BLASTN 2.6.0+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: /home/jforment/biovice/data/Solanum_chilense/Stam_et_al_2019/Solanum
_chilense.scaffolds.fa
81,304 sequences; 913,880,739 total letters
Query= SL2.50ch06:34762015..34764430
Length=2416
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
scaffold22523 2392 0.0
scaffold20955 1755 0.0
>scaffold22523
Length=3684
Score = 2392 bits (1295), Expect = 0.0
Identities = 1436/1499 (96%), Gaps = 30/1499 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGAGATGTAGGTGGAGGTGAACCTAAAATATTAGTATCACTA-CTGCTAATATAACTAT 59
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 2194 GAGAGATGTAGGTGGACGTGAACCTAAAATATTAGTATCACTAACTACT-ATATAACTAT 2252
Query 60 AACAAACAACAACGACAATTTGCAAGTATGAAGAGATAAGAGTAACAAGGCAATCAACAA 119
||||| |||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2253 AACAA-CAAC-A--ACAACTTGAAAGTATGAAGAGATAAGAGTAACAAGACAATCAACAA 2308
Query 120 GAAACACAAGTTGAGATTTCTGTGCCTCCCTCTGTGGAATAAGGAGAGACACACATCTTC 179
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 GAAACACAAGTTGAGATTTCTGTGCCTCTCTCTGTGGAATAAGGAGAGACACACATCTTC 2368
Query 180 TTACCCTTTTAAAAGAGAAAATATATAGTATAATTTCAATTTCAAAACTC-TT-TA-TAT 236
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| || || |||
Sbjct 2369 TTACCCTTTTAAAAGAGGAAA-ATATAGTATAATTTCAATTT-GAAACTCTTTATATTAT 2426
Query 237 CTATCT-AC-ATTCACACTTCACCTAACCCAACATCTC-----------ATCTCTCTTCT 283
|||||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2427 CTATCTCTCTACACACACTTCACCTAACCCAACATCTCTTCCTTTTTTTATCTCTCTTCT 2486
Query 284 TCTCCCTAACTAAAATGGCAAGTTGGGTTCTATCAGAATGTGGTTTAAGACCACTACCAA 343
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2487 TCTCCCTAACTAAAATGGCAAGTTGGGTTCTATCAGAATGTGGTCTAAGACCACTACCAA 2546
Query 344 AAATATACCCAAAGCCTACAATAGGTTTTTCTTCTTCCGTTTCTGTTTCCGCCACCAGTT 403
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2547 AAATATACCCAAAGCCTACAATTGGTTTTTCTTCTTCCGTTTCTGTTTCCGCAACAAGTT 2606
Query 404 TGAATTTGAGAAGAATTTCACCTTCACCTATACGAACAGATCGGAATTGTTGGGCATTGA 463
| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2607 TAAATCTGAGAAGGATTTCACCTTCACCTATACGAACAGATCGGAATTGTTGGGCATTGA 2666
Query 464 GGGTAAGTGCACCGCTTAGGATCCAAATTGCCGGAGAAGAA---GAGGAACAAACAACAA 520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2667 GGGTAAGTGCACCGCTTAGGATCCAAATTGCCGGAGAAGAAGAGGAGGAAAAAACAACAA 2726
Query 521 ACAATGGGGATGAGTTTTTTGACCCAGGGGCACCACCCCCTTTTAAGCTTTCTGATATTA 580
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2727 ACAATGGGGTTGAGTTTTTTGACCCAGGAGCACCACCCCCTTTTAAGCTTTCTGATATTA 2786
Query 581 AGGCAGCTATTCCTAAGCATTGTTGGGTCAAAAATCCATGGACGTCCATGAGTTATGTTG 640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2787 AGGCAGCTATTCCTAAGCATTGTTGGGTCAAAAATCCATGGACATCCATGAGTTATGTTG 2846
Query 641 TTAGAGATGTAGCTATTGTGTTTGGGCTGGCGGCTGCTGCTGCTTATTTCAACAATTGGC 700
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 TTAGAGATGTAGCTGTTGTGTTTGGGCTGGCGGCGGCTGCTGCTTATTTCAACAATTGGC 2906
Query 701 TTGTTTGGCCTCTTTATTGGTTTGCTCAGAGTACAATGTTTTGGGCTCTCTTTGTTCTAG 760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2907 TTGTTTGGCCTCTTTATTGGTTTGCTCAGAGTACAATGTTTTGGGCTCTCTTTGTTCTAG 2966
Query 761 GTCATGATTGTGGACATGGAAGCTTTTCAAATAACCATAGCTTGAATAGCGTTGCTGGAC 820
