FastQCFastQC Report
Wed 18 May 2022
S38_SantoTomePrincipe.sRNAs.15-35nt.Partitivirus_3_segment_1.forward-mapped.fq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameS38_SantoTomePrincipe.sRNAs.15-35nt.Partitivirus_3_segment_1.forward-mapped.fq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length21-32
%GC53

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATCCGACAGCATGCATCTTTCAATGAGGGGCC213.333333333333334No Hit
CTGAGGATGGAGTGTAAGGGACC213.333333333333334No Hit
TGAGGATGGAGTGTAAGGGAC213.333333333333334No Hit
GAGGCTCAGACATGTGAACTC16.666666666666667No Hit
TATCCGACAGCATGCATCTTTCAAT16.666666666666667No Hit
AGCCGCCTGACGAAGGAAACC16.666666666666667No Hit
CGACGTGTTCTGGAGAGGTTC16.666666666666667No Hit
CTTGATGGAGTTGATAAGGACGCAGCCGCC16.666666666666667No Hit
TTGATAAGGACGCAGCCGCCT16.666666666666667No Hit
CAGTCCGACGGTATTATCGAC16.666666666666667No Hit
TACTGAGGATGGAGTGTAAGGGA16.666666666666667No Hit
CGTCTTGATGGAGTTGATAAGGACGCAGC16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)