##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.R.3.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24023071
Total Bases	3.5 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	68-150
%GC	44
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.31318335611629	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.782599027409944	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
3	34.906671091302194	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	34.908284373800505	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.821488310133205	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.77485821858496	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
7	34.74328178108453	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.87346609432241	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
9	34.85336683224222	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
10-14	34.86737351773218	35.2	34.0	37.0	31.0	39.0
15-19	34.85900167384928	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
20-24	34.859007726364375	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
25-29	34.841246508408524	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
30-34	34.82625834973389	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.81258972260457	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.75573833170621	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.665886730301885	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.64424230357559	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.62462342137689	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.61302720205923	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.5880959231811	35.0	34.0	37.0	30.4	39.0
70-74	34.58111658077864	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
75-79	34.55847339462229	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
80-84	34.54563971823509	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
85-89	34.528340467621675	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
90-94	34.51127854040139	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
95-99	34.492081034337794	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
100-104	34.452542708742506	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.430928263477014	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.38985423643412	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.36573700466124	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.339206209893426	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.31231814556831	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.2738830178733	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.249116769803216	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.210395387025976	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.239802769895405	35.0	34.0	37.0	29.8	39.0
150	35.03189419699448	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	6.0
22	184.0
23	2573.0
24	18757.0
25	80537.0
26	207992.0
27	373980.0
28	540197.0
29	694197.0
30	863277.0
31	1084706.0
32	1403854.0
33	1894506.0
34	2738039.0
35	4490321.0
36	8584202.0
37	1045735.0
38	8.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.05063944572282	11.24384138897146	15.925511771579911	37.7800073937258
2	23.19975027323751	12.698542600075527	35.6022314563143	28.49947567037266
3	21.539424459569172	17.44159444160643	28.261233708151035	32.75774739067336
4	26.291061891222324	24.76581331209816	22.32476038102596	26.618364415653563
5	26.05535335155695	30.546033217106043	24.410461888177036	18.988151543159976
6	19.367094956986076	36.613683491698694	25.509237279968993	18.50998427134623
7	16.125024544159235	25.019582253310542	40.16924261875908	18.68615058377115
