##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.R.2.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24010193
Total Bases	3.5 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	69-150
%GC	44
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.425546558497054	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.897339975567874	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	35.02210186315454	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	35.03977548202133	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.95713624626008	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.899425798035026	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.84390175455899	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.98855998367027	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.96246027676662	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.98311080631463	35.2	34.0	37.0	32.0	39.0
15-19	34.98132219095449	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
20-24	34.97585351354735	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
25-29	34.96546164372773	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
30-34	34.94675045719124	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
35-39	34.94044590145527	35.0	34.0	37.0	31.6	39.0
40-44	34.88264921485637	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.80265983701172	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.781131905103805	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.76324095354003	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.75254982748369	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.73346180099428	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.72197844049502	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.699724946521016	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
80-84	34.68915033042757	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
85-89	34.67227851894258	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
90-94	34.65866931967204	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
95-99	34.637836242559004	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
100-104	34.601769519540625	35.0	34.0	37.0	30.6	39.0
105-109	34.578955234933545	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
110-114	34.54166007841034	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.51891837181783	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.494797001710154	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.46647933550841	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.43087355897252	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.402516481810196	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.368212185056834	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.395390036539965	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
150	35.13679060876741	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
20	1.0
21	7.0
22	141.0
23	2093.0
24	15707.0
25	68540.0
26	180023.0
27	333880.0
28	493964.0
29	642503.0
30	800213.0
31	1010256.0
32	1315928.0
33	1790416.0
34	2626340.0
35	4446769.0
36	9141564.0
37	1141836.0
38	12.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.13913861500405	11.319667442906436	16.08558498467713	37.45560895741238
2	23.22084312657561	12.432456251159143	35.27766286123898	29.069037761026273
3	21.84888803221533	17.11399284212036	28.093351058590432	32.943768067073876
4	26.492157172662985	24.184454452709698	22.29239669631454	27.030991678312784
5	26.335684766979	30.065432675938432	24.389709779291486	19.209172777791082
6	19.669848166391194	36.4078131074901	25.440233334506445	18.48210539161226
