238	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.985167073349295	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.849835390888664	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.82426498449733	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.80943209918597	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.97770858858652	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.95998980406559	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.94099217884523	35.2	34.0	37.4	31.6	39.0
15-19	34.93917935791244	35.0	34.0	37.0	31.2	39.0
20-24	34.94749434415842	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.94176516659712	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.92461905593022	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.92265768621904	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.85760008439839	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.75859513880799	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.724577906752835	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.71575844002535	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.686238961053135	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.669562448734055	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.64288168444688	35.0	34.0	37.0	30.8	39.0
75-79	34.623203075887545	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
80-84	34.59231113512951	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.57425649780087	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.548072344831944	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.50960370581142	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.47351839839153	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.41234286363399	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.38295132221067	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.32942493217562	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.291518573814336	35.0	34.0	37.0	29.8	39.0
125-129	34.23276620234795	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.18379115507669	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.12803492060563	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.10317850987045	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.10592564324232	35.0	34.0	37.0	29.2	39.0
150	35.02001458032095	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	15.0
22	272.0
23	3121.0
24	21616.0
25	85449.0
26	211849.0
27	380209.0
28	555199.0
29	720602.0
30	898877.0
31	1124909.0
32	1432304.0
33	1878574.0
34	2587355.0
35	4004986.0
36	8648237.0
37	1636458.0
38	2.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.90214052613568	10.506260553416338	15.649192555909593	37.94240636453839
2	23.48734795265382	11.903304001926747	35.39279333549346	29.21655470992598
3	22.166090719805492	16.65818314089103	27.64336583254723	33.532360306756246
4	27.34803592191261	24.070776112435762	21.703391306813806	26.87779665883782
5	27.309447147648196	29.915451499608043	23.690690471083098	19.084410881660666
6	20.262104012750715	35.95681110573929	24.959653807573083	18.82143107393691
7	16.967288210158298	24.516946965757825	39.37130782256498	19.14445700151889
8	19.44170927068125	23.8525336881795	30.770157089208677	25.935599951930577
9	20.23214374593944	22.700832062423117	32.0347877462814	25.032236445356045
10-14	21.1812673884366	28.45763337014221	26.529408340344563	23.831690901076627
15-19	21.495691129315066	27.355504743885493	27.157037452819825	23.991766673979612
20-24	21.44585750162532	27.383468779557933	27.066108632074144	24.104565086742603
25-29	21.36118805692876	27.636545523955153	26.72148675334608	24.280779665770005