8	18.440658168706516	24.6517839971827	31.425391145659454	25.48216668845133
9	19.656302564104273	23.260341485393525	32.56742025408266	24.51593569641954
10-14	20.20762909591338	29.310990328863596	27.147249951400802	23.334130623822226
15-19	20.4063400820851	27.952690145096742	27.946600153131453	23.694369619686704
20-24	20.53666782005981	28.13768350535742	27.70509613782467	23.620552536758098
25-29	20.546795622298887	28.304848702210872	27.567163193854704	23.581192481635536
30-34	20.49260217249726	28.07752393130249	27.60149040013018	23.828383496070067
35-39	20.5690443688996	28.01937042231209	27.653216997396722	23.758368211391588
40-44	20.595810491593948	28.084129343349428	27.59143861114854	23.72862155390808
45-49	20.682310836260616	27.8770120111231	27.552677212159182	23.887999940457103
50-54	20.826839517359865	27.868785856131424	27.612835131876253	23.691539494632462
55-59	20.8003949023483	27.893551598380604	27.564235695333956	23.74181780393713
60-64	20.774772117546867	27.833277489320217	27.512503128477466	23.879447264655447
65-69	20.858011902858763	27.75180491269535	27.616130398855347	23.774052785590545
70-74	20.99953580325431	27.67975714477067	27.59022795625962	23.730479095715403
75-79	21.020645249378095	27.591772204590942	27.594963318425375	23.79261922760559
80-84	21.086115805686216	27.589773966615326	27.52729967114848	23.79681055654997
85-89	21.02996523884136	27.595435337279095	27.635303026868186	23.739296397011355
90-94	21.02703561747545	27.531231041794946	27.551530830790533	23.890202509939073
95-99	21.116815707790792	27.43463437566822	27.66828563905246	23.780264277488534
100-104	21.186554588239176	27.496220731949293	27.516202604650136	23.801022075161395
105-109	21.14271209884927	27.34664793446394	27.628847326889254	23.88179263979753
110-114	21.202244839757093	27.334705904170665	27.684747683646222	23.77830157242602
115-119	21.229928645461314	27.3408021957123	27.672740133157987	23.756529025668407
120-124	21.197205020785344	27.24472153237474	27.69438275849466	23.863690688345265
125-129	21.24748954606117	27.17556023261125	27.7365804568475	23.840369764480073
130-134	21.31213900865994	27.275883608555247	27.64297770437139	23.768999678413422
135-139	21.292772876271684	27.136834628662417	27.760381561648206	23.81001093341769
140-144	21.33663787819528	27.036494680177743	27.9131871159798	23.71368032564718
145-149	20.965259336553355	27.279498482142916	27.931177766792416	23.824064414511316
150	21.055400028321266	25.93868359460862	28.45243035560849	24.55348602146162
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	1.0
8	2.0
9	2.5
10	2.0
11	10.0
12	16.5
13	23.5
14	41.5
15	86.0
16	191.5
17	377.0
18	730.0
19	1422.0
20	2717.0
21	4674.0
22	7101.0
23	10712.5
24	16548.0
25	25284.5
26	37043.0
27	51640.5
28	69968.5
29	96695.0
30	129454.5
31	163044.5
32	196858.0
33	234796.5
34	274832.5
35	322711.0
36	395887.5
37	494093.5
38	612574.0
39	757937.0
40	927223.0
41	1096406.0
42	1263070.5
43	1433198.5
44	1571914.0
45	1649940.5
46	1661481.0
47	1612535.5
48	1523437.0
49	1393604.5
50	1225949.5
51	1048631.5
52	871649.0
53	701609.0
54	548083.0
55	414393.0
56	309565.5
57	232396.0
58	176373.5
59	133469.0
60	94668.5
61	67140.0
62	49657.0
63	32482.5
64	20180.5
65	15331.5
66	14887.0
67	12147.5
68	6468.0
69	2869.0
70	2093.0
71	1507.0
72	686.0
73	251.0
74	124.0
75	84.5
76	48.0
77	37.0
78	20.0
79	1.0
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.5
93	0.5
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	6.243997697047143E-5
3	6.243997697047143E-5
4	1.498559447291314E-4
5	1.1239195854684856E-4
6	1.498559447291314E-4
7	1.8315726578004953E-4
8	2.1229592169960286E-4
9	9.574129802138953E-5
10-14	1.7066927038595522E-4
15-19	2.1146338867332988E-4
