##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	T3.1uM.3.R1.clean.fq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24141884
Total Bases	3.6 Gbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	68-150
%GC	43
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	36.06645840067826	37.0	35.0	38.0	33.0	39.0
2	35.30053905486415	35.0	34.0	38.0	32.0	39.0
3	35.48183227953543	36.0	35.0	38.0	33.0	39.0
4	35.48502022460219	36.0	35.0	38.0	32.0	39.0
5	35.39628858294572	36.0	35.0	38.0	33.0	39.0
6	35.289278251854746	36.0	35.0	37.0	33.0	39.0
7	35.150085262608336	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
8	35.32439054880721	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
9	35.29218987217402	35.0	34.0	37.0	33.0	39.0
10-14	35.33156645935338	35.8	34.2	37.4	33.0	39.0
15-19	35.31284265138545	36.0	34.0	37.0	33.0	39.0
20-24	35.31660294614952	36.0	34.0	37.0	33.0	39.0
25-29	35.3060383688365	36.0	34.0	37.0	33.0	39.0
30-34	35.28179310280838	36.0	34.0	37.0	32.2	39.0
35-39	35.25383627060755	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
40-44	35.234323004782894	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
45-49	35.220568212489134	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
50-54	35.19379712039044	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
55-59	35.169525319564954	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
60-64	35.15016557117083	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
65-69	35.11412527882049	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
70-74	35.10247436389926	36.0	34.0	37.0	32.0	39.0
75-79	35.070621216647	35.4	34.0	37.0	32.0	39.0
80-84	35.04880104528619	35.4	34.0	37.0	32.0	39.0
85-89	35.01759874844484	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
90-94	34.986101941600644	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
95-99	34.9499273765574	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
100-104	34.9195496759812	35.0	34.0	37.0	31.2	39.0
105-109	34.8925917089555	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
110-114	34.846065659637226	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
115-119	34.81896308466306	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
120-124	34.778260828902454	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
125-129	34.73120000859109	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
130-134	34.692560441597124	35.0	34.0	37.0	31.0	39.0
135-139	34.6479061112907	35.0	34.0	37.0	30.8	39.0
140-144	34.59676057863384	35.0	34.0	37.0	30.0	39.0
145-149	34.59975039623728	35.0	34.0	37.0	30.2	39.0
150	35.25193867129793	35.0	34.0	37.0	32.0	39.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
21	1.0
22	53.0
23	719.0
24	5910.0
25	29346.0
26	93380.0
27	208679.0
28	350764.0
29	488004.0
30	643352.0
31	852109.0
32	1163093.0
33	1653884.0
34	2537660.0
35	4508410.0
36	1.0477543E7
37	1128952.0
38	25.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	35.68153587350515	12.49959613756739	15.677483994206915	36.14138399472054
2	22.988848121359162	12.224401847719317	33.27081925503201	31.515930775889515
3	21.67696184670867	16.087757300453926	27.402975214937065	34.83230563790033
4	24.775308037315323	22.884373846136384	22.490019144453598	29.850298972094695
5	25.06586316682185	29.79630115802032	24.415006421663943	20.72282925349389
6	19.4016018885786	37.15040754702413	25.332032626958256	18.115957937439013
7	15.111746194357261	26.904498963350456	39.59705517217355	18.38669967011874
8	17.29279248306046	26.849775533992165	31.699169156821338	24.158262826126037
9	18.058532368391024	25.011737995918676	32.96081031626417	23.968919319426128
10-14	19.008588637144275	30.85968113862062	27.6172102993195	22.514519924915607
15-19	19.267233894773398	29.154627208126943	28.438868170497155	23.139270726602504
