##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.2d.S.2.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24075142
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	70-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.37744591496075	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.71026405576341	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	34.86119990486453	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.82069372633399	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.69575867922191	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.69623921636683	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.70595297008009	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.859839663666364	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.83814193079318	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.809037529249046	35.0	34.0	37.4	31.0	39.0
15-19	34.814493621678324	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.81933402511187	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.81949447276365	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.80177338102512	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.798647268622545	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.73259152531686	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.63259498116356	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.59761284897094	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
55-59	34.59176922819396	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
60-64	34.56303236757648	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
65-69	34.545780681168985	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
70-74	34.52341771939299	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.50383998189004	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.476975693792795	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.45941704176824	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.43375342358305	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.397391495934784	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.36209526263212	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.306728566934815	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.27849979075928	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.22718178035441	35.0	34.0	37.0	29.6	39.0
120-124	34.190784687196214	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
125-129	34.136173702788845	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
130-134	34.09150406148221	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
135-139	34.03888716346499	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
140-144	34.01337372652709	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
145-149	34.015300250498186	35.0	34.0	37.0	29.0	39.0
150	34.94682820025495	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	12.0
22	248.0
23	3167.0
24	22062.0
25	89130.0
26	223636.0
27	403086.0
28	585496.0
29	757117.0
30	942843.0
31	1179794.0
32	1500159.0
33	1956882.0
34	2680797.0
35	4149423.0
36	8203757.0
37	1377531.0
38	2.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.900461147851175	10.55839670644518	15.517212733366225	38.023929412337424
2	23.04917113532239	12.48634481269029	36.13232343790887	28.332160614078443
3	22.076589182950386	17.32017319288462	27.754641170472937	32.84859645369205
4	27.226746969725728	24.993994840568053	21.702187207205643	26.077070982500572
5	26.91425374532625	30.562938805877714	23.777694492231177	18.74511295656486
6	19.995548100925276	36.09857961657427	25.271222958441037	18.634649324059417