30-34	21.379922075047844	27.463390578086706	26.916131858078057	24.24055548878739
35-39	21.61638556350193	27.170088505468936	26.875678244186535	24.337847686842604
40-44	21.795244467626322	27.241895994786162	26.693156807431183	24.269702730156332
45-49	22.07233562206809	27.21352865003911	26.60545698959381	24.108678738298988
50-54	22.03327409182228	27.436963235336737	26.501390410448618	24.028372262392374
55-59	21.942744294114444	27.370210120793786	26.629971376049504	24.057074209042266
60-64	22.185027198705924	27.224280154674325	26.355995647519165	24.234696999100585
65-69	22.01200394051141	27.310358217013086	26.561617725267023	24.11602011720848
70-74	22.372966013593466	27.084824052410728	26.49544452510146	24.04676540889435
75-79	22.191853599782903	27.0340498219732	26.45966177396325	24.314434804280648
80-84	22.491213512572557	27.001684114134743	26.48240105152524	24.02470132176746
85-89	22.331943346670982	27.001781125558978	26.512673130098857	24.153602397671182
90-94	22.32130841318226	26.767612298634667	26.471367099423524	24.43971218875955
95-99	22.54446315464047	26.82277296790476	26.662343243313945	23.970420634140822
100-104	22.504583613921696	26.608111146262974	26.708839365258353	24.178465874556977
105-109	22.59623983363407	26.62215133399654	26.594037561977128	24.18757127039226
110-114	22.527765344434332	26.6761474447324	26.57860816857766	24.217479042255604
115-119	22.623982293735573	26.894535956221365	26.46194498457706	24.019536765466004
120-124	22.539752575711287	26.729407979208457	26.529984363991986	24.200855081088275
125-129	22.93242156173794	26.665690170136124	26.44666720741919	23.955221060706748
130-134	22.618382940863725	26.90168621779686	26.349125553066706	24.13080528827271
135-139	22.778703809326963	26.688948481080626	26.396507005780684	24.135840703811727
140-144	22.70151125348704	26.515005626906902	26.70252369221019	24.080959427395868
145-149	22.146935536882207	26.786232553158502	26.9696432003112	24.097188709648094
150	21.971731872595267	25.34546855072203	27.62513388287355	25.057665693809156
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	1.5
10	1.5
11	1.5
12	4.5
13	10.5
14	20.5
15	40.0
16	69.0
17	208.5
18	484.0
19	851.0
20	1400.5
21	2304.5
22	3905.0
23	6294.5
24	10124.0
25	15423.5
26	21806.5
27	31212.5
28	47841.0
29	71649.5
30	98258.5
31	124188.5
32	152234.0
33	185307.0
34	219482.5
35	265620.5
36	332640.5
37	403931.5
38	474647.0
39	578041.0
40	720872.0
41	878119.5
42	1040673.5
43	1200794.5
44	1341144.0
45	1449931.0
46	1532636.0
47	1563642.0
48	1524576.5
49	1473642.5
50	1389168.0
51	1245931.0
52	1071289.0
53	916023.0
54	775264.0
55	647688.0
56	555647.0
57	459531.0
58	380327.0
59	313682.0
60	244552.0
61	173592.0
62	102169.0
63	56839.5
64	35530.5
65	21693.0
66	14103.0
67	6420.0
68	2391.0
69	1252.5
70	1169.5
71	901.0
72	449.5
73	175.5
74	103.5
75	61.5
76	34.0
77	20.0
78	10.0
79	4.5
80	3.0
81	1.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.5
86	1.0
87	0.5
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	1.4882161802666336E-4
3	5.3741139842961774E-5
4	3.307147067259186E-5
5	5.3741139842961774E-5
6	7.854474284740567E-5
7	1.653573533629593E-4
8	8.681261051555363E-5
9	9.094654434962762E-5
10-14	1.4799483125984859E-4
15-19	2.1909849320592107E-4
20-24	1.661841401297741E-4
25-29	2.835878610174752E-4
30-34	8.085974579448709E-4
35-39	7.614706122364276E-4
40-44	0.001051672767388421
45-49	9.119458037967206E-4
50-54	5.233560233937662E-4
55-59	3.37329000860437E-4
60-64	2.4638245651080937E-4
65-69	3.1996647875732624E-4
70-74	3.472504736434451E-4
75-79	2.7945407967569833E-4
80-84	2.95163295496706E-4
85-89	3.952051528137615E-4
90-94	3.7122906303223107E-4
95-99	3.1004731131808365E-4
100-104	4.73754164003522E-4
