##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.S.2.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24035536
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	73-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.437114653902455	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.92278183436392	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	35.03584642339576	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	35.05341632489494	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.96287126694408	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.90134711370697	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.85852676636793	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	35.00884315623334	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.98398483811636	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	35.00562963105961	35.2	34.0	37.4	32.0	39.0
15-19	35.00127243261811	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
20-24	35.001187275374264	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
25-29	34.99297814702364	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
30-34	34.972826385065844	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
35-39	34.96345724097853	35.0	34.0	37.0	31.8	39.0
40-44	34.907633688718235	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.81977131693672	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.80459013687067	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.784868288354374	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.77380379617912	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.75283079187416	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.74650765844124	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.72533585023606	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
80-84	34.71165836032895	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
85-89	34.69944681515707	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
90-94	34.68516238063644	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
95-99	34.66142831415503	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
100-104	34.62899824648529	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
105-109	34.60344270605598	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
110-114	34.57039071057221	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.545961313039484	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.52482545442449	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.49414674133733	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.46905693918677	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.439668327053866	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.40934998657381	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.4292027797103	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
150	35.168135830946554	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	7.0
22	133.0
23	1981.0
24	15070.0
25	66842.0
26	178518.0
27	328911.0
28	485812.0
29	633014.0
30	793295.0
31	1003596.0
32	1314026.0
33	1794325.0
34	2631676.0
35	4397824.0
36	8949195.0
37	1441304.0
38	7.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	34.86329574676429	10.898051118976502	15.841606361514051	38.397046772745156
2	23.461824544522063	11.89269781617391	35.19755468593526	29.447922953368767
3	21.94234159644942	16.53019852905231	27.953626975071277	33.57383289942699
4	26.908728914208474	23.654766795345783	22.010382310364445	27.426121980081298
5	27.24578381234737	29.64136365362975	23.962509314861002	19.150343219161876
6	20.139304708799212	36.03858740350528	25.056366596226447	18.765741291469055