7	16.161631643284196	25.315668581828938	39.978788137516844	18.543911637370027
8	18.48641525982003	24.85738212510973	31.340422477354252	25.315780137715986
9	19.651107813989473	23.35968661277172	32.56644018484169	24.422765388397117
10-14	20.143925977831756	29.35164522394152	27.215773323977622	23.2886554742491
15-19	20.38472020884963	27.96866779129634	27.949898233478322	23.69671376637571
20-24	20.50377671353391	28.142178638452283	27.72788820533107	23.626156442682746
25-29	20.530728725680866	28.26326015071274	27.596407362580027	23.609603761026367
30-34	20.459158571355804	28.061602260349428	27.634830902154356	23.84440826614041
35-39	20.544046030031407	27.96822532418073	27.69306987270005	23.794658773087818
40-44	20.555210243021808	28.040887103109558	27.6480962825471	23.755806371321537
45-49	20.642433017809086	27.834970429446713	27.595046755212437	23.927549797531757
50-54	20.785027101718565	27.809164984353878	27.676162628387114	23.72964528554045
55-59	20.74687569671279	27.834063644871048	27.61660408112878	23.802456577287373
60-64	20.72520150287013	27.775133278395682	27.564711001689318	23.934954217044865
65-69	20.804628917937478	27.689761094066316	27.669257196476554	23.83635279151965
70-74	20.94683676918697	27.61559888454092	27.639936109972773	23.79762823629934
75-79	20.959872032478078	27.53783677682004	27.65170056281583	23.85059062788605
80-84	21.021503607824567	27.53499630601593	27.580180587020642	23.86331949913886
85-89	20.96789336380053	27.55236372985466	27.673600295342588	23.80614261100222
90-94	20.969600606972786	27.496378952093814	27.590010621640566	23.944009819292837
95-99	21.05950956066948	27.385748368726325	27.712911893395663	23.84183017720853
100-104	21.125126402008984	27.447617531419283	27.5627242012371	23.864531865334634
105-109	21.080804540924543	27.309933433616244	27.67923253492596	23.930029490533254
110-114	21.143514167309608	27.289490712622882	27.723108477736602	23.843886642330908
115-119	21.149223312092666	27.307327760304357	27.73235379828672	23.81109512931626
120-124	21.12729152962299	27.208418763841674	27.745792960497234	23.918496746038098
125-129	21.17339387651988	27.133053825237063	27.784457643607567	23.90909465463549
130-134	21.223202254379405	27.254305266216434	27.68859218577771	23.833900293626453
135-139	21.226335438440145	27.097712460669882	27.830616791883067	23.84533530900691
140-144	21.261555483508516	27.015321366015726	27.956196882526253	23.766926267949508
145-149	20.876618001017338	27.320950935127836	27.950950102406107	23.85148096144872
150	21.030799766796747	25.966799125605807	28.405108323963724	24.59729278363373
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	1.5
9	1.0
10	1.5
11	8.0
12	15.0
13	23.5
14	44.0
15	85.5
16	178.5
17	355.5
18	697.5
19	1365.0
20	2540.5
21	4242.0
22	6600.5
23	10260.5
24	15786.0
25	24093.5
26	35379.0
27	49564.5
28	66754.5
29	92392.5
30	124838.0
31	157844.0
32	190478.0
33	227405.5
34	267958.5
35	316937.5
36	391895.0
37	492662.0
38	613332.0
39	763339.0
40	935897.5
41	1105212.0
42	1272306.0
43	1444607.0
44	1584107.0
45	1659524.5
46	1667732.5
47	1615731.0
48	1523930.5
49	1390999.0
50	1222174.0
51	1044883.0
52	868275.5
53	697804.0
54	544128.0
55	412362.5
56	308232.0
57	230686.5
58	175210.5
59	132458.5
60	93945.5
61	66948.5
62	49444.5
63	32262.5
64	19881.5
65	14859.5
66	14171.5
67	11478.5
68	6100.0
69	2779.0
70	2190.5
71	1577.0
72	701.5
73	248.0
74	121.0
75	72.5
76	39.0
77	27.5
78	14.5
79	2.0
80	0.5
81	0.5
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	5.8308569198090155E-5
3	4.164897799863583E-5
4	1.5826611639481615E-4
5	7.49681603975445E-5
6	1.1661713839618031E-4
7	1.7909060539413407E-4
8	2.2490448119263348E-4