105-109	3.0343566812858995E-4
110-114	2.57963191430648E-4
115-119	2.488705288032415E-4
120-124	2.604492486609684E-4
125-129	1.422160579094527E-4
130-134	1.5875707498424086E-4
135-139	1.711714074751728E-4
140-144	1.7123774946941115E-4
145-149	1.41620529494039E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
68-69	1.0
70-71	1.0
72-73	2.0
74-75	4.0
76-77	10.0
78-79	6.0
80-81	6.0
82-83	18.0
84-85	10.0
86-87	16.0
88-89	15.0
90-91	33.0
92-93	18.0
94-95	25.0
96-97	22.0
98-99	37.0
100-101	47.0
102-103	53.0
104-105	46.0
106-107	43.0
108-109	48.0
110-111	79.0
112-113	75.0
114-115	90.0
116-117	90.0
118-119	109.0
120-121	151.0
122-123	158.0
124-125	184.0
126-127	167.0
128-129	232.0
130-131	322.0
132-133	395.0
134-135	622.0
136-137	1051.0
138-139	2390.0
140-141	5888.0
142-143	9055.0
144-145	70978.0
146-147	768471.0
148-149	1402251.0
150-151	2.1926815E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	42.7490904597082
#Duplication Level	Percentage of total
1	33.53038141421545
2	8.592718554891551
3	5.029990084887523
4	3.4048867770403417
5	2.605221270758375
6	2.046996108567571
7	1.7134653626057108
8	1.4463451030335999
9	1.24523667988203
>10	15.53323782190344
>50	5.175332560855523
>100	10.96198981721689
>500	4.026592028750029
>1k	4.235172591573918
>5k	0.34191547781627113
>10k+	0.11051834600185279
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	1.2401801502221948E-5	0.0	4.1339338340739824E-6	2.7697356688295683E-4	2.8937536838517878E-5
2	4.1339338340739824E-6	9.094654434962762E-5	0.0	1.2401801502221948E-5	0.002166181329054767	4.133933834073983E-5
3	1.2401801502221948E-5	1.0334834585184957E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.004212478576921389	5.7875073677035756E-5
4	6.614294134518372E-5	1.3228588269036744E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.006076882736088755	7.027687517925771E-5
5	7.441080901333168E-5	1.3228588269036744E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.0071930448712887295	7.027687517925771E-5
6	9.921441201777559E-5	1.3228588269036744E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.008664725316219068	7.441080901333168E-5
7	1.240180150222195E-4	1.4055375035851542E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.010227352305499033	7.441080901333168E-5
8	2.3563422854221703E-4	1.446876841925894E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.013088034518678229	7.854474284740567E-5
9	3.0177716988740073E-4	1.446876841925894E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.01593218099652113	8.681261051555363E-5
10-11	3.4725044206221454E-4	1.4675465110962636E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.02772216029130013	1.1781711427110851E-4
12-13	3.9272371423702834E-4	1.4882161802666336E-4	0.0	1.653573533629593E-5	0.03602516639703772	1.3228588269036744E-4
14-15	4.2372821799258325E-4	1.5708948569481134E-4	0.0	1.860270225333292E-5	0.04240382630301388	1.3641981652444144E-4
16-17	4.6093362249924905E-4	1.6329038644592232E-4	0.0	2.0669669170369915E-5	0.04627938927245824	1.4055375035851542E-4
18-19	5.394783653466548E-4	1.7362522103110727E-4	0.0	2.0669669170369915E-5	0.04933023244200484	1.4262071727555242E-4
20-21	7.937152961422047E-4	1.8396005561629222E-4	0.0	2.2736636087406906E-5	0.05200282066573367	1.446876841925894E-4
22-23	0.0010872245983614575	1.9016095636740322E-4	0.0	2.6870569921480887E-5	0.05462373471653657	1.446876841925894E-4
24-25	0.0012050417126325658	1.942948902014772E-4	0.0	2.8937536838517878E-5	0.05722604606508615	1.446876841925894E-4
26-27	0.0012732516208947867	1.942948902014772E-4	0.0	3.307147067259186E-5	0.05954311597908461	1.4675465110962636E-4