20-24	1.640090061757716E-4
25-29	2.8972149314298744E-4
30-34	4.137689140576573E-4
35-39	5.652899248393346E-4
40-44	3.754723948491015E-4
45-49	2.2977911525133484E-4
50-54	3.6464946550755317E-4
55-59	4.970222166849525E-4
60-64	8.466860877195925E-4
65-69	5.661224625787641E-4
70-74	2.72238324522469E-4
75-79	4.395775366820794E-4
80-84	2.2894673470963623E-4
85-89	3.047075391646803E-4
90-94	3.821337630015394E-4
95-99	5.478096729368119E-4
100-104	3.779732476696097E-4
105-109	4.4291318957264796E-4
110-114	3.130380836387973E-4
115-119	3.921327611336523E-4
120-124	2.9555884537064726E-4
125-129	3.5800461945849024E-4
130-134	3.305357905236338E-4
135-139	2.9724539940722774E-4
140-144	2.865184840820075E-4
145-149	2.9518406936364193E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
68-69	1.0
70-71	1.0
72-73	1.0
74-75	2.0
76-77	1.0
78-79	2.0
80-81	9.0
82-83	6.0
84-85	6.0
86-87	11.0
88-89	13.0
90-91	14.0
92-93	22.0
94-95	25.0
96-97	33.0
98-99	32.0
100-101	27.0
102-103	32.0
104-105	40.0
106-107	53.0
108-109	58.0
110-111	39.0
112-113	62.0
114-115	67.0
116-117	69.0
118-119	69.0
120-121	87.0
122-123	88.0
124-125	100.0
126-127	122.0
128-129	155.0
130-131	212.0
132-133	245.0
134-135	397.0
136-137	652.0
138-139	2175.0
140-141	5092.0
142-143	8015.0
144-145	68118.0
146-147	754046.0
148-149	1213515.0
150-151	2.1969357E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.18882662393133
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.13988988813401
2	11.16825236785747
3	6.800044711614844
4	4.667729164852218
5	3.5742275547719684
6	2.776606740921334
7	2.4324028412088365
8	1.8248604054341329
9	1.6558896021295257
>10	18.127843239951634
>50	4.207170608291376
>100	3.8979238008853017
>500	0.3781203053860171
>1k	0.3490387685614938
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	1.6650660525459047E-5	0.0	0.0	1.831572657800495E-4	2.497599078818857E-5
2	0.0	1.1655462367821333E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.0017982713367495772	4.995198157637714E-5
3	0.0	1.2487995394094286E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.002930516252480792	8.741596775866E-5
4	2.081332565682381E-5	1.5401860986049618E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.004158502466233397	1.082292934154838E-4
5	2.081332565682381E-5	1.5401860986049618E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.005398976675380096	1.082292934154838E-4
6	4.162665131364762E-5	1.5401860986049618E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.006422992297695828	1.082292934154838E-4
7	5.8277311839106666E-5	1.623439401232257E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.007563562543689772	1.1655462367821333E-4
8	6.660264210183619E-5	1.623439401232257E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.009719823081736719	1.2487995394094286E-4
9	8.741596775866E-5	1.6650660525459047E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.013045792521697163	1.3320528420367238E-4
10-11	1.3528661676935475E-4	1.6650660525459047E-4	0.0	8.325330262729524E-6	0.01750816954252019	1.7899460064868476E-4
12-13	1.9356392860846142E-4	1.6650660525459047E-4	0.0	1.0406662828411905E-5	0.021352390791335545	2.1021458913392048E-4
14-15	1.9980792630550857E-4	1.7066927038595525E-4	0.0	1.8731993091141427E-5	0.025635773211509887	2.5184124044756804E-4
16-17	2.2062125196233237E-4	1.9564526117414382E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.030356235470477524	2.6224790327598E-4
18-19	2.3727191248779143E-4	2.1021458913392048E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.03428995401961722	2.768172312357566E-4
20-21	2.768172312357567E-4	2.560039055789329E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.03809046728455326	2.9138655919553334E-4