9	1.0412244499658958E-4
10-14	1.8825338055383396E-4
15-19	1.566001572748707E-4
20-24	1.3327672959563466E-4
25-29	2.757162343509692E-4
30-34	4.164897799863583E-4
35-39	5.372718161824022E-4
40-44	2.4822790887186954E-4
45-49	2.3823215415219693E-4
50-54	3.8317059758744964E-4
55-59	4.9978773598363E-4
60-64	7.813348272544083E-4
65-69	5.156143476231116E-4
70-74	2.457289886138016E-4
75-79	4.0066324510806416E-4
80-84	2.4156422531781502E-4
85-89	2.907103531636E-4
90-94	3.515183991352314E-4
95-99	5.081200838028294E-4
100-104	3.798418212042565E-4
105-109	3.956700930419473E-4
110-114	2.832178583320449E-4
115-119	3.9484147772738374E-4
120-124	3.198739909724896E-4
125-129	3.5153167850212187E-4
130-134	3.373760564712539E-4
135-139	2.5325096978668445E-4
140-144	2.475019346401224E-4
145-149	2.9100633962825576E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
68-69	1.0
70-71	1.0
72-73	1.0
74-75	0.0
76-77	3.0
78-79	5.0
80-81	2.0
82-83	10.0
84-85	13.0
86-87	11.0
88-89	10.0
90-91	9.0
92-93	22.0
94-95	19.0
96-97	24.0
98-99	34.0
100-101	31.0
102-103	37.0
104-105	38.0
106-107	38.0
108-109	45.0
110-111	51.0
112-113	58.0
114-115	61.0
116-117	68.0
118-119	63.0
120-121	86.0
122-123	76.0
124-125	104.0
126-127	112.0
128-129	133.0
130-131	188.0
132-133	257.0
134-135	376.0
136-137	628.0
138-139	2167.0
140-141	5158.0
142-143	7329.0
144-145	66129.0
146-147	746564.0
148-149	1146233.0
150-151	2.2033998E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.76684384261063
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.54456685690097
2	11.610597011165934
3	6.722086027720882
4	4.763223669676936
5	3.5483042575142294
6	2.8184685188197602
7	2.295923560695292
8	1.899618727722418
9	1.5733555948751168
>10	17.63348703071138
>50	4.092609570672833
>100	3.7544070323868346
>500	0.3896119031090177
>1k	0.35374023802822796
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	1.2494693399590749E-5	0.0	0.0	1.5826611639481615E-4	4.9978773598362996E-5
2	4.164897799863583E-6	9.579264939686241E-5	0.0	8.329795599727166E-6	0.0015201876969502077	5.830856919809016E-5
3	8.329795599727166E-6	1.0828734279645316E-4	0.0	8.329795599727166E-6	0.0024822790887186956	9.995754719672599E-5
4	1.2494693399590749E-5	1.1661713839618032E-4	0.0	8.329795599727166E-6	0.003702594144078725	1.249469339959075E-4
5	1.2494693399590749E-5	1.1661713839618032E-4	0.0	1.2494693399590749E-5	0.004860435732440801	1.249469339959075E-4
6	2.0824488999317915E-5	1.1661713839618032E-4	0.0	1.2494693399590749E-5	0.0059932879340036955	1.2911183179577107E-4
7	2.4989386799181498E-5	1.3744162739549824E-4	0.0	1.2494693399590749E-5	0.00728857114976127	1.2911183179577107E-4
8	4.9978773598362996E-5	1.4160652519536182E-4	0.0	1.2494693399590749E-5	0.00919609434209879	1.3744162739549824E-4
9	6.663836479781733E-5	1.4160652519536182E-4	0.0	1.2494693399590749E-5	0.012236469735999206	1.5410121859495257E-4
10-11	1.1245224059631674E-4	1.49936320795089E-4	0.0	1.6659591199454332E-5	0.016524232020958766	1.8325550319399765E-4
12-13	1.6034856529474796E-4	1.49936320795089E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.02006439515084281	2.1657468559290632E-4
14-15	1.7909060539413407E-4	1.49936320795089E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.02433966274240278	2.3531672569229243E-4
16-17	2.2490448119263348E-4	1.6034856529474796E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.02872530012565913	2.519763168917468E-4
18-19	2.7071835699113287E-4	1.6867836089447513E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.032400822434038745	2.582236635915421E-4
20-21	2.9570774379031437E-4	1.9158529879372482E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.035882676994724694	2.728008058910647E-4
