##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.S.1.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	23132287
Total Bases	3.4 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	71-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.42519552865655	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.90828732152597	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	35.040681234847206	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	35.03964960317153	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.94176818746888	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.87948986626355	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.837702169266706	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.98403504158495	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.95801573791645	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.978407080977334	35.2	34.0	37.4	31.6	39.0
15-19	34.97654929666055	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
20-24	34.972820715911055	35.0	34.0	37.0	31.8	39.0
25-29	34.96653882947241	35.0	34.0	37.0	31.8	39.0
30-34	34.94577577219235	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
35-39	34.93475376645638	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.879709585135274	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.78910019575669	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.77054581762711	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.75540263701553	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.74287601567454	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.720933498706806	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.71294198569917	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.696810120335385	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
80-84	34.678014844923325	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
85-89	34.66813145771348	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
90-94	34.65223953175572	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
95-99	34.63099587940405	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
100-104	34.59399596503048	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
105-109	34.570724287330755	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.535703875515516	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.513727671952964	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.49106843642746	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.459296090147134	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.43455871276328	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.402228524256806	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.37433755003197	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.397791258370056	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
150	35.149978788531264	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	4.0
22	132.0
23	2133.0
24	16136.0
25	69846.0
26	181656.0
27	331097.0
28	483469.0
29	622818.0
30	773099.0
31	976862.0
32	1272726.0
33	1734914.0
34	2539786.0
35	4219833.0
36	8503359.0
37	1404414.0
38	3.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.87728269150387	10.694022601396913	15.529480504889118	37.899214202210096
2	23.366264821071585	11.529842210024542	35.10142628470326	30.002466684200613
3	21.947180281053264	15.975423077804296	27.69673274607291	34.38066389506953
4	27.065480288803613	23.147255095146566	22.051037038795045	27.736227577254773
5	27.370331985634266	29.196227468593005	24.042512739564728	19.390927806208005
6	20.47174368787492	35.79328699545851	25.11504601905607	18.6199232976105
7	16.697560768739848	25.189926426083897	39.36448543023079	18.748027374945462
