##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	SnRK1a1OE.lowPi.4d.S.3.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24080481
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	68-150
%GC	46
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	35.429789421565125	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
2	34.897265881026215	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
3	35.03328143652944	35.0	34.0	38.0	31.0	39.0
4	35.03318559126788	36.0	34.0	38.0	31.0	39.0
5	34.94081986983566	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
6	34.88009454628419	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
7	34.8564725928855	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
8	34.99973700691444	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
9	34.97536282601664	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
10-14	34.98835782391556	35.2	34.0	37.4	32.0	39.0
15-19	34.98402602506154	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
20-24	34.984024961959854	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
25-29	34.97578526774445	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
30-34	34.95433631080708	35.0	34.0	37.0	31.6	39.0
35-39	34.94461432892474	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
40-44	34.888693477509854	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
45-49	34.798965269838256	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
50-54	34.78263665912654	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
55-59	34.762245612951006	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
60-64	34.75114740440608	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
65-69	34.729692697815594	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
70-74	34.723197480605805	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
75-79	34.7002245968892	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
80-84	34.68724618858827	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
85-89	34.674008144202624	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
90-94	34.65974459065802	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
95-99	34.6350244063341	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
100-104	34.602565549629546	35.0	34.0	37.0	30.6	39.0
105-109	34.577581646817976	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
110-114	34.543405051336116	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
115-119	34.519721655166435	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
120-124	34.49923214600108	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
125-129	34.468764746602815	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
130-134	34.44154630858892	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
135-139	34.41366770591065	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
140-144	34.38649049244001	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.40496986149513	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
150	35.15042653653311	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	5.0
22	129.0
23	2021.0
24	15950.0
25	69629.0
26	184379.0
27	335255.0
28	489359.0
29	635341.0
30	794371.0
31	1013793.0
32	1328379.0
33	1819558.0
34	2674981.0
35	4468946.0
36	8858079.0
37	1390302.0
38	4.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.76059797144418	11.04666887675541	15.51904216531223	37.67369098648818
2	23.250139085734663	12.453140970539986	35.4074511250216	28.889268818703755
3	21.94929152551495	16.841277031446893	27.761685900508926	33.44774554252923
4	26.928562701870224	24.07501920853127	21.906944746787495	27.08947334281101
5	27.07591618296866	29.765828315847227	23.973769263135093	19.18448623804902