20-24	19.326185646854906	29.310305433805155	28.098023383698216	23.26548553564172
25-29	19.47585433418094	29.336966987113268	27.92497172115794	23.262206957547853
30-34	19.36556544579268	29.31601932105507	27.897136795241074	23.421278437911177
35-39	19.43923427803215	29.09995853415483	28.041618079078674	23.41918910873435
40-44	19.42575009925295	29.18515471957292	27.997230104775973	23.391865076398158
45-49	19.53189836858684	29.006937283180388	28.00348198771305	23.45768236051972
50-54	19.510601146839704	29.100751384878905	27.99156915331411	23.397078314967278
55-59	19.595849868892188	29.038465499033734	27.957443855040072	23.40824077703401
60-64	19.619486749472724	28.929057481911414	27.900909824370274	23.550545944245588
65-69	19.611604258638042	28.866118259981537	28.047395259890788	23.474882221489626
70-74	19.702164082939667	28.83518991658661	28.001282221185917	23.461363779287794
75-79	19.57295310869311	28.876707282786963	28.012130614839226	23.5382089936807
80-84	19.772829573434827	28.722298362051912	27.911912727644832	23.59295933686843
85-89	19.736262981380985	28.757764604976288	28.03062534407227	23.475347069570457
90-94	19.881708838770635	28.665535505652805	27.944935443488134	23.507820212088422
95-99	19.891338026861586	28.680198455589238	27.963293508355164	23.46517000919401
100-104	19.949488989247673	28.567430228468577	27.971661031802864	23.51141975048089
105-109	19.874912789265935	28.531020179289072	28.035790378098685	23.558276653346304
110-114	19.931808478812066	28.586007167918826	27.93419170416246	23.547992649106654
115-119	20.001138155292516	28.526520281735934	28.005712747548877	23.46662881542267
120-124	20.036904600685954	28.376181331555124	28.095001725149736	23.491912342609186
125-129	20.123594615962833	28.357988266301	28.046340599091835	23.472076518644332
130-134	20.029755395753547	28.48197232319522	28.018633663929233	23.469638617121998
135-139	20.101920874673816	28.34016904935312	28.035646099156107	23.522263976816955
140-144	20.190537569840753	28.251918638157917	28.10778695173769	23.449756840263642
145-149	19.881727976616137	28.29667386258987	28.289350431595654	23.532247729198335
150	20.29911328384463	27.167912990524716	28.35443894903944	24.178534776591214
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	pass
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.5
3	1.0
4	0.5
5	0.5
6	1.0
7	5.5
8	12.5
9	19.0
10	24.5
11	45.5
12	89.5
13	148.5
14	271.5
15	448.0
16	809.0
17	1442.5
18	2768.0
19	5078.5
20	6593.5
21	8504.5
22	12327.5
23	17913.0
24	26547.0
25	37477.0
26	50915.5
27	69599.5
28	95906.5
29	131505.5
30	175517.0
31	226266.0
32	280932.0
33	341979.5
34	414203.0
35	500679.0
36	601194.5
37	715538.5
38	842381.5
39	983784.5
40	1134875.0
41	1282424.0
42	1415725.5
43	1523326.5
44	1599759.0
45	1627744.0
46	1582999.0
47	1488377.0
48	1345249.0
49	1163250.0
50	979629.0
51	799950.0
52	637429.5
53	508323.5
54	409121.5
55	317924.0
56	236213.5
57	167302.5
58	112066.5
59	74520.0
60	52556.5
61	39490.5
62	28836.5
63	19679.0
64	12888.5
65	8492.0
66	5711.5
67	3879.0
68	2490.5
69	1696.0
70	1591.0
71	1933.0
72	2068.0
73	1511.0
74	931.5
75	570.0
76	272.0
77	106.5
78	34.5
79	10.0
80	4.5
81	5.0
82	4.0
83	3.5
84	3.5
85	2.5
86	1.0
87	1.0
88	0.5
89	0.0
90	0.5
91	0.5
92	0.0
93	0.5
94	1.5
95	1.0
96	0.5
97	1.5
98	1.0
99	0.5
100	0.5
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	5.053458131105261E-4
3	6.876016801339945E-4
4	6.876016801339945E-4
5	6.876016801339945E-4
6	5.384832434784294E-4
7	6.917438589299825E-4
8	5.964737466222603E-4
9	8.242935804015958E-4
10-14	8.110386082544345E-4
15-19	6.461798921741154E-4
20-24	5.898462605486796E-4
25-29	6.627486073580671E-4
30-34	4.0096290745163054E-4
35-39	3.620264267693441E-4
40-44	1.33378157230811E-4
45-49	1.7065776639470226E-4