7	16.849189934963523	24.227529816693625	39.73989894290799	19.18338130543486
8	19.497660530288663	23.68788367938777	30.95818777846701	25.85626801185656
9	20.286415958380278	22.705842648792064	32.06119594394629	24.946545448881366
10-14	21.261876574515615	28.460422843639304	26.49233818841545	23.785362393429637
15-19	21.518499469156367	27.432357779693028	27.167546969927148	23.881595781223456
20-24	21.446839980254452	27.428460888738122	27.08759828683386	24.03710084417357
25-29	21.385079354071465	27.72783997593925	26.705682589462832	24.181398080526456
30-34	21.430503550235137	27.50211230012339	26.909176257739137	24.158207891902336
35-39	21.662063522910316	27.26026700462939	26.846911587681316	24.23075788477898
40-44	21.84376115088141	27.30892907982726	26.661883979651396	24.185425789639933
45-49	22.124006161032334	27.238356167934118	26.602496280113236	24.035141390920305
50-54	22.09706287075964	27.47279088017196	26.498497125511676	23.931649123556724
55-59	22.002045288245355	27.374087466797253	26.639163716841395	23.984703528115993
60-64	22.25679481585661	27.221058519826492	26.366954423751153	24.155192240565746
65-69	22.103229360497977	27.3396936753331	26.54521997903756	24.011856985131367
70-74	22.466227508324987	27.100654843024596	26.469007614446628	23.964110034203788
75-79	22.29688084084607	27.021439593027562	26.453521712580862	24.2281578535455
80-84	22.56718933477044	26.966760100330596	26.497889603429503	23.96816096146946
85-89	22.42108781113411	26.960135556453864	26.50927676474854	24.109499867663487
90-94	22.435290149744603	26.694559391716986	26.488780367797542	24.38137009074087
95-99	22.647909599488397	26.759576402119585	26.68620125152711	23.90631274686491
100-104	22.621315314812378	26.548685961211532	26.719706394873572	24.110292329102517
105-109	22.706940009952515	26.540620607919426	26.601852464066106	24.150586918061954
110-114	22.63558393979729	26.582384291314508	26.594225812221044	24.18780595666716
115-119	22.762660699927864	26.792066133289804	26.484694436362105	23.960578730420227
120-124	22.68038635187479	26.6284148058546	26.52781814032971	24.163380701940902
125-129	23.05944995580467	26.592073851539332	26.428164614235776	23.92031157842022
130-134	22.730656052614055	26.838004331333167	26.338181757276523	24.09315785877626
135-139	22.88388057119888	26.629836724676476	26.352849434381394	24.13343326974325
140-144	22.848307194479155	26.448578917365428	26.63778801984274	24.06532586831268
145-149	22.305508594325254	26.532540394012855	26.99363262343091	24.168318388230983
150	22.094830028045337	25.17203808052953	27.637702300686783	25.09542959073835
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	1.5
9	2.0
10	1.5
11	2.0
12	5.0
13	9.5
14	17.5
15	36.0
16	84.0
17	190.5
18	457.0
19	852.0
20	1390.5
21	2253.5
22	3730.5
23	6194.5
24	10228.5
25	15818.0
26	22184.0
27	31744.5
28	49833.5
29	74610.5
30	101284.0
31	126688.5
32	153261.0
33	187794.0
34	225573.0
35	272612.0
36	341326.0
37	412949.5
38	480690.0
39	583537.5
40	726976.0
41	880852.5
42	1036578.0
43	1191061.0
44	1329515.0
45	1434380.5
46	1516013.5
47	1548334.0
48	1507189.5
49	1455633.5
50	1372151.0
51	1233671.5
52	1065817.5
53	913079.0
54	772453.5
55	645234.5
56	554233.0
57	460145.5
58	378694.0
59	309051.5
60	239161.5
61	167326.5
62	97195.5
63	54146.0
64	34404.0
65	21103.5
66	13422.5
67	6285.0
68	2348.5
69	1092.0
70	873.5
71	650.5
72	353.5
73	153.5
74	90.0
75	62.0
76	33.5
77	24.5
78	12.5
79	3.0
80	1.5
81	0.5
82	0.5
83	0.5
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.5
91	0.5
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	1.7445379969098417E-4
3	7.891957605068332E-5