7	16.5735821474765	24.99665910895815	39.61490468433697	18.81485405922838
8	18.983243556991248	24.245790731540065	31.034565538574217	25.73640017289447
9	19.90205987792558	22.83053626256693	32.33939528286116	24.92800857664633
10-14	20.72907219007967	28.758992470819116	26.748839686955666	23.763095652145548
15-19	21.05930587383133	27.45462671465868	27.445179853940864	24.04088755756912
20-24	21.077211094434116	27.535239909506537	27.253626514282765	24.133922481776583
25-29	21.0058599070913	27.768698509632415	26.99760800148234	24.227833581793945
30-34	21.003569754941033	27.638605230110414	27.092496455045946	24.26532855990261
35-39	21.175820664519833	27.404683092438653	27.08452615725139	24.334970085790125
40-44	21.270147438988328	27.46060820385229	26.985933982529875	24.28331037462951
45-49	21.47715121091093	27.367360086173925	26.927317352355516	24.228171350559627
50-54	21.497457958698117	27.4719446245881	26.872068959282196	24.158528457431586
55-59	21.435046158878727	27.415962855351406	26.976325006222485	24.172665979547382
60-64	21.643842407805725	27.285253596371923	26.77004657282305	24.300857422999307
65-69	21.56485225324787	27.328635387296636	26.908415414862297	24.198096944593203
70-74	21.809680172838515	27.20947841606697	26.834758977394575	24.146082433699938
75-79	21.661337811078692	27.17109329304436	26.835784120954507	24.331784774922433
80-84	21.9291839800793	27.085437325397038	26.80414293551397	24.181235759009695
85-89	21.784065440060775	27.137244476175383	26.856672836724787	24.22201724703906
90-94	21.80386231024884	26.90990374999835	26.81497787932398	24.471256060428832
95-99	21.980710881155186	26.968845870221553	26.926701176975097	24.12374207164816
100-104	21.985155491804843	26.794512035346695	26.963252278337773	24.25708019451069
105-109	22.06946299973415	26.7432283532728	26.907744394450134	24.27956425254291
110-114	22.005989938561456	26.776839211556446	26.90490569998598	24.312265149896124
115-119	22.09831084486581	26.95520123257351	26.819897139199057	24.126590783361625
120-124	21.994801078887345	26.832681518946245	26.908091828994507	24.264425573171902
125-129	22.270996597412122	26.774581500813188	26.862818901443447	24.091603000331247
130-134	22.039932325009843	26.923312994932196	26.786904365488883	24.249850314569077
135-139	22.201107685449596	26.737681434627085	26.81692974017872	24.244281139744604
140-144	22.170730972363454	26.595700722728218	27.05088281654237	24.18268548836596
145-149	21.71623299648837	26.822340079779476	27.25221679801718	24.209210125714975
150	21.809485358870827	25.43986791664089	27.67874910013414	25.07189762435414
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	0.5
9	2.5
10	3.5
11	4.0
12	5.0
13	13.5
14	28.5
15	55.0
16	119.5
17	275.0
18	563.5
19	1038.5
20	1795.0
21	2882.0
22	4695.5
23	7410.5
24	11933.0
25	18017.0
26	24950.5
27	35355.0
28	52576.5
29	75482.5
30	101156.5
31	128662.0
32	159289.0
33	193705.0
34	230227.5
35	277694.5
36	344279.5
37	422963.5
38	509132.5
39	624435.5
40	778619.0
41	947483.0
42	1113043.0
43	1271263.0
44	1413192.5
45	1509592.0
46	1560263.5
47	1566594.5
48	1513559.5
49	1438260.5
50	1329205.5
51	1179303.0
52	1012193.0
53	856046.5
54	707585.5
55	577511.0
56	483925.0
57	399111.5
58	329331.5
59	265326.5
60	204607.0
61	144968.5
62	86067.5
63	48149.5
64	29504.5
65	18241.0
66	12194.0
67	5739.0
68	2136.0
69	1115.0
70	1033.5
71	829.0
72	429.0
73	169.0
74	87.0
75	51.5
76	28.5
77	19.5
78	11.5
79	3.5
80	2.5
81	2.0
82	0.5
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	5.824708881050125E-5
3	4.576556977967955E-5
4	1.580992410570748E-4
5	7.90496205285374E-5
6	9.985215224657358E-5
7	1.3313620299543145E-4