50-54	2.56815085351251E-4
55-59	3.0320748786631565E-4
60-64	2.477022920000775E-4
65-69	1.7894212695151923E-4
70-74	9.692699988567583E-5
75-79	1.880550108127489E-4
80-84	4.5564029793142704E-5
85-89	2.2285014046310628E-4
90-94	9.030015905420309E-5
95-99	5.964808376181575E-5
100-104	7.621746695738769E-5
105-109	1.300677308239529E-4
110-114	5.5507046263283876E-5
115-119	1.2924151707768825E-4
120-124	1.4664124078770936E-4
125-129	1.0439031445784397E-4
130-134	1.0356406706000355E-4
135-139	2.3116441484494123E-4
140-144	0.029567654639981567
145-149	8.743383738604302E-5
150	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
68-69	3.0
70-71	1.0
72-73	1.0
74-75	2.0
76-77	9.0
78-79	4.0
80-81	8.0
82-83	27.0
84-85	32.0
86-87	27.0
88-89	28.0
90-91	35.0
92-93	34.0
94-95	50.0
96-97	54.0
98-99	61.0
100-101	54.0
102-103	78.0
104-105	70.0
106-107	75.0
108-109	72.0
110-111	78.0
112-113	82.0
114-115	100.0
116-117	106.0
118-119	119.0
120-121	115.0
122-123	153.0
124-125	151.0
126-127	164.0
128-129	206.0
130-131	219.0
132-133	299.0
134-135	356.0
136-137	552.0
138-139	1572.0
140-141	3356.0
142-143	5341.0
144-145	47539.0
146-147	615219.0
148-149	953493.0
150-151	2.2511939E7
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	warn
#Total Deduplicated Percentage	50.76070931011564
#Duplication Level	Percentage of total
1	38.74735823122673
2	11.75536150101624
3	6.7162912222318685
4	4.449723457164197
5	3.201236679910612
6	2.5947131540631605
7	2.1574464880446182
8	1.801970531289065
9	1.4859023196211831
>10	16.56656178402123
>50	4.239130444831879
>100	5.155463606112754
>500	0.7614711527832192
>1k	0.36736942768316416
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	pass
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	0.0	4.142178795987918E-6	8.284357591975837E-6	8.69857547157463E-5	1.2012318508364965E-4
2	4.142178795987918E-6	0.0	4.142178795987918E-6	2.0710893979939592E-5	0.0011432413476926656	3.976491644148402E-4
3	8.284357591975837E-6	0.0	4.142178795987918E-6	2.0710893979939592E-5	0.0021125111859538388	5.757628526423207E-4
4	1.6568715183951674E-5	0.0	4.142178795987918E-6	2.4853072775927514E-5	0.003367591361138178	6.586064285620791E-4
5	2.0710893979939592E-5	0.0	4.142178795987918E-6	2.4853072775927514E-5	0.004858775727693829	6.876016801339945E-4
6	2.8995251571915432E-5	0.0	4.142178795987918E-6	2.4853072775927514E-5	0.0059564531086306275	7.165969317059099E-4
7	3.313743036790335E-5	0.0	4.142178795987918E-6	3.313743036790335E-5	0.007091410098731317	7.414500044818375E-4
8	3.313743036790335E-5	0.0	4.142178795987918E-6	3.313743036790335E-5	0.008810414299066304	7.952983288296804E-4
9	3.313743036790335E-5	0.0	4.142178795987918E-6	3.313743036790335E-5	0.011581531913582221	9.029949775253663E-4
10-11	4.1421787959879184E-5	0.0	4.142178795987918E-6	3.313743036790335E-5	0.015789985570305948	0.0010044783580270703
12-13	4.3492877357873143E-5	0.0	4.142178795987918E-6	3.313743036790335E-5	0.019087159891912328	0.0011390991688966776
14-15	5.177723494984899E-5	0.0	4.142178795987918E-6	3.5208519765897307E-5	0.022804765361311485	0.001267506711572303
16-17	5.7990503143830865E-5	0.0	4.142178795987918E-6	4.763505615386107E-5	0.026060517894957988	0.0013586346450840375
18-19	7.041703953179461E-5	0.0	6.213268193981878E-6	5.3848324347842946E-5	0.029065668611447226	0.0014559758467897535
20-21	8.284357591975837E-5	0.0	8.284357591975837E-6	6.62748607358067E-5	0.031915487623086915	0.0015388194227095118
22-23	8.69857547157463E-5	0.0	8.284357591975837E-6	7.455921832778253E-5	0.03453127353275329	0.0016175208198332823
24-25	8.905684411374026E-5	0.0	8.284357591975837E-6	7.870139712377045E-5	0.03702279407854002	0.0017127909321410044
26-27	9.112793351173422E-5	0.0	8.284357591975837E-6	8.077248652176441E-5	0.03997409647068141	0.0018122032232447145