22-23	3.1428121741803954E-4	2.6641056840734476E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.04211576446658298	3.121998848523571E-4
24-25	3.6839586412578144E-4	2.7473589867007425E-4	0.0	2.081332565682381E-5	0.04627842959794774	3.1428121741803954E-4
26-27	4.2875450853057046E-4	2.7889856380143905E-4	0.0	2.705732335387095E-5	0.05053059202963685	3.2052521511508666E-4
28-29	4.787064901069476E-4	2.7889856380143905E-4	0.0	3.1219988485235715E-5	0.05518861431163401	3.2885054537781615E-4
30-31	5.328211368146895E-4	2.7889856380143905E-4	0.0	3.5382653616600474E-5	0.06011929115973557	3.4341987333759286E-4
32-33	5.515531299058309E-4	2.851425614984862E-4	0.0	3.746398618228285E-5	0.06435480293089921	3.788025269541933E-4
34-35	5.931797812194785E-4	2.872238940641686E-4	0.0	4.370798387933E-5	0.06821775617280572	3.9961585261101714E-4
36-37	6.1191177431062E-4	2.872238940641686E-4	0.0	4.7870649010694756E-5	0.07230341199924023	4.079411828737466E-4
38-39	6.22318437139032E-4	2.8930522662985096E-4	0.0	4.995198157637714E-5	0.07699473560228831	4.183478457021586E-4
40-41	6.493757604929028E-4	2.934678917612157E-4	0.0	4.995198157637714E-5	0.08076194754617343	4.2251051083352334E-4
42-43	6.618637558869971E-4	2.9763055689258045E-4	0.0	6.243997697047143E-5	0.08417117028876117	4.391611713589824E-4
44-45	7.055717397663271E-4	2.997118894582628E-4	0.0	6.660264210183619E-5	0.08830677809677207	4.495678341873943E-4
46-47	7.4303572594861E-4	3.038745545896276E-4	0.0	7.076530723320095E-5	0.09241949124656043	4.495678341873943E-4
48-49	7.846623772622577E-4	3.2052521511508666E-4	0.0	7.076530723320095E-5	0.0964884964124695	4.495678341873943E-4
50-51	7.971503726563519E-4	3.288505453778162E-4	0.0	7.076530723320095E-5	0.10093422277276706	4.578931644501238E-4
52-53	8.471023542327291E-4	3.288505453778162E-4	0.0	7.49279723645657E-5	0.10560473305015833	4.620558295814885E-4
54-55	9.074609986375181E-4	3.309318779434986E-4	0.0	8.949730032434237E-5	0.10925330903779953	4.662184947128533E-4
56-57	9.428436522541186E-4	3.350945430748633E-4	0.0	9.157863289002475E-5	0.11381767135434101	4.8495048780399473E-4
58-59	9.719823081736718E-4	3.475825384689576E-4	0.0	9.574129802138953E-5	0.11772016991499545	4.953571506324066E-4
60-61	0.0010094462943559548	3.5590786873168715E-4	0.0	9.574129802138953E-5	0.12115228731580571	5.016011483294538E-4
62-63	0.0010573169433666495	3.66314531560099E-4	0.0	9.782263058707191E-5	0.1248029446360126	5.057638134608186E-4
64-65	0.001103106259811662	3.6839586412578144E-4	0.0	9.990396315275428E-5	0.12957544020912232	5.099264785921833E-4
66-67	0.0011176755877714386	3.9753452004533476E-4	0.0	9.990396315275428E-5	0.1339587265924494	5.161704762892305E-4
68-69	0.0011634649042164508	4.121038480051114E-4	0.0	1.0406662828411904E-4	0.13708696943867002	5.224144739862777E-4
70-71	0.0012404742091466992	4.266731759648881E-4	0.0	1.082292934154838E-4	0.13999667236549398	5.307398042490071E-4
72-73	0.001304995518682853	4.4124250392466475E-4	0.0	1.082292934154838E-4	0.1432456325005242	5.536344624715133E-4
74-75	0.0013320528420367238	4.558118318844414E-4	2.081332565682381E-6	1.1239195854684857E-4	0.14677349119935584	5.598784601685605E-4
76-77	0.0013903301538758304	4.620558295814885E-4	4.162665131364762E-6	1.2696128650662523E-4	0.14966238080052296	5.619597927342428E-4
78-79	0.0014715021239374432	4.662184947128533E-4	4.162665131364762E-6	1.3944928190071952E-4	0.15235978780564732	5.661224578656076E-4
80-81	0.0014902341170285847	4.724624924099005E-4	4.162665131364762E-6	1.4569327959776667E-4	0.15532568671174474	5.786104532597019E-4
82-83	0.0015214541055138205	4.8495048780399473E-4	4.162665131364762E-6	1.4777461216344904E-4	0.15803558171226317	5.786104532597019E-4
84-85	0.00157348741965588	4.891131529353595E-4	4.162665131364762E-6	1.5193727729481378E-4	0.1605519127841732	5.786104532597019E-4