8	2.704329123344701E-4
9	1.414572156826459E-4
10-14	1.647560512068464E-4
15-19	1.5893134232579628E-4
20-24	1.3147200045798854E-4
25-29	2.8957124151506334E-4
30-34	4.3518896354131654E-4
35-39	5.658288627305836E-4
40-44	2.5711929203492694E-4
45-49	2.1717843113629753E-4
50-54	3.6862086204360073E-4
55-59	4.859471409333247E-4
60-64	7.830072938668812E-4
65-69	5.175669891447398E-4
70-74	2.487982834882198E-4
75-79	4.2353962683762424E-4
80-84	2.504626486133855E-4
85-89	3.0122108036318806E-4
90-94	3.611328911874063E-4
95-99	6.11596905815591E-4
100-104	3.977469615044514E-4
105-109	3.9608376669071816E-4
110-114	2.721005020429006E-4
115-119	3.494884479339516E-4
120-124	3.0455607145634344E-4
125-129	3.6280736242983477E-4
130-134	3.1454811493561495E-4
135-139	2.7877590647855567E-4
140-144	2.62207212870928E-4
145-149	2.515884038110103E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
72-73	2.0
74-75	0.0
76-77	5.0
78-79	2.0
80-81	7.0
82-83	7.0
84-85	5.0
86-87	9.0
88-89	12.0
90-91	12.0
92-93	17.0
94-95	11.0
96-97	17.0
98-99	22.0
100-101	27.0
102-103	28.0
104-105	16.0
106-107	33.0
108-109	31.0
110-111	36.0
112-113	43.0
114-115	38.0
116-117	51.0
118-119	55.0
120-121	63.0
122-123	77.0
124-125	72.0
126-127	84.0
128-129	132.0
130-131	131.0
132-133	187.0
134-135	342.0
136-137	540.0
138-139	1691.0
140-141	4542.0
142-143	6530.0
144-145	62854.0
146-147	737182.0
148-149	1124274.0
150-151	2.2096349E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	43.69744329387398
#Duplication Level	Percentage of total
1	33.373624568853046
2	9.56488423674894
3	5.674422415098939
4	3.9820427331263413
5	2.904410147860451
6	2.3320312708621094
7	1.9749945666105637
8	1.573876881959722
9	1.5109760649323851
>10	16.806449071324487
>50	5.438777219821927
>100	10.084269763718416
>500	2.745304087073562
>1k	1.973328274240201
>5k	0.06060869776874662
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	4.160506343607232E-6	1.2481519030821697E-5	0.0	8.321012687214464E-6	1.9138329180593268E-4	1.6642025374428928E-5
2	8.321012687214464E-6	8.737063321575187E-5	0.0	1.2481519030821697E-5	0.0017432521579714302	3.744455709246509E-5
3	1.6642025374428928E-5	9.569164590296634E-5	0.0	1.2481519030821697E-5	0.0033783311510090725	4.576556977967955E-5
4	6.240759515410848E-5	1.0817316493378803E-4	0.0	1.2481519030821697E-5	0.004730495712681423	4.576556977967955E-5
5	7.488911418493018E-5	1.0817316493378803E-4	0.0	1.6642025374428928E-5	0.00590791900792227	4.576556977967955E-5
6	9.985215224657358E-5	1.0817316493378803E-4	0.0	1.6642025374428928E-5	0.0070478977460706515	4.576556977967955E-5
7	1.3313620299543143E-4	1.2481519030821696E-4	0.0	1.6642025374428928E-5	0.008400062307743001	4.576556977967955E-5
8	1.9970430449314715E-4	1.2481519030821696E-4	0.0	2.0802531718036163E-5	0.011083588899369667	4.576556977967955E-5
9	2.704329123344701E-4	1.2481519030821696E-4	0.0	2.0802531718036163E-5	0.013987622327207514	4.576556977967955E-5
10-11	3.2451949480136416E-4	1.2689544348002058E-4	0.0	2.0802531718036163E-5	0.02300551982697619	5.20063292950904E-5
12-13	3.744455709246509E-4	1.289756966518242E-4	0.0	2.0802531718036163E-5	0.029970207446174697	5.4086582466894016E-5
14-15	4.160506343607232E-4	1.289756966518242E-4	0.0	2.2882784889839777E-5	0.03559521202273168	6.032734198230487E-5
16-17	4.6389645731220643E-4	1.4769797519805677E-4	0.0	2.4963038061643394E-5	0.03961426115065626	6.240759515410848E-5
18-19	5.117422802636896E-4	1.5809924105707483E-4	0.0	2.4963038061643394E-5	0.04286985736452892	7.072860784132295E-5
20-21	7.364096228184801E-4	1.78901772775111E-4	0.0	2.4963038061643394E-5	0.045836298387520874	7.488911418493018E-5
