BLASTN 2.6.0+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: /home/jforment/biovice/data/Solanum_chilense/Stam_et_al_2019/Solanum
_chilense.LA2750_leaf.transcriptome.fasta
35,254 sequences; 33,111,747 total letters
Query= Solyc06g051400.2.1 Omega-3 fatty acid desaturase (AHRD V1 ****
Q7X7I9_SOLLC); contains Interpro domain(s) IPR005804 Fatty acid
desaturase, type 1
Length=1828
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
TrinityLA2750trinc53839_g1_i1 type=cds; aalen=436,63%,complete; ... 2351 0.0
>TrinityLA2750trinc53839_g1_i1 type=cds; aalen=436,63%,complete; clen=2065; strand=-; offs=1733-423;
evgclass=main,okay,match:SOAPLA2750soap833115,pct:100/94/.;
Length=1311
Score = 2351 bits (1273), Expect = 0.0
Identities = 1299/1311 (99%), Gaps = 3/1311 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 298 ATGGCAAGTTGGGTTCTATCAGAATGTGGTTTAAGACCACTACCAAAAATATACCCAAAG 357
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCAAGTTGGGTTCTATCAGAATGTGGTCTAAGACCACTACCAAAAATATACCCAAAG 60
Query 358 CCTACAATAGGTTTTTCTTCTTCCGTTTCTGTTTCCGCCACCAGTTTGAATTTGAGAAGA 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCTACAATAGGTTTTTCTTCTTCCGTTTCTGTTTCCGCCACCAGTTTGAATTTGAGAAGA 120
Query 418 ATTTCACCTTCACCTATACGAACAGATCGGAATTGTTGGGCATTGAGGGTAAGTGCACCG 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATTTCACCTTCACCTATACGAACAGATCGGAATTGTTGGGCATTGAGGGTAAGTGCACCG 180
Query 478 CTTAGGATCCAAATTGCCGGAGAAGAA---GAGGAACAAACAACAAACAATGGGGATGAG 534
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTTAGGATCCAAATTGCCGGAGAAGAAGAGGAGGAAAAAACAACAAACAATGGGGATGAG 240
Query 535 TTTTTTGACCCAGGGGCACCACCCCCTTTTAAGCTTTCTGATATTAAGGCAGCTATTCCT 594
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTTTTGACCCAGGAGCACCACCCCCTTTTAAGCTTTCTGATATTAAGGCAGCTATTCCT 300
Query 595 AAGCATTGTTGGGTCAAAAATCCATGGACGTCCATGAGTTATGTTGTTAGAGATGTAGCT 654
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGCATTGTTGGGTCAAAAATCCATGGACATCCATGAGTTATGTTGTTAGAGATGTAGCT 360
Query 655 ATTGTGTTTGGGCTGGCGGCTGCTGCTGCTTATTTCAACAATTGGCTTGTTTGGCCTCTT 714
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTGTGTTTGGGCTGGCGGCGGCTGCTGCTTATTTCAACAATTGGCTTGTTTGGCCTCTT 420
Query 715 TATTGGTTTGCTCAGAGTACAATGTTTTGGGCTCTCTTTGTTCTAGGTCATGATTGTGGA 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TATTGGTTTGCTCAGAGTACAATGTTTTGGGCTCTCTTTGTTCTAGGTCATGATTGTGGA 480
Query 775 CATGGAAGCTTTTCAAATAACCATAGCTTGAATAGCGTTGCTGGACATATTCTTCATTCT 834
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CATGGAAGCTTTTCGAATAACCATAGCTTGAATAGCGTTGCTGGACATATTCTTCATTCT 540
Query 835 TCGATTCTTGTTCCTTATCATGGATGGAGAATAAGCCACAGAACTCATCATCAGAACCAT 894
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCAATTCTGGTTCCTTATCATGGATGGAGAATAAGCCACAGAACTCATCATCAGAACCAT 600
Query 895 GGACATGTTGAGAATGATGAATCATGGCATCCTTTATCTGAGAAGCTTTACAATAGTTTG 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGACATGTTGAGAATGATGAATCATGGCATCCTTTATCTGAGAAGCTTTACAATAGTTTG 660
Query 955 GATGATATCACAAAGAAATTTAGGTTCACTCTACCCTTTCCCTTGCTGGCATATCCTTTC 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GATGATATCACAAAGAAATTTAGGTTCACTCTACCCTTTCCCTTGCTGGCATATCCTTTC 720
Query 1015 TATCTGTGGGGTAGAAGTCCGGGAAAGAAAGGTTCTCACTTTGATCCAAACAGTGATTTG 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TATCTGTGGGGTAGAAGTCCGGGAAAGAAAGGTTCTCACTTTGATCCAAACAGTGATTTG 780
Query 1075 TTTGTGGCAAGTGAGAAGAAAGATGTGATCACTTCAACTGTCTGCTGGACGGCAATGGCT 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTGTGGCAAGTGAGAAGAAAGATGTGATCACTTCAACTGTCTGCTGGACGGCAATGGCT 840
Query 1135 GCATTGCTTGTAGGATTGTCCTTTGTCATGGGTCCTCTTCAAATGCTTAAGCTTTATGGC 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCATTGCTTGTAGGATTGTCCTTTGTCATGGGTCCTCTTCAAATGCTTAAGCTTTATGGC 900
Query 1195 ATCCCCTATTGGGGCTTTGTCATATGGCTGGATTTAGTTACCTATTTGCATCACCATGGC 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATCCCCTATTGGGGCTTTGTCATATGGCTGGATTTAGTTACCTATTTGCATCACCATGGC 960
Query 1255 CATGAAGATAAAGTTCCTTGGTACAGAGGAGAGGAATGGAGTTATCTGAGAGGAGGGCTT 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CATGAAGATAAAGTTCCTTGGTACAGAGGAGAGGAATGGAGTTATCTGAGAGGAGGGCTT 1020
Query 1315 ACAACACTTGATCGTGACTATGGATGGATTAACAACATCCACCATGACATAGGGACTCAT 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACAACACTTGATCGTGACTATGGATGGATTAACAACATCCACCATGACATAGGGACTCAT 1080
Query 1375 GTGATACATCATCTCTTCCCTCAAATCCCACACTATCATTTGGTAGAAGCAACTGAAGCT 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTGATACATCATCTCTTCCCTCAAATCCCACACTATCATTTGGTAGAAGCAACTGAAGCT 1140
Query 1435 GCTAAACCAGTGTTAGGGAAATATTATAAGGAGCCAAAGAAGTCAGGGCCTCTACCATTT 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GCTAAACCAGTGTTAGGGAAATATTATAAGGAGCCAAAGAAGTCAGGGCCTCTACCATTT 1200
Query 1495 TACTTGTTGGGATATCTGATAAGAAGCATGAAGGAGGATCACTTTGTGAGTGACACAGGG 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TACTTGTTGGGATATCTGATAAGAAGCATGAAGGAGGATCACTTTGTGAGTGACACAGGG 1260
Query 1555 AATGTAGTATATTATGAAACTGATCCCAACCTTTATGGGTCTAAGAAATAG 1605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATGTAGTATATTATGAAACTGATCCCAACCTTTATGGGTCTAAGAAATAG 1311
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 58015647686
Database: /home/jforment/biovice/data/Solanum_chilense/Stam_et_al_2019/Solanum
_chilense.LA2750_leaf.transcriptome.fasta
Posted date: Feb 4, 2020 11:54 AM
Number of letters in database: 33,111,747
Number of sequences in database: 35,254
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5