8	19.126839726082824	24.380293692165154	30.962265318960785	25.530601262791237
9	19.938519609891888	22.92391826581188	32.37239656801278	24.765165556283446
10-14	20.796353323142828	28.642887990946736	26.856932869538696	23.70382581637174
15-19	21.13177667119515	27.40197137686449	27.472757435590346	23.993494516350008
20-24	21.168485656906324	27.479734784098802	27.289540558271725	24.062239000723146
25-29	21.092849138989752	27.725819299359472	26.99782747089165	24.18350409075913
30-34	21.0925605045397	27.593850465016235	27.101703196035775	24.211885834408285
35-39	21.263135600866164	27.3475312152721	27.103149310613723	24.28618387324802
40-44	21.38207206539599	27.39585210856369	26.974846869556263	24.247228956484054
45-49	21.599002341269276	27.318269773351982	26.92552352520241	24.157204360176326
50-54	21.60227109122265	27.457044053170122	26.83741541621115	24.103269439396072
55-59	21.553926041218247	27.391224053139474	26.95476198483999	24.10008792080228
60-64	21.765445720048444	27.274447353907842	26.708107952807364	24.25199897323635
65-69	21.679224795330416	27.327535575792698	26.864503196890976	24.12873643198591
70-74	21.94255713737104	27.154566016102056	26.814120592621254	24.088756253905643
75-79	21.793684538017153	27.152907443792017	26.782513566011563	24.270894452179267
80-84	22.03506770620359	27.073181855457644	26.772716137139092	24.119034301199672
85-89	21.904410985870264	27.09349772091223	26.83819984250694	24.16389145071057
90-94	21.90800737460482	26.88020942912107	26.784545133245167	24.42723806302894
95-99	22.11204732924274	26.930296510082734	26.90870482217274	24.048951338501787
100-104	22.107974866040838	26.752744352532527	26.943982915478742	24.195297865947897
105-109	22.20323087646977	26.708609193250627	26.88713378028072	24.201026149998885
110-114	22.12099802083581	26.729837997038704	26.900619576809426	24.248544405316057
115-119	22.20268190412028	26.92025609449582	26.801678072766922	24.075383928616976
120-124	22.125364754520568	26.794232993206325	26.896101199512202	24.184301052760908
125-129	22.399586965872643	26.731523865888207	26.85139095146037	24.01749821677878
130-134	22.154457438145133	26.896983773766625	26.77790351985937	24.17065526822887
135-139	22.311127944812313	26.691852541458182	26.816663614107604	24.180355899621897
140-144	22.242332227340714	26.532988873094265	27.09627775083835	24.12840114872667
145-149	21.78978456841383	26.749782385111992	27.324304177083388	24.13612886939079
150	21.834376670097047	25.3541335708415	27.78278080848097	25.02870895058048
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	0.5
9	0.5
10	0.5
11	3.0
12	10.5
13	17.5
14	35.0
15	65.5
16	108.0
17	240.0
18	569.5
19	1061.0
20	1796.5
21	2883.0
22	4591.5
23	7183.5
24	11450.0
25	17251.5
26	24024.5
27	33924.5
28	50180.0
29	72634.5
30	97965.0
31	124562.5
32	154192.0
33	188172.0
34	223242.5
35	270113.0
36	335317.0
37	409904.5
38	490221.0
39	596509.0
40	740182.5
41	899790.0
42	1057240.5
43	1207131.0
44	1339208.0
45	1431026.0
46	1484604.0
47	1493541.0
48	1444159.5
49	1375123.5
50	1275978.5
51	1134261.5
52	974259.5
53	832556.0
54	695959.5
55	573819.0
56	487763.0
57	402874.0
58	331370.5
59	268149.5
60	207210.5
61	147058.5
62	87595.0
63	49165.0
64	30379.5
65	18719.0
66	12434.5
67	5965.0
68	2322.0
69	1280.0
70	1163.0
71	893.5
72	473.0
73	184.0
74	96.0
75	55.5
76	26.0
77	28.5
78	18.5
79	1.5
80	2.0
81	2.0
82	0.5
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.5
95	0.5
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	8.213627991041267E-5
3	7.349035570931659E-5
4	1.2104293881534497E-4
5	9.078220411150874E-5
6	9.510516621205676E-5
7	1.729184840219214E-4
8	1.6859552192137337E-4
9	1.4265774931808515E-4
10-14	1.608141901403869E-4
15-19	2.0923136566652488E-4
20-24	1.6859552192137337E-4