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2967 GTCATGATTGTGGACATGGAAGCTTTTCGAATAACCATAGCTTGAATAGCGTTGCTGGAC 3026
Query 821 ATATTCTTCATTCTTCGATTCTTGTTCCTTATCATGGATGGTTCGTTTTG-TTTTGAAGG 879
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||
Sbjct 3027 ATATTCTTCATTCTTCAATTCTTGTTCCTTATCATGGATGGTTAGTTTTGGTTTTG-AGG 3085
Query 880 AATTTTATTTATTCAAAATCGTATTTTAGTTTTGATTGATTGATCATATATTTCAGGAGA 939
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3086 AATTTTATTTATTCAAAATCGTATTTTATTTTTGATTGATTGATCATATATTTCAGGAGA 3145
Query 940 ATAAGCCACAGAACTCATCATCAGAACCATGGACATGTTGAGAATGATGAATCATGGCAT 999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3146 ATAAGCCACAGAACTCATCATCAGAACCATGGACATGTTGAGAATGATGAATCATGGCAT 3205
Query 1000 CCTGTAAGTTTGTTTGATGT-ATATTCATTCCACTTGTCAAACAAACTATTTTTCGCCTC 1058
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3206 CCTGTAAGTTTGTTTGATGTAATATTCATTCCACTTCTCAAACAAGCTATTTTTCGCCTC 3265
Query 1059 TAAATTACCtttttattttttCCCCAGTTATCTGAGAAGCTTTACAATAGTTTGGATGAT 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3266 TAAATTACCTTTTTATTTTTTCCCCAGTTATCTGAGAAGCTTTACAATAGTTTGGATGAT 3325
Query 1119 ATCACAAAGAAATTTAGGTTCACTCTACCCTTTCCCTTGCTGGCATATCCTTTCTATCTG 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3326 ATCACAAAGAAATTTAGGTTCACTCTACCCTTTCCCTTGCTGGCATATCCTTTCTATCTG 3385
Query 1179 GTGAGTTGTTACTAGTCTATATCCAATGACAATAACAAAATTTGATGTAACTTGTATAAC 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3386 GTGAGTTGTTACTAGTCTATATCCAATGACAATAACAAAATTTGATGTAACTTGTATGAC 3445
Query 1239 TCATAATAATCACTACCACAGTGGGGTAGAAGTCCGGGAAAGAAAGGTTCTCACTTTGAT 1298
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3446 TCATAATGATCACTACCACAGTGGGGTAGAAGTCCGGGAAAGAAAGGTTCTCACTTTGAT 3505
Query 1299 CCAAACAGTGATTTGTTTGTGGCAAGTGAGAAGAAAGATGTGATCACTTCAACTGTCTGC 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3506 CCAAACAGTGATTTGTTTGTGGCAAGTGAGAAGAAAGATGTGATCACTTCAACTGTCTGC 3565
Query 1359 TGGACGGCAATGGCTGCATTGCTTGTAGGATTGTCCTTTGTCATGGGTCCTCTTCAAATG 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3566 TGGACGGCAATGGCTGCATTGCTTGTAGGATTGTCCTTTGTCATGGGTCCTCTTCAAATG 3625
Query 1419 CTTAAGCTTTATGGCATCCCCTATTGGGTTAGTCCAATTTCCAACCTTGCCTTGTTTTG 1477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3626 CTTAAGCTTTATGGCATCCCCTATTGGGTTAGTCCACTTTCCAACCTTGCCTTGTTTTG 3684
>scaffold20955
Length=24545
Score = 1755 bits (950), Expect = 0.0
Identities = 1056/1100 (96%), Gaps = 35/1100 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1328 GAAGAAAGATGTGATCACTTCAACTGTCTGCTGGACGGCAATGGCTGCATTGCTTGTAGG 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAGAAAGATGTGATCACTTCAACTGTCTGCTGGACGGCAATGGCTGCATTGCTTGTAGG 60
Query 1388 ATTGTCCTTTGTCATGGGTCCTCTTCAAATGCTTAAGCTTTATGGCATCCCCTATTGGGT 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTGTCCTTTGTCATGGGTCCTCTTCAAATGCTTAAGCTTTATGGCATCCCCTATTGGGT 120
Query 1448 TAGTCCAATTTCCAACCTTGCCTTGTTTTGTTGTTACTTGACTCATTTTATTAACTGAAT 1507
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 TAGTCCACTTTCCAACCTTGCCTTGTTTTGTTGTTACTTGACTCATTTTATTAACTGTAT 180
Query 1508 TCAATTCAACATGTAGGGCTTTGTCATATGGCTGGATTTAGTTACCTATTTGCATCACCA 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCAATTCAACATGTAGGGCTTTGTCATATGGCTGGATTTAGTTACCTATTTGCATCACCA 240