22-23	3.540163129884046E-4	2.0824488999317915E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.0394332523691084	2.873779481905872E-4
24-25	4.0607753548669933E-4	2.2906937899249707E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.043475285683876014	2.873779481905872E-4
26-27	4.664685535847213E-4	2.3323427679236065E-4	0.0	2.0824488999317915E-5	0.04748399981624471	2.99872641590178E-4
28-29	4.977052870836982E-4	2.3323427679236065E-4	0.0	2.2906937899249707E-5	0.05189254413740031	3.2277957948942767E-4
30-31	5.39354265082334E-4	2.3323427679236065E-4	0.0	2.915428459904508E-5	0.05658221906004671	3.3110937508915484E-4
32-33	5.789207941810381E-4	2.3323427679236065E-4	0.0	3.123673349897687E-5	0.06050138788971834	3.8525304648738144E-4
34-35	6.164048743798103E-4	2.3323427679236065E-4	0.0	4.164897799863583E-5	0.06422480652279638	4.0815998438663113E-4
36-37	6.205697721796738E-4	2.3323427679236065E-4	0.0	4.373142689856762E-5	0.06798362678717326	4.102424332865629E-4
38-39	6.372293633791282E-4	2.3739917459222423E-4	0.0	4.581387579849941E-5	0.07244423233082717	4.123248821864947E-4
40-41	6.851256880775594E-4	2.4156407239208781E-4	0.0	4.581387579849941E-5	0.07596148852281195	4.164897799863583E-4
42-43	6.892905858774229E-4	2.4572897019195137E-4	0.0	4.581387579849941E-5	0.07921843860230528	4.2065467778622186E-4
44-45	7.184448704764681E-4	2.665534591912693E-4	0.0	4.581387579849941E-5	0.08324381232587344	4.28984473385949E-4
46-47	7.475991550755131E-4	2.665534591912693E-4	0.0	4.581387579849941E-5	0.08706927095504813	4.4980896238526696E-4
48-49	7.809183374744218E-4	2.7696570369092823E-4	0.0	4.7896324698431205E-5	0.09079893693482596	4.7271590028451666E-4
50-51	7.913305819740807E-4	2.915428459904508E-4	0.0	4.9978773598362996E-5	0.09494509269459017	4.8312814478417563E-4
52-53	8.371444577725802E-4	2.915428459904508E-4	0.0	4.9978773598362996E-5	0.09909541335215423	4.893754914839709E-4
54-55	9.246073115697154E-4	2.915428459904508E-4	0.0	5.414367139822658E-5	0.10276260586493412	4.9978773598363E-4
56-57	9.516791472688286E-4	3.019550904901098E-4	0.0	5.414367139822658E-5	0.10721904651078815	5.143648782831525E-4
58-59	9.80833431867874E-4	3.165322327896323E-4	0.0	6.663836479781733E-5	0.11103201044656325	5.185297760830161E-4
60-61	0.001037059552166032	3.248620283893595E-4	0.0	6.872081369774912E-5	0.11440557766445276	5.206122249829479E-4
62-63	0.0010662138367650772	3.3527427288901845E-4	0.0	7.080326259768091E-5	0.1176562803972463	5.247771227828114E-4
64-65	0.0010849558768644633	3.373567217889502E-4	0.0	7.705060929747629E-5	0.12216686471449856	5.331069183825386E-4
66-67	0.0010912032235642587	3.519338640884728E-4	0.0	8.121550709733987E-5	0.12632759761656226	5.331069183825386E-4
68-69	0.0011307697526629628	3.7275835308779067E-4	0.0	8.329795599727166E-5	0.12931382933906446	5.476840606820612E-4
70-71	0.0011640889350618714	3.89417944287245E-4	0.0	8.538040489720345E-5	0.13197519903317728	5.580963051817201E-4
72-73	0.0011890783218610529	3.9358284208710855E-4	0.0	8.746285379713524E-5	0.13503431646717706	5.643436518815155E-4
74-75	0.0012140677086602343	4.019126376868358E-4	0.0	8.954530269706703E-5	0.13825586491537156	5.664261007814473E-4
76-77	0.0012473868910591432	4.102424332865629E-4	0.0	9.162775159699883E-5	0.14075688604418965	5.747558963811745E-4
78-79	0.0012911183179577107	4.123248821864947E-4	0.0	1.0412244499658958E-4	0.14338493655590356	5.78920794181038E-4
80-81	0.0013119428069570285	4.123248821864947E-4	0.0	1.1245224059631674E-4	0.14622747930431046	5.872505897807651E-4
82-83	0.0013369321937562102	4.144073310864265E-4	0.0	1.1661713839618032E-4	0.1486993461485295	5.914154875806287E-4