22-23	9.652374717168779E-4	1.78901772775111E-4	0.0	2.4963038061643394E-5	0.04845325687764983	7.488911418493018E-5
24-25	0.0010255648136991828	1.809820259469146E-4	0.0	2.4963038061643394E-5	0.05122207384932044	7.488911418493018E-5
26-27	0.0010713303834788623	1.830622791187182E-4	0.0	2.9123544405250625E-5	0.053628926769097224	8.321012687214464E-5
28-29	0.001175343042069043	1.830622791187182E-4	0.0	3.744455709246509E-5	0.056788831337066914	8.737063321575187E-5
30-31	0.0013500843085005468	1.830622791187182E-4	0.0	6.032734198230487E-5	0.05988424805671069	8.737063321575187E-5
32-33	0.001435374688544495	1.9138329180593268E-4	0.0	7.280886101312657E-5	0.06249912629366784	1.0401265859018081E-4
34-35	0.001501942790042211	1.9138329180593268E-4	0.0	1.040126585901808E-4	0.06531994959463355	1.1025341810559164E-4
36-37	0.001533146587619265	1.9346354497773628E-4	0.0	1.2065468396460974E-4	0.0679410685911061	1.1441392444919889E-4
38-39	0.0015414676003064796	1.955437981495399E-4	0.0	1.5809924105707483E-4	0.07069116328423047	1.2065468396460974E-4
40-41	0.0015685108915399265	1.955437981495399E-4	0.0	1.78901772775111E-4	0.07316666455867679	1.2689544348002058E-4
42-43	0.0015809924105707482	1.9762405132134353E-4	0.0	1.9138329180593268E-4	0.0755298321618457	1.3313620299543143E-4
44-45	0.001610115954975999	2.0802531718036162E-4	0.0	1.9346354497773628E-4	0.07790340103087362	1.3313620299543143E-4
46-47	0.0016392394993812495	2.184265830393797E-4	0.0	1.955437981495399E-4	0.08138574484047287	1.3313620299543143E-4
48-49	0.001657961777927482	2.225870893829869E-4	0.0	1.955437981495399E-4	0.08418368535654874	1.3937696251084227E-4
50-51	0.0016725235501301072	2.2466734255479053E-4	0.0	1.955437981495399E-4	0.08679440308716227	1.4561772202625312E-4
52-53	0.0016870853223327326	2.2882784889839778E-4	0.0	1.955437981495399E-4	0.0891097248673797	1.4977822836986036E-4
54-55	0.0017203693730815906	2.32988355242005E-4	0.0	1.9762405132134353E-4	0.09120037930504232	1.5393873471346758E-4
56-57	0.0017702954492048774	2.3506860841380863E-4	0.0	2.0386481083675437E-4	0.09344289222424662	1.5393873471346758E-4
58-59	0.0018181412721563605	2.3714886158561225E-4	0.0	2.1218582352396884E-4	0.09557099121900173	1.5393873471346758E-4
60-61	0.0019159131712311304	2.4130936792921947E-4	0.0	2.1218582352396884E-4	0.09769284945424142	1.560189878852712E-4
62-63	0.0019387959561209703	2.496303806164339E-4	0.0	2.1426607669577247E-4	0.09995408465199196	1.5809924105707483E-4
64-65	0.001951277475151792	2.496303806164339E-4	0.0	2.3922911475741585E-4	0.10273746339586519	1.5809924105707483E-4
66-67	0.0019762405132134355	2.6211189964725566E-4	0.0	2.496303806164339E-4	0.10543555175969449	1.5809924105707483E-4
68-69	0.0019908022854160604	2.6627240599086285E-4	0.0	2.5379088696004116E-4	0.10749708265295185	1.664202537442893E-4
70-71	0.002032407348852133	2.6627240599086285E-4	0.0	2.6211189964725566E-4	0.10972295354678174	1.7058076008789652E-4
72-73	0.002076092665460009	2.683526591626665E-4	0.0	2.641921528190593E-4	0.11159102089506137	1.7474126643150374E-4
74-75	0.0021010557035216525	2.7459341867807735E-4	0.0	2.683526591626665E-4	0.11343204495210757	1.7474126643150374E-4
76-77	0.002123938488411492	2.7875392502168454E-4	0.0	2.766736718498809E-4	0.11490278394457273	1.7682151960330737E-4
78-79	0.0021530620328167427	2.7875392502168454E-4	0.0	3.1619848211414967E-4	0.11638184394972512	1.78901772775111E-4
80-81	0.0021759448177065825	2.7875392502168454E-4	0.0	3.1619848211414967E-4	0.11791083003100077	1.78901772775111E-4
82-83	0.002200907855768226	2.8083417819348817E-4	0.0	3.1619848211414967E-4	0.11942317408690199	1.78901772775111E-4
84-85	0.0022341919065170836	2.8915519088070266E-4	0.0	3.1619848211414967E-4	0.1212184325741685	1.78901772775111E-4