28-29	0.0013807339005807101	1.942948902014772E-4	0.0	3.9272371423702835E-5	0.06250507957119862	1.5708948569481134E-4
30-31	0.0015874305922844094	1.942948902014772E-4	0.0	5.7875073677035756E-5	0.06555592274074522	1.5915645261184832E-4
32-33	0.001674243202799963	1.942948902014772E-4	0.0	6.82099082622207E-5	0.06825331456747849	1.8189308869925524E-4
34-35	0.0017383191772281097	1.942948902014772E-4	0.0	9.094654434962762E-5	0.07120494332500732	1.8189308869925524E-4
36-37	0.0017631227802325537	2.0049579095258817E-4	0.0	1.0334834585184956E-4	0.07358402224651689	1.8396005561629222E-4
38-39	0.0017796585155688497	2.149645593718471E-4	0.0	1.1575014735407151E-4	0.0761718648266472	1.922279232844402E-4
40-41	0.0018168639200755155	2.149645593718471E-4	0.0	1.1575014735407151E-4	0.07847859990606049	1.942948902014772E-4
42-43	0.0018313326884947744	2.1909849320592107E-4	0.0	1.1575014735407151E-4	0.08076259834938637	1.942948902014772E-4
44-45	0.0018375335892458853	2.2736636087406905E-4	0.0	1.1781711427110851E-4	0.08313754333706186	1.9842882403555117E-4
46-47	0.0018540693245821813	2.39768162376291E-4	4.1339338340739824E-6	1.2608498193925646E-4	0.08699863753808697	2.0049579095258817E-4
48-49	0.0018685380930014402	2.48036030044439E-4	4.1339338340739824E-6	1.2815194885629346E-4	0.08935084588967507	2.0256275786962515E-4
50-51	0.001883006861420699	2.48036030044439E-4	4.1339338340739824E-6	1.2815194885629346E-4	0.09183327315703649	2.0256275786962515E-4
52-53	0.00190987743134218	2.521699638785129E-4	4.1339338340739824E-6	1.2815194885629346E-4	0.0940635304605194	2.0876365862073612E-4
54-55	0.0019470828358488458	2.521699638785129E-4	4.1339338340739824E-6	1.3228588269036744E-4	0.09592380068585268	2.1083062553777312E-4
56-57	0.0020070248764429187	2.521699638785129E-4	4.1339338340739824E-6	1.467546511096264E-4	0.09790602195929117	2.1083062553777312E-4
58-59	0.0020359624132814365	2.6043783154666093E-4	4.1339338340739824E-6	1.5295555186073737E-4	0.09990684593498297	2.1083062553777312E-4
60-61	0.0021310428914651383	2.687056992148089E-4	4.1339338340739824E-6	1.5295555186073737E-4	0.10200688432269256	2.1083062553777312E-4
62-63	0.0022075206673955066	2.728396330488829E-4	6.200900751110974E-6	1.5295555186073737E-4	0.10428468186526732	2.1083062553777312E-4
64-65	0.002219922468897729	2.7904053379999383E-4	8.267867668147965E-6	1.6122341952888532E-4	0.10695727008899615	2.1083062553777312E-4
66-67	0.0022343912373169877	2.8730840146814183E-4	8.267867668147965E-6	1.6122341952888532E-4	0.10955131356987757	2.1083062553777312E-4
68-69	0.002257127873404394	2.9350930221925273E-4	8.267867668147965E-6	1.694912871970333E-4	0.11151906607489678	2.170315262888841E-4
70-71	0.0022922663109940233	2.9764323605332673E-4	8.267867668147965E-6	1.694912871970333E-4	0.11337933630023009	2.2529939395703208E-4
72-73	0.0023232708147495782	2.9971020297036373E-4	8.267867668147965E-6	1.694912871970333E-4	0.11499777139627004	2.3150029470814302E-4
74-75	0.002350141384671059	3.0177716988740073E-4	8.267867668147965E-6	1.7569218794814427E-4	0.11674642540808335	2.3150029470814302E-4
76-77	0.002383212855343651	3.0177716988740073E-4	8.267867668147965E-6	1.8396005561629222E-4	0.11818710134925814	2.3150029470814302E-4
78-79	0.002422485226767354	3.0591110372147473E-4	8.267867668147965E-6	1.942948902014772E-4	0.11956990221675587	2.3150029470814302E-4
80-81	0.0024390209621036494	3.1004503755554874E-4	8.267867668147965E-6	1.942948902014772E-4	0.12100644422409658	2.3770119545925403E-4
82-83	0.0024782933335273528	3.141789713896227E-4	8.267867668147965E-6	1.942948902014772E-4	0.12235617362092174	2.39768162376291E-4
84-85	0.0025279005395362404	3.2451380597480763E-4	8.267867668147965E-6	1.9636185711851417E-4	0.12387126037110985	2.39768162376291E-4