4	4.5690280871448235E-5
5	1.2460985692213157E-5
6	9.553422364030087E-5
7	1.5783915210136664E-4
8	1.1630253312732279E-4
9	7.061225225587455E-5
10-14	1.6365427875773277E-4
15-19	2.7995681188505554E-4
20-24	1.8940698252163996E-4
25-29	3.422617403461213E-4
30-34	8.365475061372431E-4
35-39	9.079904907725986E-4
40-44	0.0010442306010074623
45-49	8.955295050803853E-4
50-54	5.989580456057124E-4
55-59	4.1619692211991935E-4
60-64	2.791260795055747E-4
65-69	3.505690641409301E-4
70-74	3.688451918100916E-4
75-79	2.8992568473655496E-4
80-84	2.674961484085246E-4
85-89	3.9210665380734065E-4
90-94	3.721696673330691E-4
95-99	3.289721375220503E-4
100-104	4.627226750069286E-4
105-109	2.816223801766555E-4
110-114	2.2347144699506503E-4
115-119	2.3427285999260726E-4
120-124	2.517215678329146E-4
125-129	1.2710891974964227E-4
130-134	1.5619041605637477E-4
135-139	1.3875267954688127E-4
140-144	1.5127462586751218E-4
145-149	1.482723894273483E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	1.0
72-73	1.0
74-75	2.0
76-77	5.0
78-79	8.0
80-81	10.0
82-83	17.0
84-85	12.0
86-87	7.0
88-89	15.0
90-91	26.0
92-93	16.0
94-95	21.0
96-97	27.0
98-99	38.0
100-101	38.0
102-103	41.0
104-105	42.0
106-107	45.0
108-109	41.0
110-111	62.0
112-113	72.0
114-115	54.0
116-117	93.0
118-119	98.0
120-121	132.0
122-123	130.0
124-125	140.0
126-127	191.0
128-129	255.0
130-131	299.0
132-133	402.0
134-135	577.0
136-137	1061.0
138-139	2287.0
140-141	6000.0
142-143	9274.0
144-145	72046.0
146-147	773720.0
148-149	1456983.0
150-151	2.1750853E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	41.720072109012115
#Duplication Level	Percentage of total
1	32.496730422788055
2	8.570901218936488
3	5.003106936010108
4	3.518248516251745
5	2.5934593204323253
6	2.0817228190073913
7	1.6401672176329503
8	1.468577678274716
9	1.2398288828823765
>10	15.655892512754315
>50	5.269968562878072
>100	11.413746022759184
>500	4.072909469039756
>1k	4.455788257744631
>5k	0.41506449780346555
>10k+	0.10388766480423586
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	4.153661897404385E-6	2.492197138442631E-5	0.0	4.153661897404385E-6	3.322929517923508E-4	2.0768309487021926E-5
2	1.661464758961754E-5	1.0799520933251401E-4	0.0	1.661464758961754E-5	0.002384201929110117	3.322929517923508E-5
3	2.9075633281830694E-5	1.1214887122991839E-4	0.0	1.661464758961754E-5	0.004598103720426654	4.984394276885262E-5
4	9.553422364030086E-5	1.2045619502472716E-4	0.0	1.661464758961754E-5	0.0066957029786158685	6.230492846106578E-5
5	9.553422364030086E-5	1.2460985692213156E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.007846267324196883	6.230492846106578E-5
6	1.2460985692213156E-4	1.2460985692213156E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.009445427154697572	6.645859035847016E-5
7	1.412245045117491E-4	1.3291718071694033E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.010853518537917658	6.645859035847016E-5
8	2.69988023331285E-4	1.3291718071694033E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.014188909041533379	7.061225225587455E-5
9	3.4890759938196835E-4	1.370708426143447E-4	0.0	2.0768309487021926E-5	0.017054935750742406	7.891957605068332E-5
10-11	4.2575034448394947E-4	1.4330133546045128E-4	0.0	2.2845140435724118E-5	0.02915662968883008	1.0176471648640743E-4
12-13	4.652101325092911E-4	1.4537816640915348E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.037328959471973205	1.1422570217862059E-4
14-15	5.212845681242502E-4	1.5783915210136664E-4	0.0	2.492197138442631E-5	0.0433849985183888	1.3084034976823815E-4
16-17	5.565906942521876E-4	1.6406964494747323E-4	0.0	3.322929517923508E-5	0.04728736387100022	1.3291718071694033E-4