6	20.08852407481503	36.04815191407305	25.241238174278685	18.622085836833232
7	16.74254982528975	24.46574277997057	39.63138633418772	19.16032106055196
8	19.129817430910045	24.25471185757656	30.906182774734226	25.70928793677917
9	20.100005622819445	23.004063130724404	32.08137839307461	24.814552853381535
10-14	20.899762839869844	28.640755499854098	26.681031244330978	23.77845041594508
15-19	21.156161966138505	27.462410792415977	27.43148195017301	23.949945291272513
20-24	21.172923282459774	27.527681775265446	27.231385770584264	24.068009171690516
25-29	21.108224135582006	27.757952995684825	26.98055096270286	24.153271906030305
30-34	21.11110571252364	27.61909958786768	27.073942749973185	24.195851949635497
35-39	21.268513898490543	27.411346191201876	27.068343581969785	24.2517963283378
40-44	21.383669910190665	27.43217228268727	26.97318764513922	24.210970161982846
45-49	21.5560408866226	27.347807724214558	26.930252780684032	24.16589860847881
50-54	21.587462134139145	27.459105949993017	26.86502025423334	24.088411661634495
55-59	21.534740293024377	27.408808229439046	26.964039098056276	24.0924123794803
60-64	21.719050519224798	27.28956948056906	26.765659942589927	24.225720057616222
65-69	21.657284108967755	27.330255793057944	26.89836600591177	24.114094092062523
70-74	21.905020862426124	27.191019851281006	26.83616475672219	24.06779452957068
75-79	21.76712444509674	27.167162216943808	26.818139320342464	24.24757401761699
80-84	22.00938566740696	27.10578793675954	26.79998012991352	24.08484626591998
85-89	21.867355083266958	27.12787007514001	26.861321125331077	24.143453716261952
90-94	21.88950397338642	26.91483314127487	26.821471506570443	24.374191378768266
95-99	22.05558865967901	26.976129018197554	26.928894457971065	24.039387864152374
100-104	22.057852706117146	26.818288371080595	26.95367412788038	24.17018479492188
105-109	22.14906999183768	26.758569137711476	26.902274963647464	24.19008590680338
110-114	22.092269656153295	26.790792029333915	26.908946925910822	24.207991388601968
115-119	22.170409402596665	26.958725288081137	26.828044889459036	24.04282041986316
120-124	22.089492328672254	26.83842113416733	26.895768674146737	24.176317863013683
125-129	22.3425694984008	26.79793785686465	26.840094619989372	24.01939802474518
130-134	22.1317485458947	26.94481179943167	26.769420799973	24.154018854700634
135-139	22.284673334736517	26.7458730457488	26.81882101450371	24.15063260501097
140-144	22.24303250297746	26.614163286852776	27.03752045402791	24.10528375614186
145-149	21.79450708797427	26.8057540399096	27.262214597687258	24.137524274428873
150	21.86439198586768	25.397783164770694	27.716747177905127	25.0210776714565
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.5
8	0.5
9	0.5
10	1.5
11	6.0
12	9.5
13	18.5
14	36.0
15	82.5
16	146.0
17	300.5
18	644.5
19	1076.5
20	1786.0
21	2915.0
22	4701.0
23	7379.5
24	11775.0
25	17845.0
26	25154.0
27	35832.5
28	52579.0
29	75005.0
30	100442.5
31	127566.5
32	157037.5
33	190673.5
34	226624.5
35	274167.5
36	341340.0
37	420552.5
38	509706.0
39	627894.5
40	781232.0
41	950481.5
42	1118928.0
43	1278525.5
44	1418390.0
45	1514010.0
46	1564722.0
47	1569219.5
48	1516184.0
49	1440791.0
50	1330706.0
51	1179269.5
52	1011175.5
53	853860.5
54	706949.5
55	580956.5
56	490251.5
57	404594.5
58	331924.0
59	266710.5
60	206044.0
61	145327.0
62	85405.0
63	48235.0
64	29970.5
65	18960.5
66	12693.5
67	5907.5
68	2208.5
69	1117.5
70	970.0
71	731.0
72	376.5
73	149.5
74	82.5
75	56.0
76	36.5
77	21.0
78	8.5
79	3.0
80	4.5
81	3.0
82	0.5
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.5
94	0.5
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	4.1527409689200144E-5