25-29	3.3200348932208907E-4
30-34	4.556402053977629E-4
35-39	5.723601821125598E-4
40-44	3.492953377242812E-4
45-49	2.0836677324641528E-4
50-54	3.3113889690197947E-4
55-59	4.5391102055754366E-4
60-64	8.058001355421537E-4
65-69	5.403702625685044E-4
70-74	2.671590647433796E-4
75-79	4.245149333286761E-4
80-84	2.204711910294682E-4
85-89	2.8618042508600543E-4
90-94	3.8733834524943444E-4
95-99	6.034880554799539E-4
100-104	3.6313121824385077E-4
105-109	4.634263452776142E-4
110-114	3.1730991467424E-4
115-119	3.6140634031916227E-4
120-124	3.1385466547294684E-4
125-129	3.951314001257227E-4
130-134	3.873553952809201E-4
135-139	3.268426645818831E-4
140-144	3.7018509843066085E-4
145-149	3.283745605393189E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
70-71	1.0
72-73	0.0
74-75	2.0
76-77	0.0
78-79	4.0
80-81	6.0
82-83	6.0
84-85	3.0
86-87	8.0
88-89	12.0
90-91	13.0
92-93	16.0
94-95	14.0
96-97	23.0
98-99	17.0
100-101	29.0
102-103	29.0
104-105	42.0
106-107	30.0
108-109	37.0
110-111	33.0
112-113	43.0
114-115	40.0
116-117	42.0
118-119	50.0
120-121	66.0
122-123	50.0
124-125	72.0
126-127	100.0
128-129	116.0
130-131	160.0
132-133	197.0
134-135	286.0
136-137	553.0
138-139	1649.0
140-141	4643.0
142-143	6382.0
144-145	61080.0
146-147	716175.0
148-149	1106462.0
150-151	2.1233796E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	43.544913912142555
#Duplication Level	Percentage of total
1	33.18507830080527
2	9.539417504692853
3	5.821691045272892
4	3.895344991037658
5	2.9955775216338267
6	2.3236237927325707
7	1.9672816756618032
8	1.6523766666956101
9	1.4160440650568489
>10	16.92691952900201
>50	5.271196343430285
>100	9.895899175610207
>500	2.9420678387123314
>1k	2.086164991724536
>5k	0.08131655793145916
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	1.729184840219214E-5	0.0	0.0	1.6859552192137337E-4	3.0260734703836243E-5
2	0.0	8.213627991041267E-5	0.0	1.729184840219214E-5	0.0018113211201296266	3.8906658904932314E-5
3	2.1614810502740176E-5	8.64592420109607E-5	0.0	1.729184840219214E-5	0.0033157119311203426	5.187554520657642E-5
4	6.484443150822052E-5	9.94281283126048E-5	0.0	2.593777260328821E-5	0.004863332363116539	5.6198507307124456E-5
5	6.916739360876855E-5	9.94281283126048E-5	0.0	2.593777260328821E-5	0.006091053599672181	5.6198507307124456E-5
6	1.0807405251370088E-4	1.0375109041315284E-4	0.0	2.593777260328821E-5	0.007638674031668378	5.6198507307124456E-5
7	1.5130367351918122E-4	1.2104293881534497E-4	0.0	2.593777260328821E-5	0.009125772994256902	5.6198507307124456E-5
8	2.4208587763068995E-4	1.2536590091589302E-4	0.0	2.593777260328821E-5	0.012026480563724634	6.484443150822052E-5
9	3.0693030913891045E-4	1.2968886301644103E-4	0.0	2.593777260328821E-5	0.015160628086621959	6.916739360876855E-5
10-11	3.3935252489302077E-4	1.361733061672631E-4	0.0	2.8099253653562228E-5	0.02521151497039614	9.078220411150873E-5
12-13	3.6529029749630894E-4	1.4049626826781111E-4	0.0	3.0260734703836243E-5	0.03274643791165136	1.0375109041315284E-4
14-15	3.9122807009959716E-4	1.4265774931808515E-4	0.0	3.0260734703836243E-5	0.039261141797177254	1.1888145776507097E-4
16-17	4.4310361530617356E-4	1.5346515456945525E-4	0.0	3.458369680438428E-5	0.043715954241792004	1.2536590091589302E-4
18-19	5.122710089149422E-4	1.599495977202773E-4	0.0	3.458369680438428E-5	0.0470770572749681	1.2536590091589302E-4
20-21	7.56518367595906E-4	1.7724144612246942E-4	0.0	3.458369680438428E-5	0.0499972181738883	1.2536590091589302E-4
22-23	0.0010331879420309802	1.8372588927329149E-4	0.0	3.458369680438428E-5	0.052651516903624795	1.2968886301644103E-4
24-25	0.0011261316271927633	1.9021033242411353E-4	0.0	3.8906658904932314E-5	0.05563436075300293	1.2968886301644103E-4
26-27	0.0011952990208015316	1.9453329452466157E-4	0.0	4.106813995520633E-5	0.05837944168685094	1.491421924689072E-4