84-85	0.0013660864783552552	4.2273712668615366E-4	0.0	1.1661713839618032E-4	0.15091715422695687	5.914154875806287E-4
86-87	0.001436889740952936	4.28984473385949E-4	0.0	1.1869958729611212E-4	0.15283300721489412	5.914154875806287E-4
88-89	0.001478538718951572	4.3314937118581263E-4	0.0	1.249469339959075E-4	0.15486755979012745	5.914154875806287E-4
90-91	0.0014910334123511627	4.3314937118581263E-4	0.0	1.249469339959075E-4	0.1573706633678455	5.955803853804923E-4
92-93	0.001528517492549935	4.3523182008574444E-4	0.0	1.249469339959075E-4	0.16006951714215706	6.018277320802878E-4
94-95	0.0015764138172483662	4.39396717885608E-4	0.0	1.249469339959075E-4	0.16310364518935772	6.080750787800832E-4
96-97	0.0016347223864464563	4.4356161568547155E-4	2.0824488999317915E-6	1.249469339959075E-4	0.16544640020178097	6.122399765799467E-4
98-99	0.0017013607512442737	4.4980896238526696E-4	4.164897799863583E-6	1.249469339959075E-4	0.16750802461271344	6.143224254798785E-4
100-101	0.0017555044226425002	4.5189141128519877E-4	4.164897799863583E-6	1.249469339959075E-4	0.16965919432634297	6.184873232797421E-4
102-103	0.001786741156141477	4.5813875798499413E-4	4.164897799863583E-6	1.249469339959075E-4	0.17151049139838234	6.205697721796739E-4
104-105	0.0018221427874403175	4.5813875798499413E-4	4.164897799863583E-6	1.270293828958393E-4	0.17332222194132302	6.268171188794692E-4
106-107	0.0018991933967377936	4.5813875798499413E-4	4.164897799863583E-6	1.2911183179577107E-4	0.1749985933057681	6.28899567779401E-4
108-109	0.0019616668637357474	4.5813875798499413E-4	4.164897799863583E-6	1.2911183179577107E-4	0.1765708422252166	6.28899567779401E-4
110-111	0.0020158105351339743	4.623036557848577E-4	4.164897799863583E-6	1.2911183179577107E-4	0.17799523727276995	6.28899567779401E-4
112-113	0.002065789308732337	4.623036557848577E-4	4.164897799863583E-6	1.2911183179577107E-4	0.17945086905382227	6.28899567779401E-4
114-115	0.0021240978779304273	4.685510024846531E-4	4.164897799863583E-6	1.3327672959563466E-4	0.18118554898746547	6.309820166793328E-4
116-117	0.0021594995092292677	4.7063345138458485E-4	4.164897799863583E-6	1.3744162739549824E-4	0.1827286436223149	6.330644655792646E-4
118-119	0.002217808078427358	4.872930425840392E-4	4.164897799863583E-6	1.3744162739549824E-4	0.18420301744346662	6.330644655792646E-4
120-121	0.002303188483324561	4.977052870836982E-4	4.164897799863583E-6	1.4160652519536182E-4	0.18566697902011864	6.330644655792646E-4
122-123	0.0024093933772210826	5.039526337834936E-4	4.164897799863583E-6	1.4160652519536182E-4	0.1870518075385733	6.351469144791964E-4
124-125	0.0024531248041196503	5.039526337834936E-4	4.164897799863583E-6	1.457714229952254E-4	0.1887739927788169	6.372293633791282E-4
126-127	0.0024822790887186956	5.081175315833571E-4	4.164897799863583E-6	1.457714229952254E-4	0.19043370455206254	6.434767100789235E-4
128-129	0.0025114333733177404	5.081175315833571E-4	4.164897799863583E-6	1.457714229952254E-4	0.19183935755951648	6.455591589788553E-4
130-131	0.002553082351316376	5.226946738828796E-4	4.164897799863583E-6	1.520187696950208E-4	0.19317212485547283	6.455591589788553E-4
132-133	0.002607226022714603	5.247771227828114E-4	4.164897799863583E-6	1.6034856529474796E-4	0.1943674505240337	6.455591589788553E-4
134-135	0.002684276632012079	5.247771227828114E-4	4.164897799863583E-6	1.6867836089447513E-4	0.19548156068549719	6.476416078787871E-4
136-137	0.002769657036909283	5.28942020582675E-4	4.164897799863583E-6	1.707608097944069E-4	0.1966394022738593	6.518065056786508E-4
138-139	0.0027821517303088733	5.456016117821293E-4	4.164897799863583E-6	1.707608097944069E-4	0.19775767733312266	6.538889545785826E-4
>>END_MODULE