Query 1568 TGGCCATGAAGATAAAGTTCCTTGGTACAGAGGAGAGGTAGTATCTCCTACTAAGCTAGA 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGGCCATGAAGATAAAGTTCCTTGGTACAGAGGAGAGGTAGTATCTCCTACTAAGCTAGA 300
Query 1628 ATGCCAAATGAAATATGTTTAATGTGTTTTGTGTATTTTAGATATGTCTAATCATGTCTT 1687
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATGCCAAATGAAATATGTTTAATGTG-TTTGTGTATTTTAGATATGTCTAATCATGTCTT 359
Query 1688 GTATAAATCACTTGCCTTGGGATATAAGCATTTAGTTGTTAGTTACTCtttttttttttt 1747
|||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||
Sbjct 360 GTATAAATCA------------------CATTTAGTTGTTAGTTACTCGTATTTGTTTTT 401
Query 1748 ATGAAGACATAAAAAAGTTGGGAGGTGATATGTTATGTATGAAACAGGAATGGAGTTATC 1807
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 ATGAAGACATAAAGAAGTTGGGAGGTGATATGTTATGTATGAAACAGGAATGGAGTTATC 461
Query 1808 TGAGAGGAGGGCTTACAACACTTGATCGTGACTATGGATGGATTAACAACATCCACCATG 1867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 TGAGAGGAGGGCTTACAACACTTGATCGTGACTATGGATGGATTAACAACATCCACCATG 521
Query 1868 ACATAGGGACTCATGTGATACATCATCTCTTCCCTCAAATCCCACACTATCATTTGGTAG 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 ACATAGGGACTCATGTGATACATCATCTCTTCCCTCAAATCCCACACTATCATTTGGTAG 581
Query 1928 AAGCAGTAAGTATGACATACATTTTAAGTTGCTTTCAATAGTTTGTTTCTATTGGTGTCT 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 AAGCAGTAAGTATGACATACATTTTAAGTTGCTTTCAATAGTTTGTTTCTATTGGTGTCT 641
Query 1988 TAATAACAACATGGATTGTTTTGCAGACTGAAGCTGCTAAACCAGTGTTAGGGAAATATT 2047
| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 T--T-ATAACATGGATTGTTTTGCAGACTGAAGCTGCTAAACCAGTGTTAGGGAAATATT 698
Query 2048 ATAAGGAGCCAAAGAAGTCAGGGCCTCTACCATTTTACTTGTTGGGATATCTGATAAGAA 2107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 ATAAGGAGCCAAAGAAGTCAGGGCCTCTACCATTTTACTTGTTGGGATATCTGATAAGAA 758
Query 2108 GCATGAAGGAGGATCACTTTGTGAGTGACACAGGGAATGTAGTATATTATGAAACTGATC 2167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 GCATGAAGGAGGATCACTTTGTGAGTGACACAGGGAATGTAGTATATTATGAAACTGATC 818
Query 2168 CCAACCTTTATGGGTCTAAGAAATAGCAAAACCCTGTTAGCTGATTATTTTTTCACTAAC 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 CCAACCTTTATGGGTCTAAGAAATAGCAAAACCCTGTTAGCTGATTATTTTTTCACTAAC 878
Query 2228 ACTATCTATGGCCATTCAAGTTGGTT---------ACTACTAGTTGAGCACAGAGTAAAG 2278
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 879 ACTATCTATGGCCATTCAAGTTGGTTGTATTAAGCACTACTAGTTGAGCACAGA-TAAAG 937
Query 2279 TTAGAAGATGGGGGAAGGCATATAGTTTCAATTATTGTCTTCAGGACCTTTTGTTGGGTT 2338
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 938 TTAGAAGATT-GGGAAGGCATATAGTTTCAATTATTGTCTTCAGGACCTTCTGTTGGGTT 996
Query 2339 GGCCA-AGAAAGTATATTATTTGTATTCTGGATTCTGAAATGTTTTATTTAT-AAAAAAT 2396
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 997 GGCCATAGAAAGTATATTATTTGTATTCTGGATTCTGAAATGTTTTATTTATAAAAAAAT 1056
Query 2397 ATACTTCAGTTCCCACCATC 2416
||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 ATACTTCAGTTCCCACCATC 1076
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 2174699702934
Database: /home/jforment/biovice/data/Solanum_chilense/Stam_et_al_2019/Solanum
_chilense.scaffolds.fa
Posted date: Feb 4, 2020 11:55 AM
Number of letters in database: 913,880,739
Number of sequences in database: 81,304
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5