18-19	6.2512611555936E-4	1.703001377935798E-4	0.0	3.322929517923508E-5	0.050286307760926185	1.349940116656425E-4
20-21	0.0010965667409147577	2.0768309487021925E-4	0.0	3.322929517923508E-5	0.052793042716009736	1.370708426143447E-4
22-23	0.0016344659566286256	2.1391358771632584E-4	0.0	3.7382957076639467E-5	0.05550330710406609	1.4330133546045128E-4
24-25	0.0017756904611403745	2.201440805624324E-4	0.0	3.7382957076639467E-5	0.05813465191607177	1.4537816640915348E-4
26-27	0.0018213807420118227	2.201440805624324E-4	0.0	4.153661897404385E-5	0.06037762934067014	1.4953182830655787E-4
28-29	0.0019003003180625062	2.201440805624324E-4	0.0	4.361344992274604E-5	0.06321873407849474	1.5991598305006881E-4
30-31	0.002139135877163258	2.201440805624324E-4	0.0	6.438175940976797E-5	0.06614083522331872	1.6822330684487758E-4
32-33	0.002180672496137302	2.2429774245983679E-4	0.0	6.853542130717236E-5	0.0688780984137082	1.8068429253709076E-4
34-35	0.0023032055221107314	2.2429774245983679E-4	0.0	8.930373079419428E-5	0.0716257457588412	1.972989401267083E-4
36-37	0.0023572031267769886	2.2429774245983679E-4	0.0	9.553422364030086E-5	0.07414078803771956	2.0352943297281486E-4
38-39	0.002369664112469202	2.4091239004945432E-4	0.0	1.1214887122991839E-4	0.07665375348564922	2.0560626392151707E-4
40-41	0.0024049702385971388	2.4091239004945432E-4	0.0	1.1214887122991839E-4	0.07894034436017033	2.0975992581892143E-4
42-43	0.0024257385480841607	2.471428828955609E-4	0.0	1.1214887122991839E-4	0.08141177318912594	2.2429774245983679E-4
44-45	0.0024319690409302674	2.533733757416675E-4	0.0	1.1630253312732278E-4	0.08387904835618415	2.2429774245983679E-4
46-47	0.002438199533776374	2.575270376390719E-4	0.0	1.2045619502472716E-4	0.0876173440638481	2.3260506625464555E-4
48-49	0.002458967843263396	2.5960386858777404E-4	0.0	1.2876351881953594E-4	0.08998493134536859	2.4091239004945432E-4
50-51	0.002496350800340035	2.6168069953647625E-4	0.0	1.370708426143447E-4	0.0925311260884775	2.450660519468587E-4
52-53	0.002525426433621866	2.6375753048517845E-4	0.0	1.370708426143447E-4	0.0948239474558447	2.450660519468587E-4
54-55	0.0025503484050062924	2.6791119238258286E-4	0.0	1.370708426143447E-4	0.09663909770501042	2.450660519468587E-4
56-57	0.00261473016441606	2.741416852286894E-4	0.0	1.4330133546045128E-4	0.09863077858481582	2.492197138442631E-4
58-59	0.002647959459595295	2.824490090234982E-4	0.0	1.5783915210136664E-4	0.10072837784300503	2.533733757416675E-4
60-61	0.0027871071331583425	2.824490090234982E-4	0.0	1.6199281399877102E-4	0.10275744167988708	2.575270376390719E-4
62-63	0.0028743340330038346	2.9075633281830696E-4	0.0	1.6199281399877102E-4	0.10505649354010041	2.69988023331285E-4
64-65	0.00288887184964475	2.9075633281830696E-4	0.0	1.703001377935798E-4	0.10787059947559188	2.69988023331285E-4
66-67	0.002909640159131772	2.9906365661311573E-4	0.0	1.7860746158838856E-4	0.11040433323300855	2.69988023331285E-4
68-69	0.002922101144823985	3.0944781135662665E-4	0.0	1.8068429253709076E-4	0.11232332502960937	2.741416852286894E-4
70-71	0.0029387157924136023	3.281392898949464E-4	0.0	1.8276112348579294E-4	0.11431500590941479	2.80372178074796E-4
72-73	0.0029511767781058157	3.322929517923508E-4	0.0	1.8276112348579294E-4	0.1158456303186083	2.990636566131157E-4
74-75	0.0029844060732850505	3.322929517923508E-4	0.0	1.8899161633189953E-4	0.11739702303728883	3.032173185105201E-4
76-77	0.0030176353684642854	3.34369782741053E-4	0.0	1.952221091780061E-4	0.1187012728730738	3.032173185105201E-4
78-79	0.0030467110017461164	3.3644661368975517E-4	0.0	2.1391358771632584E-4	0.12004705932783283	3.032173185105201E-4