28-29	0.0012666278954605744	1.9453329452466157E-4	0.0	5.187554520657642E-5	0.06162166326226197	1.5130367351918122E-4
30-31	0.0014200930500300295	1.9453329452466157E-4	0.0	6.916739360876855E-5	0.06475364930410901	1.6211107877055133E-4
32-33	0.0015216826593929082	1.9453329452466157E-4	0.0	7.997479886013865E-5	0.06773649315348716	1.9021033242411353E-4
34-35	0.001599495977202773	1.9453329452466157E-4	0.0	1.0375109041315284E-4	0.07077121254807188	1.9453329452466157E-4
36-37	0.001631918192956883	1.9669477557493557E-4	0.0	1.1023553356397488E-4	0.07356600754607619	2.0101773767548363E-4
38-39	0.0016470485603088014	2.0317921872575764E-4	0.0	1.4049626826781111E-4	0.07650778325549912	2.096636618765797E-4
40-41	0.0017054085486661998	2.0534069977603164E-4	0.0	1.4698071141863318E-4	0.07911020644002903	2.1614810502740175E-4
42-43	0.00172702335916894	2.0750218082630568E-4	0.0	1.5130367351918122E-4	0.08177315109396663	2.1614810502740175E-4
44-45	0.001739992245470584	2.1614810502740175E-4	0.0	1.5346515456945525E-4	0.08423291652917846	2.1614810502740175E-4
46-47	0.0017745759422749684	2.1614810502740175E-4	0.0	1.6427255982082533E-4	0.08803712317766073	2.204710671279498E-4
48-49	0.0018048366769788044	2.204710671279498E-4	0.0	1.7075700297164737E-4	0.09089243964507271	2.2911699132904584E-4
50-51	0.0018242900064312706	2.2479402922849783E-4	2.1614810502740173E-6	1.7724144612246942E-4	0.09366778131362455	2.2911699132904584E-4
52-53	0.001848066297984285	2.2479402922849783E-4	4.322962100548035E-6	1.7940292717274342E-4	0.09621832895294788	2.2911699132904584E-4
54-55	0.0018675196274367512	2.2479402922849783E-4	4.322962100548035E-6	1.8156440822301745E-4	0.09847275368838368	2.2911699132904584E-4
56-57	0.0019302025778946976	2.3127847237931987E-4	4.322962100548035E-6	1.858873703235655E-4	0.10071853249961839	2.2911699132904584E-4
58-59	0.0019734321989001782	2.5289328288206E-4	4.322962100548035E-6	1.988562566252096E-4	0.10289082095514378	2.2911699132904584E-4
60-61	0.0020836677324641527	2.658621691837041E-4	4.322962100548035E-6	2.0317921872575764E-4	0.10505446348646807	2.3127847237931987E-4
62-63	0.002144189201871825	2.6802365023397814E-4	4.322962100548035E-6	2.0534069977603164E-4	0.10750990595957935	2.3343995342959387E-4
64-65	0.0021787728986762097	2.723466123345262E-4	4.322962100548035E-6	2.204710671279498E-4	0.11058569349411929	2.3343995342959387E-4
66-67	0.00221119511443032	3.069303091389105E-4	4.322962100548035E-6	2.2479402922849783E-4	0.11345614032888318	2.3343995342959387E-4
68-69	0.002239294368083882	3.2422215754110265E-4	4.322962100548035E-6	2.2911699132904584E-4	0.11555493842869925	2.377629155301419E-4
70-71	0.0022695551027877184	3.350295627924727E-4	4.322962100548035E-6	2.377629155301419E-4	0.11776613354312956	2.3992439658041594E-4
72-73	0.0023084617616926507	3.415140059432948E-4	4.322962100548035E-6	2.44247358680964E-4	0.11959474651166138	2.46408839731238E-4
74-75	0.0023214306479942947	3.501599301443908E-4	4.322962100548035E-6	2.5289328288206E-4	0.1215725016726621	2.5073180183178605E-4
76-77	0.002343045458497035	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	2.6370068813343013E-4	0.12321738875192063	2.5505476393233406E-4
78-79	0.002384113598452241	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	2.8963846073671836E-4	0.12464396624510149	2.5505476393233406E-4
80-81	0.0024208587763068995	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	2.9396142283726637E-4	0.12611809632138837	2.5937772603288207E-4
82-83	0.0024489580299604614	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	2.9396142283726637E-4	0.1277629834006469	2.5937772603288207E-4