28-29	9.319902290972818E-5	0.0	8.284357591975837E-6	8.284357591975837E-5	0.043128365623826215	0.001892975709766479
30-31	9.527011230772214E-5	0.0	8.284357591975837E-6	8.905684411374026E-5	0.04678176732188755	0.001975819285686237
32-33	9.527011230772214E-5	0.0	8.284357591975837E-6	1.0355446989969797E-4	0.04985940616730658	0.0020731604873919533
34-35	1.0148338050170401E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.0355446989969797E-4	0.052744433698712165	0.0022222789240475185
36-37	1.0355446989969797E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.0355446989969797E-4	0.055730944610619455	0.002303051410569283
38-39	1.0355446989969797E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.221942744816436E-4	0.058568337085871176	0.0023651840925091013
40-41	1.0355446989969797E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2426536387963755E-4	0.061540350371992514	0.002506018171572691
42-43	1.0562555929769193E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2840754267562547E-4	0.06440052483062217	0.002590932836890443
44-45	1.0769664869568589E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2840754267562547E-4	0.06732076088179365	0.0026820607704021774
46-47	1.1183882749167381E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2840754267562547E-4	0.07026792109513905	0.002754548899331966
48-49	1.1390991688966777E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2840754267562547E-4	0.07377427544594282	0.002808397223679809
50-51	1.1805209568565569E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2840754267562547E-4	0.07650811345129485	0.0028808853526095975
52-53	1.2426536387963755E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.2840754267562547E-4	0.07914668134433916	0.00294508912394741
54-55	1.2426536387963755E-4	0.0	8.284357591975837E-6	1.3047863207361942E-4	0.08178524923738346	0.003005150716489235
56-57	1.2426536387963755E-4	0.0	1.2426536387963757E-5	1.4497625785957714E-4	0.08462885498082917	0.003063141219633066
58-59	1.2426536387963755E-4	2.071089397993959E-6	1.2426536387963757E-5	1.4911843665556506E-4	0.08714937077818782	0.0031418426167568363
60-61	1.2426536387963755E-4	4.142178795987918E-6	1.2426536387963757E-5	1.5118952605355904E-4	0.08970923727410834	0.0032557525336465044
62-63	1.2426536387963755E-4	4.142178795987918E-6	1.2426536387963757E-5	1.5326061545155298E-4	0.09208270572420943	0.003357235914148208
64-65	1.366919002676013E-4	4.142178795987918E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.09464257222012995	0.003450434937057936
66-67	1.429051684615832E-4	4.142178795987918E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.09731427754354216	0.0035084254402017673
68-69	1.5326061545155298E-4	6.213268193981878E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.09979337155294093	0.0035829846585295495
70-71	1.5533170484954693E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.10215234237725605	0.0036368329828773928
72-73	1.7604259882948655E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.10422136068585203	0.0037093211118071814
74-75	1.8846913521745033E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.10661761111933103	0.0037548850785630483
76-77	1.946824034114322E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.10917954870464956	0.0037921646877269394
78-79	2.0710893979939595E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.11172905975358013	0.0038460130120747827
80-81	2.0710893979939595E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.11416880306441701	0.00391228787281059
82-83	2.091800291973899E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.11649463645836422	0.0039495674819744805
84-85	2.1746438678936573E-4	8.284357591975837E-6	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.11874591063398365	0.004026197789700257