86-87	0.0025692398778769804	3.348486405599926E-4	8.267867668147965E-6	1.9842882403555117E-4	0.12527059697394388	2.39768162376291E-4
88-89	0.002598177414715498	3.348486405599926E-4	8.267867668147965E-6	1.9842882403555117E-4	0.12674227741887423	2.39768162376291E-4
90-91	0.0026229810177199418	3.410495413111036E-4	8.267867668147965E-6	1.9842882403555117E-4	0.12865215485021642	2.4390209621036498E-4
92-93	0.002647784620724386	3.4725044206221454E-4	8.267867668147965E-6	2.0256275786962515E-4	0.13053722867855416	2.4390209621036498E-4
94-95	0.0026932578928991996	3.4725044206221454E-4	8.267867668147965E-6	2.0256275786962515E-4	0.13214739590692598	2.45969063127402E-4
96-97	0.002759400834244383	3.4725044206221454E-4	8.267867668147965E-6	2.0256275786962515E-4	0.1335136610390874	2.501029969614759E-4
98-99	0.002856548279345122	3.5138437589628854E-4	8.267867668147965E-6	2.1289759245481012E-4	0.13467736341337927	2.521699638785129E-4
100-101	0.0029888341620354893	3.5138437589628854E-4	8.267867668147965E-6	2.1909849320592107E-4	0.135948548067357	2.542369307955499E-4
102-103	0.0030322404672932664	3.5138437589628854E-4	8.267867668147965E-6	2.2116546012295807E-4	0.13688901801460884	2.6043783154666093E-4
104-105	0.0030529101364636362	3.5138437589628854E-4	8.267867668147965E-6	2.2736636087406905E-4	0.13789976483703992	2.645717653807349E-4
106-107	0.003100450375555487	3.5345134281332554E-4	8.267867668147965E-6	2.3563422854221703E-4	0.1389497840308947	2.666387322977719E-4
108-109	0.0031583254492325227	3.7205404506665844E-4	8.267867668147965E-6	2.521699638785129E-4	0.1400721470668458	2.687056992148089E-4
110-111	0.003193463886822152	3.7618797890073244E-4	8.267867668147965E-6	2.521699638785129E-4	0.14096507677500578	2.687056992148089E-4
112-113	0.0032637407620014092	3.7618797890073244E-4	8.267867668147965E-6	2.521699638785129E-4	0.14192001549067684	2.707726661318459E-4
114-115	0.00331128100109326	3.7618797890073244E-4	8.267867668147965E-6	2.521699638785129E-4	0.14327181185441906	2.7697356688295683E-4
116-117	0.0033670891078532586	3.7618797890073244E-4	8.267867668147965E-6	2.521699638785129E-4	0.14423708540467534	2.7904053379999383E-4
118-119	0.003422897214613258	3.823888796518434E-4	8.267867668147965E-6	2.521699638785129E-4	0.14507214003915828	2.8110750071703083E-4
120-121	0.0035262455604651074	3.844558465688804E-4	8.267867668147965E-6	2.5630389771258693E-4	0.14590306073980713	2.8110750071703083E-4
122-123	0.0036936698807451037	3.865228134859174E-4	8.267867668147965E-6	2.707726661318459E-4	0.14683319585247379	2.8317446763406783E-4
124-125	0.0038156209288502862	3.885897804029544E-4	8.267867668147965E-6	2.7490659996591983E-4	0.14779226850197896	2.8524143455110483E-4
126-127	0.003848692399522878	3.885897804029544E-4	8.267867668147965E-6	2.7697356688295683E-4	0.1486541937063834	2.8730840146814183E-4
128-129	0.0038962326386147287	3.9065674731999134E-4	8.267867668147965E-6	2.8110750071703083E-4	0.1495202528446219	2.914423353022158E-4
130-131	0.003995447050632504	4.0512551573925035E-4	8.267867668147965E-6	2.8317446763406783E-4	0.15021268676182925	2.9764323605332673E-4
132-133	0.004057456058143614	4.092594495733243E-4	8.267867668147965E-6	2.914423353022158E-4	0.15088031707603222	2.9764323605332673E-4
134-135	0.004152536536327316	4.092594495733243E-4	8.267867668147965E-6	2.935093022192528E-4	0.1517112377766811	2.9764323605332673E-4
136-137	0.004231081279174721	4.1959428415850924E-4	8.267867668147965E-6	2.935093022192528E-4	0.15253389060966183	2.9764323605332673E-4
138-139	0.004237282179925832	4.4439788716295315E-4	8.267867668147965E-6	2.935093022192528E-4	0.1531973869900307	2.9764323605332673E-4
>>END_MODULE