84-85	0.00250731801831786	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	2.9396142283726637E-4	0.12944893861986062	2.5937772603288207E-4
86-87	0.002574323930876355	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	3.004458659880884E-4	0.13102898126761092	2.5937772603288207E-4
88-89	0.0026175535518818353	3.5448289224493883E-4	4.322962100548035E-6	3.220606764908286E-4	0.13258957058590878	2.5937772603288207E-4
90-91	0.0026542987297364933	3.5664437329521287E-4	4.322962100548035E-6	3.242221575411026E-4	0.13503420565376867	2.6370068813343013E-4
92-93	0.0026953668696917	3.609673353957609E-4	4.322962100548035E-6	3.242221575411026E-4	0.13724323928714874	2.6370068813343013E-4
94-95	0.002764534263300468	3.631288164460349E-4	4.322962100548035E-6	3.242221575411026E-4	0.13894864783581495	2.6370068813343013E-4
96-97	0.002818571289557319	3.76097702747679E-4	4.322962100548035E-6	3.242221575411026E-4	0.14050491419201222	2.6802365023397814E-4
98-99	0.0028942231263169096	3.8690510799904915E-4	4.322962100548035E-6	3.2854511964165066E-4	0.1418212561516291	2.7450809338480024E-4
100-101	0.0029979742167300623	3.8906658904932313E-4	4.322962100548035E-6	3.328680817421987E-4	0.14330403215211707	2.766695744350742E-4
102-103	0.0030217505082830763	3.8906658904932313E-4	4.322962100548035E-6	3.350295627924727E-4	0.1446074052254323	2.766695744350742E-4
104-105	0.0030649801292885566	3.8906658904932313E-4	4.322962100548035E-6	3.3935252489302077E-4	0.14575082870102726	2.809925365356223E-4
106-107	0.003110371231344311	3.977125132504192E-4	4.322962100548035E-6	3.436754869935688E-4	0.1468877677334714	2.809925365356223E-4
108-109	0.0031536008523497918	3.9987399430069324E-4	4.322962100548035E-6	3.71774740647131E-4	0.14815871859103252	2.809925365356223E-4
110-111	0.00320115343545582	4.0203547535096727E-4	4.322962100548035E-6	3.71774740647131E-4	0.14942102352439257	2.809925365356223E-4
112-113	0.0032854511964165063	4.063584374515153E-4	4.322962100548035E-6	3.71774740647131E-4	0.15072439659770778	2.809925365356223E-4
114-115	0.003339488222673357	4.106813995520633E-4	4.322962100548035E-6	3.73936221697405E-4	0.15219420371189413	2.809925365356223E-4
116-117	0.0033892022868296594	4.1500436165261135E-4	4.322962100548035E-6	3.8690510799904915E-4	0.1534348938347514	2.853154986361703E-4
118-119	0.0034173015404832217	4.1500436165261135E-4	4.322962100548035E-6	3.955510322001452E-4	0.15454805657564252	2.8963846073671836E-4
120-121	0.0035253755929969223	4.171658427028854E-4	4.322962100548035E-6	4.106813995520633E-4	0.15565257339233254	2.8963846073671836E-4
122-123	0.003730716292772954	4.1932732375315936E-4	4.322962100548035E-6	4.3661917215535157E-4	0.15670089170171542	2.9396142283726637E-4
124-125	0.0038539207126385734	4.2365028585370743E-4	4.322962100548035E-6	4.4310361530617356E-4	0.15787673739306451	2.9396142283726637E-4
126-127	0.003886342928392683	4.2797324795425544E-4	4.322962100548035E-6	4.452650963564476E-4	0.15916065713692729	2.9396142283726637E-4
128-129	0.003946864397800356	4.2797324795425544E-4	4.322962100548035E-6	4.474265774067216E-4	0.16016790730635497	2.9396142283726637E-4
130-131	0.004033323639811317	4.2797324795425544E-4	4.322962100548035E-6	4.5823398265809167E-4	0.16103466120751486	2.961229038875404E-4
132-133	0.004113298438671455	4.2797324795425544E-4	4.322962100548035E-6	4.733643500100098E-4	0.16190789955182555	2.9828438493781443E-4
134-135	0.004193273237531594	4.2797324795425544E-4	4.322962100548035E-6	4.755258310602838E-4	0.16284165936554393	2.9828438493781443E-4
136-137	0.004299185808995021	4.409421342558996E-4	4.322962100548035E-6	4.755258310602838E-4	0.1637991954708153	2.9828438493781443E-4
138-139	0.004318639138447487	4.409421342558996E-4	4.322962100548035E-6	4.7768731211055785E-4	0.16471998639823204	2.9828438493781443E-4
>>END_MODULE