86-87	2.2781983377933554E-4	1.2426536387963757E-5	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.12142175813619185	0.004104899186824027
88-89	2.2781983377933554E-4	1.4497625785957714E-5	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.12374966261953707	0.004135965527793937
90-91	2.3196201257532346E-4	1.6568715183951674E-5	1.2426536387963757E-5	1.574027942475409E-4	0.12637166179739742	0.004175316226355822
92-93	2.3196201257532346E-4	1.6568715183951674E-5	1.4497625785957714E-5	1.574027942475409E-4	0.1283288412785017	0.00425815980227558
94-95	2.3196201257532346E-4	1.6568715183951674E-5	1.6568715183951674E-5	1.574027942475409E-4	0.13004370330004072	0.004349287735787315
96-97	2.3196201257532346E-4	1.6568715183951674E-5	1.6568715183951674E-5	1.6361606244152276E-4	0.1318600487020814	0.004394851702543182
98-99	2.3196201257532346E-4	1.6568715183951674E-5	1.6568715183951674E-5	1.739715094314926E-4	0.1336080481539883	0.004436273490503061
100-101	2.3196201257532346E-4	1.6568715183951674E-5	1.6568715183951674E-5	1.7811368822748052E-4	0.1355300191153267	0.004465268742074977
102-103	2.3817528076930535E-4	1.6568715183951674E-5	1.6568715183951674E-5	1.801847776254745E-4	0.13728837401422356	0.004500477261840874
104-105	2.402463701672993E-4	1.6568715183951674E-5	1.6568715183951674E-5	1.8225586702346844E-4	0.13887275740368896	0.0045336146922087765
106-107	2.402463701672993E-4	1.6568715183951674E-5	2.0710893979939592E-5	1.8432695642146238E-4	0.14055033981606407	0.004546041228596741
108-109	2.402463701672993E-4	1.8639804581945633E-5	2.0710893979939592E-5	2.0089567160541406E-4	0.14271048605817177	0.004585391927158626
110-111	2.443885489632872E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939595E-4	0.14484163704870756	0.00464545351970045
112-113	2.485307277592751E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.1332220799337784E-4	0.14667248007653422	0.004720012738028233
114-115	2.485307277592751E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.1539329739137179E-4	0.14820922840984574	0.004773861062376076
116-117	2.485307277592751E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.1539329739137179E-4	0.1496859151506154	0.004802856313947992
118-119	2.5267290655526305E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.195354761873597E-4	0.15131379141743867	0.004825638297325925
120-121	2.588861747492449E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.2367765498334762E-4	0.1528070468733923	0.004850491370101853
122-123	2.609572641472389E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.2781983377933554E-4	0.15462339227543304	0.004916766230837659
124-125	2.630283535452328E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.2781983377933554E-4	0.15602137761907894	0.004954045840001551
126-127	2.6717053234122075E-4	2.0710893979939592E-5	2.0710893979939592E-5	2.3610419137131138E-4	0.1574732112870727	0.004987183270369454
128-129	2.8166815812717845E-4	2.4853072775927514E-5	2.0710893979939592E-5	2.3817528076930535E-4	0.1591984287556017	0.0050182496113393635
130-131	2.9409469451514224E-4	2.4853072775927514E-5	2.0710893979939592E-5	2.402463701672993E-4	0.16068547094336133	0.005043102684115291
132-133	2.982368733111301E-4	2.4853072775927514E-5	2.0710893979939592E-5	2.402463701672993E-4	0.1619654041913216	0.005053458131105261
134-135	3.0237905210711807E-4	2.4853072775927514E-5	2.0710893979939592E-5	2.402463701672993E-4	0.16346487291546924	0.005065884667493224
136-137	3.0652123090310596E-4	2.4853072775927514E-5	2.0710893979939592E-5	2.4231745956529324E-4	0.16534542208884773	0.005090737740269152
138-139	3.0652123090310596E-4	2.4853072775927514E-5	2.0710893979939592E-5	2.485307277592751E-4	0.16680761120383147	0.0051363017070250195
>>END_MODULE