3	3.737466872028013E-5
4	1.4534593391220052E-4
5	1.2042948809868043E-4
6	1.0797126519192038E-4
7	1.6195689778788057E-4
8	2.6162268104196093E-4
9	1.4534593391220052E-4
10-14	1.752456688884246E-4
15-19	1.8770389179518466E-4
20-24	1.445153857184165E-4
25-29	2.9318351240575306E-4
30-34	4.4849602464336157E-4
35-39	5.7889209106745E-4
40-44	2.7906419311142495E-4
45-49	2.3753678342222485E-4
50-54	3.4467750042036123E-4
55-59	5.099565909833778E-4
60-64	7.425100852428986E-4
65-69	5.166009808242699E-4
70-74	2.4085899820231152E-4
75-79	4.4600447266906183E-4
80-84	2.0099277974966183E-4
85-89	2.807256788698562E-4
90-94	3.6544199440965107E-4
95-99	5.830470353677827E-4
100-104	4.036490203662525E-4
105-109	3.787335119798269E-4
110-114	2.973402540523303E-4
115-119	3.73753230857894E-4
120-124	3.5049933447485373E-4
125-129	3.6960537184613554E-4
130-134	3.2143631099556126E-4
135-139	2.491840054435077E-4
140-144	2.667042589504599E-4
145-149	2.967814708995325E-4
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
68-69	1.0
70-71	0.0
72-73	4.0
74-75	0.0
76-77	0.0
78-79	3.0
80-81	7.0
82-83	4.0
84-85	11.0
86-87	7.0
88-89	7.0
90-91	7.0
92-93	13.0
94-95	15.0
96-97	23.0
98-99	23.0
100-101	33.0
102-103	25.0
104-105	24.0
106-107	35.0
108-109	37.0
110-111	46.0
112-113	37.0
114-115	38.0
116-117	46.0
118-119	43.0
120-121	56.0
122-123	67.0
124-125	87.0
126-127	87.0
128-129	106.0
130-131	161.0
132-133	201.0
134-135	275.0
136-137	582.0
138-139	1744.0
140-141	4637.0
142-143	6616.0
144-145	62731.0
146-147	740490.0
148-149	1127354.0
150-151	2.2134798E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	fail
#Total Deduplicated Percentage	43.995025582909584
#Duplication Level	Percentage of total
1	33.45726808228812
2	9.83594405447362
3	5.826274559733483
4	4.005005210049323
5	3.0024070783794037
6	2.3765084295399976
7	1.926817320939336
8	1.6027421079597444
9	1.3634210288162545
>10	17.02978205323371
>50	5.240914966074508
>100	9.76831358588559
>500	2.6321211103523487
>1k	1.8777232215918378
>5k	0.05475719068286722
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	2.9069186782440103E-5	0.0	0.0	1.9517882553924068E-4	1.661096387568006E-5
2	8.30548193784003E-6	6.644385550272023E-5	0.0	2.0763704844600072E-5	0.0017524566888842462	2.0763704844600072E-5
3	1.2458222906760043E-5	7.474933744056026E-5	0.0	2.4916445813520086E-5	0.0030771810579697306	3.322192775136012E-5
4	6.229111453380021E-5	1.0381852422300036E-4	0.0	3.737466872028013E-5	0.004559709583874176	4.1527409689200144E-5
5	7.059659647164024E-5	1.0797126519192037E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.0057266297961407	4.1527409689200144E-5
6	1.0381852422300036E-4	1.1212400616084039E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.007088728833946465	4.1527409689200144E-5
7	1.2873497003652046E-4	1.1627674712976041E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.008421758684969789	4.1527409689200144E-5
8	2.4085897619736084E-4	1.2042948809868042E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.011104429350892118	4.1527409689200144E-5
9	3.2391379557576114E-4	1.2042948809868042E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.01405287543882533	4.1527409689200144E-5
10-11	4.298086902832215E-4	1.2042948809868042E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.022561841684142436	6.021474404934021E-5
12-13	4.837943228791817E-4	1.2250585858314042E-4	0.0	4.1527409689200144E-5	0.02883663328818058	7.059659647164024E-5
14-15	5.44009066928522E-4	1.2873497003652046E-4	0.0	4.568015065812016E-5	0.03378462415264878	8.097844889394029E-5
16-17	5.834601061332621E-4	1.3081134052098046E-4	0.0	4.983289162704017E-5	0.03755116021145923	8.305481937840029E-5