86-87	0.001665066052545905	4.911944855010418E-4	4.162665131364762E-6	1.5401860986049618E-4	0.16284137860642378	5.786104532597019E-4
88-89	0.001710855368990917	4.995198157637714E-4	4.162665131364762E-6	1.6026260755754333E-4	0.16503094046552166	5.806917858253843E-4
90-91	0.0017399940249104703	5.057638134608186E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.16779495011274786	5.931797812194785E-4
92-93	0.0017732953459613885	5.14089143723548E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.17067759571621796	5.952611137851609E-4
94-95	0.0018211659949720833	5.182518088549129E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.17371634126211424	6.01505111482208E-4
96-97	0.00187944330681119	5.2449580655196E-4	4.162665131364762E-6	1.6650660525459047E-4	0.17633465762974265	6.056677766135729E-4
98-99	0.001973103272266897	5.349024693803719E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.17851589415857783	6.077491091792552E-4
100-101	0.0020084859258834974	5.494717973401486E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.1809843545814771	6.077491091792552E-4
102-103	0.0020292992515403216	5.494717973401486E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.1829241565326931	6.098304417449376E-4
104-105	0.002075088567985334	5.494717973401486E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.18487852781186886	6.160744394419847E-4
106-107	0.002114633886733299	5.51553129905831E-4	4.162665131364762E-6	1.7483193551732E-4	0.186620603169345	6.181557720076671E-4
108-109	0.0021562605380469465	5.536344624715133E-4	4.162665131364762E-6	1.7691326808300236E-4	0.1883814105199123	6.202371045733495E-4
110-111	0.0021999685219262766	5.536344624715133E-4	4.162665131364762E-6	1.8107593321436713E-4	0.18989037663003203	6.202371045733495E-4
112-113	0.0022540831686340187	5.577971276028781E-4	4.162665131364762E-6	1.831572657800495E-4	0.1916428586503366	6.202371045733495E-4
114-115	0.0022915471548163014	5.640411252999252E-4	4.162665131364762E-6	1.8940126347709665E-4	0.19358266060155255	6.223184371390319E-4
116-117	0.002322767143301537	5.702851229969724E-4	4.162665131364762E-6	1.956452611741438E-4	0.19517071734916824	6.243997697047142E-4
118-119	0.0023664751271808672	5.84854450956749E-4	4.162665131364762E-6	2.0188925887119094E-4	0.19664221947310567	6.264811022703967E-4
120-121	0.0024518097623738447	5.952611137851609E-4	4.162665131364762E-6	2.0813325656823808E-4	0.19806168828290105	6.285624348360791E-4
122-123	0.0025870963791431996	5.994237789165256E-4	4.162665131364762E-6	2.0813325656823808E-4	0.1996747210213049	6.285624348360791E-4
124-125	0.0026786750120332244	6.035864440478905E-4	4.162665131364762E-6	2.1229592169960286E-4	0.20148756168601425	6.368877650988086E-4
126-127	0.002720301663346872	6.056677766135729E-4	4.162665131364762E-6	2.1229592169960286E-4	0.20330456501585498	6.368877650988086E-4
128-129	0.002764009647226202	6.077491091792552E-4	4.162665131364762E-6	2.1437725426528523E-4	0.20479271780031788	6.410504302301733E-4
130-131	0.002824368291630991	6.077491091792552E-4	4.162665131364762E-6	2.2062125196233237E-4	0.20623091860320442	6.535384256242677E-4
132-133	0.0028826456034700973	6.077491091792552E-4	4.162665131364762E-6	2.289465822250619E-4	0.2074464168215629	6.535384256242677E-4
134-135	0.0029846308991885342	6.1191177431062E-4	4.162665131364762E-6	2.289465822250619E-4	0.20862236972117346	6.535384256242677E-4
136-137	0.003124080181089254	6.22318437139032E-4	4.162665131364762E-6	2.289465822250619E-4	0.20984411193722902	6.535384256242677E-4
138-139	0.00314697483931176	6.431317627958557E-4	1.0406662828411905E-5	2.289465822250619E-4	0.21102006483683955	6.535384256242677E-4
>>END_MODULE