80-81	0.0030695561421818403	3.406002755871596E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.12142399824682239	3.032173185105201E-4
82-83	0.0030986317754636713	3.4475393748456393E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.12287570307996522	3.032173185105201E-4
84-85	0.003136014732540311	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.1244727860795172	3.052941494592223E-4
86-87	0.00317339768961695	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.12593695189835225	3.0944781135662665E-4
88-89	0.0031920891681552696	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.12744888482900746	3.1567830420273327E-4
90-91	0.0032190879704883987	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.12941149007553104	3.1567830420273327E-4
92-93	0.003235702618078016	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.13116225856528696	3.1983196610013763E-4
94-95	0.0032959307155903794	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.1325931950889428	3.1983196610013763E-4
96-97	0.0033810807844871695	3.572149231767771E-4	0.0	2.1599041866502802E-4	0.13392444372706086	3.1983196610013763E-4
98-99	0.0034745381771787683	3.5929175412547927E-4	0.0	2.222209115111346E-4	0.13496701286330937	3.1983196610013763E-4
100-101	0.003626146836434028	3.655222469715859E-4	0.0	2.2637457340853896E-4	0.1361404223493261	3.260624589462442E-4
102-103	0.003667683455408072	3.655222469715859E-4	0.0	2.2845140435724117E-4	0.13713107071185707	3.3644661368975517E-4
104-105	0.0036905285958437964	3.655222469715859E-4	0.0	2.3675872815204994E-4	0.13823386794561793	3.4267710653586173E-4
106-107	0.0037279115529204356	3.7382957076639465E-4	0.0	2.4091239004945432E-4	0.13931797370084048	3.4683076843326614E-4
108-109	0.003761140848099671	3.759064017150968E-4	0.0	2.471428828955609E-4	0.14043530875124227	3.4890759938196835E-4
110-111	0.0038213689456120343	3.800600636125012E-4	0.0	2.492197138442631E-4	0.1414301107756706	3.4890759938196835E-4
112-113	0.0039023653526114198	3.8836738740731E-4	0.0	2.533733757416675E-4	0.1425495226570211	3.4890759938196835E-4
114-115	0.003954286126328975	3.9667471120211875E-4	0.0	2.575270376390719E-4	0.1436980101716534	3.4890759938196835E-4
116-117	0.003999976407200423	4.0913569689433193E-4	0.0	2.6583436143388066E-4	0.14451628156544205	3.530612612793727E-4
118-119	0.004064358166610191	4.2990400638135383E-4	0.0	2.6583436143388066E-4	0.14534909077587166	3.572149231767771E-4
120-121	0.004193121685429726	4.3405766827875824E-4	0.0	2.6791119238258286E-4	0.1462483585766597	3.572149231767771E-4
122-123	0.0044111889350434575	4.3821133017616265E-4	0.0	2.762185161773916E-4	0.14714762637744774	3.572149231767771E-4
124-125	0.004525414637222077	4.42364992073567E-4	0.0	2.782953471260938E-4	0.14800743439021044	3.572149231767771E-4
126-127	0.004585642734734441	4.444418230222692E-4	0.0	2.782953471260938E-4	0.14900015958369012	3.572149231767771E-4
128-129	0.004645870832246804	4.444418230222692E-4	0.0	2.782953471260938E-4	0.149851660272658	3.572149231767771E-4
130-131	0.004760096534425426	4.444418230222692E-4	0.0	2.80372178074796E-4	0.150514169345294	3.572149231767771E-4
132-133	0.004853553927117024	4.506723158683758E-4	0.0	2.845258399722004E-4	0.15113514179895593	3.6136858507418147E-4
134-135	0.004942857657911218	4.52749146817078E-4	0.0	2.8660267092090255E-4	0.15189110826428354	3.634454160228837E-4
136-137	0.0050508528672437315	4.548259777657802E-4	0.0	2.8660267092090255E-4	0.15271561015091834	3.675990779202881E-4
138-139	0.005055006529141136	4.6521013250929116E-4	0.0	2.8660267092090255E-4	0.1533677350688108	3.6967590886899024E-4
>>END_MODULE