18-19	6.415984796981423E-4	1.3288771100544047E-4	0.0	4.983289162704017E-5	0.040875429357079704	8.305481937840029E-5
20-21	8.430064166907629E-4	1.3704045197436047E-4	0.0	5.606200308042019E-5	0.04350619076089053	9.136030131624032E-5
22-23	0.0010610253175590638	1.4949867488112052E-4	0.0	6.644385550272023E-5	0.0460206754175716	9.136030131624032E-5
24-25	0.001148232877906384	1.5780415681896056E-4	0.0	6.644385550272023E-5	0.04879470638481017	9.136030131624032E-5
26-27	0.0012312876972847843	1.5780415681896056E-4	0.0	7.059659647164025E-5	0.05129880918906894	9.758941276962034E-5
28-29	0.0013454880739300846	1.5780415681896056E-4	0.0	7.890207840948027E-5	0.05454209988579547	1.0381852422300036E-4
30-31	0.0015697360862517655	1.5988052730342057E-4	0.0	9.136030131624032E-5	0.05776255050719294	1.1004763567638037E-4
32-33	0.0016756309809592257	1.6195689778788057E-4	0.0	1.1212400616084039E-4	0.06044729754359973	1.1835311761422042E-4
34-35	0.0017939840985734463	1.6195689778788057E-4	0.0	1.3288771100544044E-4	0.06327116140246533	1.2873497003652046E-4
36-37	0.0018189005443869663	1.6403326827234057E-4	0.0	1.4742230439666052E-4	0.06588531184240048	1.3911682245882048E-4
38-39	0.0018438169902004864	1.6610963875680058E-4	0.0	1.6195689778788057E-4	0.06860743354752756	1.432695634277405E-4
40-41	0.0018749625474673865	1.7026237972572058E-4	0.0	1.6195689778788057E-4	0.07116136924341337	1.4742230439666052E-4
42-43	0.0018770389179518466	1.7233875021018061E-4	0.0	1.6195689778788057E-4	0.07345368225825721	1.4949867488112052E-4
44-45	0.0018915735113430665	1.7856786166356063E-4	0.0	1.6403326827234057E-4	0.07588718846604434	1.4949867488112052E-4
46-47	0.0019061081047342867	1.8064423214802063E-4	0.0	1.6818600924126058E-4	0.07928205420813646	1.4949867488112052E-4
48-49	0.0019289481800633468	1.8479697311694064E-4	0.0	1.7441512069464062E-4	0.08204155058198381	1.5572778633450053E-4
50-51	0.0019517882553924067	1.8687334360140067E-4	0.0	1.7649149117910062E-4	0.0846640065038568	1.5988052730342057E-4
52-53	0.001982933812659307	1.9102608457032067E-4	0.0	1.7856786166356063E-4	0.08715980382617772	1.6403326827234057E-4
54-55	0.002028613963317427	1.9102608457032067E-4	0.0	1.7856786166356063E-4	0.08915727223222825	1.6610963875680058E-4
56-57	0.0020867523368823075	1.9102608457032067E-4	0.0	1.9102608457032067E-4	0.0914184396898052	1.7026237972572058E-4
58-59	0.0021345088580248875	2.0140793699262072E-4	0.0	2.0140793699262072E-4	0.09353010847250103	1.7026237972572058E-4
60-61	0.002248709234670188	2.0348430747708072E-4	0.0	2.0763704844600073E-4	0.09559194436356983	1.7026237972572058E-4
62-63	0.002302694867266148	2.0348430747708072E-4	0.0	2.0763704844600073E-4	0.09767869670045212	1.7441512069464062E-4
64-65	0.002337993165501968	2.0348430747708072E-4	0.0	2.1594253038384074E-4	0.10041535299897042	1.7441512069464062E-4
66-67	0.002362909611315488	2.1178978941492074E-4	0.0	2.2424801232168078E-4	0.10298797602921636	1.7441512069464062E-4
68-69	0.0023815969456756287	2.2217164183722075E-4	0.0	2.284007532906008E-4	0.10496468073042228	1.7856786166356063E-4
70-71	0.0024252007258492884	2.3047712377506082E-4	0.0	2.284007532906008E-4	0.10716563344394989	1.7856786166356063E-4
72-73	0.0024542699126317282	2.3255349425952082E-4	0.0	2.3047712377506082E-4	0.10898453398833685	1.8894971408586067E-4
74-75	0.0024750336174763285	2.3255349425952082E-4	0.0	2.4501171716628085E-4	0.11096331506002724	2.0348430747708072E-4
76-77	0.0024895682108675484	2.3878260571290083E-4	0.0	2.5954631055750087E-4	0.11250605832998103	2.0763704844600073E-4
78-79	0.002531095620556749	2.4085897619736084E-4	0.0	2.7615727443318095E-4	0.11405918345235712	2.0971341893046073E-4