86-87	0.0022778772231249597	2.9123544405250623E-4	0.0	3.182787352859533E-4	0.12285975232672157	1.78901772775111E-4
88-89	0.0022945192484993887	2.9955645673972073E-4	0.0	3.2659974797316773E-4	0.12431384929381228	1.830622791187182E-4
90-91	0.002309081020702014	3.03716963083328E-4	0.0	3.328405074885786E-4	0.1266749366438094	1.830622791187182E-4
92-93	0.0023486058309662825	3.03716963083328E-4	4.160506343607232E-6	3.328405074885786E-4	0.12866157842288184	1.830622791187182E-4
94-95	0.002383970134886944	3.03716963083328E-4	4.160506343607232E-6	3.328405074885786E-4	0.13022176830173457	1.830622791187182E-4
96-97	0.0024401369705256415	3.0787746942693517E-4	4.160506343607232E-6	3.328405074885786E-4	0.13166962450930988	1.8722278546232546E-4
98-99	0.0024900630466489285	3.1619848211414967E-4	4.160506343607232E-6	3.390812670039894E-4	0.1329489802099691	1.9138329180593268E-4
100-101	0.0025857546925518947	3.2868000114497136E-4	4.160506343607232E-6	3.474022796912039E-4	0.13440931793657523	1.9138329180593268E-4
102-103	0.0026252795028161636	3.2868000114497136E-4	4.160506343607232E-6	3.515627860348111E-4	0.13547024705419508	1.9138329180593268E-4
104-105	0.002656483300393218	3.2868000114497136E-4	4.160506343607232E-6	3.661245582374364E-4	0.13653325642498673	1.9762405132134353E-4
106-107	0.002671045072595843	3.2868000114497136E-4	4.160506343607232E-6	3.8276658361186536E-4	0.13763579060604264	1.9970430449314715E-4
108-109	0.002708489629688308	3.30760254316775E-4	4.160506343607232E-6	4.0356911532990155E-4	0.13871128149586512	2.0802531718036162E-4
110-111	0.0027521749462961842	3.328405074885786E-4	4.160506343607232E-6	4.0356911532990155E-4	0.1398054946642338	2.0802531718036162E-4
112-113	0.002822903554137507	3.349207606603822E-4	4.160506343607232E-6	4.0356911532990155E-4	0.14108068985854944	2.1218582352396884E-4
114-115	0.002872829630260794	3.4116152017579305E-4	4.160506343607232E-6	4.056493685017052E-4	0.1425535091041864	2.1218582352396884E-4
116-117	0.002920675453212277	3.4324177334759667E-4	4.160506343607232E-6	4.11890128017116E-4	0.1435894751837446	2.1218582352396884E-4
118-119	0.0029456384912739204	3.474022796912039E-4	4.160506343607232E-6	4.2853215339154493E-4	0.14448398404762014	2.1218582352396884E-4
120-121	0.003030928871317869	3.494825328630075E-4	4.160506343607232E-6	4.38933419250563E-4	0.14545962278519603	2.1218582352396884E-4
122-123	0.0031994293782339617	3.494825328630075E-4	4.160506343607232E-6	4.4309392559417025E-4	0.14644358253545914	2.1218582352396884E-4
124-125	0.0032743184924188917	3.494825328630075E-4	4.160506343607232E-6	4.4933468510958106E-4	0.1475003511467354	2.1218582352396884E-4
126-127	0.0033096827963395533	3.57803545550222E-4	4.160506343607232E-6	4.4933468510958106E-4	0.1486403298848838	2.1218582352396884E-4
128-129	0.003376250897837269	3.5988379872202555E-4	4.160506343607232E-6	4.5557544462499194E-4	0.14958892533122625	2.1426607669577247E-4
130-131	0.0034969055818018786	3.702850645810437E-4	4.160506343607232E-6	4.638964573122064E-4	0.15029413115646767	2.1634632986757606E-4
132-133	0.00355515267061238	3.702850645810437E-4	4.160506343607232E-6	4.722174699994209E-4	0.15103470128562974	2.1634632986757606E-4
134-135	0.003609239253079274	3.702850645810437E-4	4.160506343607232E-6	4.742977231712245E-4	0.1519229693899899	2.225870893829869E-4
136-137	0.0037028506458104365	3.786060772682581E-4	4.160506343607232E-6	4.742977231712245E-4	0.15287156483633235	2.2466734255479053E-4
138-139	0.003711171658497651	3.890073431272762E-4	4.160506343607232E-6	4.742977231712245E-4	0.15379311699144133	2.2466734255479053E-4
>>END_MODULE