80-81	0.002578852141699329	2.4085897619736084E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.11564968324345348	2.1594253038384074E-4
82-83	0.002597539476059469	2.4708808765074085E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.11733569607683501	2.1594253038384074E-4
84-85	0.0026245322923574487	2.574699400730409E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.11913590928686184	2.1594253038384074E-4
86-87	0.0026536014791398894	2.574699400730409E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.12069111077972239	2.2009527135276078E-4
88-89	0.0026826706659223293	2.574699400730409E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.12227953420033429	2.2009527135276078E-4
90-91	0.0027034343707669295	2.6162268104196093E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.12447841054337744	2.2424801232168078E-4
92-93	0.0027345799280338295	2.7200453346426094E-4	0.0	2.7823364491764096E-4	0.12631599842212454	2.2424801232168078E-4
94-95	0.00280517652450547	2.7823364491764096E-4	0.0	2.84462756371021E-4	0.12797501843920808	2.2424801232168078E-4
96-97	0.00287369675049265	2.9276823830886103E-4	0.0	2.86539126855481E-4	0.1294907688928639	2.2424801232168078E-4
98-99	0.00295675156987105	3.0107372024670105E-4	0.0	2.9692097927778104E-4	0.13081134052098045	2.2424801232168078E-4
100-101	0.0030584937236095905	3.0522646121562105E-4	0.0	2.9899734976224104E-4	0.13217136318830175	2.2424801232168078E-4
102-103	0.0030896392808764904	3.1145557266900107E-4	0.0	3.0315009073116105E-4	0.13336319984638179	2.284007532906008E-4
104-105	0.003124937579112311	3.1145557266900107E-4	0.0	3.0937920218454106E-4	0.13460279302560443	2.3878260571290083E-4
106-107	0.003174770470739351	3.197610546068411E-4	0.0	3.1976105460684113E-4	0.13575310227399529	2.4501171716628085E-4
108-109	0.0032183742509130113	3.2806653654468115E-4	0.0	3.2391379557576114E-4	0.13684527314882122	2.4501171716628085E-4
110-111	0.0032453670672109914	3.2806653654468115E-4	0.0	3.3014290702914115E-4	0.13790837483686474	2.4501171716628085E-4
112-113	0.0033118109227137115	3.363720184825212E-4	0.0	3.3637201848252116E-4	0.13899224022975287	2.4501171716628085E-4
114-115	0.003345032850465072	3.4467750042036123E-4	0.0	3.426011299359012E-4	0.1405079906834087	2.4916445813520085E-4
116-117	0.003407323964998872	3.6336483478050126E-4	0.0	3.5298298235820124E-4	0.14165622356131508	2.4916445813520085E-4
118-119	0.003471691450017132	3.6959394623388127E-4	0.0	3.5713572332712125E-4	0.14265911050530927	2.4916445813520085E-4
120-121	0.0035672044923022927	3.7374668720280133E-4	0.0	3.716703167183413E-4	0.14368691389511695	2.5331719910412086E-4
122-123	0.003718779537667873	3.7374668720280133E-4	0.0	3.8205216914064135E-4	0.14461089876070166	2.5331719910412086E-4
124-125	0.0038267508028597937	3.7374668720280133E-4	0.0	3.9035765107848136E-4	0.14573836793376344	2.5331719910412086E-4
126-127	0.0038620491010956134	3.7582305768726134E-4	0.0	3.9243402156294136E-4	0.14703609948655094	2.574699400730409E-4
128-129	0.0039347220680517134	3.7997579865618134E-4	0.0	3.9658676253186137E-4	0.1480161463552161	2.574699400730409E-4
130-131	0.004007395035007815	3.8620491010956135E-4	0.0	4.1112135592308145E-4	0.14896712403709877	2.574699400730409E-4
132-133	0.004065533408572694	3.8620491010956135E-4	0.0	4.1527409689200146E-4	0.1497229228934422	2.574699400730409E-4
134-135	0.004138206375528794	3.8620491010956135E-4	0.0	4.1942683786092146E-4	0.15052647827092824	2.574699400730409E-4
136-137	0.004250330381689635	3.9243402156294136E-4	0.0	4.2150320834538147E-4	0.15145253950699739	2.574699400730409E-4
138-139	0.004256559493143015	3.986631330163214E-4	0.0	4.2357957882984147E-4	0.15222702569770097	2.574699400730409E-4
>>END_MODULE
